양도가액 산정시 매매대금에서 차감할 공유자 소유지분 확보비용 상당액의 안분계산 적정여부

사 건 2022구합61243 법인세부과처분취소 원 고 엠** 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2023. 3. 31. 판 결 선 고

2023. 5. 12.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2020. 3. 31. 원고에게 한 2014 사업연도 법인세 559,434,097원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 자산유동화업을 영위하는 외국법인의 국내지점으로, 2012. 11. 28. ○○시 ○○동 산○○ 등 23필지 총 418,726㎡(별지 목록 1항 표의 ‘지번’란 기재 각 토지와 같다. 이하 ‘이 사건 전체토지’라 한다) 중 377,867.3㎡(별지 목록 1항 표의 ‘소유면적’ 중 ‘원고’란 기재와 같다. 이하 ‘이 사건 쟁점토지’라 한다)를 경매로 취득하였
• 다. 한편 이 사건 전체토지 중 14필지 186,465㎡는 공유토지였는데, 위 공유토지 중 145,606.3㎡는 이 사건 쟁점토지에 속하고, 나머지 40,858.7㎡는 박AA 등 5인(박AA, 임BB, 박CC, 박DD, 박EE, 이하 ‘공유자들’이라 한다)이 소유하고 있었다.
• 나. 원고와 주식회사 FF(이하 ‘주식회사’ 명칭을 생략하고 상호로만 특정한다)는 2013. 9. 23. 원고가 FF에 이 사건 전체토지 중 14필지 총 398,769㎡[별지 목록 1항 표의 ‘번호’란 1 내지 14번 각 토지(이하 이 사건 전체토지 중 개별토지를 지칭할 때에는 같은 표의 ‘번호’란 기재 각 번호에 따라 ‘○번 토지’라고만 한다)와 같 다]를 900억 원에 매도할 것을 약정(이하 ‘최초 매매계약’이라 한다)하면서, 매매 목적물 중 공유토지에 해당하는 부분의 공유자들 소유지분을 원고가 확보하기로 하였다가, 2014. 4. 17. 매매 목적물을 이 사건 쟁점토지로 변경할 것을 약정(이하 ‘이 사건 매매계약’이라 한다)하면서, 원고가 별지 목록 2항 기재와 같이 FF와 공유자들 사이에 매매 목적물 중 공유지분[14필지 중 9필지(15 내지 23번 토지)에 관한 원고(FF) 소유지분(해당 면적 12,681.4㎡2))과 5필지(10 내지 14번 토지)에 관한 공유자들 소유지분(해당 면적 33,583.1㎡3))]의 교환계약이 체결될 수 있도록 하기로 정하였다.
• 다. 원고는 이 사건 매매계약에 따른 중도금과 잔금을 지급받기 전인 2014. 4. 22. FF에 이 사건 쟁점토지에 관한 소유권을 이전하였으나, 2014 사업연도 법인세 신고 시 이 사건 쟁점토지에 관한 매매대금 신고를 누락하였다.
• 라. 원고와 공유자들은 별지 목록 3항 기재와 같이 2015. 3. 24. 공유토지 중 8필지(16 내지 23번 토지)에 관한 FF 소유지분(해당 면적 12,605.7㎡4))과 나머지 6필지(10 내지 15번 토지)에 관한 공유자들 소유지분(해당 면적 33,638.4㎡5), 이하 ‘이 사건 공유자들 소유지분’이라 한다)을 교환(이하 ‘이 사건 교환’이라 한다)하고, 원고가 공유자들에게 총 70억 원을 지급하기로 합의(이하 ‘이 사건 합의’라 한다)하였다. 이후 FF는 2015. 3. 31. 공유자들로부터 이 사건 공유자들 소유지분을 76억 원에 매수하여 그 소유권을 모두 이전받았고, 2015. 5. 28. 공유자들에게 위 8필지 12,605.7㎡에 관한 소유권을 이전하였다. 위와 같은 이 사건 교환 결과, 1 내지 15번 토지는 FF가, 나머지 16 내지 23번 토지는 공유자들이 각 소유하게 되었다.
• 마. 피고는 이 사건 쟁점토지 매매대금에서 차감할 이 사건 공유자들 소유지분 확보비용 상당액을 이 사건 쟁점토지(23필지 377,867.3㎡)와 FF가 소유하게 된 이 사건 공유자들 소유지분(6필지 33,638.4㎡)으로 안분계산함으로써 2014 사업연도 이 사건 쟁점토지 양도가액 83,096,457,500원을 익금 산입하고, 경매취득가액 및 취득세 72,885,734,500원을 손금 산입하고, 원고가 이 사건 쟁점토지 지상 건축물의 철거공사와 관련하여 장부계상을 누락한 철거비용 1,575,208,000원을 손금 불산입하여 2020. 3. 31. 원고에게 2014 사업연도 법인세 1,095,414,550원(가산세 포함, 이하 같다)을 경정∙고지하였다.
• 바. 원고는 이에 불복하여 이의신청을 거쳐 2020. 12. 9. 국세청장에게 심사청구를 하였고, 국세청장은 2021. 12. 8. 부외철거비용에 대하여는 손금에 산입하여 과세표준과 세액을 경정하는 결정을 하면서 원고의 나머지 청구를 기각하였다.
• 사. 이후 피고는 부외철거비용을 손금으로 산입하는 등 2회에 걸쳐 원고의 2014 사업연도 법인세를 559,434,097원으로 감액경정하였다(이하 감액되어 남은 부분에 대한 처분을 ‘이 사건 처분’이라 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑1, 2, 3호증, 을1 내지 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고 주장의 요지 주위적으로, 이 사건 처분은 2014 사업연도 원고의 소득에 관한 것이므로 2015 사업연도에 나타난 결과물을 기준으로 이루어져서는 아니 될 것인바, 2014년 체결된 이 사건 매매계약에 의하면 FF는 이 사건 전체토지 중 1 내지 14번 토지의 14필지를 취득할 예정이었고 실제로 1 내지 15번 토지의 15필지를 취득하게 된 것은 2015년에 발생할 사정에 불과하다. 따라서 이 사건 쟁점토지 매매대금 중 이 사건 공유자들 소유지분 확보비용 상당액의 계산은 이 사건 매매계약상 FF가 취득하기로 되어 있는 14필지를 분모로 하여 총 매매대금 중 공유토지 5필지(10 내지 14번 토지, 다만 정확히는 위 각 토지 중 공유자들 소유지분을 가리키는 것으로 보인다)를 매입하는데 들어간 비용을 안분하여 계산하여야 한다. 예비적으로, 2015 사업연도에 발생한 최종적인 이 사건 쟁점토지의 귀속 현황을 고려한다 하더라도, 이 사건 공유자들 소유지분 확보비용 상당액을 계산함에 있어서 분자뿐만 아니라 분모 역시 FF가 최종 취득한 토지(15필지)를 기준으로 산정하여야 한다.
• 나. 인정사실 앞서 든 증거들에 의하면 아래와 같은 사실을 인정할 수 있다.

1. 최초 매매계약, 이 사건 매매계약, 이 사건 합의의 주요 내용은 아래와 같다.

• 가) 최초 매매계약 (표 생략)
• 나) 이 사건 매매계약 (생략)
• 다) 이 사건 합의 (생략)

2. 이 사건 합의에 따라 FF와 공유자들은 2015. 3. 31. FF가 공유자들로부터 이 사건 공유자들 소유지분(즉 10 내지 15번의 6필지에 관한 공유자들 소유 지분)을 76억 원에 매수하기로 약정하였고, 원고는 2015. 3. 31. 공유자들에게 위 76억 원을 **부동산신탁 명의로 송금하였다.

3. 이러한 이 사건 매매계약 및 이 사건 합의의 이행에 따라, 이 사건 전체토지 중 ① 원고의 단독 소유였던 1 내지 9번 토지는 FF가 소유하고, ② 원고와 공유자들의 공유토지였던 10 내지 15번 토지(15번 토지의 경우 최초 매매계약 대상토지에는 제외되었으나 이 사건 합의에서 FF 소유로 포함됨)도 FF가 단독 소유하며, ③ 나머지 공유토지였던 16 내지 23번 토지는 공유자들이 단독 소유하게 되었다.

4. 피고는 원고의 이 사건 부동산에 관한 양도가액을 산정함에 있어, ‘원고가 FF에 그 소유권을 이전한 이 사건 쟁점토지(23필지, 377,867.3㎡)’와 ‘FF 소유로 확정된 이 사건 공유자들 소유지분(6필지 33,638.4㎡)’을 대상으로 안분계산하여 도출한 6,975,073,099원을 필요경비인 이 사건 공유자들 소유지분 확보비용 상당액으로 보아 2014 사업연도의 이 사건 쟁점 매매대금(900억 원)에서 차감 후 이 사건 쟁점토지 양도가액 83,096,457,500원을 익금 산입하였다. 이 사건 공유자들 소유지분 확보비용 상당액의 상세 계산 내역은 아래와 같다. (생략)

• 다. 판단 앞서 본 사실 및 증거들에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 이 사건 매매계약은 원고가 FF에 이 사건 쟁점토지(즉 이 사건 전체토지 중 원고 소유부분)를 매도하는 것에서 그치지 않고 이 사건 교환이 이행될 수 있도록 할 것을 약정하는 등 매매대상인 이 사건 쟁점토지 중 공유토지의 지분 교환을 통해 최종적으로 FF와 공유자들이 공유토지에 관한 공유관계를 해소할 것을 그 종국적인 목적으로 하였던 점, 이 사건 계약의 이행을 위하여 원고는 공유자들과 이 사건 합의를 체결하고, FF와 공유자들 사이에 2015. 3. 31. 체결된 이 사건 공유자들 소유지분에 관한 매매계약에 따른 매매대금도 원고 측에서 공유자들에게 직접 지급한 점, 이 사건 매매계약상 매매목적물은 이 사건 쟁점토지로서 이 사건 전체토지에 관한 원고 소유 지분이고 그 중 일부에 국한되는 것은 아닌 점 등을 고려하면, 이 사건 매매계약상 매매대금 중 필요경비로 보아 차감할 이 사건 공유자들 소유지분 확보비용 상당액을 안분계산함에 있어, ‘이 사건 쟁점토지 전체’의 기준시가 및 ‘이 사건 공유자들 소유지분’의 기준시가를 기준으로 삼아 안분함이 타당하다고 보이고, 앞서 본 이 사건 처분에서의 상세 계산 내역은 이에 부합한다. 반면 원고의 주위적, 예비적 주장은 모두 이 사건 매매계약상 매매대금 중 이 사건 공유자들 소유지분 확보비용 상당액을 안분계산함에 있어 이 사건 매매계약에서 대상으로 삼은 이 사건 쟁점토지 중 일부를 배제하는 등 이 사건 매매계약의 내용 및 이 사건 매매계약에 따른 원고의 부동산 양도거래의 실질과 괴리된다. 따라서 이 사건 처분은 적법하고, 원고의 위 주장은 모두 받아들이기 어렵다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.