납세의무성립기준일의 임시효력정지결정을 고려하더라도 당해 사업연도 조세감면배제한 처분은 조세특례제한법 제6조 제2항 단서 제1호에 따라 적법

사 건 2022구합60653 법인세경정거부처분취소 원 고 AA 주식회사 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2023. 4. 21. 판 결 선 고

2023. 6. 2.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2021. 1. 11. 원고에 대하여 한 2018 사업연도 귀속 법인세 24,848,515,960원의 경정청구거부처분을 취소한다.

• 가. 원고는 블록체인 기반 암호화자산 매매 및 중개업 등을 영위하는 회사로, 암호화폐거래소인 ‘***’를 운영하고 있다.
• 나. 원고는 구 벤처기업육성에 관한 특별조치법(2018. 12. 31. 법률 제16172호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘벤처기업법’이라 한다) 제25조 제2항에 따라 2017. 9. 26. 한국 벤처캐피탈협회장으로부터 원고가 벤처기업에 해당한다는 확인(유효기간: 2017. 9. 26.부터 2019. 9. 25.까지)을 받았다.
• 다. 벤처기업법 제3조 는 “제2조 제1항에도 불구하고 우리 산업의 구조조정을 원활히하고 경쟁력을 높이기 위하여 대통령령으로 정하는 업종을 영위하는 기업은 벤처기업에 포함하지 아니한다.”고 규정하고, 위 ‘대통령령으로 정하는 업종’에 관하여 규정한 벤처기업법 시행령 제2조의4 [별표 1]은 2018. 10. 2. 대통령령 제29216호로 개정되면서 ‘블록체인 기반 암호화 자산 매매 및 중개업’이 벤처기업에 포함되지 않는 업종에 추가되었다.
• 라. 한국벤처캐피탈협회장는 2018. 12. 20. 위와 같이 개정된 벤처기업법 시행령 [별표 1] 규정에 따라 원고가 벤처기업의 요건을 갖추지 아니하게 되었다는 이유로 벤처기업법 제25조의2 제1항 제2호 에 근거하여 원고에 대한 벤처기업확인을 취소하는 처분(이하 ‘이 사건 벤처기업확인 취소처분’이라 한다)을 하였다.
• 마. 원고는 2018. 12. 21. 서울행정법원 2018구합89770호로 이 사건 벤처기업확인취소처분에 대한 취소 청구를 제기하면서, 같은 법원 2018아13977호로 이 사건 벤처기업확인 취소처분에 대한 집행정지를 신청하였다.
• 바. 1심법원은 2018. 12. 31. 위 집행정지 신청의 심리 및 종국 결정에 필요한 기간인 2019. 1. 18.까지 잠정적으로 이 사건 벤처기업확인 취소처분의 효력을 일시 정지하기로 하는 임시효력정지결정(이하 ‘이 사건 임시효력정지결정’이라 한다)을 하였다가,

2019. 1. 18. 원고의 위 집행정지 신청을 기각하였고, 2019. 6. 28. 원고의 이 사건 벤처기업확인 취소처분에 대한 취소 청구 역시 기각(이하 ‘선행판결’이라 한다)하였다. 이후 위 판결은 원고의 항소 취하로 그대로 확정되었다.

• 사. 원고는 2020. 8. 21. 2018 사업연도 법인세 신고 시 구 조세특례제한법(2018. 12. 24. 법률 제16009호로 개정되기 전의 것, 이하 ’조세특례제한법‘이라 한다) 제6조 제2항에서 정한 창업벤처중소기업에 대한 세액감면이 누락되었음을 이유로 법인세 248억 48,515,960원의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고는 2021. 1. 11. 원고가 조세특례제한법 제6조 제2항 에 따른 세액감면 요건인 벤처기업에 해당하지 않는다고 보아 경정을 거부(이하 ’이 사건 처분‘이라 한다)하였다.
• 아. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2021. 4. 8. 조세심판원에 심판청구를 하였으나,조세심판원은 2021. 12. 22. 위 청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑1 내지 7, 9호증(가지번호 있는 것은 이를 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 요지 1) 벤처기업법 시행령 제2조의4 [별표 1]이 2018. 10. 2. 대통령령 제29216호로 개정되어 ‘블록체인 기반 암호화 자산 매매 및 중개업’은 벤처기업 범위에서 제외되었으나, 이는 벤처기업법상 지원 배제 여부에 있어 의미를 갖는 것에 불과하다. 조세특례제한법 제6조 제3항 도 2018. 12. 24. 법률 제16009호로 개정되어 ‘블록체인 기반 암호화자산 매매 및 중개업’을 세액감면 대상 업종에서 제외하였으나, 이 역시 2019. 1. 1.부터 시행되었을 뿐이다. 따라서 2018년까지는 위 법률 제16009호로 개정되기 전의 조세특례제한법에 의해 감면요건이 적용될 뿐이다. 더욱이 벤처기업법령상 벤처기업확인 취소 사유로 업종을 직접 규정하지 않고 있고, 벤처기업확인 취소는 민간단체인 벤처기업확인기관의 재량에 의하는 것에 불과하다. 이를 고려할 때, 조세특례제한법상 조세감면 배제사유에 해당하는지 여부의 판단은 벤처기업법 시행령이나 벤처기업확인기관의 재량권 행사에 따를 것이 아니고, 조세특례제한법상 감면대상 업종으로 유지되고있는지 여부를 기준으로 삼는 것이 조세법률주의에 부합하는데, 이 사건에 적용될 조세특례제한법 규정에 의하면 원고는 2018 사업연도 당시 창업벤처중소기업 감면대상에 해당한다(이하 ‘1주장’이라 한다).

2. 이 사건 임시효력정지결정으로 인하여 2018. 12. 31.부터 2019. 1. 18.까지는 이 사건 벤처기업확인 취소처분의 효력이 없었던 상태가 된다. 이는 선행판결에서 이 사건 벤처기업확인 취소처분이 취소되지 않았다 하더라도 마찬가지이다. 따라서 원고의 2018 사업연도 귀속 법인세 납세의무 성립일인 2018. 12. 31.을 기준으로 원고에 대한 벤처기업확인 효력이 존속하고 있었던 이상, 원고는 2018 사업연도 당시 조세특례제한법에 따른 창업벤처중소기업 감면대상에 해당한다(이하 ‘2주장’이라 한다).

3. 원고는 벤처기업확인에 의하여 그 확인의 유효기간인 최소 2년간 법인세를 감면받을 것이라 정당하게 신뢰하고 있었고, 원고의 신뢰를 침해하면서까지 달성되어야 할 공익도 존재하지 않는바, 이 사건 처분은 신뢰보호원칙에 반하여 위법하다(이하 ‘3주장’이라 한다).

• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 1, 2주장에 관하여 가) 조세특례제한법 제6조 제2항 은 “벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항에 따른 벤처기업(이하 "벤처기업"이라 한다) 중 대통령령으로 정하는 기업으로서 창업 후 3년 이내에 같은 법 제25조에 따라 2021년 12월 31일까지 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 "창업벤처중소기업"이라 한다)의 경우에는 그 확인받은 날 이후 최초로 소득이 발생한 과세연도(벤처기업으로 확인받은 날부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 해당 사업에서 소득이 발생하지 아니하는 경우에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)와 그 다음 과세연도의 개시일부터 4년 이내에 끝나는 과세연도까지 해당 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 제1항을 적용받는 경우는 제외하며, 감면기간 중 다음 각 호의 사유가 있는 경우에는 다음 각 호의 구분에 따른 날이 속하는 과세연도부터 감면을 적용하지 아니한다.”고 규정하면서, 제1호에서 “벤처기업의 확인이 취소된 경우: 취소일”을 규정하고 있다. 그리고 벤처기업법 제25조의2 제1항 은 “벤처기업확인기관의 장은 벤처기업이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 제25조 제2항에 따른 확인을 취소할 수 있다.”고 규정하면서, 제2호에서 “제2조의2의 벤처기업의 요건을 갖추지 아니하게 된 경우”를 규정하고 있다. 위 각 규정을 종합하여 볼 때, 벤처기업확인기관의 장이 벤처기업의 요건을 갖추지 아니하게 되었다는 등의 이유로 기존에 이루어진 벤처기업확인을 취소하는 경우, 과세관청은 이에 기속되어 벤처기업확인 취소일이 속하는 과세연도부터 조세특례제한법 제6조 제2항 에 따른 창업벤처중소기업에 대한 소득세 또는 법인세의 감면을 적용할 수 없다고 보아야할 뿐, 벤처기업확인 취소에도 불구하고 여전히 창업벤처중소기업으로서의 조세감면혜택을 적용할 여지는 없다고 해석함이 타당하다.

• 나) 앞서 본 사실 및 증거들에 의하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 위 관련 법령 및 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 임시효력정지결정을 고려하더라도 이 사건 처분은 조세특례제한법 제6조 제2항 단서 제1호에 따라 적법하게 이루어졌다고 봄이 타당하다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.

(1) 이 사건 벤처기업확인 취소처분은 2018. 12. 20. 이루어졌으므로, 조세특례제한법 제6조 제2항 단서 제1호에 따라 피고로서는 위 취소일(2018. 12. 20.)이 속하는 과세연도(2018년)에 관한 원고의 법인세를 감면하여서는 아니 된다. 더욱이 이 사건 벤처기업확인 취소처분은 선행판결에 따라 적법한 것으로 확정되었다. 이처럼 과세관청인 피고가 적법한 것으로 확정된 이 사건 벤처기업확인 취소처분의 효력에 기속되어 이 사건 처분을 한 것은 법률의 규정을 그대로 따른 것에 불과하고, 이를 두고 조세법률주의에 위반된다고 볼 수 없다. (2) 조세특례제한법 제6조 제2항 등에서의 창업벤처중소기업의 업종 중 하나로 같은 조 제3항 제10호는 “정보서비스업(뉴스제공업은 제외한다)”을 규정하였다가, 2018. 12. 24. 법률 제16009호로 “정보서비스업(뉴스제공업, 블록체인 기반 암호화자산매매 및 중개업은 제외한다)”이라고 개정되었고, 위 개정 규정은 2019. 1. 1. 시행되었다. 원고는 위 개정 규정에 따라 원고의 업종(블록체인 기반 암호화자산 매매 및 중개업)이 창업벤처중소기업에서 제외된 것은 2019년부터이므로, 원고의 2018 사업연도 법인세 감면을 거부한 이 사건 처분은 위법하다고 주장한다. 그러나 이 사건 처분은 원고가 조세특례제한법상 창업벤처중소기업의 범위에서 제외되었다는 것을 이유로 한 것이 아니고, 위 (1)항에서 본 바와 같이 이 사건 벤처기업확인 취소처분이 있었음을 이유로 한 것에 불과하다.

(3) 이 사건 임시효력정지결정이 이 사건 벤처기업확인 취소처분의 효력을 그 결정일(2018. 12. 31.) 이전으로 소급하여 정지한다고 볼 수는 없고, 나아가 선행판결에서 이 사건 벤처기업확인 취소처분이 취소된 것도 아닌 이상, 이 사건 임시효력정지결정과 무관하게 원고의 2018 사업연도는 이 사건 벤처기업확인 취소처분일(2018. 12. 20.)이 속하는 과세연도에 해당한다.

2. 3주장에 관하여

• 가) 일반적으로 행정청의 행위에 대하여 신뢰보호원칙이 적용되기 위해서는, ① 행정청이 개인에 대하여 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, ② 행정청의 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데에 대하여 그 개인에게 귀책사유가 없어야 하며, ③ 그 개인이 그 견해표명을 신뢰하고 이에 상응하는 어떠한 행위를 하였어야 하고, ④ 행정청이 그 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 견해표명을 신뢰한 개인의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 하며, ⑤ 그 견해표명에 따른 행정처분을 할 경우 이로 인하여 공익 또는 제3자의 정당한 이익을 현저히 해할 우려가 있는 경우가 아니어야 한다(대법원 2020. 4. 29. 선고 2019두52799 판결 등 참조). 그리고 위 요건의 하나인 행정청의 공적 견해표명이 있었는지의 여부를 판단하는 데 있어서는 담당자의 조직상의 지위와 임무, 당해 언동을 하게 된 구체적인 경위 및 그에 대한 상대방의 신뢰가능성 등에 비추어 실질에 의하여 판단하여야 한다(대법원 2006. 4. 28. 선고 2005두9644 판결 등 참조).
• 나) 앞서 본 사실 및 증거들에 의하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 위 법리에 비추어 살펴보면, 피고가 원고에게 법인세 감면에 대한 공적 견해표명을 하였다고 보기 어렵고, 달리 이 사건 처분이 신뢰보호원칙을 위반하였다고 보기도 어렵다. 따라서 원고의 이 부분 주장 역시 받아들이지 않는다.

(1) 원고가 신뢰의 대상으로 주장하는 공적 견해표명은 ‘2017. 9. 26. 한국벤처캐피탈협회장으로부터 2년간 벤처기업확인을 받은 것’인데, 이는 이 사건 처분의 주체인 피고가 행한 것이 아니다.

(2) 벤처기업에 대한 법인세 감면은 벤처기업 지위가 존재함을 전제로 조세특례제한법에서 규정한 혜택에 불과하다. 한국벤처캐피탈협회장이 한 벤처기업확인 그 자체로 한국벤처캐피탈협회장의 권한에 속하지 않는 법인세 부과·감면 여부에 대한 신뢰 부여가 이루어졌다고 볼 수도 없다.

(3) 앞서 본 바와 같이 벤처기업법 제25조의2 에 의하면 벤처기업 요건 결여 등 벤처기업확인 취소 사유가 발생한 경우 벤처기업확인 유효기간 중이라도 언제든지 벤처기업확인이 취소될 수 있다. 한국벤처캐피탈협회장이 2017. 9. 26. 원고에게 유효기간 2년의 벤처기업확인을 하였더라도, 법령 개정 및 그에 다른 벤처기업 요건 결여 등과 무관하게 벤처기업확인이 위 유효기간 동안 존속할 것이라는 신뢰를 부여하였다고 보기도 어렵다. 설령 벤처기업확인의 효력이 그 유효기간 동안 존속할 것이라는 신뢰가 부여되었다고 하더라도, 앞서 본 바와 같이 이와 같은 신뢰 부여는 피고가 한 것도 아니고 법인세 감면에 대한 것도 아니므로, 이 사건 처분의 적법 여부와 무관하다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.