대금청산 전 이전등기한 이 사건 사업권 양도의 귀속시기는 등기일·인도일·사용수익일 중 빠른 날임

사 건 2022구합60059 법인세등부과처분취소 원 고 AAA㈜외 피 고 BB세무서장 변 론 종 결

2023. 09. 15. 판 결 선 고

2024. 01. 12.

1. 이 사건 소 중 피고의 2020. 2. 14.자 소득세 부과처분의 취소를 구하는 부분을 각 하한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 201x. x. 2. 원고에 대하여 한 2016 사업연도 법인세 0,000,000,000원의 부과처분, 202x. x. 14. 원고에 대하여 한 0,000,000,000원의 소득세 부과처분, 201x. x. 1. 원고에 대하여 소득자를 이AA으로 하여 0,000,000,000원을 대표자 상여로 소득처분 하는 내용의 소득금액변동통지처분 및 소득자를 박BB로 하여 0,000,000,000원을 대표자 상여로 소득처분하는 내용의 소득금액변동통지처분을 각 취소한다.

• 가. 원고는 주택건설업·분양대행업 등을 영위하는 법인으로 2016. 3. 18. 이AA 등 7인으로부터 00 000구 0동 000외 12필지(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)를 0,000,000,000원에 매수하였다가 2016. 5.경 주식회사 BBBBB(이하 ‘주식회사’ 명칭을 생략하고 상호로만 특정한다), 이AA, 박BB와 사이에 000구역 도시환경정비사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)지구 내 사업부지 및 사업권(이하 ‘이 사건 사업권’이라 한다)의 양수도와 관련한 ‘부동산 매매 및 사업부지(사업권 포함) 등 양도양수 약정’(이하 ‘이 사건 약정’이라 한다)을 체결하고 2016. 5. 25. BBBBB에 이 사건 부동산 및 이 사건 사업권을 00,000,000,000원(= 이 사건 부동산 가액 00,000,000,000원 +이 사건 사업권 가액 0,000,000,000원)에 양도하였다.
• 나. 원고는 이 사건 약정에 따른 매매대금 중 00,000,000,000원(= 이 사건 부동산 가액 00,000,000,000원 + 이 사건 사업권 가액 중 일부로서 0,000,000,000원)을 지급받고 나머지 이 사건 사업권 가액 중 00억 원은 사업이 성공적으로 종료될 때에 사업권을 인정하고 대물로 정산하기로 합의하였고 2016. 5. 19. BBBBB에 이 사건 사업권 양도에 대한 0,000,000,000원의 매출세금계산서를 발급하였으며 이후 부가가치세를 신고하였다.
• 다. 한편 2016 사업연도 말 기준, 이AA은 원고의 발행주식총수 중 34%, 박BB는 발행주식총수 32%를 각 보유하고 있다.
• 라. 피고는 2019. 2. 11.부터 2019. 8. 12.까지 원고에 대한 법인세 통합조사(이하 ‘이 사건 조사’라 한다)를 실시한 결과 [① 이 사건 사업권 가액 중 미수령액 00억 원을 2016 사업연도 수입금액에서 신고 누락한 것으로 보아 익금산입, ② 양도소득에 대한법인세 신고 시 비사업용 토지로 신고한 이 사건 부동산 취득원가를 과대계상 한 것으로 보아 신고금액 00,000,000,000원을 0,000,000,000원으로 경정, ③ 이 사건 부동산의 전소유자인 이AA 등 7인이 이 사건 부동산 취득 시 차입한 금원에 대한 이자비용000,000,000원을 비사업용 토지인 이 사건 부동산에 관한 이자비용으로 보아 업무무관 자산에 대한 지급이자로 손금불산입, ④ 2016 사업연도 중 38명에게 지급한 용역비 0,000,000,000원(이하 ‘이 사건 용역비’라 한다)을 가공경비로 보아 손금불산입, ⑤ 외주용역비 0,000,000,000원(이하 ‘이 사건 외주용역비’라 한다)에 대한 증빙자료를 불비한 것으로 보아 손금불산입, ⑥ 사적 사용비용(이AA 0,000,000,000원, 박BB 0,000,000,000원) 및 업무무관경비 000,000,000원(이AA), 증빙불비 매입부대비용 000,000,000원(박BB)이 원고의 공동대표이사인 이AA·박BB에게 귀속된 것으로 보아 대표자 상여로 소득처분(이하 위 각 항의 번호에 따라 ‘쟁점○’이라 한다)]에 따라 원고에게, 2019. 10. 1. 소득자를 이AA으로 하여 0,000,000,000원을 상여로 소득처분하는 내용의 소득금액변동통지 및 소득자를 박BB로 하여 0,000,000,000원을 상여로 소득처분하는 내용의 소득금액변동통지(이하 위 각 소득금액변동통지를 통틀어 ‘이 사건 소득금액변동통지’라 한다)를 하였고, 2019. 12. 2. 2016 사업연도 법인세 0,000,000,000원을 경정·고지(이하 ‘이 사건 법인세 부과처분’이라 한다)하였으며, 2020.2. 14. 2017년 2월 귀속 근로소득세(갑) 0,000,000,000원을 부과·고지(이하 ‘이 사건 소득세 부과처분’이라 한다)하였다.
• 마. 원고는 이 사건 소득금액변동통지 및 이 사건 법인세 부과처분(이하 ‘이 사건 각 처분’이라 한다)에 불복하여 2020. 4. 2. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2021. 12. 20. 위 청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑1 내지 4, 8, 9, 15, 17, 18호증, 을1, 2, 5, 6, 11, 12호증(가지번호 있는 것은 이를 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 피고의 본안전 항변에 대한 판단

• 가. 피고의 본안전 항변 요지

1. 이 사건 소 중 이 사건 소득세 부과처분의 취소를 구하는 부분은 적법한 전심 절차를 거치지 않았으므로 부적법하다.

2. 이 사건 소득금액변동통지의 취소를 구하는 심판청구는 그 청구기한을 도과하여 제기되었으므로 부적법하다. 따라서 이 사건 소 중 이 사건 소득금액변동통지의 취소를 구하는 부분은 적법한 전심절차를 거치지 않은 것으로서 부적법하다.

• 나. 판단

1. 먼저 이 사건 소 중 이 사건 소득세 부과처분의 취소를 구하는 부분에 관하여 보건대, 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하면 원고가 이 사건 소득세 부과처분에 대해서는 별도로 조세심판 등 전심절차를 거치지 않은 사실을 인정할 수 있다. 이에 대하여 원고는 이 사건 소득세 부과처분은 이 사건 소득금액변동통지에 따른 후속 처분으로 사실상 동일한 처분에 불과한데 이 사건 소득금액변동통지에 대하여 전심절차에서 다툰 이상 이 사건 소득세 부과처분에 대하여 별도로 전심절차를 거칠 필요는 없다고 주장하나, 이 사건 소득금액변동통지와 이 사건 소득세 부과처분은 근거법령을 달리하는 별개의 처분이므로 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다. 따라서 이 사건 소 중 이 사건 소득세 부과처분의 취소를 구하는 부분은이 사건 소득세 부과처분에 대한 별도의 전심절차를 거치지 않았으므로 부적법하고, 이를 지적하는 피고의 이 부분 본안전 항변은 이유 있다.

2. 다음으로 이 사건 소 중 이 사건 소득금액변동통지의 취소를 구하는 부분에 관하여 보건대, 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 원고는 2020. 1. 3. 이 사건 소득금액변동통지를 송달받았다는 취지로 주장하는데(원고의 참고서면 1면 참조), 이 사건 처분에 관한 조세심판결정문(3면)에는 이사건 법인세 부과처분 및 이 사건 소득금액변동통지가 2020. 1. 3. 이루어졌다고 기재되어 있고 위 2020. 1. 3.은 이 사건 법인세 부과처분 및 이 사건 소득금액변동통지의각 처분일 이후의 날짜임을 고려할 때 위 날짜는 처분일이 아닌 송달일을 가리킨다고 보이는 점, 피고는 을12호증의 기재를 들어 이 사건 소득금액변동통지가 그 처분일자(2019. 10. 1.) 전인 2019. 9. 4., 2019. 9. 17. 원고의 공동대표이사인 박BB 및 이AA에게 각 송달되었다고 주장하나 처분일 이전에 처분서의 송달이 이루어졌다는 주장은 그 자체로 성립되기 어려우므로 위 각 송달일(즉 2019. 9. 4.과 2019. 9. 17.)이 이 사건 소득금액변동통지 전에 이루어진 세무조사결과통지 등의 송달일로 볼 수 있음은 별론으로 하고 이 사건 소득금액변동통지의 송달일로 보기는 어려운 점 등을 고려하면, 원고는 2020. 1. 3. 이 사건 소득금액변동통지를 송달받았다고 봄이 타당하다. 원고는 위 2020. 1. 3.로부터 90일이 경과하기 전인 2020. 4. 2. 이 사건 소득금액변동통지의 취소를 구하는 심판청구를 제기하였음이 기록상 명백하므로, 이 사건 소 중 이 사건 소득금액변동통지의 취소를 구하는 부분은 적법한 전심절차를 거쳤다고 봄이 타당하다. 따라서 피고의 이 부분 본안전 항변은 이유 없다.

3. 이 사건 각 처분의 적법 여부

• 가. 원고의 주장 요지 이 사건 각 처분은 아래와 같은 이유로 위법하여 취소되어야 한다.

1. 쟁점1과 관련하여, 2016년에는 이 사건 사업권 가액 중 미수령한 00억 원의 지급 전제가 되는 ‘도시환경정비사업의 성공적 종료’ 여부가 정해지지 않았고, 이 사건 사업권 양도는 구 법인세법 시행령(2017. 2. 3. 대통령령 제27828호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제68조 제4항의 장기할부조건에 해당하므로 같은 조 제2항에 따라 이 사건 사업권 가액 중 미수령한 00억 원의 익금 귀속시기는 실제 지급받은 날이 속하는 2020 사업연도일 뿐 2016 사업연도가 아니다.

2. 쟁점2와 관련하여, 원고는 주택건설사업자로서 2016. 5. 20. 도시환경정비사업의 사업시행인가를 받은바, 이 사건 토지는 주택을 건설하기 위해 사업계획승인을 받은 토지로서 사업용 토지에 해당하고 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제55조의2 제2항 제4호 나목에 따라 비사업용 토지에서 제외되는 지방세법상 분리과세대상 토지에 해당한다. 따라서 이 사건 토지의 양도는 구 법인세법 제55조의2 에 따라 추가 법인세를 납부하는 ‘토지 등 양도소득에 대한 과세특례’ 대상에 해당하지 않는다.

3. 쟁점3과 관련, 원고는 이 사건 부동산 취득을 위한 매수대금 상당액을 대출받아 마련하였는데 그 대출금에 대한 이자비용은 원고의 사업을 위해 지출한 정당한 비용이므로, 이 사건 부동산 매수대금과 별도로 지급한 이자비용은 업무용 부동산 관련 지급이자로 손금에 해당한다.

4. 쟁점4와 관련, 도시환경정비사업 특성상 사업부지매입, 동의서 징취 등과 관련한 용역비 지출이 필수적인 점, 이 사건 용역비는 모두 건축‧토목기사, 인테리어‧조경 설계자, 건설용 토지 매입자 등 부동산 개발업무에 전문적으로 종사하는 사람들 38명에게 지급된 점, 피고는 이 사건 용역비를 가공경비로 보아 원고와 원고의 대표이사 이AA을 조세범처벌법 위반으로 고발(AAAA지방검찰청 0000형제0000호)하였으나 2020. 5. 8. 혐의없음(증거불충분)의 불기소처분이 이루어진 점 등에 원고가 이 사건조사 당시 피고에게 제출한 용역비 세부내역의 내용을 더하면 보면, 이 사건 용역비는 실제 지출된 경비이므로 손금에 해당한다. 피고의 조세범칙조사는 조세범처벌절차법령의 조사대상자 선정요건 및 절차를 위반한 것으로서 그 결과를 토대로 한 손금불산입 및 과세처분은 효력이 없다.

5. 쟁점5와 관련, 이 사건 외주용역비는 정비사업 진행을 위한 건축토목설계, 정비구역지정, 교통영향평가 등 업무를 진행하면서 지출하였고, 이에 관한 용역계약서, 입금표, 용역결과물 등 증빙자료도 제출하였다.

6. 쟁점6과 관련, 피고가 소득처분한 금액은 원고의 공동대표이사인 박BB, 이AA이 대표이사로서 개인자금을 원고의 사업에 선투입하여 집행한 후 회수한 것이거나 미지급 급여로 계상되었던 것을 지급받은 것에 불과하다.

• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 쟁점1(이 사건 사업권 가액 중 미수령한 00억 원의 귀속시기)에 대하여

• 가) 관련 법령 및 법리 구 법인세법 제15조 제1항 은 “익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산(純資産)을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.”고 규정하고, 제40조는 “내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.”(제1항), “제1항에 따른 익금과 손금의 귀속사업연도의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.”(제2항)고 규정하고 있다. 그 위임에 따른 구 법인세법 시행령 제68조 제1항 은 “법 제40조 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 자산의 양도 등으로 인한 익금 및 손금의 귀속사업연도는 다음 각 호의 날이 속하는 사업연도로 한다.”고 규정하면서 제3호에서 “상품 등외의 자산의 양도：그 대금을 청산한 날[한국은행법에 따른 한국은행이 취득하여 보유 중인 외화증권 등 외화표시자산을 양도하고 외화로 받은 대금(이하 이 호에서 "외화대금"이라 한다)으로서 원화로 전환하지 아니한 그 취득원금에 상당하는 금액의 환율변동분은 한국은행이 정하는 방식에 따라 해당 외화대금을 매각하여 원화로 전환한 날]. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전등기(등록을 포함한다)를 하거나 당해 자산을 인도하거나 상대방이 당해 자산을 사용수익하는 경우에는 그 이전등기일(등록일을 포함한다)·인도일 또는 사용수익일 중 빠른 날로 한다.”고 규정하고 있다. 권리확정주의란 소득의 원인이 되는 권리의 확정시기와 소득의 실현시기와의 사이에 시간적 간격이 있는 경우에는 과세상 소득이 실현된 때가 아닌 권리가 발생한 때를 기준으로 하여 그 때 소득이 있는 것으로 보고 당해연도의 소득을 산정하는 방식으로, 실질적으로는 불확실한 소득에 대하여 장래 그것이 실현될 것을 전제로 하여 미리 과세하는 것을 허용하는 것으로 납세자의 자의에 의하여 과세연도의 소득이 좌우되는 것을 방지하고자 하는 데 그 의의가 있는 것이며, 이와 같은 과세대상 소득이 발생하였다고 하기 위하여는 소득이 현실적으로 실현되었을 것까지는 필요 없다고 하더라도 소득이 발생할 권리가 그 실현의 가능성에 있어 상당히 높은 정도로 성숙, 확정되어야 하고, 따라서 그 권리가 이런 정도에 이르지 아니하고 단지 성립한 것에 불과한 단계로서는 소득의 발생이 있다고 할 수 없으며, 여기서 소득이 발생할 권리가 성숙, 확정되었는지 여부는 일률적으로 말할 수 없고 개개의 구체적인 권리의 성질과 내용 및 법률상·사실상의 여러 사항을 종합적으로 고려하여 결정하여야 하는 것이다(대법원 2003. 12. 26. 선고 2001두7176 판결 등 참조). 이때 법인세법상 어떠한 채권이 발생하였을 경우 이를 익금에 산입할 것인지 여부를 판단함에 있어 그 채권의 행사에 법률상 제한이 없다면 일단 권리가 확정된 것으로서 당해 사업연도의 익금으로 산입되는 것이고, 그 후 채무자의 무자력 등으로 채권의 회수가능성이 없게 되더라도 이는 회수불능으로 확정된 때 대손금으로 처리할 수 있는 사유가 될 뿐이지 이로 인하여 그 채권으로 인한 소득의 귀속시기에 영향을 미치는 것은 아니다(대법원 2007. 11. 15. 선고 2005두4755 판결 등 참조).
• 나) 구체적 판단 위와 같은 관련 규정 및 법리에 비추어 이 사건으로 돌아와 보건대, 앞서 살핀 사실관계 및 위 각 증거에 갑13호증, 을3, 4호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 고려하면, 이 사건 사업권 가액 중 미수령한 00억 원의 귀속시기는 원고가 이 사건 약정을 체결하고 BBBBB에 이 사건 부동산 및 이 사건 사업권을 양도하여 BBBBB가 이 사건 부동산을 사용수익하기로 한 2016 사업연도로 봄이 타당하다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.

(1) BBBBB는 이 사건 사업권을 양수받았음을 전제로 2016. 5. 20. 00000시 000구청장으로부터 이 사건 사업의 시행자로 사업시행인가를 받았으므로, BBBBB가 위 인가 시점부터는 이 사건 사업권을 사용‧수익하였다고 볼 수 있을 것이다. 따라서 원고가 이 사건 약정을 체결하고 BBBBB에 이 사건 사업권을 양도할 당시 이 사건 사업권 가액 중 00억 원에 대한 청산이 이루어지지 않았더라도, 구 법인세법 시행령 제68조 제1항 제3호 에 따라 위 00억 원의 익금 귀속시기는 BBBBB가 양도받은 자산(이 사건 사업권)에 대한 사용‧수익을 개시한 2016 사업연도라고 봄이 타당하다.

(2) 이처럼 BBBBB는 2016. 5. 이 사건 사업권을 양수한 이후 어떠한 장애 없이 이 사건 사업권을 사용‧수익하였다. 또한 00감정평가법인 00지사가 작성한 2016. 4. 20. 이 사건 사업권에 대한 감정평가서에서는 구 감정평가에 관한 규칙(2022.1. 21. 국토교통부령 제1100호로 개정되기 전의 것) 제23조 제3항에서 정한 수익환원법에 따라 이 사건 사업권의 가치를 평가하면서 대상 부동산에서 발생하는 미래가치의 가변성 등을 고려한 위험률 등을 반영하여 이 사건 사업권의 가액을 확정된 금액(0,000,000,000원, 부가가치세 제외)으로 감정하였고, 원고 스스로도 위 감정가액에 기초하여 2016. 5. 19. 이 사건 사업권 가액 중 미수령한 00억 원을 포함하여 이 사건 약정에서 정한 이 사건 사업권의 양수대금 총 0,000,000,000원(부가가치세 포함)에 대한 전자세금계산서를 발행하였다. 나아가 원고는 이 사건 소 제기 후인 2022. 6. 17. 피고에게 위 00억 원의 수입금액 귀속시기가 2016 사업연도임을 전제로 2020 사업연도 법인세 중 일부의 환급을 청구하여 2022. 8. 11. 000,000,000원(환급가산금 포함)을 환급받기도 하였다. 이러한 사정에 비추어 보더라도, 원고의 이 사건 사업권 양도로 인한 위 00억 원의 소득은 2016년 당시 이미 그 실현 가능성에 있어 상당히 높은 정도로 성숙‧확정된 것으로서 원고의 BBBBB에 대한 이 사건 사업권 가액 중 00억 원의 지급청구권은 2016년에 이미 그 행사에 어떠한 법률상 장애가 있다고 보기 어려울 정도로 확정되어 익금으로 산입할 것이었다고 봄이 타당하고, 이 사건 약정 제3조 제3항에서 ‘사업권 양수대금 중 00억 원은 본 사업이 성공적으로 종료될 때에 사업권을 인정하고 대물로 정산하기로 한다.’고 규정된 것만으로 이를 달리 보기는 어렵다.

(3) 원고는 이 사건 사업권 양도가 구 법인세법 시행령 제68조 제2항, 제4항에서 정한 장기할부조건(자산의 판매 또는 양도로서 판매금액을 월부, 연부 등의 지불 방법에 따라 2회 이상으로 분할하여 수입하는 것 중 당해 목적물의 인도일의 다음날부터 최종의 할부금의 지급기일까지 기간이 1년 이상인 것)으로 자산을 양도한 경우에 해당하므로 이 사건 약정 당시 미수령한 00억 원의 익금 귀속시기는 2016 사업연도가 아니라고 주장하나, 위 (2)항 기재와 같은 감정평가 결과 내지 전자세금계산서 발행 내역에 비추어 보면 이 사건 사업권 양도를 법인세법 시행령 제68조 제4항 의 장기할부조건에 해당한다고 보기도 어렵다. 오히려 이를 장기할부조건에 해당한다고 본다면 이 사건 약정 제3조 제3항에 따른 ‘사업의 성공적 종료 여부’를 원고와 BBBBB가 협의하에 자의적으로 해석할 수 있고 이에 따라 위 00억 원의 익금 귀속시기가 달라지는 불합리한 결과가 발생하는바, 장기할부조건에 관한 규정은 지급기일이 명확하게 분할‧특정된 경우로 한정하여 적용하는 것이 타당하다고 보인다. 따라서 이 사건 사업권 양도의 경우 구 법인세법 시행령 제68조 제2항, 제4항의 적용대상이 아니고 앞서 본 바와 같이 구 법인세법 시행령 제68조 제1항 제3호 의 적용대상에 해당한다.

2. 쟁점2(이 사건 부동산의 비사업용 토지 해당 여부)에 대하여

• 가) 관련 법령 및 법리

(1) 구 법인세법 제55조의2 제1항 제3호 는 내국법인이 비사업용 토지를 양도한 경우에는 토지 등의 양도소득에 10/100을 곱하여 산출한 세액을 토지등 양도소득에 대한 법인세로 추가 납부하도록 규정하고 있고, 같은 조 제2항 각 호는 비사업용 토지에 해당하는 토지를 농지, 임야, 목장용지 및 그 외의 토지 등으로 구분하여 열거하고 있다. 특히 구 법인세법 제55조의2 제2항 은 “비사업용 토지란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다.”고 규정하면서 제4호에서 ‘농지, 임야 및 목장용지 외의 토지’를 비사업용 토지로 규정하고 다만 위 토지 중 ‘ 지방세법 제106조 제1항 제2호 및 제3호에 따른 재산세 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지’(나목), ‘토지의 이용상황, 관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 고려하여 법인의 업무와 직접 관련이 있다고 인정할 만한 상당한 이유가 있는 토지로서 대통령령으로 정하는 것’(다목) 등은 비사업용 토지에서 제외하고 있다. 그리고 구 지방세법 시행령(2016. 8. 11. 대통령령 제27444호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제102조 제5항 제7호는 “주택법에 따라 주택건설사업자 등록을 한 주택건설사업자(같은 법 제32조에 따른 주택조합 및 고용자인 사업주체와 도시 및 주거환경정비법 제7조 부터 제9조까지의 규정에 따른 사업시행자를 포함한다)가 주택을 건설하기 위하여 같은 법에 따른 사업계획의 승인을 받은 토지로서 주택건설사업에 제공되고 있는 토지(주택법 제2조 제11호 에 따른 지역주택조합‧직장주택조합이 조합원이 납부한 금전으로 매수하여 소유하고 있는 신탁법에 따른 신탁재산의 경우에는 사업계획의 승인을 받기 전의 토지를 포함한다)”를 지방세법상 분리과세대상 중 하나로 규정하고 있다.

(2) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조).

• 나) 구체적 판단 위와 같은 관련 규정 및 법리에 비추어 이 사건으로 돌아와 보건대, 앞서 살핀 사실관계 및 위 각 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 고려하면, 이 사건 부동산은 구 법인세법 제55조의2 제2항 제4호 에서 정한 비사업용 토지로 봄이 타당하다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장도 받아들이지 않는다.

(1) 이 사건 부동산은 원고가 보유한 기간 동안(2016. 3. 18.부터 2016. 5. 25.까지) 농지, 임야 및 목장용지 외의 토지에 해당하였다. 따라서 이 사건 부동산이 구 법인세법 제55조의2 제2항 제4호 각목에 따라 비사업용 토지에서 제외된다고 보기 어렵다면 비사업용 토지에 해당하게 되는바, 특히 이 사건 부동산이 구 법인세법 제55조의2 제2항 제4호 나목 또는 다목의 경우에 해당하는지 문제된다.

(2) 구 법인세법 제55조의2 제2항 제4호 나목에 따라 비사업용 토지에서 제외되는 분리과세대상으로 구 지방세법 시행령 제102조 제5항 제7호 는 ‘주택법에 따라 주택건설사업자 등록을 한 주택건설사업자(도시 및 주거환경정비법 제7조 부터 제9조까지의 규정에 따른 사업시행자를 포함)가 주택을 건설하기 위하여 같은 법에 따른 사업계획의 승인을 받은 토지로서 주택건설사업에 제공되고 있는 토지’를 규정하고 있는데, ‘사업계획 승인을 받은 주체’가 ‘해당 주택건설사업에 토지를 제공’할 것을 요건으로 하고 있다. 그런데 2016. 5. 20. 이 사건 사업에 관한 시행자로서 사업시행인가를 받은 자는 원고가 아닌 BBBBB이다. 나아가 원고가 위와 같은 도시 및 주거환경정비법에 따른 사업시행인가를 받고 이 사건 부동산에서의 개발행위를 한 사실 또한 존재하지 않는다. 따라서 이 사건 부동산이 구 법인세법 제55조의2 제2항 제4호 나목에 따라 비사업용토지에서 제외되는 지방세법상 분리과세대상이라 보기는 어렵다.

(3) 위 (2)항 기재와 같이 원고는 이 사건 사업에 관한 시행자가 아니고 이에 따라 관련 개발행위를 직접 수행한 것도 아닌 점, 따라서 원고가 이 사건 부동산에서의 도시환경정비사업이 진행됨에 따른 분양수입을 귀속받는 것도 아닌 점, 원고는 BBBBB에 이 사건 부동산을 양도한 이후인 2016. 6. 10.에서야 법인등기부상 목적사업으로 ‘부동산매매업 등’을 추가한 점 등에 비추어 보면, 원고의 이 사건 부동산과 관련한 이용상황, 관계 법률의 의무이행 여부 및 수입금액 등을 고려하더라도 이 사건 부동산이 원고의 업무와 직접 관련이 있다고 인정하기는 어렵다.

(4) 원고는 법인세법 시행규칙 제26조 제2항 제2호 에서 ‘각 사업연도 종료일’ 현재의 법인등기부상의 목적사업으로 정하여진 업무’를 해당 법인의 업무로 보고 있음을 들어, 원고가 이 사건 부동산의 양도 이후라도 2016년 내에 법인등기부상 목적사업으로 ‘부동산매매업 등’을 추가한 이상 이 사건 부동산의 양도는 원고의 업무와 관련된 것이라는 취지로도 주장한다. 그러나 위 시행규칙 조항은 구 법인세법 제27조 및 구 법인세법 시행령 제49조 제1항 에서 정하는 해당 사업연도의 소득금액을 계산함에 있어 업무와 관련 없는 비용의 손금불산입에 관한 것으로서 사업연도 말일을 기준으로 업무관련성 및 그에 따른 손금산입 여부를 판단함에 있어서 하나의 기준을 밝힌 것에 불과한 점, 반면 비사업용 토지에 대한 양도소득에 법인세를 중과하는 것은 법인이 실수요에 따라 생산적인 용도로 사용하지 않고 재산증식 수단으로 보유하다가 양도하는 토지를 비사업용 토지로 분류하여 그 양도소득에 대하여 법인세를 중과함으로써 토지에 대한 투기수요를 억제하는 데 그 입법 목적이 있는 점(대법원 2015. 8. 27. 선고 2015두35543 판결 참조)에 조세법률주의가 요구하는 엄격해석의 원칙을 더하여 보면, ‘비사업용 토지’ 양도소득에 대한 법인세 중과세에 있어서까지 위 법인세법 시행규칙 제26조 제2항 제2호 와 같은 기준을 일관해야한다고 보기는 어렵고, ‘비사업용 토지’ 여부는 해당 근거법령인 구 법인세법 제55조의2 에 따라서 판단하여야 할 것이다.

3. 쟁점3(이자비용의 손금산입 여부)에 대하여 이 사건 처분 중 쟁점3 부분은 이 사건 부동산이 비사업용 토지임을 전제로 이루어진 것이고 이에 따라 원고의 이 부분 주장 역시 이 사건 부동산이 비사업용 토지가 아님을 전제로 하는 것인데, 앞서 본 바와 같이 이 사건 부동산은 비사업용 토지에 해당한다고 봄이 타당하다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장 역시 더 나아가 살필 필요 없이 받아들일 수 없다.

4. 쟁점4(이 사건 용역비의 손금산입 여부)에 대하여 앞서 본 사실 및 증거들에 갑22호증, 을7호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 고려하면, 이 사건 용역비에 대해 피고가 이를 가공경비로 보아 손금불산입한 것은 타당하다고 할 것이다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 받아들이지 않는다.

• 가) 행정재판이나 민사재판은 반드시 검사의 무혐의불기소처분 사실에 대하여 구속받는 것은 아니고 법원은 증거에 의한 자유심증으로써 그와 반대되는 사실을 인정할 수 있는 것이다(대법원 1987. 10. 26. 선고 87누493 판결 등 참조). 비록 피고가 이 사건 용역비를 가공경비로 보아 원고와 원고의 대표이사 이AA을 조세범처벌법 위반으로 고발한데 대하여 혐의 없음의 불기소처분이 이루어졌다고 하더라도, 위 불기소처분은 즉시항고로 인하여 아직 확정되지 않은 것으로 파악될 뿐만 아니라 위 불기소처분만으로 이 사건 용역비를 손금산입하여야 한다고 보기는 어렵다.
• 나) 원고의 주장에 의하더라도 이 사건 용역비의 지출 목적은 사업부지 매입 업무, 동의서 징취 등인 반면 용역제공자 중 일부는 그러한 목적과 관련이 없는 건축‧토목기사, 인테리어‧조경설계자라는 것인바, 원고의 주장만으로도 그 지출 목적에 부합하는 사람들에게 용역비가 제공되었다고 보기 어렵다.
• 다) 0000국세청 첨단탈세방지담당관이 2019. 4. 9. 원고가 피고에게 이 사건 용역비 지출내역 관련 증빙자료로 제출한 임시주주총회의사록과 용역비 수령 영수증 등에 관하여 한 감정 결과에 의하면, 위 의사록과 영수증이 위조된 것일 가능성이 있는 것으로 보인다. 위 감정 결과가 피고 측 내부에서 이루어진 것이라고는 하더라도, 그 감정자료 원본 기재 및 감정 내용에 비추어 보면 감정 결과가 허위라고 판단하기는 어렵다.
• 라) 용역제공자들의 2016년, 2017년 신용카드 사용내역에 의하더라도 이 사건사업 현장이 소재한 00000시 000구에서 사용된 내역이 확인되지 않는 점, 용역제공자들 중 일부는 원고에 대하여 전혀 모르고 있는 회사이고 용역계약서를 본 적도 없으며 계약서에 찍힌 도장은 용역제공자들이 찍은 적도 없을 뿐만 아니라 용역비를 수령한 적도 없다는 취지로 진술한 점, 원고는 이 사건 부동산과 이 사건 사업권을 2016. 5.경 BBBBB에 양도하였음에도 원고 측에서 작성한 것으로 보이는 2016년도 용역제공 사업자 업무내역(갑22호증의1)에서 용역제공자들의 용역제공기간은 전부 2016.12.30.까지로 기재되어 있는 점, 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 하여야 하나(구 법인세법 시행령 제71조 제7항, 법인세법 시행규칙 제36조) 원고가 제출한 용역비 현금지급 증빙자료(갑22호증의4)에 기재된 이체·출금내역은 대부분 2015년 이전으로서 2016 사업연도의 손금으로 볼 수 없는 점, 용역자별 사업소득 증빙서류(갑22호증의5)에서는 대부분의 대금증빙을 현금출금으로 소명하고 있으나 이것만으로는 이 사건 용역비로 지출된 것인지 알 수 없는 점 등에 비추어 보더라도, 이 사건 용역비는 가공의 인건비로 봄이 상당하고 2016 사업연도 손금에 산입할 것이라고 보기는 어렵다.
• 마) 그 밖에 원고의 주장 및 제출된 자료만으로는 이 사건 조사에 조사대상자 선정요건 및 절차를 위반한 어떠한 절차적 하자가 있다고 보기도 어렵다.

5. 쟁점5(이 사건 외주용역비의 손금산입 여부)에 대하여

• 가) 갑18, 을11호증의 각 기재에 의하면, 이 사건 외주용역비의 세부 내역은 아래와 같다. (표 생략)
• 나) 앞서 본 사실 및 증거들에 갑23호증, 을8, 9호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 고려하면, 이 사건 외주용역비에 대한 증빙자료를 불비하였다고 보아 손금불산입한 것은 타당하다고 할 것이다. 따라서 원고의 이 부분 주장 또한 받아들이지 않는다.

(1) 외주용역비 중 시행건설에 지급한 정비사업 관련 용역비의 경우, 시행건설의 용역비 관련 세금계산서 발행 사실이나 시행건설이 외주용역업무를 수행하였는지 확인할 자료가 없고, 원고가 그 증빙자료로 제출한 계약서 현금입금증만으로는 실제 용역수행 여부나 지출내역을 확인하기 어려우므로, 위 용역비를 2016 사업연도에 손금 산입할 외주용역비로 인정하지 않는 것이 타당하다.

(2) 00감정평가법인에 지급한 감정평가수수료의 경우, 00감정평가법인이 2019. 7. 30.자 거래내용확인서(을8호증)를 통하여 감정평가 계약해지로 인하여 2009. 7. 16. 발행한 세금계산서를 각자 폐기하기로 하고 00감정평가법인의 매출장부에서도 2009. 7. 31. 사업진행보류로 인해 매출 차감하였으며 관련한 입금내역도 없다고 진술한 점, 위 세금계산서 내역에 의하더라도 관련 비용은 애초에 2016 사업연도를 그 귀속시기로 삼기 어려운 점 등에 비추어 보면, 위 수수료를 2016 사업연도에 손금산입 할 외주용역비로 인정하기는 어렵다.

(3) 00건축사사무소에 지급한 건축토목설계 용역비의 경우, 원고는 00건축사무소에 외주용역비를 지급하였다는 증빙으로 2004. 7. 25. 발행 세금계산서와 2007.7. 29.자 현금입금증을 제출하였으나 00건축사무소는 위 각 일자 이전인 2003. 4.30. 폐업한 점, 그 밖에 관련 세금계산서, 매출발행내역, 세무신고 내역, 금융내역 등이 확인되지 않는 점, 위 세금계산서나 입금증에 의하더라도 관련 비용은 애초에 2016 사업연도를 그 귀속시기로 삼기 어려운 점 등에 비추어 보면, 위 용역비도 2016 사업연도에 손금산입할 외주용역비로 인정할 수는 없다.

(4) 조합 추진위원회 비용 대납의 경우, 원고가 그 증빙자료로 제출한 2009. 7. 15.자 00 0,000,000원(영수인 00구역 도시환경정비사업 조합설립추진위원회 위원장)의 영수증 은 그 자체로 대납금액으로 계상된 금액 0억 원과 일치하지 않을 뿐만 아니라 위 일자를 전후하여 관련한 금융내역을 찾기 어려운 점, 원고는 원고의 공동대표이사 박BB가 위 추진위원회를 직접 운영하게 된 2008년부터 지출된 비용만을 손비로 제출한 것으로서 2016. 12. 31. 1억 원을 대납하였으므로 이를 손금으로 인정하여 달라고 주장하나, 그 주장 자체로 2016 사업연도 이전의 비용들이 다수 포함되어 2016사업연도의 손금에 해당한다고 보기 어렵고 그밖에 원고의 주장을 뒷받침할 자료를 찾기 어려운 점 등에 비추어 보면, 위 비용 역시 2016 사업연도에 손금산입할 외주용역비로 인정하기 어렵다.

(5) 00엔지니어링에 지급한 도시계획설계 관련 용역비의 경우, 원고가 관련 증빙자료로 제출한 입금증과 관련하여 00엔지니어링은 2019. 8. 5.자 거래 내용 확인서(을9호증) 등을 통하여 위 입금증의 사실여부를 확인할 자료가 없고 다만 2006. 3.부터 2008. 11.까지 3차례에 걸쳐 총 00,000,000원을 수령한 기록만 확인된다는 취지로 진술하였고 이에 따라 피고는 이 사건 처분을 하면서 위 00,000,000원만 손금으로 인정한 점, 원고는 00엔지니어링으로부터 용역대금 청구소송을 제기당하였고 그 항소 심 법원(00고등법원 0000나0000호)의 2014. 4. 17.자 화해권고결정이 확정됨에 따라 용역대금 지급이 이루어졌다고 주장하는데, 그 화해권고결정의 내용은 ‘원고가 아닌 00구역 도시환경정비사업조합설립추진위원회가 2014. 12. 31.까지 00엔지니어링에 돈을 지급하고 00엔지니어링은 원고에 대한 청구를 포기하는 것’으로서 그 내용 자체로 원고가 00엔지니어링에 지급한 용역비와 관련한 것이라 보기 어려울 뿐만 아니라 관련한 용역비 지급이 있었다 하더라도 이는 2014 사업연도에 귀속될 것에 불과하다고 보이는 점 등에 비추어 보면, 위 용역비 또한 2016 사업연도에 손금산입 할 외주용역비로 인정할 수 없다.

6. 쟁점6(이 사건 소득금액변동통지의 적법 여부)에 대하여

• 가) 관련 법리 구 법인세법 제67조, 구 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호 단서는 ‘법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액 중 사외유출된 것이 분명하나 귀속이 불분명한 금액은 대표자에게 귀속된 것으로 본다.’는 취지로 규정하고 있는바, 이와 같은 법인세법상의 대표자 인정상여제도는 그 대표자에게 그러한 소득이 발생한 사실에 바탕을 두는 것이 아니라 세법상의 부당행위를 방지하기 위하여 그러한 행위로 인정될 수 있는 일정한 사실에 대하여 그 실질에 관계없이 무조건 대표자에 대한 상여로 간주하도록 하는 데 그 취지가 있는 것이므로, 이 경우 대표자는 위 익금산입액의 귀속이 분명하다는 점을 증명하지 못하는 한 그 금원이 현실적으로 자신에게 귀속되었는지 여부에 관계없이 갑종근로소득세를 납부할 의무가 있다. 한편 대표자는익금 산입액의 귀속이 불분명하다는 사유로 상여처분된 소득금액에 대하여는 특별한 사정이 없는 한 그 금액이 현실적으로 자신에게 귀속되었는지 여부에 관계없이 원천징수의무자인 법인이 납부한 갑종근로소득세액 상당을 당해 법인에게 지급할 의무가 있고, 이 경우 법인의 구상금청구를 거절하기 위해서는 법인의 업무를 집행하여 옴으로써 그 내부사정을 누구보다도 잘 알 수 있는 대표자가 인정상여로 처분된 소득금액이 자신에게 귀속되지 않았을 뿐만 아니라 귀속자가 따로 있음을 밝히는 방법으로 그 귀속이 분명하다는 점을 증명하여야 한다(대법원 2008. 9. 18. 선고 2006다49789 전원합의체 판결 참조). 위와 같은 입증책임의 법리는 구 법인세법 제67조 에 따른 대표자 상여로 소득처분하는 내용의 소득금액변동통지처분에 있어서도 마찬가지라 할 것이다.
• 나) 구체적 판단 위와 같은 법리에 비추어 이 사건으로 돌아와 보건대, 앞서 살핀 사실관계 및 위 각 증거에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 원고의 매입계정 장부상 2016. 7. 21. 박BB 명의의 계좌로 이체된 000,000,000원은 이 사건 외부용역비 중 00감정평가법인에 지급한 감정평가수수료 3건(총 00,000,000원), 00엔지니어링에 지급한 도시계획설계 관련 용역비 1건(000,000,000원), 시행건설에 지급한 정비사업 관련 용역비 1건(000,000,000원)로 계상되어 있는데 앞서 본 바와 같이 위 각 외부용역비는 객관적인 증빙이 없는 점(00엔지니어링의 2019. 8. 5.자 진술 내용에서 00,000,000원의 수령 기록이 있다는 기재가 있기는 하나 그 외에 객관적인 금융내역은 확인되지 않는다), 원고의 매입계정 장부상 2016. 7. 21. 이AA 명의의 계좌로 이체된 000,000,000원과 관련하여 원고는 원고가 이 사건 사업과 관련한 프로젝트용역 계약금 0억 원을 이AA이 대납한 것이라고 주장하나 그와 같은 대납사실을 입증할만한 자료를 찾기 어려운 점, 원고는 이AA과 박BB가 법인계좌에서 2007년부터 2016년까지 출금한 금액이 이AA과 박BB가 조달하여 원고에 대여하여 주고 이 사건 사업에 사용한 돈이라고 주장하나 그와 관련한 명확한 자금흐름을 파악할 자료를 찾기 어려운 점 등을 고려하면, 피고가 원고로부터 사외유출된 돈이 원고의 공동대표이사인 이AA과 박BB에게 귀속된 것으로 보아 대표자 상여로 소득처분한 것에 위법이 있다고 보기 어렵다. 따라서 원고의 이 부분 주장 역시 받아들이지 않는다.

그렇다면, 이 사건 소 중 이 사건 소득세 부과처분의 취소를 구하는 부분은 부적법하여 각하하고, 원고의 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.