법원 확정판결에 따라 분양대금을 반환한 경우 후발적 경정청구 손익귀속시기

사 건 2022구합54016 법인세경정청구거부처분 취소청구 원 고 주식회사 aa 외 1 피 고 ●●세무서장 변 론 종 결

2023. 5. 25. 판 결 선 고

2023. 8. 17.

1. 이 사건 소 중 피고가 주식회사 AA에게 한 별지 1 목록 기재 각 법인세 경정청구 거부처분 부분을 각하한다.

2. 피고가 원고 주식회사 aa에게 한 별지 2 목록 기재 각 법인세 경정청구거부처분, 원고 주식회사 bb에게 한 별지 3 목록 기재 각 법인세 경정청구거부처분을 모두 취소한다.

3. 소송비용 중 원고 주식회사 aa과 피고 사이에 생긴 부분의 1/6은 원고 주식회사 aa이, 나머지는 피고가 각 부담하고, 원고 주식회사 bb과 피고 사이에 생긴 부분은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문 제2항 및 피고가 주식회사 aa에게 한 별지 1 목록 기재 각 법인세 경정청구 거 부처분을 취소한다.

• 가. 원고들의 지위 및 이 사건 임대주택 취득

1. 원고 주식회사 aa(이하 ‘aa’이라 한다)은 주식회사 AA(이하 ‘AA’이라 한다)으로부터, 원고 주식회사 bb(이하 ‘원고 bb’이라 한다)은 BB 주식회사(이하 ‘BB’이라 한다)로부터 2009. 12. 30. 각 주택사업부문이 물적분할되어 설립된 회사들이다.

2. 분할되는 회사(이하 ‘분할회사’라 한다)인 AA과 BB이 분할신설회사인 원고들 발행 주식의 100%를 각 취득하였고, 원고 aa은 물적분할 대상인 AA의 주택산업부문과 해외사업부문의, 원고 bb는 BB의 주택산업부문의 자산과 부채를 포괄승계하였다.

3. 원고 aa이 승계취득하는 자산 중에는 oo2차 aa아파트 등 공공건설임대 주택 16개 단지가, 원고 bb이 승계취득하는 자산 중에는 공공건설임대주택 1개 단지(oo마을 12단지 oo아파트)가 포함되어 있다(원고들이 승계취득한 위 임대주택을 통틀어 ‘이 사건 임대주택’이라 한다).

• 나. 이 사건 임대주택의 분양전환 및 법인세 신고

1. AA과 원고들은 이 사건 임대주택에 관하여 의무임대기간이 경과한 이후 2008년부터 2016년까지 각 그 주택 소재 지방자치단체의 장으로부터 분양전환승인을 받아 수분양자들에게 분양을 하였다.

2. AA과 원고들은 위와 같이 분양을 하면서 ‘표준건축비’를 기준으로 분양전환가격을 산정 1) 하여 분양대금을 수령하고, 법인세를 신고․납부하였다.

• 다. 부당이득반환 청구 소송 경과

1. AA과 원고들로부터 이 사건 임대주택을 분양받은 수분양자들 중 일부는 분양전환가격의 기준이 되는 건축비는 ‘표준건축비’가 아니라 ‘실제 투입된 건축비’가 되어야 한다고 주장하면서 기 납부한 분양대금에서 ‘실제 투입된 건축비’를 기준으로 계산한 분양전환가격을 공제한 차액 상당의 금원의 부당이득반환을 구하는 민사소송을 제기하 였다.

2. 법원은 이 사건 임대주택의 분양전환가격을 계산함에 있어 기준이 되는 ‘건축비’는 ‘표준건축비’가 아니라 ‘실제 투입된 건축비’라고 보고, aa과 원고들에게 수분양자들이 납부한 분양대금과 ‘실제 투입된 건축비’를 기준으로 계산한 정당한 분양전환가격의 차액을 부당이득으로 각 반환할 것을 명하는 판결을 선고하였다(이하 ‘관련 판결’이 라 한다). 이와 관련하여 ‘실제 투입된 건축비’ 산정의 잘못을 이유로 대법원에서 수분양자들의 상고이유를 받아들여 파기된 사건을 제외하고, 확정된 사건은 아래 표의 음영부분 및 ‘상고심 판결’란 중 원고 이름이 기재된 부분이다. 1심 판결 항소심 판결 상고심 판결 (이름이 기재된 원고들 부분 은 확정) 서울중앙지방법원 2016. 4.

6. 선고 2012가합520659 판 결(갑 제6호증의 1) 서울고등법원 2019. 10. 25. 선고 2016나2025735 판결(갑 제6호증의 2) 대법원 2020. 9. 24. 선고 2019다286564 판결(갑 제6 호증의 3) 창원지방법원 2016. 6. 2. 선 고 2013가합6766, 2014가합 33352(병합) 판결(갑제7호증 의 1) 부산고등법원(창원) 2016. 10. 20. 선고 2016나22243, 22250(병합) 판결(갑 7호증 의 2) 대법원 2020. 9. 24. 선고 2016다265245,265252(병합) 판결(갑 제7호증의 3) 창원지방법원 2016. 7. 6. 선 고 2014가합1423 판결(갑 제8호증의 1) 부산고등법원(창원) 2017. 1.

12. 선고 2016나23048 판결 (갑 제8호증의 2) 대법원 2020. 9. 24. 선고 2017다207680 판결(갑 제8 호증의 3) 창원지방법원 2014. 12. 4. 선고 2014가합30049 판결(갑 제9호증의 1) 부산고등법원(창원) 2016. 8.

18. 선고 2014나22935 판결 (갑 제9호증의 2) 대법원 2020. 9. 24. 선고 2016다250144 판결(갑 제9 호증의 3) 제주지방법원 2016. 10. 20. 선고 2014가합723 판결(갑 제10호증의 1) 광주고등법원(제주) 2019. 12. 18. 선고 2016나10805 판결 (갑 제10호증의 2) 대법원 2020. 5. 14. 선고 2020다204995 판결(갑 제10 호증의 3) 창원지방법원 2012가합 31512 부산고등법원(창원) 2014나 21628(갑 제15호증의 2) 대법원 2016다250106, 250113, 250120(갑 제15호증의 1) - OOO, OOO 창원지방법원 2013가합 34105 부산고등법원(창원) 2015나 20554(갑 제16호증의 2) 대법원 2016다250151(갑 제16호증의 1) - OOO, OOO 창원지방법원 2013가합 34082 부산고등법원(창원) 2015나 20615(갑 제17호증의 2) 대법원 2016다250168(갑 제17호증의 1) - OOO 외 8 창원지방법원 2013가합6803 부산고등법원(창원) 2015나 22673(갑 제18호증의 2) 대법원 2016다250182(갑 제18호증의 1) - OOO 외 19 창원지방법원 2013가합6834 부산고등법원(창원) 2015나 22741(갑 제19호증의 2) 대법원 2016다252331(갑 제19호증의 1) - OOO 외 33 창원지방법원 2013가합7844 창원지방법원 2014가합1867 부산고등법원(창원) 2014나 21819, 21826(갑 제20호증의2) 대법원 2016다255101, 255118(갑 제20호증의 1) - OOO 외 28

• 라. 경정청구 및 피고의 거부

1. AA과 원고들은 확정된 관련 판결의 취지에 따라 수분양자들에게 부당이득금을 지급하였다.

2. 원고 aa은 2020. 8. 10., 2020. 11. 2., 2020. 12. 2., 2020. 12. 8.에, 원고 bb은 2020. 12. 4.에 피고에게 관련 판결에 따라 지급한 부당이득금이 각 분양전환계약 체결일이 속한 사업연도의 손금에 산입되어야 한다는 이유로 법인세 과세표준 및 세액의 감액을 구하는 내용의 경정청구(2008 및 2009 사업연도 법인세 부분에 대하여는 분할회사인 AA이 경정청구를 하였다)를 하였으나(이하 ‘이 사건 경정청구’라한다), 피고는 별지 1 내지 별지 3 각 목록 기재와 같이 이를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

3. 원고들은 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나(AA이 한 경정청구에 대한 거부처분에 대해서는 aa가 심판청구를 하였다), 2021. 11.1. 2008 및 2009 사업연도 법인세 부분에 대한 청구는 각하되고, 나머지 부분에 대한 청구는 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 10, 15 내지 20호증, 이 법원에 현저한 사실,변론 전체의 취지

• 가. 당사자들의 주장

1. 피고 주장의 요지 이 사건 경정청구 중 AA의 별지 1 목록 기재 부분에 대한 거부를 다투는 aa의 이 사건 소는 다음과 같은 이유로 부적법하다.

• 가) 2008 및 2009 사업연도의 법인세에 관하여 AA이 경정청구를 하였고, 피고 또 한 AA을 상대로 이 사건 처분을 하였다. 원고 aa과 AA은 별개의 법인인 점, 물적분할의 효과에 따라 원고 aa가 AA를 포괄승계하고, AA과 함께 연대납세의무를 부담한다고 하더라도, 경정청구를 하지 않은 aa이 AA에 대한 거부처분을 다툴 법률상 지위가 존재하지 않는다.
• 나) 분할신설회사인 aa이 분할회사인 AA의 모든 권리의무를 승계한 이상 AA은 해당 사업과 관련한 경정청구권이 존재하지 않아 피고가 경정청구를 거부하였더라도 항고소송의 대상인 거부처분이라고 볼 수 없다.
• 다) 대법원 2012. 5. 9. 선고 2009두2887 판결은 납세자가 경정거부행위에 심판청구를 한 것은 당시 소득금액변동통지를 행정처분으로 볼 수 없다는 당시의 판례에 따른 것이므로, 소득금액변동통지에 대하여 별도의 전심절차를 거치게 하는 것이 가혹하다는 취지이다. 위 대법원 판결의 사안은 동일한 당사자에 대하여 항고소송의 대상적격이 달라진데 따라 전심절차 준수 여부가 문제된 것인 반면, 이 사건은 AA이 한 경정청구에 대한 거부처분을 법인격이 전혀 다른 원고 aa이 다투고자 하는 것으로 사안이 전혀 다르다.

2. 원고 주장의 요지 이 사건 경정청구 중 AA의 별지 1 목록 기재 부분에 대한 거부를 다투는 원고 aa의 이 사건 소는 다음과 같은 이유로 적법하다.

• 가) 원고 aa은 상법 제530조의10, 제530조의12, 분할계획서에 따라 AA의 주택사업부문에 속하는 일체의 권리의무를 포괄 승계하였고, 구 국세기본법(2022. 12.31. 법률 제19189호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제25조 제2항, 분할계획서에 따라 분할회사인 AA과 연대납세의무를 부담하게 되므로, AA에 대한 이 사건 처분에 대하여 다툴 원고적격이 인정되어야 한다.
• 나) 최근 법원(서울고등법원 2020. 10. 23. 선고 2019누66585 판결, 대법원 2021.

2. 25. 선고 2020두54098 판결)과 조세심판원은 구 국세기본법에 따른 정청구권자의 지위가 상법 제530조의10 에 따라 분할신설회사에 승계된다는 법리를 선언하였다. 위 판결로 인하여 불가피하게 원고 aa이 이 사건 경정청구 중 AA의 별지 1 목록기재 부분에 대한 거부처분에 대한 전심절차를 진행하게 되었다. 위 판결로 인하여 과세표준신고서를 법정기한까지 제출한 자, 기한 후 과세표준신고서를 제출한 자 등이 경정청구를 할 수 있다고 규정한 구 국세기본법 제45조의2 제1항 에 따른 관행화된 불복방법에 근본적인 변경이 발생하였으므로, 위 판례 변경에 따른 법리가 정착될 때까지 종전의 불복방법을 신뢰한 납세자에 대한 구제가 허용되어야 한다.

• 다) 대법원 2012. 5. 9. 선고 2009두2887 판결은 원고가 경정청구 거부처분에 대하여 심판청구를 한 것이 당시 소득금액변동통지를 행정처분으로 볼 수 없다는 종전 대법원 판례의 태도 아래에서 부득이하게 취한 불복방법이라는 점을 고려하여, 전심절차를 거치지 않았다고 하더라도 소의 적법성을 인정함으로써 납세자의 구제를 허용한 바 있다.
• 나. 구체적 판단

1. 대상적격 인정 여부

• 가) 감액경정청구를 받은 과세관청으로서는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 객관적으로 정당한 과세표준 및 세액을 초과하는 지 여부에 대하여 조사·확인할 의무가 있다 할 것이므로, 통상의 과세처분 취소소송에 서와 마찬가지로 감액경정청구에 대한 거부처분 취소소송 역시 그 거부처분의 실체적·절차적 위법 사유를 취소 원인으로 하는 것으로서 그 심판의 대상은 과세표준신고서에기재된 과세표준 및 세액의 객관적인 존부라 할 것이다(대법원 2004. 8. 16. 선고 2002두9261 판결 등 참조).
• 나) AA이 별지 1 목록 기재 부분에 대한 법인세의 과세표준 및 세액의 감액을 구하는 내용의 경정청구를 하였다가 피고가 이를 거부한 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 이 부분은 항고소송의 대상이 되는 처분이라 할 것이다. 따라서 경정청구권이 없다는 이유로 AA의 경정청구에 대한 피고의 거부가 항고소송의 대상이 될 수 없다는 피고의 주장은 이유 없다.

2. 원고 적격 인정 여부

• 가) 구 국세기본법 제45조의2 제1, 2항은 경정 등의 청구권자를 ‘과세표준신고서를 법정기한까지 제출한 자 또는 기한 후 과세표준신고서를 제출한 자, 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자’로 규정하고 있으나, 특정사업부가 물적분할로 분할회사로부터 완전히 분할되었음에도 분할신설회사로의 조세채무 승계를 부정하여 분할회사로 하여금 경정청구와 그 거부처분에 대한 쟁송을 하게 한다면 경영의 전문화와 효율화를 도모하기 위한 회사분할의 취지에 어긋날 뿐 아니라 분할회사가 분할된 분할신설회사의 업무를 계속 수행하여야 하는 등 권리구제의 효율화 측면에서도 바람직하지 아니한 점, 구 국세기본법 제45조의2 의 규정에 경정 등의 청구권의 승계를 금지하는 별도의 규정이 없는 점 등에 비추어 보면 구 국세기본법 제45조의2 에 규정된 경정 등 청구권자의 지위도 상법 제530조의10 규정에 따라 분할신설회사에 승계된다고 봄이 상당하다.
• 나) ① 구 국세기본법 제45조의2 제1, 2항에서 규정한 경정청구권자에는 납세의무 의 승계에 의하여 과세표준신고서를 제출한 자의 지위를 승계한 자도 포함된다고 일반 적으로 해석이 가능한 점, ② 앞서 본 법리는 이와 같은 일반적 해석론을 구체화한 것 에 불과한 것으로 보이는 점, ③ 원고 aa은 위와 같은 법리가 서울고등법원 2020. 10. 23. 선고 2019누66585 판결 및 대법원 2021. 2. 25. 선고 2020두54098 판결에 이르러서야 비로소 처음 선언되었다는 취지로 주장을 하나, 위 판결 선고 이전에 분할회사만이 경정청구권을 갖는다는 해석이 보편적이었다는 등 원고 aa에게 보호할 만한 신뢰가 형성되었다는 사정이 확인되지 않는 점 등을 종합해 보면, 원고 aa의 이 부분 소는 원고 적격을 갖추지 못한 부적법한 소라고 할 것이다. 이 부분을 지적하는 피고의 주장은 이유 있다(이하 본안 판단 부분에서는 별지 2, 3 목록 기재 부분을 ‘이 사건 처분’이라 한다).

• 가. 당사자들의 주장

1. 피고의 주장 아래와 같은 이유로 관련 판결은 구 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 에서 정하는 후발적 경정청구 사유에 해당한다고 볼 수 없어 이 사건 처분은 적법하다.

• 가) 후발적 경정청구제도는 통상적인 경정청구에 대한 특례이므로, 적용여부는 엄격 하게 해석하여야 한다.
• 나) 관련 판결은 종전의 분양전환계약을 다른 것으로 확정한 것이 아니라 ‘표준건축비’를 기준으로 산정한 분양전환가격과 ‘실제 투입된 건축비’를 기준으로 산정한 분양전환가격의 차액 상당의 부당이득의 반환을 명한 것에 불과하고, 기존의 분양전환계약은 여전히 유효하므로, 후발적 경정청구 사유인 ‘거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에서 판결에 의하여 다른 것으로 확정’된 때에 해당하지 않는다.
• 다) 원고들은 계속 사업을 영위하는 법인으로서 부당이득금을 지급한 사업연도에 손금으로 인정받음으로써 세부담이 발생하지 않으므로, 소급하여 과세표준 및 세액을 시정할 근거나 필요가 없다. 후발적 경정청구를 무제한 허용한다면 과세행정에 극심한 혼란과 조세법률관계의 불안정을 피할 수 없다.
• 라) 법인세법은 익금과 손금의 귀속에 관하여 권리확정주의를 취하고 있다. 대법원 (대법원 2011두1245호 판결)은 후발적 사유 발생으로 소득이 실현되지 않는다면 당초 성립한 납세의무는 전제를 상실하여 원칙적으로 그에 따른 법인세를 부과할 수 없다고 볼 수 있을 것이나, 다만 경상적·반복적으로 발생하는 매출에누리나 매출환입과 같은 후발적 사유에 대하여 납세의무자가 기업회계의 기준이나 관행에 따라 그러한 사유가 발생한 사업연도의 소득금액을 차감하는 방식으로 법인세를 신고해 왔다는 등의 특별 한 사정이 있는 경우에는, 그러한 후발적 사유의 발생은 당초 성립하였던 납세의무에 영향을 미칠 수 없다고 판시하고 있다. 또한 과세관청의 예규는 법원 판결에 따라 지 급하는 부당이득금 또는 손해배상금은 판결이 확정된 날이 속하는 사업연도의 익금 또 는 손금에 산입함을 원칙으로 하여 왔다. 원고들도 관련 판결의 취지에 따라 지급한 부당이득금을 그 지급일이 속하는 사업연도의 비용(잡손실)로 회계처리한 바 있으므로, 대법원 판결이 설시한 특별한 사정에 해당한다.
• 마) 대법원은 당사자들 간 합의에 따른 대금 감액의 경우에도 후발적 경정청구 사유로 인정하고는 있으나(대법원 2011두1245호 판결), 사업상 정당한 사유가 있었는지 여부를 판단한 바 있다. 관련 판결 사건에서 알 수 있듯이 원고들은 임대주택법령을 위반하여 분양전환가격을 산정하였으므로, 사업상 정당한 사유를 인정하기 어렵다.
• 바) 원고들의 위법한 분양전환가격산정은 불법행위로서 손해배상청구의 대상이 될 수 있고, 부당이득금반환 청구와 청구권 경합이 인정된다. 불법행위로 인한 손해배상금은 그 지급을 명하는 판결이 확정된 사업연도 손금에 산입된다는 측면에서 보더라도 이 사건 처분은 적법하다.
• 사) 이 사건 경정청구를 허용할 경우 분양전환계약 당시 부당이득액만큼 줄어드는 익금에 대응하여, 원고들이 부당이득금을 지급한 시점의 손금은 부인하여야 하므로, 원고들은 이로 인하여 얻는 이익은 없고, 국세환급금에 따른 이자 상당액의 이익을 얻는 것에 불과하다. 반면 이 사건 처분이 취소되는 경우 수분양자들의 취득가액이 줄어들게 되고, 수분양자들이 이 사건 임대주택을 양도한 경우 양도차익이 달라지게 되어 수분양자들에 대한 추가 과세가 불가피하다. 국세환급금에 붙는 이자 상당액을 받기 위하여 원고들이 분양전환가격을 잘못 산정함에 따른 위험을 국가와 수분양자들이 떠안는 것은 부당하다.

2. 원고의 주장 아래와 같은 이유로 관련 판결은 구 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 에서 정하는 후발적 경정청구 사유에 해당하므로, 이 사건 처분은 위법하다.

• 가) 대법원은 구 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 의 의미를 ‘최초의 신고 등이 이루어진 후 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등에 관한 분쟁이 발생하여 그에 관한 소송에서 판결에 의하여 그 거래 또는 행위 등의 존부나 그 법률효과 등이 다른 내용의 것으로 확정됨으로써 최초의 신고 등이 정당하게 유지될 수 없게된 경우를 의미한다’고 해석하고 있다.
• 나) 원고들은 분양전환가격을 ‘표준건축비’를 기준으로 산정하였다가 법원 판결로 ‘실제 투입된 건축비’를 기준으로 산정한 정당한 분양전환가격을 초과하는 범위에서 무효로 판단되었으므로, 거래의 법률효과 등이 판결에 따라 다른 내용의 것으로 확정된 전형적인 경우에 해당한다.
• 다) 기존 대법원 판례(대법원 2012두28001호 판결, 대법원 2009두22379호 판결, 대 법원 2017두42835호 판결 등)도 민사상 부당이득반환청구 소송에서 승소 확정판결을 받은 경우 후발적 경정청구 사유로 보고 있고, 법원의 판결이 아닌 당사자들 간 합의 에 따른 대금 감액의 경우에도 후발적 경정청구 사유로 인정하고 있다(대법원 2011두 1245호 판결).
• 라) 피고는 손금과 익금과 관련한 권리확정주의를 규정한 법인세법 제40조, 국세청 예규인 법인세법 기본통칙을 근거로 수분양자들에게 지급한 부당이득금을 관련 판결이 확정된 2020 사업연도의 손금에 산입하여야 한다는 입장에 있으나, 이는 합리적인 이유 없이 구 국세기본법 제45조의2 제2항 의 후발적 경정청구 사유를 제한하는 것인 데다, 피고가 든 규정들은 손익의 귀속시기에 관한 규정에 불과하므로 이를 적용하는 것은 조세법률주의에 반하므로, 원고들이 지급한 부당이득금은 분양전환 당시 사업연도의 손금에서 조정되어야 한다.
• 나. 관계 법령 별지 4 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 관련 규정 및 법리

• 가) 구 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 에 의하면, 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 최초의 신고ㆍ결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다고 규정한다.
• 나) 구 국세기본법 제45조의2 제2항 에서 후발적 경정청구제도를 둔 취지는 납세의무 성립 후 일정한 후발적 사유 발생으로 말미암아 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는 데 있는데, 여기서 말하는 후발적 경정청구사유 중 법 제45조의2 제2항 제1호에서 정한 ‘거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 때’란 최초 신고·결정 또는 경정이 이루어진 후 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등에 관한 분쟁이 발생하여 그에 관한 소송에서 판결에 의하여 거래 또는 행위 등의 존부나 법률효과 등이 다른 것으로 확정됨으로써 최초 신고 등이 정당하게 유지될 수 없게 된 경우를 의미한다(대법원

2011. 7. 28. 선고 2009두22379 판결 등 참조). 다) 법인세법 제40조 제1항 은, “내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속 사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.”고 규정함으로써 현실적으로 소득이 없더라도 그 원인이 되는 권리가 확정적으로 발생한 때에는 그 소득이 실현된 것으로 보고 과세소득을 계산하는 이른바 권리확정주의를 채택하고 있다. 이러한 권리확정주의란 소득의 원인이 되는 권리의 확정시기와 소득의 실현시기와의 사이에 시간적 간격이 있는 경우에는 과세상 소득이 실현된 때가 아닌 권리가 확정적으로 발생한 때를 기준으로 하여 그때 소득이 있는 것으로 보고 당해 사업연도의 소득을 산정하는 방식으로, 실질적으로는 불확실한 소득에 대하여 장래 그것이 실현될 것을 전제로 하여 미리 과세하는 것을 허용하는 것이다. 따라서 소득의 원인이 되는 권리가 확정적으로 발생하여 과세요건이 충족됨으로써 일단 납세의무가 성립하였다 하더라도 일정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 소득이 실현되지 아니하는 것으로 확정되었다면, 당초 성립하였던 납세의무는 그 전제를 상실하여 원칙적으로 그에 따른 법인세를 부과할 수 없다고 보아야 한다. 이러한 해석은 권리확정주의의 채택에 따른 당연한 요청일 뿐 아니라 후발적 경정청구제도를 규정한 국세기본법 제45조의2 제2항 의 입법 취지에도 부합한다. 다만 대손금과 같이 법인세법이나 관련 법령에서 특정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 실현되지 아니한 소득금액을 그 후발적 사유가 발생한 사업 연도의 소득금액에 대한 차감사유 등으로 별도로 규정하고 있거나, 경상적·반복적으로 발생하는 매출에누리나 매출환입과 같은 후발적 사유에 대하여 납세의무자가 기업회계 의 기준이나 관행에 따라 그러한 사유가 발생한 사업연도의 소득금액을 차감하는 방식 으로 법인세를 신고해 왔다는 등의 특별한 사정이 있는 경우에는, 그러한 후발적 사유 의 발생은 당초 성립하였던 납세의무에 영향을 미칠 수 없다. 나아가 관련 규정의 문언 내용과 취지 및 체계 등에 비추어 볼 때, 여기에서 말하는 후발적 사유에는 사업상의 정당한 사유로 당초의 매매대금이나 용역대금을 감액한 경우도 포함된다고 봄이 타 당하므로, 특별한 사정이 없는 한 그 감액분을 당초의 매매대금이나 용역대금에 대한 권리가 확정된 사업연도의 소득금액에 포함하여 법인세를 과세할 수는 없다(대법원

2013. 12. 26. 선고 2011두1245 판결 참조).

2. 구체적 판단 처분의 경위에서 본 사실에 의하여 알 수 있는 다음의 사정들을 위 법리에 비추어 보면, 원고들이 ‘표준건축비’를 기준으로 계산한 분양대금에서 ‘실제 투입된 건축비’를 기준으로 계산한 정당한 분양전환가격을 공제한 차액 상당의 금원을 수분양자들에게 부당이득으로 반환하라는 내용이 관련 판결에 의하여 확정됨으로써 분양계약의 내용이 달라지게 되었으므로, 원고들은 관련 판결을 기초로 구 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호에 따라 경정청구를 할 수 있다고 봄이 타당하고, 이를 거부하는 이 사건 처분은 위법하다.

• 가) 후발적 경정청구제도는 납세의무 성립 후 일정한 후발적 사유 발생으로 말미암아 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우 납세자로 하여금 그 사실을 증명하여 감액을 청구할 수 있도록 함으로써 납세자의 권리구제를 확대하려는 데 있다. 또한 구 국세기본법 제45조의2 제2항 각 호는 후발적 경정청구 사유를 인정함에 있어 제3자에게 미치는 영향 등을 고려하도록 제한하고 있지 않으므로, 그 사유가 인정되는 한 후발적 경정청구를 통상의 경정청구와 달리 볼 근거가 없다. 이와 같은 맥락에서 소득의 원인이 되는 권리가 확정적으로 발생하여 과세요건이 충족됨으로써 일단 납세의무가 성립하였다 하더라도 일정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 소득이 실현되지 아니하는 것으로 확정되었다면, 당초 성립하였던 납세의무는 그 전제를 상실하여 원칙적으로 그에 따른 법인세를 부과할 수 없다고 보아야 한다.
• 나) 분양계약의 핵심 요소는 목적물과 분양대금이다. 원고가 ‘표준건축비’를 기준으로 분양전환가격을 산정하여 분양대금을 수령한 상황에서 수분양자들과 분양대금에 관한 분쟁이 발생하였고, 관련 판결에 의해 정당한 분양대금은 ‘실제 투입된 건축비’를 기준으로 계산한 금액이라는 점이 확정되었다. 따라서 관련 판결에 의하여 분양계약의 핵심 요소인 분양대금 일부의 존부나 법률효과 등이 다른 것으로 확정되었다고 볼 수 있다. 이와 달리 분양계약이 여전히 유효하므로 거래가 다른 것으로 확정되었다고 볼 수 없다는 피고의 주장은 단순히 분양 목적물의 동일성에 차이가 없다는 주장에 다름아니므로 이유 없다.
• 다) 분양대금에 관하여 최초의 계약과 다른 판결이 확정되는 경우, 그 후발적 사유가 발생한 사업연도의 소득금액에 대한 차감사유로 규정하는 별도의 규정을 찾아보기 어렵다. 또한 피고가 제출한 증거들만으로는 원고들의 수분양자들에 대한 부당이득금이 경상적․반복적으로 발생하는 것으로서 원고들이 기업회계의 기준이나 관행에 따라 그 지급한 사업연도의 소득금액을 차감하는 방식으로 법인세를 신고하였다고 보기 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없는 등 후발적 사유의 발생이 당초 성립하였던 납세의무에 영향을 미치지 않는다는 특별한 사정 또한 찾아보기 어렵다.
• 라) 대법원 2011두1245호 판결에서 ‘사업상의 정당한 사유’를 후발적 경정청구 사유 요건으로 제시한 바 있으나, 위 판결의 사안은 당사자들의 합의로 매매대금이나 용역대금을 감액한 사안에 관한 것이어서 확정된 판결이 존재한 이 사건과는 사안을 달리한다. 또한 원고들이 조세를 회피할 목적으로 관련 판결에서 패소한 것으로 보기 어렵다.
• 마) 피고는 이 사건 처분 당시 국세청 예규인 ‘ 법인세법 기본통칙 40-71…20’ 등에 근거한 것으로도 보이나, 위 예규가 구 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 를 제한하는 근거가 될 수 없을 뿐만 아니라, 위 예규의 규정은 법인세법상 손금 및 익금 산정에 관한 것으로서 법원 판결에 의하여 지급하거나 지급받는 손해배상금의 손익 귀속시기에 관한 일반 규정일 뿐, 확정 판결에 따른 후발적 경정청구 사유가 존재함에도 이를 부정하고 확정 판결일이 속한 사업연도의 익금이나 손금에 산입하여야 한다고 해석되지는 아니한다. 또한 관련 판결은 원고들에게 부당이득금 지급을 명하였고, 이에 따라 분양계약의 핵심 요소인 분양대금 일부의 존부나 법률효과 등이 다른 것으로 확정되었다고 볼 수 있다는 점에서, 수분양자들의 부당이득반환청구권이 불법행위에 따른 손해배상청구권과 청구권 경합 관계에 있는지 여부와 관계없이 손해배상 관련 피고의 주장은 이유없다.

그렇다면 이 사건 소 중 피고가 aa에게 한 별지 1 목록 기재 각 법인세경정청구거부처분 부분은 부적법하므로 각하하여야 하고, 피고가 원고들에게 한 별지 2, 3 목록 기재 각 법인세 경정청구거부처분은 위법하므로 이를 모두 취소하기로 하여, 주문과 같이 판결한다. 1) 각 분양전환 시기별로 규정의 변경이 있기는 하나, 위 분양전환 무렵 시행되던 임대주택법령[구 임대 주택법 시행규칙(2015.12. 29. 민간임대주택에 관한 특별법 시행규칙으로 전부개정되기 전의 것)] 제14조, 제9조 제1항, 별표 1]을 참고로 살펴보면,분양전환가격의 구체적인 산정방법은 아래와 같다. ․ 분양전환가격 = 건설원가 및 감정평가금액을 산술평균한 가액으로 하되, 임대주택의 건축비 및 택지비를 기준으로 분양전환 당시에 산정한 해당 주택의 가격(이하 "산정가격"이라 한다)에서 임대기간 중의 감가상각비(최초 입주자 모집 공고 당시의 주택가격을 기준으로 산정한다)를 뺀 금액을 초과할 수 없음 ․ 건설원가 = 최초 입주자모집 당시의 주택가격 + 자기자금이자 – 감가상각비 ․ 최초 입주자모집 당시의 주택가격 = 건축비와 택지비의 합계액 ․ 산정가격 = 분양전환 당시의 표준건축비(국토교통부장관이 고시하는 가격을 말한다, 이하 같다) + 최초 입주자 모집 공고 당시의 택지비 ＋ 택지비 이자