부가가치세법 제29조 9항 3호 및 동법시행령 제64조에 따른 건물과 토지의 기준시가 안분의 당부

사 건 2022구합52676 부가가치세부과처분취소 원 고 박AA 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2023. 5. 11. 판 결 선 고

2023. 7. 13.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 20. . . 원고에게 한 20년 제기 부가가치세 ****원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 20. *. . 그 친족인

○○○,

○○○,

○○○,

○○○ (이하 원고와 함께 ‘원고 등’이라 한다)와 함께 아버지인 망

○○○ (이하 ‘망인’이라 한다)이 소유하던

○○ ○○○ 대 ****㎡, 같은 동

○○○ 대 **㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다) 및 그 지상 지하 1층, 지상 5층 규모의 공장 및 근린생활시설(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)을 공동으로 상속받아 이를 임대하는 부동산 임대업을 영위하였다.

• 나. 원고 등은 20. *. .

○○○ 주식회사(이하 ‘소외 회사’라 한다)에 이 사건 토지 및 건물을 대금 억 원(이하 ‘이 사건 매매대금’이라 한다)에 매도하는 매매계 약을 체결하면서, 아래와 같이 약정하였다(이하 ‘이 사건 매매계약’이라 한다). 원고 등 은 20. **. . 소외 회사에 이 사건 토지 및 건물에 관한 소유권이전등기를 마쳐주었다.

• 다. 원고는 20. . . 피고에게 이 사건 건물을 0원에 공급한 것으로 하여 20 년 제*기 부가가치세를 신고하였다.
• 라. 그러나 피고는 원고가 실지거래가액으로 구분한 이 사건 건물의 가액이 관련 법 령에 따라 안분계산한 금액과 30/100 이상 차이가 난다는 이유로, 구 부가가치세법 (2021. 12. 8. 법률 제18577호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제29조 제9항 단서 제2호, 구 부가가치세법 시행령(2022. 2. 15. 대통령령 제32419호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제64조 제1호에 따라 이 사건 건물의 공급가액을 아래와 같이 안분계산한 원으로 보아, 20. . . 원고에게 20년 제기 부가가치세 **원을 경정ㆍ고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 마. 원고는 20. *. . 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 20. . **. 그 청구가 기각되었다.

• 가. 원고 주장의 요지 이 사건 건물은 건축된 지 약 60년이 지났기 때문에 소외 회사는 이를 철거하고 새로이 건물을 신축할 계획을 가지고 있었고, 이러한 사항은 이 사건 매매계약에도 명 시되어 있다. 그리고 이 사건 건물은 소외 회사 앞으로 소유권이전등기가 마쳐진 후 곧바로 철거되어 멸실되었고, 현재 새로운 건물이 신축된 상태이다. 결국 원고 등과 소외 회사는 이러한 사정을 반영하여 이 사건 건물의 경제적 가치를 0원으로 평가하기로 합의한 것이고 이는 정상적인 거래가격으로서 정당한 실지거래가액이라고 보아야 하므로, 실질과세의 원칙에 따라 이 사건에 대해서는 구 부가가치세법 제29조 제9항 단서가 적용되어서는 아니 된다.
• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 관계 규정의 내용 구 부가가치세법 제29조 제9항 본문은 ‘사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다’고 규정하면서도, 그 단서 및 제2호에서 ‘다만, 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 30/100 이상 차이가 있는 경우에는 위와 같이 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다’고 규정하고 있다. 그리고 그 위임에 따른 구 부가가치세법 시행령 제64조 제1호 본문은 위 공급가액을 ‘토지와 건물 등에 대한 소득세법 제99조 에 따른 기준시가(이하 이 조에서 "기준시가"라 한다)가 모두 있는 경우에는 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분 계산한 금액’이라고 규정하고 있다.

2. 구체적 판단

• 가) 원고 등이 소외 회사에 이 사건 토지 및 건물을 일괄하여 매도한 사실, 그 매매대금 *억 원을 기준시가로 안분계산할 경우 이 사건 건물의 가액은 ****원인 사실은 앞서 인정한 바와 같다. 따라서 원고 주장과 같이 이 사건 건물의 실지거래가액이 0원이라고 하더라도, 그 실지거래가액이 위와 같이 기준시가로 안분계산한 가액과 30/100 이상 차이가 있는 경우에 해당하므로, 이 사건 건물의 공급가액은 구 부가가치세법 제29조 제9항 단서 제2호의 간주규정에 따라 위와 같이 안분계산한 금액이 된다.
• 나) 원고는 이 사건 건물의 경제적 가치는 0원이므로 실질과세의 원칙에 따라 구 부가가치세법 제29조 제9항 단서 제2호의 적용은 배제되어야 한다는 취지로 주장한다. 그러나 앞서 본 사실관계와 갑 제2호증, 을 제4, 5호증의 각 기재에 의하여 알수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 이 사건 건물의 경제적 가치가 0원이라고 보기는 어렵다.

① 원고 등은 소외 회사에 이 사건 건물의 소유권이전등기를 마쳐주기 전까지도 이 사건 건물에서 월 1,000만 원 상당의 임대수익을 얻고 있었고, 임차인들에게 *억 **만 원 상당의 보증금을 수령한 상태였다. 또한 이 사건 건물에는 2건의 근저당권이 설정되어 있었고, 위 각 근저당권은 소외 회사 앞으로 이 사건 건물의 소유권 이전등기가 마쳐진 때 말소되었다. 그런데, 이 사건 매매계약에 따르면 원고 등은 이사건 건물에 설정된 제한 물권을 말소하여야 하고 임차인에 대한 명도책임도 모두 부담한다. 따라서 이 사건 건물의 경제적 가치가 0원이었다고 볼 수는 없고, 오히려 이 사건 매매대금에는 원고 등이 이 사건 건물의 완전한 소유권 이전을 위하여 이행하여야 할 위와 같은 의무에 대한 대가가 포함되어 있다고 보아야 한다.

② 망인 역시 20년 귀속 종합소득세 신고 당시 이 사건 건물 등의 가액을 약 억 만 원으로 인식하여 표준재무상태표를 작성하였는데, 위 가액은 위 부가가치세법령에 따라 안분계산된 억 *만원과 유사하다. 이처럼 망인도 이 사건 건물의 주관적 가치를 0원으로 여기지 아니하였음을 알 수 있다.

③ 소외 회사의 입장에서 보더라도, 철거가 예정된 이 사건 건물 자체는 아무런 가치가 없지만 이 사건 토지 위에 건물을 신축하기 위해서는 우선 이 사건 건물의 처분권을 취득하여야만 한다. 이러한 이유로, 이 사건 매매계약에서도 이 사건 건물이 목적물로 명시되었고, 소외 회사는 이 사건 건물에 관한 소유권이전등기를 마친 후 자 기의 책임으로 이 사건 건물을 철거하였다. 따라서 소외 회사 역시 대가를 지불하고 이 사건 건물의 소유권을 유상으로 취득할 의사가 있었다고 볼 수 있다.

• 다) 한편, 이 사건 처분 이후에 2021. 12. 8. 법률 제18577호로 부가가치세법 제29조 제9항 제2호 단서가 신설되어, ‘다만, 다른 법령에서 정하는 바에 따라 가액을 구분한 경우 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우는 제외한다’고 규정하였고, 위 신설 규정의 위임에 따라 2022. 2. 15. 대통령령 제32419호로 개정된 부가가치세법 시행령에서 제64조 제2항이 신설되어, ‘법 제29조 제9항 제2호 단서에 따라 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 건물등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다’고 규정하면서 각 호에서 ‘다른 법령에서 정하는 바에 따라 토지와 건물등의 가액을 구분한 경우’(제1호), ‘토지와 건물등을 함께 공급받은 후 건물등을 철거하고 토지만 사용하는 경우’(제2호)를 규정하였다. 다만, 부가가치세법 부칙(법률 제18577호, 2021. 12. 8.) 제1조, 제7조에 따르면 위와 같이 신설된 각 규정은 2022. 1. 1. 이후 재화를 공급하는 분부터 적용되고, 이러한 부칙의 내용 및 취지에 비추어 위와 같이 신설된 각 규정이 단순한 확인적 규정에 해당한다고 볼 수는 없으므로, 20**년에 이루어진 이 사건 건물 의 공급에 위와 같이 신설된 각 규정은 적용되지 않는다.

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.