내부감사절차를 거쳐 제척기간에 임박하여 과세처분을 한 것이 납세자의 과세전적부심사를 받을 권리를 부당하게 침해한 처분인지 여부

사 건 2022구합52591 법인세등부과처분취소 원 고 AAA 외 3 피 고 EEE 세무서장 외 2 변 론 종 결

2022. 11. 24. 판 결 선 고

2023. 1. 26.

1. 원고들의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다. 청 구 취 지 피고들이 원고 AAA, BBB, CCC에 대하여 한 별지 1. ‘처분 목록’ 기재 각 양도소득세 및 증권거래세 증액 경정처분 및 피고 GGG세무서장이 원고 주식회사 DDD에 대하여 한 별지 1. ‘처분 목록’기재 법인세 증액 경정처분을 취소한다.

• 가. 원고 주식회사 DDD(이하 ‘원고 회사’라 한다)는 1986. 1. 11. 설립되어 선박용품판매업, 수출ㆍ수입 알선업, 선박용품제조업 등을 영위하는 법인으로, 원고 회사의 대표이사는 HHH이고, 원고 AAA는 HHH의 누나, 원고 BBB, CCC은 HHH의 자녀들로 원고 회사 발행 주식을 보유하였다(HHH와 그 특수관계인들이 원고 회사 발행 주식의 전부를 보유하였다).
• 나. 원고 회사는 2015. 12. 8 원고 회사 발행의 주식을, 원고 AAA로부터 7,000주, 원고 BBB, CCC으로부터 각 1,500주 합계 10,000주(이하 ‘이 사건 주식’이라고 하고, 위 양도인들을 통틀어 ‘원고 양도인들’이라 한다)를 각 양수하였다(이하 ‘이 사건 매매’라 한다).
• 다. 원고 회사는 그 당시 상속세 및 증여세법 제54조 에 의한 보충적 평가방법에 따라 2015. 6. 30.을 기준일로 하여 이 사건 주식 1주당 평가액을 269,607원으로 평가하여 합계 2,696,070,000원에 이 사건 주식을 취득한 것으로 신고하였다가, 이후 이 사건 매매 거래일인 2015. 12. 8.을 기준으로 하여 1주당 가액을 287,649원으로 재평가한 다음, 2016. 11. 3. 증액된 평가액과 최초 신고액의 차액인 180,420,000원에 관하여 이를 익금산입하는 내용으로 2015사업연도 법인세를 수정 신고ㆍ납부하였다. 원고 양도인들 또한 2016. 2. 29. 이 사건 매매에 대하여 이 사건 주식 1주당 가액을269,607원으로 하여 2015년 귀속 양도소득세 및 증권거래세를 각 신고ㆍ납부하였다가이후 이루어진 주식 재평가에 따라 2016. 11. 5. 그 1주당 가액을 287,649원으로 전제하여 양도소득세 및 증권거래세에 관한 수정 신고ㆍ납부를 하였다.
• 라. 피고 GGG세무서장은 2018. 3. 26.부터 2018. 9. 30.까지 원고 회사의 2013사업연도 내지 2017사업연도에 대한 법인통합조사(이하 ‘이 사건 세무조사’라 한다)를 실시한 다음, 원고 회사가 16,665,989,894원의 매출액을 신고 누락(이하 ‘이 사건 매출누락’이라 한다)하였다고 판단한 다음, 2018. 11.경 원고 회사에게 2015사업연도 법인세1,750,614,690원에 대한 증액 경정ㆍ고지를 하였다(이 사건 매출누락 이외의 증액 경정 사유들도 있으나 이 사건과는 관련이 없다).
• 마. 한편 ○○지방국세청장은 2020. 8.경 피고 GGG세무서장에 대한 정기종합감사(이하 ‘이 사건 감사’라 한다)를 실시하였는데, 2020. 12. 23. 피고 GGG세무서장에게‘이 사건 매출누락금액으로 인해 이 사건 주식 1주당 평가액이 증액되었음에도 원고 회사에 대한 법인세와 원고 양도인들에 대한 양도소득세 및 증권거래세를 증액 경정하지 않았다’는 내용의 감사 지적을 하였다. 이 사건 감사 과정에서 이 사건 주식 가치에 관한 2020. 8. 22.자 평가조서(이하 ‘이사건 평가조서’라 한다)가 작성된 바 있는데, 피고 GGG세무서장은 이를 바탕으로 한 이 사건 감사 최종 결과를 토대로 이 사건 주식의 1주당 평가액을 395,356원으로 재평가한 다음, 2021. 1. 5. 원고 회사에게 법인세를, 원고 양도인들에게 양도소득세 및 증권거래세를 증액 경정하겠다는 내용의 과세예고통지를 하였다(이하 ‘이 사건 과세예고통지’라 한다).
• 바. 원고들은 이 사건 과세예고통지를 받고 2021. 2. 1. 과세전적부심사를 청구하였으나, ○○지방국세청장은 2021. 2. 23. 원고 양도인들에게, 2021. 3. 11. 원고 회사에게, 이 사건 과세예고통지를 한 날로부터 부과제척기간의 만료일(법인세 2021. 3. 31., 증권거래세 2021. 2. 28.)까지의 기간이 3개월 이하인 경우에 해당한다며(국세기본법 제81조의15 제3항 제3호), 과세전적부심사청구 심사제외 결정(제5항 제3호)을 하였다.
• 사. 이후 피고 EEE세무서장은 원고 BBB에게 2021. 3. 19. 양도소득세 25,925,790원 및 2021. 2. 9. 증권거래세 1,296,230원의, 피고 FFF세무서장은 원고 AAA에게 2021. 3. 19. 양도소득세 120,987,030원 및 2021. 2. 9. 증권거래세 5,938,610원의, 피고 GGG세무서장은 원고 CCC에게 2021. 3. 17. 양도소득세 25,925,790원 및 2021. 2. 9. 증권거래세 1,296,230원의, 피고 GGG세무서장은 2021. 2. 9. 원고 회사에게 법인세 343,422,500원의 각 부과처분을 하였다(이하 이들을 가리켜 ‘당초 처분’이라 한다).
• 아. 이 사건 세무조사 결과에 따라 피고 GGG세무서장은 이 사건 매출누락 등의 이유로 2018. 11. 1.경 원고 회사에게 2014년 1기부터 2017년 2기까지의 부가가치세 및 2013사업연도부터 2017사업연도까지의 법인세에 관한 증액 경정ㆍ고지를 하였는데, 원고 회사는 조세심판원에 그에 대한 취소를 구하는 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2021. 6. 3. 위 법인세 및 부가가치세의 세액을 경정하라는 취지의 결정을 하였다. 피고 GGG세무서장은 위 조세심판원 결정에 따라, 원고 회사에 대한 재조사를 실시한 다음 2021. 7. 29. 이 사건 매출누락금액 일부를 감액하였고, 이를 반영하여 피고들은 이 사건 주식 1주당 가액을 387,665원으로 재평가한 다음, 이를 전제로 종전의 1주당 가액과의 차액 분을 반영하여 2021. 9.경 당초 처분 중 아래 표 ‘취소세액’ 란 기재 법인세, 양도소득세 및 증권거래세를 직권 취소하고, 원고들에게 이를 환급하였다 [이하 당초 처분 중 위와 같이 취소되고 남은 부분(아래 표 기재 ‘남은 세액’ 란 기재)을 ‘이 사건 처분’이라 한다]. [표 생략] [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8호증(가지번호 있는 것은 이를 각 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장

1. 과세관청이 납세자의 과세전적부심사를 받을 기회를 부당하게 박탈하여 과세처분을 하였다면 여기에는 납세자의 절차적 권리를 침해한 절차적 하자가 있고, 과세관청이 과세전적부심사청구 대상의 제외 요건은 엄격하게 해석하여야 한다.

2. ① 피고 GGG세무서장은 이 사건 세무조사를 통해 원고 회사가 이 사건 매출누락금액을 신고 누락한 사실을 알게 되었고, 그에 관한 과세자료도 모두 확보하고 있었으므로, 그 시점에 이 사건 주식의 1주당 가액을 재평가하여 원고들에게 이 사건 처분을 위한 과세예고통지를 할 수 있었던 점, ② 이 사건 감사 과정에서 2020. 8. 22. 이 사건 평가조서가 작성되었음에도 ○○지방국세청장의 피고 GGG세무서장에 대한 감사 지적은 2020. 12. 23.에야 이루어진 점, ③ 또한 피고 GGG세무서장이 ○○지방국세청장으로부터 감사지적을 받은 2020. 12. 23.은 원고 회사에 대한 법인세 부과제척기간 만료일(2021. 3. 31.)로부터 3개월 이상 앞서는 시점으로 그 때 곧바로 과세예고통지가 이루어졌다면 원고 회사의 과세전적부심사청구에 대하여 국세기본법 제81조의15 제3항 제3호 를 이유로 심사제외결정을 할 수 없었을 것인 점 등을 고려하면, 이 사건 처분에는 원고들이 과세전적부심사를 정당하게 받을 기회를 부당하게 박탈한 절차적 하자가 있으므로 이 사건 처분은 위법하다.

• 나. 관계 법령 별지 2. 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 관련 법리 1) 국세기본법 제81조의15 제1항 제3호 에 따르면, 세무서장 또는 지방국세청장은 납세고지하려는 세액이 100만 원 이상인 경우 미리 납세자에게 그 내용을 서면으로 통지하여야 한다. 또한 국세기본법 제81조의15 는 제2항 제2호에서 ‘제1항에 따른 과세예고통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 과세전적부심사를 청구할 수 있다’고 규정하면서, 제3항 제3호에서 ‘과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우에는 제81조의15 제2항을 적용하지 아니한다’고 규정하고 있다. 따라서 국세 부과제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우에는 과세예고통지를 받더라도 과세전적부심사를 청구할 수 없다.

2. 사전구제절차로서 과세전적부심사 제도가 가지는 기능과 이를 통해 권리구제가 가능한 범위, 이러한 제도가 도입된 경위와 취지, 납세자의 절차적 권리 침해를 효율적으로 방지하기 위한 통제 방법과 더불어, 헌법 제12조 제1항에서 규정하고 있는 적법절차의 원칙은 형사소송절차에 국한되지 아니하고, 세무공무원이 과세권을 행사하는 경우에도 마찬가지로 준수하여야 하는 점 등을 고려하여 보면, 과세예고통지 후 과세전적부심사 청구나 그에 대한 결정이 있기도 전에 과세처분을 하는 것은 원칙적으로 과세전적부심사 이후에 이루어져야 하는 과세처분을 그보다 앞서 함으로써 과세전적부심사 제도 자체를 형해화시킬 뿐만 아니라 과세전적부심사 결정과 과세처분 사이의 관계 및 불복절차를 불분명하게 할 우려가 있으므로, 그와 같은 과세처분은 납세자의 절차적 권리를 침해하는 것으로서 절차상 하자가 중대하여 위법하다고 보아야 할 것이다. 그러나 국세기본법 및 국세기본법 시행령이 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있거나 과세전적부심사에 대한 결정이 있기 전이라도 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있다는 등의 특별한 사정이 있는 경우에는 과세예고통지 후 과세전적부심사 청구나 그에 대한 결정이 있기 전에 과세처분을 하였다 하더라도 이를 위법하다고 볼 수는 없다(대법원 2012. 10. 11. 선고 2010두19713 판결, 대법원2016. 12. 27. 선고 2016두49228 판결 취지 참조).

• 라. 구체적 판단 앞서 든 증거에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 이 사건 처분이 이루어지는 과정에서 원고가 과세전적부심사를 받을 기회를 부당하게 박탈당함으로써 이 사건 처분에 국세기본법 제81조의15 에 따른 절차적 위법이 있다고 보기 어렵다.따라서 원고의 주장은 이유 없다.

1. 이 사건 매매로 인한 원고들의 법인세, 양도소득세 및 증권거래세의 부과제척기간은 국세기본법 제26조의2 제1항 에 따라 이를 ‘부과할 수 있는 날부터 5년’으로서, 원고 회사 법인세에 대한 부과제척기간의 종기는 2021. 3. 31.이고, 원고 양도인들의 양도소득세 및 증권거래세에 대한 부과제척기간의 종기는 2021. 2. 28.인바, 이 사건 각 처분일을 기준으로 그 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우이므로 국세기본법 제81조의15 제3항 제3호 에 따라 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유에 해당한다.

2. 또한 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 피고들이 원고들로 하여금 과세전적부심사를 받지 못하도록 고의로 과세예고통지 절차를 장기간 방치하였다거나 이 사건 처분을 위한 절차를 지연하였다고 보기 어렵다.

• 가) 피고 GGG세무서장은 이 사건 매출누락 등에 관한 사항을 반영하여 2018. 11.경 원고 회사에게 2015사업연도 법인세를 증액 경정ㆍ고지하였는데, 이 사건 매출누락으로 인하여 이 사건 주식의 1주당 평가액이 증액되고 그로 인해 원고 회사의 법인세에 영향을 미친다는 것은 매출누락 행위로 인해 필연적으로 수반하여 발생되는 것이라거나 쉽게 예상가능하다고 보기 어렵다. 따라서 피고 GGG세무서장이 이 사건 세무조사 이후 곧바로, 이 사건 주식 가액의 증액에 기인한 원고 회사 법인세와 원고 양도인들의 양도소득세 및 증권거래세(이는 납세의무자 및 세목도 상이하다)를 증액 경정하지 않은 것을 두고, 처분청이 고의로 이 사건 각 처분을 지연하였다고 단정할 수는 없다.
• 나) 이 사건 감사 과정에서 이 사건 평가조서가 2020. 8. 22.에 작성되기는 하였으나, 이는 감사 담당공무원이 위 감사 절차 진행 중에 그 내용을 확인하고 검토하여 작성한 기초 자료에 불과하고, 평가조서 작성으로 인해 곧바로 감사 지적사항이 결정된다거나 그대로 감사 결과가 통보되는 것은 아닌 점, 이 사건 감사는 과세관청 내부에서 상급기관이 하급기관에 대하여 하는 업무 감사로서, ○○지방국세청장은 2020. 9.경 업무 담당자들에 의한 감사 업무 수행이 종료된 후 처분청인 피고 GGG세무서장에게 질문서 발부, 답변서 수령, 지방국세청 및 국세청 본청 내부에서의 감사 결과에 대한 회의, 감사결과 보고 등의 과정을 거쳐 최종적으로 2020. 12. 23. 피고 GGG세무서장에게 이 사건 각 처분에 관한 지시를 하였는바, 이러한 일련의 과정에 비추어 볼 때, 고의적인 감사 절차 지연 및 결과 통보 지연이 있었다는 사정을 찾아보기 어렵다.
• 다) 피고 GGG세무서장은 2020. 12. 23. ○○지방국세청으로부터 이 사건 감사 결과를 통보받은 다음, 불과 13일이 경과한 2021. 1. 5. 원고들에게 과세예고통지를 하였는바, 과세예고통지 절차를 고의로 지연하였음을 인정할 아무런 증거가 없다.

3. 이미 이 사건 매출누락금액은 조세심판원의 2021. 6. 3. 결정을 통해 조정되어 그 가액이 확정되었고(그에 관하여 원고 회사도 더 이상 다투지 않았다), 이 사건 주식의 정당한 1주당 가액을 산정하는 것은 그 확정된 매출누락금액을 원고 회사의 순자산가치 및 순손익가치에 반영하는 기술적인 문제인 점, 원고들은 과세전적부심사 절차를 거치지 않더라도 이의신청, 심사청구, 심판청구, 행정소송 등을 통하여 과세처분에 대하여 다툴 수 있는 절차적 기회가 보장되어 있었고, 원고들에게 실질적인 불이익이 발생하였다고 보기 어려운 점 등에 비추어 보면, 설령 원고들의 절차적 권리가 다소 침해되었다고 가정하더라도, 그 정도가 이 사건 각 처분을 취소하여야 할 정도에 이른다고 보기는 어렵다.

그렇다면 원고들의 각 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.