재화 또는 용역의 공급과 대가관계에 있는지 여부에 따라 부가가치세의 과세표준에 포함되는지가 결정됨

사 건 2022구합50076 부가가치세등부과처분취소 원 고 KKK 피 고 NN세무서장 변 론 종 결

2023. 5. 19. 판 결 선 고

2023. 7. 14.

1. 피고가 20. 7. 1. 원고에 대하여 한 2016년 1기분 부가가치세 ,286,840원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. 원고는 20. 6. 3.부터 MMMMM를 운영하면서 20. 8. **.부터 국내 암환자를 대상으로 면역세포치료 용역(이하 ‘이 사건 용역’이라 한다)를 제공하고 있는 사람이다.
• 나. 이 사건 용역의 개요는 원고가 국내에서 암환자들을 모집한 후 해당 환자들의 혈액을 채취하여 일본에 소재하고 있는 주식회사 BBBBB(이하 ‘BBBBB’라 한다)에 채취한 혈액을 인편으로 전달하고, BBBBB에서는 해당 혈액을 일본 소재 SSSSS에 전달하여 해당 혈액에 면역세포를 배양한 후 다시 BBBBB에 배양 혈액을 전달하면 BBBBB에서 배양 혈액을 다시 원고에게 전달하고, 원고는 배양 혈액을 국내로 들여와 암환자들에게 수혈하는 것이다.
• 다. ○○지방국세청은 20. 1. 21.부터 20. 2. 19.까지 원고를 개인통합조사대상자로 선정하여 20~20년 과세기간에 대하여 세무조사를 실시하였는데, 그 과정에서 20년 제1기 귀속 부가가치세와 관련하여 해당 과세기간 동안 원고의 사업용 계좌에 입금된 매출누락금액 ,305,686원과 원고의 동서인 소외 KKY 명의의 계좌(이하 ‘이 사건 차명계좌’라 한다)에 입금된 매출누락액 ,090,909원을 확인하였고, 피고에게 과세자료로 통보하였다.
• 라. 이에 피고는 20. 7. 1. 원고의 20년 제1기 귀속 부가가치세 **,286,849원(가산세 포함)을 부과하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 마. 원고는 이에 불복하여 20. 7. 28. 국세청장에게 심사청구를 하였으나, 국세청장은 20. 9. 16. 원고의 심사청구를 기각하였다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 5, 6호증, 을 제1호증의 각 기재(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 이 사건 처분은 아래와 같이 과세표준 및 세액을 잘못 산정하였거나 처분사유가 부존재하는 하자가 있어 위법하다.

1. 면역세포치료 관련 부가가치세 부분에 관한 주장

• 가) 원고가 환자들에게 공급한 용역은 알선용역에 불과하므로, 부가가치세의 과세표준 역시 환자들로부터 지급받은 전체 금원이 아니라 알선수수료 상당액으로 한정되어야 한다. 뿐만 아니라 이 사건 용역의 중요하고 본질적인 부분은 ‘면역세포 배양’인데 이는 국외인 일본에서 이루어졌고, 이 사건 용역은 국내에서 국내 사업장이 없는 외국법인에게 사업지원서비스를 제공한 것이므로 영세율이 적용되어야 한다(이하 ‘①주장’이라 한다).
• 나) 설령 이 사건 용역의 성격을 달리 본다 하더라도, 원고가 BBBBB에 지급한 면역세포 배양비용은 명백히 원고가 제공한 용역의 대가가 아니므로 부가가치세 과세표준에서 제외되어야 한다. 과세사실판단자문위원회에서도 ‘원고를 면역세포치료에 관한 용역제공의 주공급자로 볼 수 없으며, 원고가 제공한 대행용역과 대가관계에 있는 금액은 고객으로부터 지급받은 전체 수탁금 중 BBBBB에 지급되는 부분을 제외한 나머지 금액에 한정된다.’고 의결하였음에도 피고가 위와 같은 과세사실판단자문위원회의 심의의결에 따르지 않고 이 사건 처분을 하였는바, 이는 자기구속의 원칙에도 위배된다(이하 ‘②주장’이라 한다).

2. 면역관문억제제 관련 부가가치세 부분에 관한 주장 원고는 환자들의 의뢰를 받아 면역관문억제제인 키트루다, 옵디보를 구해주고 수수료를 받았을 뿐이므로 이는 그 실질이 구매대행 용역에 해당한다. 따라서 위 용역과 대가관계가 있는 구매대행 수수료 부분만이 부가가치세 과세표준에 해당한다(이하 ‘③주장’이라 한다).

3. 가산세 부분에 관한 주장 원고는 ‘사기 기타 부정한 행위’를 한 사실이 없어 부당과소신고가산세 부과요건 이 존재하지 않으므로, 이 사건 처분 중 가산세 부분은 처분사유가 존재하지 않아 위법하다(이하 ‘④주장’이라 한다).

• 나. 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같다.
• 라. 판단

1. ①주장에 관한 판단

• 가) 이 사건 용역의 성격에 대한 판단 앞서 든 증거들, 갑 제1, 2, 7호증, 을 제2, 3, 12호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합해 보면, 원고가 제공한 용역은 단순한 ‘의료행위 알선용역’이 아니라 국내의 환자들에 대한 ‘면역세포치료용역’으로 판단된다. 따라서 이와 다른 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.

(1) 원고와 환자들, 원고와 BBBBB 사이에는 각 계약관계가 있으나, 환자들과 BBBBB 사이에는 어떠한 직접적 계약 내지 법률관계도 없었던 것으로 보인다.

(2) 원고는 환자들을 대상으로 한 광고팸플릿에서 ’당사의 NK복합면역세포요법‘이라는 표현을 사용하였다. 위 팸플릿에 ’일본 SSSSS에서 배양한 NK복합면역세포‘, ’원고는 일본 SSSSS와 BBBBB의 공식 한국대행사입니다.‘라는 기재가 있기는 하나, 환자들이 이를 구분하여 받아들였을 것으로 보기는 어렵고, 일본에서 생산된 면역세포를 이용한 치료 과정을 관리하고 실행하는 전체적인 용역을 원고가 환자들에게 제공한다는 의미로 받아들였을 것으로 보인다.

(3) 실제로 원고가 국내에서 환자들의 혈액을 채취하여 일본으로 보내면, 일본의 SSSSS, BBBBB에서 위 혈액의 면역세포를 배양하여 원고에게 보내고, 원고는 국내에서 간호사를 직접 구하거나 환자가 입원해 있는 병원 의료진의 도움을 받아 위 면역세포를 환자에게 주사하였다. 즉 실제로도 면역세포 배양을 제외한 나머지 채혈, 주사 등 치료행위로 볼 수 있는 과정은 모두 원고의 관리에 따라 국내에서 이루어졌다.

(4) 원고가 BBBBB와 체결한 의료업무제휴계약에서는, 면역세포요법을 포함한 환자의 치료비 및 검사료 등을 원고가 부담하도록 규정하고 있고(제3조 제2, 3항), 원고가 환자들로부터 수령한 수탁금 중 BBBBB의 몫인 만 엔(1회당 비용)과 원고 몫인 대행수수료 10%(부칙 제3조)를 제외한 나머지 차감금액도 원고가 경비로 사용할 수 있도록 정하고 있다. 즉 BBBBB는 위 만 엔을 수령하는 것과 관련된 이외에는 아무런 권리나 의무를 부담하지 않은 것으로 보이고(실제로도 BBBBB가 원고가 환자들로부터 수령한 나머지 수탁금이나 경비지출 내역 등에 관여하거나 정산하였던 사정도 보이지 않는다), 그 외의 권리나 의무 일체가 원고에게 부여되어 있었던 것으로 보이는바, 이는 단순한 알선대행업자의 지위와는 부합하지 않는다.

(5) 원고는 환자들로부터 받은 돈 중 알선수수료만을 구분하여 지급받거나 보관하지 않았고, 이를 장부에 구분 기재하여 관리하지도 않았다.

• 나) 영세율 주장에 관한 판단

(1) 구 부가가치세법(2016. 12. 20. 법률 제14387호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제20조 제1항 제1호는 용역이 공급되는 장소를 ‘역무가 제공되거나 재화·시설물 또는 권리가 사용되는 장소’라고 규정하고 있으므로 과세권이 미치는 거래인지는 용역이 제공되는 장소를 기준으로 판단하여야 하는데, 외국법인이 제공한 용역의 중요하고도 본질적인 부분이 국내에서 이루어졌다면 그 일부가 국외에서 이루어졌더라도 용역이 공급되는 장소는 국내라고 보아야 한다(대법원 2006. 6. 16. 선고 2004두7528, 7535 판결, 대법원 2016. 2. 18. 선고 2014두13829 판결 등 참조).

(2) 원고는 이 사건 용역의 중요하고 본질적인 부분이 ‘면역세포 배양’으로서 국외에서 이루어졌다거나, 이 사건 용역이 외국법인인 BBBBB의 사업지원서비스 용역에 해당한다는 전제에서 영세율이 적용되어야 한다고 주장하나, 앞서 본 바와 같이 이 사건 용역은 ‘면역세포치료용역’에 해당하고, 그 핵심적인 부분인 환자들에 대한 채혈, 주사 등 치료행위나 그에 부수된 것으로 볼 수 있는 행위가 모두 국내에서 이루어진 점 등을 고려하면, 이 사건 용역의 중요하고 본질적인 부분이 이루어진 곳은 국내라고 봄이 타당하다. 따라서 이와 다른 원고의 이 부분 주장도 받아들이지 않는다.

2. ②주장에 관한 판단

• 가) 관련 법리 구 부가가치세법 제29조 제1항 은 ‘재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.’고 규정하고 있고, 제3항에서는 ‘제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지아니한다.’고 하면서 제1호에서 ‘금전으로 대가를 받는 경우: 그 대가’를 규정하고 있다. 따라서 재화 또는 용역의 공급과 대가관계에 있는지 여부에 따라 부가가치세의 과세표준에 포함되는지가 결정될 것이고, 단순히 재화 또는 용역의 공급자가 거래상대방을 위하여 그가 부담하는 비용을 재화 또는 용역공급에 따른 대가와 구분하여 편의상 함께 수령하여 납부를 대행한 것에 불과하다면 그 비용은 재화 또는 용역의 공급과 대가관계에 있다고 볼 수 없다(대법원 2007. 9. 6. 선고 2007두9778 판결 등 참조). 한편, 구 부가가치세법상의 과세요건인 재화나 용역의 공급 등 거래가 있었는지 여부나 과세표준인 공급가액에 대한 입증책임은 원칙적으로 과세관청에 있는 것이므로, 단지 장부상 기장되었다 하여 그 입증책임이 납세의무자에게 전환된다고 할 수는 없다(대법원 1992. 9. 22. 선고 92누2431 판결 등 참조).
• 나) 구체적 판단 앞서 든 증거들, 갑 제8 내지 11호증, 을 제8, 10호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합해 보면, 피고가 제출한 증거들만으로는 원고가 환자들로부터 수령하여 BBBBB에 지급한 면역세포 배양비용에 해당하는 부분까지 원고의 이 사건 용역과 대가관계가 있다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 면역세포 배양비용은 부가가치세의 과세표준에서 제외되어야 하고, 이를 지적하는 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

(1) 원고는 이 사건 과세기간(20. 1. 1.부터 20. 6. 30.까지)동안 환자들로부터 지급받은 돈 중 합계 *,565만 엔 상당의 면역세포 배양비용을 BBBBB에 지급한 것으로 보인다. 환자들이 지급해야 하는 면역세포 배양비용은 1회당 **만 엔이며, 이는 원고가 BBBBB에 지급해야 하는 비용과 동일한 금액이었다. 이것이 이 사건 용역 수행 과정에서 필수적으로 지출되는 부분인 점까지 종합해 보더라도, 위 비용은 원고가 환자들로부터 수령하여 그 납부만을 대행한 것으로 평가할 수 있다.

(2) 면역세포 배양비용은 1회당 **만 엔의 정액이므로 환자가 함께 보낸 다른 비용과 쉽게 분리할 수 있다. 원고와 BBBBB도 면역세포 배양비용에 관하여는 매주 지급금 및 미지급금 등을 관리하여 상호 정산을 해왔던 것으로 보인다.

(3) ○○지방국세청은 원고에 대한 세무조사 중 이 사건 용역의 성격과 과세표준 산정방법 등에 관하여 납세자보호담당관에게 과세사실판단자문신청을 하였고, 과세사실판단자문위원회는 20**. 4. 15.경 ‘원고 사업장의 부가가치세 과세표준’에 관하여 ‘원고가 BBBBB에 지급한 배양비를 제외한 금액이 부가가치세 과세표준에 해당한다.’고 판단하여 ‘일부과세’로 의결하였다. 피고가 과세사실판단자문위원회의 의결에 반드시 따라야 하는 법률상 의무가 있는 것은 아니라 하더라도, 과세관청 내부의 전문가들로 구성된 위 위원회의 판단은 특별한 사정이 없는 한 최대한 참작하고 존중함이 타당하다.

4. ③주장에 관한 판단 한편 을 제4 내지 7, 9, 13호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, ① 원고가 2016년부터 암치료에 사용되는 고가의 면역관문억제제인 ‘키트루다’, ‘옵디보’를 여러 판매처로부터 구매해 왔던 점, ② 원고는 환자들의 의뢰를 받아 이를 구입한 것이라고 하나, 환자들의 의뢰수량과 원고의 구매수량이 일치하지 않고, 재고 수량이 약 %(20년 기준, 총 구매량 100개, 환자들 의뢰 수량 92개)로 적지 않아, 이를 구매대행 과정에서 일시적으로 발생한 것으로 보기도 어려운 점, ③ 실제 원고가 환자들로부터 약제 구매대금과 구매대행 수수료를 구분하여 수령하거나 따로 관리하지도 않았던 점 등이 각 인정된다. 그렇다면 위와 같은 사정들을 종합할 때 원고는 환자들에게 면역관문억제제의 구매대행 용역을 공급한 것이 아니라 재화인 면역관문억제제를 공급한 것으로 보일 따름이고, 그와 달리 볼 만한 사정이 없다. 따라서 이와 다른 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.

5. ④주장에 관한 판단

• 가) 관련 법리 구 국세기본법(2016. 12. 20. 법률 제14382호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제47조의3 제2항이 부정행위로 인한 과소신고의 경우 가산세를 중과하는 이유는 국세의 과세표준 또는 세액 계산의 기초가 되는 사실의 전부 또는 일부를 은폐하거나 가장하는 경우에는 조세의 부과와 징수가 불가능하거나 현저히 곤란하므로, 납세의무자로 하여금 성실하게 과세표준을 신고하도록 유도하기 위하여 부정행위에 의하지 아니한 일반 과소신고의 경우보다 훨씬 높은 세율의 가산세를 부과하는 제재를 가하려는 것이다. 따라서 구 국세기본법 제47조의3 제2항 제1호 가 규정하는 ‘부정행위로 과소신고한 경우’에 해당하기 위해서는 국세에 관한 과세요건사실의 발견을 곤란하게 하거나 허위의 사실을 작출하는 등의 부정한 적극적인 행위에 의하여 과세표준을 과소신고하는 경우에 해당하여야 하고, 또한 국세 납부의무를 면탈함으로써 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있어야 한다(대법원 2013. 11. 28. 선고 2013두12362 판결, 대법원 2015. 1. 15. 선고 2014두11618 판결 등 참조).
• 나) 구체적 판단 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 이 사건 차명계좌를 이용하여 이 사건 용역대금 및 면역관문억제제 판매대금을 지급받고도 해당 매출액을 부가가치세 과세표준 신고에서 누락하였으며, 장부에도 위 매출액을 기재하지 않았던 사실을 각 인정할 수 있다. 여기에 부가가치세는 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 신고함으로써 조세채무가 확정되는 신고납세방식이므로 납세의무자가 스스로 적법한 신고를 하지 않는 이상 과세관청으로서는 그 탈루사실을 포착하기 대단히 어려운 점까지 더해 보면, 원고가 이 사건 차명계좌 등에 입금된 매출액에 대한 신고를 누락한 행위는 구 국세기본법 제47조의3 제1항 제1호 의 ‘부정행위로 과소신고한 행위’로 평가하기에 충분하고, 이는 당연히 국가의 조세수입의 감소로 귀결되는 것이어서 원고에게 조세수입의 감소에 대한 인식도 있었다고 보는 것이 경험칙과 논리칙에 부합한다. 따라서 원고에 대하여 부당과소신고가산세를 부과한 이 부분 처분은 적법하고, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 받아들이기 어렵다.

6. 취소의 범위

• 가) 과세처분 취소소송에서 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단하는 것이다. 당사자는 사실심 변론종결 시까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야할 것이지만, 그렇지 아니한 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없으며, 그 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 부과할 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니다(대법원 1995. 4. 28. 선고 94누135** 판결, 대법원 2015. 9. 10. 선고 2015두622 판결 등 참조).
• 나) 앞서 본 바와 같이 이 사건 처분은 그 과세표준에서 이 사건 용역과 대가관계가 없는 면역세포 배양비용을 포함하고 있어 위법하다. 그러나 이 사건에서 제출된 자료만으로는 원고에 대한 정당한 20년 1기분 부가가치세 과세표준에 따른 정당한 세액을 도저히 산출할 수 없으므로(위 과세표준에서 제외되어야 하는 면역세포 배양비용은 모두 엔화로 지급되었으므로 각 지급일자의 환율에 따른 계산이 이루어져야 할 것으로 보이는데 그에 대한 자료가 제출되어 있지 않아 이 부분 정당한 세액 계산이 불가능하다), 이 사건 처분 전부를 취소하기로 한다[앞서 본 바와 같이 부당과소신고가산세 부분의 처분사유는 인정되나, 부가가치세 본세 부분이 모두 취소되는 이상 가산세만을 따로 부과할 수 없으므로 이를 함께 취소할 수밖에 없다(대법원 2014. 4. 24. 선고 2013두128 판결 등 참조)].

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로, 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한