1세대 1주택 비과세 특례규정의 중복 적용 여부

사 건 2022구단71793 양도소득세경정거부처분취소 원 고 이AA 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2023. 5. 17. 판 결 선 고

2023. 7. 26.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 20. . . 원고에게 한 20년 귀속 양도소득세 원의 경정청구 거부처분을 취소한다.

• 가. 원고는 20. *. .

○○ ○○○ ○○아파트

○○ 호(이하 ‘이 사건 종전주택’이라 한다)를 ***원에 취득하였다.

• 나. 원고는 20. . *.

○○

○○○

○○ 다세대주택(이하 ‘이 사건 장기임대주택’이라 한다)을 매매대금 원에 매수하는 계약을 체결하고 20. . . 임대사업자 등록을 한 후 20. **. *. 원고의 명의로 소유권이전등기를 마쳤다.

• 다. 이후 20. . **.

○○

○○○

○○○ 다가구주택(이하 ‘이 사건 공동 상속주택’이라 한다) 중 원고의 배우자인

○○○ 및

○○○ 가 각 30/100 지분,

○○○ 이 40/100 지분을 취득하기로 하는 상속재산 협의분할을 하였고, 20. *. . 위 각 지분에 관하여

○○○,

○○○,

○○○ 명의로 각 소유권이전등기가 마쳐졌다.

• 라. 원고와

○○○ 은 20. . **.

○○

○○○

○○○아파트 제

○○ 호(이하 ‘이 사건 신규주택’이라 한다)를 매매대금 원에 공동매수하는 계약을 체결하였고 20. *. **. 각 1/2지분에 관하여 원고와

○○○ 명의로 각 소유권 이전등기를 마쳤다.

• 마. 이후 원고는 20. . . 이 사건 종전주택을 *원에 양도하였는데, 그 당시 원고가 소유하고 있었던 부동산의 현황은 다음 표 기재와 같다.
• 바. 이에 대하여 원고는 피고에게, 1세대 1주택 비과세 특례를 적용하여 20. . . 20년 귀속 양도소득세 원을 예정신고․납부하였다가, 위 비과세 특례의 적용을 배제하여 20. . . 20년 귀속 양도소득세 원을 수정신고․납부하였다.
• 사. 이후 원고는 이 사건 종전주택의 양도에는 1세대 1주택 비과세 특례가 적용되어 야 한다는 사유로 20. . . 피고에게 기납부한 20년 귀속 양도소득세의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고는 20. . **. 원고에게 ‘1세대 4주택 비과세는 허 용되지 않는다.’는 사유로 이를 거부한다는 통지를 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한 다).
• 아. 원고는 이에 불복하여 20. *. . 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판 원은 20. . **. 청구 기각 결정을 하였다.

• 가. 원고의 주장 원고는 이 사건 종전주택을 취득한 20. *. .부터 1년이 경과한 20. . . 이 사건 신규주택을 취득하였고 그로부터 1년 내인 20. . . 위 종전주택을 양도한 후 위 신규주택에 전입신고를 마쳐 위 종전주택에 대하여 구 소득세법 시행령(2022. 2. 15. 대통령령 제32420호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제155조 제1항의 요건을 충족하고, 이 사건 공동상속주택은 원고의 배우자 지분 30%를 포함하여 3자녀가 4:3:3의 비율로 상속하였으므로 원고의 배우자 지분은 구 소득세법 시행령 제155조 제3항에 따라 주택 수에서 제외되어야 하며, 원고는 임대사업자 등록을 한 임대사업자로서 거주주택인 위 종전주택 양도시 구 소득세법 시행령 제155조 제20항 에 따라 이 사건 장기임대주택은 원고의 주택 수에서 제되어야 한다. 따라서 이 사건 신규주택, 공동상속주택 및 장기임대주택은 구 소득세법 시행령 제155조 제1항, 제3항 및 제20항에서 규정한 특례요건에 모두 해당된다. 나아가 구 소득세법 시행령 제155조 는 양도소득 및 투기를 목적으로 양도하는 것이 아닌 것으로 세법상 인정되는 경우를 구체적으로 열거한 것으로 그 사유와 국면이 다 르므로 위 규정의 각 항에 부합하는 주택을 동시에 보유하고 있다면 중첩 적용을 배제 시킬 이유가 없는 점, 소득세법령은 1세대 1주택 비과세 특례의 적용을 배제하는 명시 적 규정을 두고 있지 아니하므로 각 특례규정의 중첩 적용이 가능하다고 본 입법자의 의사가 반영된 것이고, 다수의 행정 해석례 및 과세실무도 중첩 적용을 인정하여 온 점 등을 고려하면, 명문의 근거 없이 특례규정의 적용범위를 임의로 제한하는 것은 조 세법률주의 및 특례규정의 취지에 명백히 반하는 것일 뿐만 아니라 구체적 타당성에도 반하는 것인바, 이 사건 종전주택의 양도에 있어 1세대 1주택 비과세 특례가 적용되어 야 하므로, 피고가 이와 다른 전제에서 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 관련 규정 및 법리 구 소득세법(2021. 12. 8. 법률 제18578호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제94조 제1항은 해당 과세기간에 발생한 ‘토지 또는 건물의 양도로 발생하는 소득’(제1호)을 원칙적으로 과세대상으로 규정하고 있다. 위 원칙에 대한 예외로서 구 소득세법 제89조 제1항 제3호 는 ‘다음 각 목의 어느 하 나에 해당하는 주택과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으 로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 발생하는 소득에 대해서 는 양도소득세를 과세하지 아니한다.‘고 규정하면서, 가목에서 ’1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택‘, 나목에서 ’1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택‘을 규정하고 있다. 그 위임에 따라 구 소득세법 시행령 제154조 제1항 은 ’법 제89조 제1항 제3호 가목에서 “대통령령으로 정하는 요건”이란 1세대가 양도일 현재 국내에 1주택을 보유하고 있는 경우로서 해당 주택의 보유기간이 2년 이상인 것을 말한다.‘고 규정하고, 제11항은 ’법 제89조 제1항 제3호 나목에서 “대통령령으로 정하는 주택”이란 제155조에 따른 1세대 1주택의 특례에 해당하여 이 조를 적용하는 주택을 말한다.‘고 규정하고 있다. 나아가 구 소득세법 시행령 제155조 는 1세대 1주택의 외연을 예외적으로 확장하는 특례로서 ’국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(이하 “종전의 주택”이라 한다)을 양도하기 전에 다른 주택(이하 “신규 주택”이라 한다)을 취득함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 신규 주택을 취득하고다음 각 호에 따라 종전의 주택을 양도하는 경우‘(제1항)와 ’장기임대주택 또는 장기가정어린이집과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 “거주주택”이라 한다)을 양도하는 경우‘(제20항)는 제154조 제1항을 적용한다고 규정하고, 제3항에서 ’제154조 제1항을 적용할 때 공동상속주택 외의 다른 주택을 양도하는 때에는 해당 공동상속주택은 해당 거주자의 주택으로 보지 아니한다.‘고 규정하고 있다. 한편 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론 하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운 데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원 칙에도 부합한다(대법원 1998. 3. 27. 선고 97누20090 판결 등 참조).

2. 구체적 판단 위 관련 규정과 인정사실 및 앞서 든 각 증거를 종합하면 알 수 있는 다음의 각 사 정 등에 비추어 보면, 구 소득세법 시행령 제155조 제1항 과 제20항은 중복하여 적용할 수 없고, 이를 전제로 하면 원고의 경우 1세대 1주택자에 해당하지 아니하므로, 이러한 전제에 선 이 사건 처분은 적법하다. 따라서 원고의 주장은 이유 없다.

• 가) 구 소득세법 제94조 제1항 이 주택의 양도소득(제1호)을 과세대상 소득으로 열거하고 있는 이상 주택의 양도로 인한 양도소득이 발생하면 그에 대하여 양도소득세를 과세하는 것이 원칙이다. 그럼에도 구 소득세법 제89조 제1항 제3호 에서 1세대가 1주택을 소유하다가 양도하는 경우를 양도소득세의 비과세대상으로 규정하고 있는바, 이는 원칙에 대한 예외규정에 해당하는데, 이와 같이 ’1세대 1주택‘의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여 소득세를 부과하지 아니하는 취지는, 주택은 국민의 주거생활 의 기초가 되는 것이므로, 1세대가 국내에 소유하는 1개의 주택을 양도하는 것이 양도 소득을 얻거나 투기를 할 목적으로 일시적으로 거주하거나 소유하다가 양도하는 것이 아니라고 볼 수 있는 일정한 경우에는, 그 양도소득에 대하여 소득세를 부과하지 아니 함으로써 국민의 주거생활의 안정과 거주이전의 자유를 세법이 보장하여 주려는 데에 있다(대법원 1993. 1. 19. 선고 92누12988 판결 등 참조).
• 나) 나아가 구 소득세법 시행령 제155조 는 부득이한 사정으로 2주택을 보유할 수밖에 없는 상황에 대한 배려로 1세대 1주택의 외연을 예외적으로 확장하는 특례를 규정하여 실제로는 1세대 1주택의 양도가 아님에도 1세대 1주택의 양도로 의제하고 있다. 이러한 시행령 조항은 예외의 예외를 규정하는 것인 점, 이는 1세대 3주택 이상의 경우에 대한 중과세율 적용과 달리 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정으로 보 이는 점 등을 고려하면, 법문대로 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합한 다고 할 것이다.

(1) 먼저 구 소득세법 시행령 제155조 제1항 은 ’국내에 1주택을 소유한 1세대 가 그 주택(종전의 주택)을 양도하기 전에 다른 주택(신규 주택)을 취득함으로써 일시 적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 신규 주택 을 취득하고 종전의 주택을 양도하는 경우 제154조 제1항을 적용한다.‘고 규정하고 있

• 다. 위 규정은 종전의 주택을 양도한 후에 신규 주택을 취득한 경우에만 양도소득세를 비과세한다면 주택거래의 현실상 일정 기간 무주택 상태가 부득이하게 초래될 수 있으 므로, 이러한 불합리를 시정하고자 하는 데 그 취지가 있다. 그러나 ① "세대"란 세대주를 중심으로 이루어진 가족을 가리키고 "주택"이란 사람의 주거용인 건물을 가리키는 것임은 사전상으로 명백하므로 "1세대 1주택"이란 세대 주를 중심으로 하는 1가족이 소유하는 1채의 주거용 건물을 의미하는 것인 점(헌법재 판소 1997. 2. 20. 선고 95헌바27 전원재판부 결정 참조), ② 법문상 종전 주택을 소유하는 자가 취득하는 다른 주택과 합하여 2주택이 된다고 규정하고 있는 점 등에 비추어, 위 ’1주택을 소유한 1세대‘의 1주택은 사실적 개념으로서의 ’하나의 주택‘을 의미한다고 봄이 타당하다.

(2) 또한 구 소득세법 시행령 제155조 제20항 은 ’장기임대주택과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 제1호와 제2호의 요건을 충족하고 해당 1주택(거 주주택)을 양도하는 경우 제154조 제1항을 적용한다.‘고 규정하고 있다. 위 규정의 취 지가 임대주택의 공급을 활성화함으로써 서민․중산층의 주거안정을 지원하기 위하여 임대주택사업자의 거주용 주택에 대한 세제지원을 하는 데 있음을 고려하더라도, 법문 상 장기임대주택 외 거주주택인 1주택을 소유하고 있는 1세대로 한정하고 있으므로, 위 ’주택‘도 사실적 개념으로서의 ’하나의 주택‘을 의미한다고 봄이 타당하다.

(3) 다만 구 소득세법 시행령 제155조 제3항 은 ’제154조 제1항을 적용할 때 공동상속주택 외의 다른 주택을 양도하는 때에는 해당 공동상속주택은 해당 거주자의 주택으로 보지 아니한다.‘고 규정하고 있는바, ① 위 규정은 공동으로 주택을 소유하는 경우에도 주택 수를 계산할 때 공동소유자 각자가 그 주택을 소유한 것으로 보는 규정 (구 소득세법 시행령 제154조의2)에 대하여 상속주택에 한하여 예외규정을 두어 공동소유자 중 한 사람의 소유 주택으로 보도록 함으로써 거주자가 공동상속주택 이외의 소유주택을 양도하는 경우 소수지분을 가진 상속인은 상속주택의 지분소유에 대해서는 주택이 없는 것으로 보기 위한 ’공동상속인 사이의 공동상속주택의 소유자‘를 판단하기 위한 규정이라고 할 것인 점(대법원 2020. 11. 12.자 2020두46042 판결 참조), ② 위 규정의 적용요건으로 공동상속주택만을 규정하고 있을 뿐 다른 요건을 부가하고 있지 아니한 점 등에 비추어 볼 때, 구 소득세법 시행령 제155조 제1항, 제20항 등을 적용 함에 있어 공동상속주택은 그 보유주택 수에 산입되지 않는다고 봄이 타당하다.

• 다) 따라서 구 소득세법 시행령 제155조 제1항 과 제20항은 중복하여 적용할 수 없고(대법원 2010. 1. 14. 선고 2007두26544 판결의 취지 참조), 다만 같은 조 제3항은 위 각 조항 등과 중복하여 적용할 수 있다고 할 것인바, 원고는 이 사건 종전주택 양도 당시 이 사건 종전주택, 장기임대주택, 공동상속주택 및 신규주택을 소유하고 있었으므로, 설령 주택 수 산정에 있어 위 공동상속주택을 제외하더라도 원고의 경우 1세대 1주택자에 해당하지 아니한다고 봄이 상당하다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.