쟁점주택이 장기임대주택에 대한 양도소득세 감면 대상인지

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2022. 1. 27. 원고에게 한 2021년 과세연도 양도소득세 경정청구 거부처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2011. 3. 15. 모(母)인 BBB(이하 ‘망인’이라 한다)가 1996. 11. 30. 취득한 서울 XX구 XX동 XX-X 다세대주택 제지하층 제XXX호 및 제지하층 제XXX호(이하‘①주택’이라 한다)를 상속재산 협의분할을 통해 취득하였다.
• 나. 망인은 1998. 9. 12. 서울 XX구 XX동 XX-X 지상 X층 주택(이하 ‘②주택’이라하고, ①주택과 통칭시 ‘이 사건 각 주택’이라 한다)을 취득하였고, 위 주택은 2003. 11. 19. 철거 및 멸실되어 2004. 5. 3. 같은 지번 지상 X층 주택(이하 ‘신축 주택’이라 한다)으로 신축되었다고, 이 사건 각 주택의 현황은 다음과 같다.
• 다. 이후 원고는 다음과 같이 신축 주택 중 일부를 취득하였다.
• 라. 이후 원고는 2021. 7. 30. ①주택을 XXX,XXX,XXX원에 양도하고 2021. 9. 23. 피고 에게 2021년 귀속 양도소득세 XXX,XXX,XXX원을 신고․납부하고, 2021. 12. 8. 피고에게 ①주택이 조세특례제한법 제97조 에 따라 양도소득세 면제대상이므로 기납부한 위 양도소득세를 환급하라는 내용의 경정청구를 하였다.
• 마. 이에 대하여 피고는 2022. 1. 27. 원고에 대하여 ‘②주택이 1986. 1. 1.부터 2000. 12. 31.까지의 기간 중 신축한 국민주택에 해당되지 않고, 이 사건 각 주택이 2000. 12. 31. 이전에 임대가 개시되었다는 사실도 확인되지 아니하여 조세특례제한법 제97조 의 장기임대주택에 대한 양도소득세 감면에 해당하지 않는다.’는 이유로 경정청구를거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 바. 원고는 이에 불복하여 2022. 4. 8. 국세청장에게 심사청구를 하였으나, 국세청장은 2022. 7. 20. 심사청구를 기각하였다. 【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8호증(각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 피고가 원고에 대하여 이 사건 처분은 다음과 같은 이유로 위법하다. 1) 조세특례제한법 제97조 제1항 은 양도소득세의 감면 대상자인 양도자 요건을‘대통령령이 정하는 거주자’로, 감면 대상인 양도 임대주택 요건을 ‘다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 국민주택’으로 구분하여 규정하고 있는바, ① 위 양도자 요건을 위임받은 같은 법 시행령 제97조 제1항은 ‘임대주택을 5호 이상 임대하는 거주자’라고만 규정하고 있는 점, ② 조세특례제한법 시행령 제97조 제5항 제4호 는 ‘5호 미만의 주택을 임대한 기간은 주택임대기간으로 보지 아니할 것‘이라 규정하고 있는데, 이는 임대주택의 임대기간을 계산함에 있어 같은 법 제97조 제1항 각 호에 따른 임대주택뿐만 아니라 거주자가 임대하는 다른 주택까지 포함하여 최소 5호일 것을 요구하는 것인 점, ③ 조세특례제한법 시행령 제97조의2 제1항 은 같은 시행령 제97조 제1항과 달리 5호 미만의 주택을 조세특례제한법 제79조 제1항 각 호에 해당하는 임대주택을 말한다고 특정하고 있는 점 등을 고려하면, 조세특례제한법 제97조 제1항 의 임대주택은 문언 그대로 해석하여야 하고 조세특례제한법 제97조 제1항 각 호가 규정한 임대주택의 요건을 충족하여야 하는 것은 아니다.

2. 망인은 2000. 12. 31. 이전에 ①주택 X개 호수, ②주택 X개 호수를 임대하였는바, 원고의 ①주택의 양도는 조세특례제한법 제97조 제1항 이 정한 ’2000년 12월 31일이전에 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우‘의 요건도 충족하였으므로, 위 규정에 따라 양도소득세가 면제되어야 한다.

• 나. 관계법령 별지 기재와 같다.
• 다. 인정사실

1. ①주택에 관한 상수도사업부의 개인내역서 출력자료에 의하면 1998. 11. 20.부터 2000. 11. 30.까지 사이에 X 내지 XXX의 수도 사용량 등이 나타나고, ②주택에 관한 상수도사업부의 수용가별 조회내역에는 1998. 11. 30.부터 2001. 11. 30.까지 사이에 수도 사용량이 XXX 내지 XXX으로 나타나고, 세대수는 X세대로 기재되어 있다.

2. ②주택에 관한 한국전력공사 남서울본부 강동송파지사의 고객종합조회 전산자료에는 다음과 같이 송전일자, 해지일자, 재사용일자가 확인된다.

3. 주민등록등본에 의하면, 망인과 원고는 1998. 8. 31. ②주택이 소재한 서울 XX구 XX 동 XX-X로 전입하였고, 2004. 6. 2. 같은 번지 신축 주택 제XXX호로 전입하여 망인은

2011. 3. 25. 사망할 때까지 거주하였고, 원고는 2008. 2. 13. ①주택이 소재한 같은 동 XX -X 제지하층 제XXX호로 전입하였다가 2008. 3. 4. 다시 신축 주택 XXX호로 전입하였다.

4. 이 법원의 삼전동장에 대한 사실조회 결과에 의하면, 이 사건 각 주택에 대한 2001. 1. 1. 이전의 전․출입 내역을 다음과 같이 확인되나, 각 호실에 대한 전․출입 여부 및 전입자가 동일한 세대인 여부 등 구체적 사항은 확인되지 아니하였다. 【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제9 내지 13호증의 각 기재, 이 법원의 삼전동장에 대한 사실조회 결과, 변론 전체의 취지

• 라. 판 단

1. 첫째 주장에 관한 판단

• 가) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조). 조세특례제한법 제97조 제1항, 같은 법 시행령 제97조 제1항(이하 위 두 조항을 합하여 ’이 사건 특례조항‘이라 한다)은, 임대주택을 5호 이상 임대하는 거주자가 1986. 1. 1.부터 2000. 12. 31.까지의 기간 중 신축된 국민주택(이에 딸린 해당 건물 연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다)을 2000. 12. 31. 이전에 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 그 임대주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면하되, 다만, ① ｢민간임대주택에 관한 특별법｣ 또는 ｢공공주택 특별법｣에 따른 건설임대주택 중 5년 이상 임대한 임대주택과 ② 같은 법에 따른 매입임대주택 중 1995. 1. 1. 이후 취득 및 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 임대주택(취득 당시 입주된 사실이 없는 주택만 해당한다) 및 ③ 10년 이상 임대한 임대주택(이하 ’이 사건 감면규정‘이라 한다)의 경우에는 양도소득세를 면제한다고 규정하고 있다.
• 나) 위 관련 규정 등을 종합하면 알 수 있는 다음의 각 사정에 비추어 볼 때, 이사건 특례조항 중 이 사건 감면규정은, 거주자가 ’1986. 1. 1.부터 2000. 12. 31.까지의 기간 중 신축된 5호 이상의 국민주택‘을 2000. 12. 31. 이전에 임대 개시하여 10년 이상 임대한 후 이를 양도하는 경우에는 그 임대주택을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세가 면제된다고 해석하는 것이 타당하다. 따라서 ②주택은 1982. 7. 30. 신축되었다가 2003. 11. 19. 철거 및 멸실되어 2004. 5. 3. 다시 신축되었으므로, ’1986. 1. 1.부터 2000. 12. 31.까지의 기간 중 신축된 5호 이상의 국민주택‘ 요건을 충족하지 못하였다고 할 것인바, 이와 다른 전제에 있는 원고의 위 주장은 이유 없다. ㉠ 이 사건 특례조항은 특정 기간 소형 임대주택의 건설을 촉진하여 무주택 서민의 주거생활 안정을 도모함과 동시에 주택 건설 경기를 활성화하기 위한 목적에서 장기임대주택에 대한 양도소득세 감면을 규정하는 것이다. ㉡ 조세특례제한법 시행령 제97조 제1항 은 ’법 제97조 제1항 각 호 외의 부분 본문에서 “대통령령으로 정하는 거주자”란 임대주택을 5호 이상 임대하는 거주자를 말한다.‘고 명시하고 있다. ㉢ 조세특례제한법법 제97조 제1항에서 임대주택에 대한 정의 규정을 두고 있는 이상 위 조항의 위임에 따른 하위 시행령 규정인 같은 법 시행령 제97조 제1항의 임대주택도 동일한 의미로 해석하는 것이 규정 체계상 합리적이고, 위 입법 목적을 고려하더라도 달리 해석할 여지는 없어 보인다.

2. 둘째 주장에 관한 판단

• 가) 비과세는 일반적으로 과세대상이 되는 물건 중 특정한 것을 조세정책의 필요에서 과세대상에서 제외시키는 것이고, 이는 납세자 측의 예외적이고 특수한 사실에 관한 것이므로 비과세요건, 감면요건에 대한 입증책임은 비과세, 감면사유를 주장하는 납세의무자에게 있다(대법원 2000. 7. 7. 선고 98두16095 판결 등 참조).
• 나) 위 인정사실과 앞서 든 각 증거 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 원고가 제출한 증거만으로는 망인이 이 사건 각 주택에 관하여 2000. 12. 31. 이전에 5호 이상의 임대주택의 임대를 개시하여 이를 10년 이상 임대하였다고 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 ①주택에 관하여 이 사건 감면규정을 적용할 수 없는바, 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장도 이유 없다. ㉠ 조세특례제한법 시행령 제97조 제4항 에 의하면, 이 사건 감면규정에 따른 감면을 받기 위해서는 납세지 관할세무서장에게 임대차계약서 사본 등을 제출하여야 하는데, 원고는 5호 이상의 임대주택에 관한 각 임대차계약서 사본을 피고에게 제출하지 않았을 뿐만 아니라, 이 법원 변론종결일까지 이를 증거로 제출한 바도 없다. ㉡ 이 법원의 삼전동장에 대한 사실조회 결과에 의하더라도 이 사건 각 주택의 각 호실에 대한 전․출입 여부 및 전입자가 동일한 세대인 여부 등 구체적 사항은 확인되지 아니하므로, 원고가 2000. 12. 31. 이전에 5호 이상의 임대주택의 임대를 개시하였다고 단정하기 어렵다. ㉢ 설령 그렇지 않더라도 앞서 본 바와 같이 ②주택은 임대주택 요건을 구비하지 못하여 세대수에서 제외되어야 하므로, 이를 제외하면 원고가 2000. 12. 31. 이전에 5호 이상의 임대주택의 임대를 개시하였다고 볼 수 없다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. [별지] 관계 법령 ■ 조세특례제한법 제97조(장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면)

① 대통령령으로 정하는 거주자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 국민주택(이에 딸린 해당 건물연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다)을 2000년 12월 31일 이전에 임대를 개시하여 5년 이상 임대한후 양도하는 경우에는 그 주택(이하 “임대주택”이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 민간임대주택에 관한 특별법 또는 공공주택 특별법에 따른 건설임대주택 중 5년 이상 임대한 임대주택과 같은 법에 따른 매입임대주택 중 1995년 1월 1일 이후 취득 및 임대를 개시하여 5년 이상 임대한 임대주택(취득 당시 입주된 사실이 없는 주택만 해당한다) 및 10년 이상 임대한 임대주택의 경우에는 양도소득세를 면제한다.

1. 1986년 1월 1일부터 2000년 12월 31일까지의 기간 중 신축된 주택

2. 1985년 12월 31일 이전에 신축된 공동주택으로서 1986년 1월 1일 현재 입주된 사실이 없는 주택

② 소득세법 제89조 제1항 제3호 를 적용할 때 임대주택은 그 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다.

③ 제1항에 따라 양도소득세를 감면받으려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 주택임대에 관한 사항을 신고하고 세액의 감면신청을 하여야 한다.

④ 제1항에 따른 임대주택에 대한 임대기간의 계산과 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 제97조의2(신축임대주택에 대한 양도소득세의 감면 특례)

① 대통령령으로 정하는 거주자가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 국민주택(이에 딸린 해당 건물연면적의 2배 이내의 토지를 포함한다)을 5년 이상 임대한 후 양도하는 경우에는 그 주택(이하 이 조에서 “신축임대주택”이라 한다)을 양도함으로써 발생하는 소득에 대한 양도소득세를 면제한다. (각호 생략) ■ 조세특례제한법 시행령 제97조(장기임대주택에 대한 양도소득세의 감면)

① 법 제97조 제1항 각 호 외의 부분 본문에서 “대통령령으로 정하는 거주자”란 임대주택을 5호 이상임대하는 거주자를 말한다. 이 경우 임대주택을 여러 사람이 공동으로 소유한 경우에는 공동으로 소유하고 있는 임대주택의 호수에 지분비율을 곱하여 호수를 산정한다.

④ 법 제97조 제3항의 규정에 의하여 세액의 감면신청을 하고자 하는 자는 당해 임대주택을 양도한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고와 함께 기획재정부령이 정하는 세액감면신청서에 다음 각호의 서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

1. 민간임대주택에 관한 특별법 시행령 제4조제4항 에 따른 임대사업자 등록증 또는 공공주택특별법 제4조 에 따른 공공주택사업자로의 지정을 증명하는 자료

3. 임차인의 주민등록표등본 또는 주민등록증 사본. 이 경우 주민등록법 제29조제1항 에 따라 열람한 주민등록 전입세대의 열람내역 제출로 갈음할 수 있다.

4. 삭제 <2006. 6. 12.>

5. 기타 기획재정부령이 정하는 서류

⑤ 법 제97조 제4항의 규정에 의한 임대주택에 대한 임대기간(이하 이 조에서 “주택임대기간”이라 한다)의 계산은 다음 각호에 의한다.

1. 주택임대기간의 기산일은 주택의 임대를 개시한 날로 할 것

2. 삭제 <2001. 12. 31.>

3. 상속인이 상속으로 인하여 피상속인의 임대주택을 취득하여 임대하는 경우에는 피상속인의 주택임대기간을 상속인의 주택임대기간에 합산할 것 3의2. 삭제 <2001. 12. 31.>

4. 5호 미만의 주택을 임대한 기간은 주택임대기간으로 보지 아니할 것

5. 제1호 또는 제3호의 규정을 적용함에 있어서 기획재정부령이 정하는 기간은 이를 주택임대기간에 산입할 것 제97조의2(신축임대주택에 대한 양도소득세의 감면특례)

① 법 제97조의2 제1항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 거주자”란 1호 이상의 신축임대주택(법 제97조의2제1항의 규정에 의한 신축임대주택을 말한다. 이하 이 조에서 같다)을 포함하여 2호 이상의 임대주택을 5년 이상 임대하는 거주자를 말한다. 끝.