이 사건 토지와 이 사건 건물의 기준시가를 기준으로 안분하여 양도가액을 재산정하여 양도소득세를 부과한 이 사건 처분은 적법함

사 건 2022구단66739 양도소득세부과처분취소 원 고 유AA 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2023. 4. 28. 판 결 선 고

2023. 6. 9.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2021. 7. 1. 원고에 대하여 한 2016년 귀속 양도소득세 O 원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2016. 10. 31. 주식회사

○○ 과 사이에 원고 소유의 서울

○○ 구

○○ 동

○○ 대 15,900.9㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다) 및 지상 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라 한다)을 O 억 원에 매도하되 토지가액을 O 억 원으로, 건물가액은 0원으로 정하여 매도하는 내용의 매매계약(이하 ‘이 사건 매매계약’이라 한다)을 체결하였다. 이후 원고는 2016. 12. 27. 소유권이전등기를 마친 후 2017. 2. 28. 양도소득세 O 원을 신고·납부하였다.

• 나. 피고는 2021. 3. 12.부터 같은 해 4. 10.까지 원고에 대한 양도소득세 세무조사를 실시하였고, 이 사건 토지와 이 사건 건물의 양도가액이 기준시가 등에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 나므로 소득세법 제100조 제3항 에 정한 바와 같이 토지와 건물의 가액 구분이 불분명한 때에 해당한다고 보아, 이 사건 토지와 이 사건 건물의 양도가액을 아래와 같이 기준시가로 안분계산하여 2021. 7. 1. 원고의 2016년 귀속 양도소득세 O 0원을 경정․고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 다. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2021. 10. 5. 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2022. 5. 30. 위 청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3호증, 을 제1 내지 4호증의 각 기재(가지번호있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 이 사건 토지 및 건물의 양도 당시 이 사건 건물은 신축된 지 30여년이 경과한 오래된 건물로 경제적 가치가 없었고, 이 사건 건물의 양수인이 이 사건 건물을 바로 철거할 예정에 있었으므로, 원고는 매수인과 이 사건 건물의 매도가액을 0원으로 정하여 매매계약을 체결하였다. 이 사건 토지와 이 사건 건물의 양도가액이 기준시가 등에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 난다고 하더라도 이러한 경우를 일률적으로 구분가액이 불분명하다고 보는 소득세법 제100조 제3항 의 규정은 불합리하고, 실제 이 사건 처분 이후 개정된 부가가치세법 제29조 제9항 제2호 및 부가가치세법 시행령 제64조 제2항 에는 토지와 건물을 함께 공급받은 후 건물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 건물의 실지거래가액을 공급가액으로 한다는 규정이 신설되기도 하였는바, 이 사건 토지와 이 사건 건물의 구분가액은 불분명하다고 볼 수 없으므로 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 관련 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단 1) 소득세법 제100조 제3항 의 규정과 그 해석 소득세법 제100조 제3항 (이하 ‘이 사건 조항’이라 한다)은 ‘제2항을 적용할 때 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우로서 그 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 같은 항에 따라 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에는 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때로 본다’고 규정하고 있다. 살피건대, 아래에서 보는 바와 같은 이 사건 조항의 입법취지, 문언의 내용, 조세법률주의의 원칙 등에 비추어 볼 때, 이 사건 조항은 위 조항의 요건에 해당하는 경우 일응 가액 구분이 불분명한 경우로 추정되나 납세의무자가 그러한 가액 구분이 통상의 거래관행에 따른 합리적인 의사합치의 결과라는 입증을 하면 당사자가 구분한 가액에 의하도록 하는 추정규정이 아니라 반증이 허용되지 아니하는 간주규정으로 해석함이 타당하다

① 소득세법 제100조 제2항, 소득세법 시행령 제166조 제6항, 구 부가가치세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29535호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제64조 제1호에 의하면, 토지와 건물 등을 함께 양도하고 그 양도가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우, 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때에는 양도 당시의 기준시가 등에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분 계산한다고 규정하고 있는바, 여기서 토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때라 함은 자산별 가액의 임의적 구분에 의한 조세회피를 방지하고자 하는 그 입법 취지에 비추어 볼 때, 토지와 건물 등을 가액 구분 없이 양도한 경우뿐만 아니라 계약서 등 증빙서류에 가액의 구분이 되어 있기는 하지만 그것이 당사자 사이의 진정한 합의에 의한 것이 아니라거나 통상의 거래 관행에 현저히 벗어나 합리적인 가액 구분이라고 볼 수 없는 경우도 포함하는 취지로 해석된다.

② 이 사건 조항은 그 문언상 납세자가 토지ㆍ건물 등을 함께 양도하는 경우 양도소득의 계산을 위하여 자산별로 구분하여 기장한 가액이 자산별 기준시가 등에 따른 안분가액과 100분의 30 이상 차이나는 경우에는 ‘토지와 건물 가액이 불분명한 때로 본다’고 규정하여 단순한 추정규정이 아니라 간주규정 형태를 취하면서 예외를 허용하는 단서를 규정하지 않고 있다.

③ 자산별로 구분하여 기장한 가액이 자산별 기준시가 등에 따른 안분가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우 가액 구분이 불분명한 때로 보아 개별 사안에 대한 고려 없이 일률적으로 안분계산을 하도록 정한 것은, 계약서 등 증빙서류에 가액의 구분이 되어 있으나 그것이 당사자의 진정한 합의에 기한 것인지, 조세회피 목적으로 그와 같이 기재한 것인지를 명확히 입증하기가 어렵다는 사정을 고려하여 구 소득세법 제100조 제2항 의 ‘토지와 건물 가액이 불분명한 때’의 판단 기준을 명확히 하려는 취지인 것으로 보인다. 이 사건 조항이 토지와 건물 등을 일괄양도하면서 그 가액을 구분하기는 하였으나 구분한 가액이 위와 같이 안분 계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에 ‘토지와 건물 가액이 불분명한 때로 본다’고 규정하고 있는 것은 결국, 자산별 가액의 임의적 구분에 의한 조세회피를 방지하기 위한 것으로 볼 수 있다.

④ 이 사건 조항을 그 문언에도 불구하고 위 규정의 요건에 해당하는 경우 일응가액 구분이 불분명한 경우로 추정되나 납세의무자가 그러한 가액 구분이 통상의 거래관행에 따른 합리적인 의사합치의 결과라는 입증을 하면 당사자가 구분한 가액에 의하도록 하는 추정규정으로 본다면 거래관행에 따른 합리적인 의사합치의 결과라는 입증만 있으면 이 사건 조항을 적용하지 않을 수 있게 되어 사실상 이 사건 조항의 신설 전과 아무런 차이가 없게 되어 간주규정의 형식을 취함으로써 조세 법률관계를 명확히 하고자 하는 입법취지에 위배되는 결과를 초래한다.

2. 구체적 판단 원고가 이 사건 매매계약을 통해 매수인에게 이 사건 토지 및 건물을 일괄하여 양도한 사실, 그 양도가액을 기준시가로 안분계산할 경우 이 사건 토지의 가액은 약 O 억 원, 이 사건 건물의 가액은 약 O 억 원인 사실은 앞서 살핀 바와 같다. 원고의 주장과 같이 이 사건 매매계약에 따른 이 사건 토지의 실지거래가액이1,175억 원, 이 사건 건물의 실지거래가액이 0원이라고 하더라도, 이 사건 건물의 경우 그 실지거래가액은 위와 같이 기준시가로 안분계산한 가액과 30% 이상 차이가 있으므로, 이 사건 매매계약에 따른 이 사건 토지와 이 사건 건물의 양도차익을 계산함에 있어서는 이 사건 조항에 따라 토지와 건물 등의 가액구분이 불분명한 때로 간주되어 소득세법 제100조 제2항 에 따라 기준시가 등을 고려하여 안분계산한 양도가액을 기준으로 양도차익을 계산하여야 한다. 이에 대하여 원고는 소득세법 시행령 제166조 제6항 이 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령 제64조 에 따라 안분계산하도록 규정하고 있는데 2021. 12. 8. 법률 제18577호로 부가가치세법이 개정되면서 부가가치세법 제29조 제9항 제2호 단서에 토지와 건물을 함께 공급하는 경우 건물의 공급가액에 관한 예외규정이 신설되었고, 위 규정의 위임에 따라 2022. 2. 15. 대통령령 제32419호로 개정된 부가가치세법 시행령 제64조 제2항 에 ‘토지와 건물을 함께 공급받은 후 건물을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 건물의 실지거래가액을 공급가액으로 한다’는 규정이 신설되었으므로, 이 사건 토지 및 건물의 양도도 개정된 부가가치세법령의 취지에 따라 실지거래가액에 따라 양도소득세를 계산하여야 한다고 주장한다. 살피건대, 원고의 주장대로 이 사건 처분 이후에 부가가치세법 제29조 제9항 제2호 단서 및 같은 법 시행령 제64조 제2항의 규정이 신설된 사실은 인정되나, 부가가치세법 부칙(2121. 12. 8. 법률 제18577호로 개정된 것) 제7조에 의하면, 2022. 1. 1. 개정 부가가치세법의 시행 전에 토지와 건물 등을 함께 공급한 경우의 공급가액에 관하여는 제29조 제9항 제2호의 개정규정에도 불구하고 종전의 규정에 따르도록 규정되어 있고, 부가가치세법 시행령 제64조 제2항 은 2022. 2. 15. 신설되어 2022. 2. 15.부터 시행되는 규정인바, 2016년에 이루어진 이 사건 토지 및 건물의 양도에 위 개정 부가가치세법령이 적용된다고 볼 수 없으므로, 원고의 주장은 이유 없다. 따라서 피고가 관련 법령에 따라 이 사건 토지와 이 사건 건물의 기준시가를 기준으로 안분하여 양도가액을 재산정하여 양도소득세를 부과한 이 사건 처분은 적법하다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.