조특법상 주식양도차익 감면대상인 벤처기업의 의미

사 건 서울행정법원2022구단60083 양도소득세경정거부처분취소 원 고 AAA 피 고 bb세무서장 변 론 종 결

2022. 12. 9. 판 결 선 고

2023. 1. 13.

1. 원고의 청구를 기각한다.

3. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 20222. 2. 21. 원고에게 한 2020년 귀속 양도소득세 ,*,***원의 경정 거부처분을 취소한다.

• 가. 주식회사 BBB(이하 ‘BBB’이라 한다)은 게임소프트웨어 개발공급업 등을 영위하기 위하여 201*. . . 설립된 회사로, 2015. 10. . 원고 및 ○○○펀드2호 등의 벤처투자조합과 투자계약을 체결한 다음, 2015. 10. . 유상증자를 통하여 투자금을 유치 받았고, 2015. 10. **. 신주 ○○○주를 발행하였다.
• 나. 원고는 2015. 10. BBB이 발행한 신주 중 ○○○주를 1주당 4,000원으로 하 여 총 ,,,원에 인수하였는데, BBB 발행 신주의 인수 현황은 다음과 같다. 출자자 주식수 원고

○○○주

○○○펀드2호

○○○주 △△△펀드4호

○○○주 주식회사 ◎◎

○○○주 합 계

○○○주

• 다. BBB은 2015. 11. 한국벤처캐피탈협회로부터 유효기간을 2015. 11. .부터2017. 11. **.까지로 하는 ‘벤처기업확인서’를 발급받아 벤처기업육성에 관한 특별조치법 (이하 ‘벤처기업법’이라 한다) 소정의 벤처기업으로 확인받았다.
• 라. 원고는 2020. . . 위 인수주식 중 ○○○주(이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)를 이○○에게 1주당 800원으로 하여 총 ,*,***원에 양도하였다.
• 마. 원고는 2021. . . 이 사건 주식에 관한 양도소득금액 ,,원과 그 외 20개 종목의 주식에 관한 양도소득금액을 합산하여 양도소득금액을 ,,원으로하여 피고에게 2020년 귀속 양도소득세 ,*,***원을 신고․납부하였다.
• 바. 이후 원고는 2022. . . ‘BBB은 2015. 10. . 벤처투자조합 등으로부터 투자 유치를 받음으로써 벤처기업요건을 갖춘 기업이 된 것이므로, 이 사건 주식은 조세특례제한법 제14조 제1항 제4호 에 따라 벤처기업에 출자함으로써 취득한 주식에 해당하여 과세특례 적용대상이다’라고 주장하면서 피고에게 기신고․납부한 양도소득세 중 ,,원을 환급해 달라는 취지로 경정청구를 하였다.
• 사. 그러나 피고는 2022. . . ‘벤처기업으로 확인받기 전 취득한 주식은 과세특례 적용 대상에 해당하지 아니한다’는 이유로 원고의 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사 건 처분’이라 한다).
• 아. 원고는 이에 불복하여 2022. . . 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 2022. . . 심판청구가 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1 내지 6호증의 각 기재(가지번호 있는 것은 가지번호 포함), 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 벤처기업법 제2조 제1항 에서 ‘벤처기업이란 벤처기업의 요건을 갖춘 기업을 말 다‘라고 규정하고 있어, 그 규정상 요건을 갖추면 벤처기업에 해당하는데, 벤처기업법 제25조 제1항 의 반대해석상 벤처기업으로 확인을 받기 전에도 이미 벤처기업일 수 있 다고 해석할 수 있으며, 위 ‘벤처기업 확인‘은 새로운 권리를 부여하는 것이 아니라 기 존의 사실 또는 법률관계의 존부를 확인하는 행위에 불과하다고 보아야 한다. 따라서 BBB이 벤처기업이 된 때는 벤처투자조합으로부터 출자를 받은 2015. 10. **.로 봄이 타당한바, 이 사건 주식은 조세특례제한법 제14조 제1항 제4호 가 정하고 있는 ‘벤처기업에 출자함으로써 취득한 대통령령으로 정하는 주식 또는 출자지분’에 해당하므로, 이와 다른 전제에서 이 사건 주식은 양도소득세 과세특례를 적용받을 수 없다는 이유로 피고가 한 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 관계법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 관련 규정 및 법리 구 조세특례제한법(2020. 12. 29. 법률 제17759호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제14조 제1항은 ‘다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분의 양도에 대해서는 소득세법 제94조 제1항 제3호 를 적용하지 아니한다’고 규정하면서, 제4호에서 ‘벤처기업에 출자함으로써 취득(개인투자조합을 통하여 벤처기업에 출자함으로써 취득하는 경우를 포함한다)한 대통령령으로 정하는 주식 또는 출자지분’을 규정하고 있고, 구 조세특례제한법 시행령(2022. 12. 31. 대통령령 제33208호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제13조 제1항은 ‘법 제14조 제1항 제4호에서 “대통령령으로 정하는 주식 또는 출자지분”이란 제1호 및 제2호의 규정에 적합한 출자에 의하여 취득한 주식 또는 출자지분으로서 그 출자일로부터 3년이 경과된 것을 말한다’고 규정하면서, 제1호에서 ‘창업 후 5년 이내인 벤처기업(벤처기업법 제2조 제1항 에 따른 벤처기업을 말한다. 이 하 이 조에서 같다) 또는 벤처기업으로 전환한 지 3년 이내인 벤처기업에 대한 출자일 것’을 규정하고 있다. 한편, 벤처기업법 제2조 제1항 은 ‘벤처기업이란 제2조의2의 요건을 갖춘 기업을 말한다’고 규정하고 있고, 같은 법 제2조의2 제1항은 ‘벤처기업은 다음 각 호의 요건을 갖추어야 한다’고 규정하면서 제2호 가목에서 ‘다음 각각의 어느 하나에 해당하는 자의 투자금액의 합계 및 기업의 자본금 중 투자금액의 합계가 차지하는 비율이 각각 대통령령으로 정하는 기준 이상인 기업’을 규정하고 있으며, 구 벤처기업법 시행령(2021. 10. 21. 대통령령 제32091호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조의3 제1항은 ‘법 제2조의2 제1항 제2호 가목 (1)부터 (8)까지의 규정 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 기준”이란 법 제2조의2 제1항 제2호 가목 (1)부터 (8)까지에 규정된 자가 해당 기업에 대하여 투자를 한 금액의 합계가 5천만원 이상으로서, 기업의 자본금 중 투자금액의 합계가 차지하는 비율이 100분의 10 이상을 말한다’고 규정하고 있다. 한편 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 납세자 에게 유리하다고 하여 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해 석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합한다(대법원 2008. 2. 14. 선고 2007두21242 판결 참조).

2. 판단 위 법리에 비추어 앞서 든 각 증거에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 원고의 이 사건 주식은 구 조세특례제한법 제14조 제1항 제4호에서 정한 주식에 해당한다고 볼 수 없으므로 이 사건 주식 양도에 대해서는 과세특례를 적용할 수 없다고 봄이 타당하다. 따라서 이와 같은 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 적법하고 이를 다투는 원고 주장은 이유 없다.

• 가) 구 조세특례제한법 시행령 13조 제1항 제1호 는 2022. 2. 15. 대통령령 제32413호로 개정되면서 제13조 제1항 제1호 본문 중 ‘따른’ 부분이 ‘따른 벤처기업으로서 출자일까지 같은 법 제25조에 따라 벤처기업 확인을 받은’으로 개정되었는바, 이는 그 개정경위나 취지에 비추어 이전에 다소 불명확하였던 벤처기업 등에의 출자에 대한 과세특례를 적용받는 벤처기업의 범위를 ‘벤처기업확인기관장으로부터 벤처기업 확인’ 을 받은 기업임을 보다 명확화하기 위한 것으로 보인다.
• 나) 구 조세특례제한법 제14조 제1항 제4호 (이하 ‘이 사건 조항’이라 한다)는 종전에 개인이 조합을 결성하여 벤처기업에 투자하는 경우에만 조세감면 혜택을 부여 함에 따라 개인의 벤처기업에 대한 투자실적이 저조하였던 사정 등을 고려하여 개인이 벤처기업에 직접 투자하는 경우에도 조합을 통하여 투자하는 것과 동일한 조세감면 혜 택을 줌으로써 개인의 벤처기업에 대한 직접 투자를 활성화하기 위하여 벤처기업에 출 자함으로써 취득하는 주식의 양도에 대한 양도세를 면제하는 것을 내용으로 한 ‘명백 한 특혜규정’에 해당하므로 공평의 원칙상 그 해당 여부는 엄격하게 해석될 필요가 있 다. 다) 벤처기업법 제25조 제1항 은 ‘벤처기업으로서 이 법에 따른 지원을 받으려 는 기업은 벤처기업 해당 여부에 관하여 벤처기업확인기관의 장에게 확인을 요청할 수 있다’고 규정하고 있어, 그 해석상 해당 기업이 위 조항에 따른 벤처기업 확인을 받지 못하더라도 벤처기업법에 따른 각종 지원을 받지 못하는 것일 뿐, 벤처기업법 제2조 의 2의 요건을 갖추기만 하면 일응 벤처기업이 성립된 것으로 볼 여지도 있다. 그러나 이 사건 조항이 명백한 특례규정인 점에 비추어 이 사건 조항과 관련 된 벤처기업법 규정의 해석에 있어서도 관련 조세법령의 취지를 종합적으로 고려하여 해석할 필요가 있는 점, 벤처기업법은 벤처기업에 대하여 각종 지원과 혜택을 부여함으로써 기존 기업의 벤처기업으로의 전환과 벤처기업의 창업을 촉진하여 우리 산업의 구조조정을 원활히 하고 경쟁력을 높이는 데에 기여하는 것을 목적으로 하는 것으로(법 제1조), 주된 취지가 벤처기업 성립 여부보다는 벤처기업에 대하여 각종 지원과 혜택을 부여하는 것에 있는 것으로 보이는 점, 이러한 지원을 받기 위해서는 벤처기업법 제25조 제1항 은 ‘벤처기업 확인’을 받을 것을 요구하고 있는데, 그와 관련하여 벤처기업법은 제25조, 제25조의2 내지 5, 제26조, 제29조, 제30조의3 등에서 확인 절차, 확인기관 지정, 불복방법 등에 관한 상세한 규정을 두고 있는 점, 기타 구 조세특례제한 법령 등의 문언내용과 규정 형식 및 관련 조항의 개정취지 등을 종합하여 보면, 출자 당시 해당 기업이 벤처기업법 제2조의2 의 요건을 갖추고 법 제25조에 따라 벤처기업 확인을 받은 후라야만 비로소 위 기업에 출자함으로써 취득한 주식의 양도에 대하여 그 양도세를 면제하도록 해석하는 것이 조세법률주의가 요구하는 엄격해석의 원칙에 부합한다고 할 것이다.
• 라) 그런데 앞서 살핀 바와 같이 원고는 BBB이 한국벤처캐피탈협회로부터 벤처기업법 제25조 에 따른 벤처기업 확인을 받기 전인 2015. 10. **. 신주를 인수하였 으므로, 이 사건 주식은 이 사건 조항에서 정한 주식 요건을 충족하였다고 볼 수 없다.
• 마) 원고는 2015. 10. . 벤처투자조합 등과 함께 증자에 참여하여 이 사건 주식을 취득하였으나, BBB은 2015. 10. . 유상증자에 따른 자본금을 유치함에 따라 벤처기업법에 따른 벤처기업 확인을 받을 수 있는 요건을 갖춘 것일 뿐, BBB에 대한 투자는 벤처기업에 대한 투자라기보다는 벤처기업으로 전환하려는 일반기업에 대한 투자라고 볼 여지가 상당하므로 이 사건 주식의 양도에 대하여 양도세를 면제하는 것은 위와 같은 과세특례의 취지에 부합한다고 보기 어렵다.
• 바) 원고는 벤처기업법 제25조 소정의 ‘벤처기업 확인’은 새로운 권리를 부여하는 것이 아니라 기존의 사실 또는 법률관계의 존부를 확인하는 행위에 불과하다고 주장하나, 벤처기업법 제25조, 제25조의 2 내지 4, 제26조, 제29조의 문언이나 규정 체계, 벤처기업법 제25조의5, 제30조의3에서 벤처기업 확인과 관련하여 불복방법을 규정하고 있는 점 등에 비추어 보면, 해당 기업의 신청에 따라 벤처기업확인기관의 장이 그 확인결정을 함으로써 비로소 구체적인 권리가 발생한다고 해석함이 타당하므로 이 와 다른 전제에 선 원고 주장은 받아들이기 어렵다.

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.