이 사건 특례규정이 적용되지 않는 주택에 대하여 1세대 1주택 비과세를 적용할 수 있는 지 여부

사 건 2022구단54132 양도소득세경정거부처분취소 원 고 AAA 피 고 @@세무서장 변 론 종 결

2023. 05. 03. 판 결 선 고

2023. 07. 13.

1. 피고가 2021. 9. 29. 원고에 대하여 한 양도소득세경정거부처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. 원고는 2013. 11. 28. 갑공사와 서울 강서구 00동 00밸리15단지 동 호(이하 ‘이 사건 신축주택’이라 한다)에 관하여 분양대금 5원에 공급받기로 하는 분양계약을 체결하면서 당일 계약금 1원을 지급하였다.
• 나. 원고는 2013. 12. 27. 그의 배우자에게 이 사건 신축주택 중 1/2지분을 증여하는 계약을 체결하였고, 이에 따라 원고와 그의 배우자는 2014. 8. 20. 위 신축주택의 각 1/2지분에 관하여 각 소유권이전등기를 마쳤다.
• 다. 원고는 2016. 8. 17. 서울 강서구 00동 00파크 *동 호(이하 ‘이 사건 아파트’라 한다)를 6원에 취득하였다가 2019. 10. 24. 8원에 양도하였다.
• 라. 원고는 2019. 12. 31. 피고에게 이 사건 아파트의 양도와 관련하여 조정대상지역에 있는 1세대 2주택에 해당하는 주택의 양도임을 전제로 장기보유특별공제를 배제하고 기본세율에 10%를 가산하여 산출한 양도소득세 1원을 2019년 귀속 양도소득세로 신고․납부하였다.
• 마. 이후 원고는 이 사건 신축주택이 조세특례제한법 제99조의2 에 따라 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니하므로 이 사건 아파트의 양도에는 구 소득세법(2019. 12. 31. 법률 제16834호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제89조 제1항 제3호 가목 및 구 소득세법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30395호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제154조 제1항에 따른 1세대1주택 비과세 규정이 적용되어야 한다는 이유로 2020. 1. 7. 피고에게 기납부한 양도소득세의 환급을 구하는 경정청구를 하였다.
• 바. 피고는 2021. 9. 29. 원고에 대하여 ‘ 조세특례제한법 제99조의2 는 주택을 공급하는 사업주체 등 대통령령으로 정하는 자와 최초로 매매계약을 체결하여 취득한 경우에 적용가능하다.’는 이유로 경정청구를 거부함을 통지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 사. 원고는 이에 불복하여 2021. 11. 18. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2022. 12. 29. 심판청구를 기각하였다. 【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 12호증, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 원고는 배우자에게 이 사건 신축주택의 1/2 지분을 증여하여 원고와 배우자의 1세대가 이 사건 신축주택을 공유하고 있었는바, 조세특례제한법 제99조의2 에 따라 이 사건 신축주택은 원고 세대의 소유주택으로 보지 아니하여야 한다. 따라서 원고가 이 사건 아파트를 양도할 당시 원고 세대가 다른 주택을 보유하지 않았다고 할 것인바, 피고가 이와 다른 전제에서 원고에 대하여 한 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 관계 법령 별지 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 구 소득세법 제89조 제1항 제3호 가목은 ‘1세대가 1주택을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 요건을 충족하는 주택의 양도로 발생하는 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소득세를 과세하지 아니한다’고 규정하고, 조세특례제한법 제99조의2 제1항 은 ‘2013년 4월 1일부터 2013년 12월 31일까지 주택을 공급하는 사업주체 등 대통령령으로 정하는 자와 최초로 매매계약을 체결하여 그 계약에 따라 취득(2013년 12월 31일까지 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 경우를 포함한다)한 경우에 해당 주택을 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 양도소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 취득일부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 해당 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 해당 주택의 양도소득세 과세대상소득금액에서 공제한다’고 규정하며, 같은 조 제2항(이하 ‘이 사건 특례규정’이라 한다)은 ‘ 소득세법 제89조 제1항 제3호 를 적용할 때 제1항을 적용받는 주택은 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니한다’고 규정하고 있다.

2. 위 관련 규정과 앞서 본 인정사실 및 증거들을 종합하여 알 수 있는 다음의 각 사정과 원고가 이 사건 신축주택을 분양받을 당시의 신뢰 등을 고려하면, 원고가 보유하는 이 사건 신축주택의 1/2지분뿐만 아니라 동일 세대원인 원고의 배우자가 보유하는 이 사건 주택의 나머지 1/2지분을 합한 이 사건 신축주택 전체를 원고 세대의 보유주택에서 제외되는 신축주택으로 보아 이 사건 특례규정의 적용대상이 된다고 봄이 타당하다. 따라서 피고가 이와 다른 전제에서 원고에 대하여 한 이 사건 처분은 위법하다.

① 이 사건 특례규정은 주택건설을 장려하고 부동산 경기를 부양하는 데 그 입법취지가 있고, 1세대 1주택 등의 해당 여부는 사회통념상 ‘하나의 주택’을 기준으로 ‘1세대’별로 판단하는 것으로서, 구 소득세법 시행령 제154조의2 가 ‘1주택을 여러 사람이 공동으로 소유한 경우 주택 수를 계산할 때 공동 소유자 각자가 그 주택을 소유한 것으로 본다’고 규정하고 있다고 하더라도, 1세대를 구성하는 세대원이 1개의 주택을 각자 지분으로 공유하고 있는 경우까지 1세대가 다주택을 보유하고 있는 것으로 볼 수 없다.

② 그런데 원고 개인이 보유하는 이 사건 신축주택의 1/2지분은 이 사건 특례규정을 문언상 명백히 원고가 보유하는 주택으로 볼 수는 없고, 원고의 배우자의 이 사건 신축주택 중 나머지 1/2지분도 동일 세대원으로 최초 계약자인 원고로부터 증여받은 데 따른 것으로서 이 사건 특례규정을 적용함에 있어 원고의 보유주택에서 제외되는 이 사건 신축주택의 1/2지분과 함께 이 사건 신축주택의 나머지 지분에 불과할 뿐 별도의 주택으로 보기 어렵다(대법원 2011. 1. 27. 선고 2010두6847 판결의 취지 참조).

③ 한편 피고가 들고 있는 대법원 2019. 8. 14.자 2019두39024 판결은 납세자가 신축주택의 일부 지분을 같은 세대원인 배우자에게 증여한 후 그 신축주택을 양도하는 경우에 대한 양도소득세 과세 여부에 관한 판결로, 다른 주택을 양도하였을 때 그 다른 주택이 1세대 1주택 비과세에 해당하는지 여부가 문제되는 이 사건에 원용하기에는 적절하지 아니하다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.