3주택 보유자가 고가주택을 양도한 경우 일시적 2주택 특례와 장기임대주택 특례를 중첩 적용하여 중과세율 배제 및 장기보유특별공제를 적용할 수 있는지

사 건 2022구단52877 양도소득세경정거부처분취소 원 고 AAA, BBB 피 고 OO세무서장 변 론 종 결

2022. 11. 11. 판 결 선 고

2022. 12. 9.

1. 원고들의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2021. 6. 9. 원고들에 대하여 한 2019년 귀속 양도소득세 217,406,990원(가산세포함)의 각 경정거부 처분을 모두 취소한다.

• 가. 원고들은 부부 사이로, 2014. 11. 24. 서울 OO구 OO동 xx-xx KKKK아파트 OOO동 OOOO호(이하 ‘이 사건 쟁점주택’이라 한다)를 공동으로 취득하여 보유하다가, 2019. 11. 25. 이를 3,550,000,000원에 양도(이하 ‘이 사건 양도’라 한다)하였다.
• 나. 원고들은 이 사건 쟁점주택이 1세대 1주택에 해당한다고 보아 각 구 소득세법(2020. 8. 18. 법률 제17477호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제95조 제3항에 따라 계산한 9억 원 초과분 양도차익에서 장기보유특별공제를 적용하여 산출한 양도소득금액에 구 소득세법 제55조 제1항 에 따른 일반세율을 적용하여 2020. 1. 31.양도소득세 95,504,180원을 신고․납부하였다.
• 다. 한편 이 사건 양도 당시 원고 BBB은 2015. 1. 13. 증여받아 취득한 서울 ㅁㅁ구 ㅁㅁ동 xxx-xx 소재 4층 다가구주택(이하 ‘이 사건 임대주택’이라 한다)과 2017. 8. 1. 증여받아 취득한 수원시 &&구 &&동 xxx-xx 소재 4층 단독주택(이하 ‘이 사건 신규주택’이라 한다)을 각 보유하고 있었고, 원고 BBB은 2017. 9. 29. 민간임대주택에 관한 특별법 제2조 제3호 에 따른 임대사업자등록을 마쳤다.
• 라. 피고는 이 사건 양도가 구 소득세법 제104조 제7항 제3호 에 따른 조정대상지역 내에 있는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 양도가액 9억 원 초과분양도차익에 대하여 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용하여 수정신고 할 것을 안내하였고, 이에 따라 원고들은 2021. 4. 21. 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용하여 각 2019년 귀속 양도소득세 217,406,990원(가산세 포함)을 수정신고 하였다.
• 마. 원고들은 2021. 4. 27. 각 피고에게 일반세율 및 장기보유특별공제가 적용되어야 한다고 주장하며 수정신고 당시 추가 납부한 세액의 환급을 구하는 내용의 경정청구를 하였으나, 피고는 2021. 6. 9. 원고들의 경정청구를 각 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 바. 원고들은 이에 불복하여 2021. 9. 3. 각 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2021. 11. 10. 원고들의 심판청구가 각 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 11호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고들 주장의 요지

1. 이 사건 임대주택은 구 소득세법 시행령(2020. 8. 18. 대통령령 제17477호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제167조의3 제1항 제2호의 장기임대주택에 해당하므로 제155조 제2항에 따라 1세대 1주택의 특례가 적용되어 보유주택 수에서 제외하여야 하고, 원고들은 이 사건 쟁점주택의 대체주택으로 2017. 8. 1. 이 사건 대체주택을 취득한 후 3년 이내인 2019. 11. 25. 이 사건 쟁점주택을 양도함으로써 일시적으로 1세대 2주택을 보유하였던 것이므로, 구 소득세법 시행령 제155조 제1항 에 따라 1세대 1주택의 특례가 적용되어 이 사건 대체주택도 보유주택 수에서 제외하여야 한다. 따라서 원고들은 이 사건 양도 당시 1세대 1주택 소유자에 해당하므로, 중과세율이 아닌 일반세율이 적용되어야 하고, 장기보유특별공제도 적용되어야 한다(①주장).

2. 이 사건 쟁점주택은 구 소득세법 시행령 제155조 에 따라 1세대 1주택으로 보는 주택으로 의제된 주택이므로, 법의 문언적․체계적 해석상 구 소득세법 시행령 제159조의3 에 따라 양도가액 중 9억 원을 초과하는 부분에 대하여 장기보유특별공제가 적용되어야 한다(②주장).

3. 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 에서는 ‘장기임대주택’을 주택수 계산에서 제외하는 규정을 두지 않았으나 장기임대주택과 일시적 2주택을 1세대 1주택으로 간주하는 구 소득세법 시행령 제155조 및 부동산 투기 방지를 위한 다주택자 중과 규정인 구 소득세법 시행령 제167조의3 등 관련 규정들의 상호 간 체계와 입법취지를 고려한 합목적적 해석에 따르면 1세대 1주택 특례가 중첩적용되는 경우에도 여전히 1세대 1주택으로 해석하는 것이 타당한바, 2021. 2. 17. 개정된 소득세법 시행령 제167조의3 에서 ‘장기임대주택’을 추가하는 규정을 신설하였는데, 위 규정은 위와 같은 합목적적 해석의 내용을 명문화한 확인적 규정에 불과하므로, 해당 신설 규정 이전의 이 사건 양도에 대해서도 중과세율이 적용되어서는 아니 된다(③주장).

4. 과세관청에서는 일시적 2주택자가 장기임대주택을 보유하고 있는 경우에 그동안 일관되게 구 소득세법 시행령 제155조 의 1세대 1주택 특례가 적용된다고 회신하여 왔는바, 이 사건 처분은 위와 같은 과세관행에 어긋나고 신뢰보호의 원칙, 조세평등주의에 위반되므로 위법하다(④주장).

5. 설령 이 사건 양도가 1세대 3주택에 해당하는 주택의 양도라 하더라도, 원고들은 거주 목적으로 이 사건 신규주택을 증여받은 후 3년 내에 이 사건 쟁점주택을 양도하였는바, 원고들이 부동산 투기 목적으로 다주택을 보유했다고 볼 수 없으므로 이 사건 양도를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 중과세율을 적용함은 부당하다(⑤주장).

• 나. 관계법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 구 소득세법령의 해석상 장기보유특별공제 및 중과세율 적용 여부(①주장)

• 가) 양도소득에 대한 세율은 구 소득세법 제104조 에 따라 계산하게 되는데, 건물(주택)의 경우 원칙적으로 구 소득세법 제55조 제1항 에 따른 일반세율을 적용하되(제1항 제1호), 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택을 양도하는 경우에는 일반세율에 100분의 10을 더한 세율을 적용하고(제7항 제1호), 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택을 양도하는 경우에는 일반세율에 100분의 20을 더한 세율을 적용하게 된다(제7항 제3호). 한편, 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 은 “대통령령으로 정하는1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이란 ‘국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다’고 규정하면서 제1호에서 수도권, 광역시․특별자치시 외의 지역에 소재하는 기준시가 3억 원 이하의 주택을, 제2호에서 장기임대주택을, 제10호에서 1세대가 제1호부터 제8호까지 및 제8호의2에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 해당 주택(일반주택)을 들고 있다. 구 소득세법 시행령 제167조의10 제1항 은 ”대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택”에 관하여 ‘국내에 주택을 2개(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 이를 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다’고 규정하면서 제1호에서 수도권, 광역시․특별자치시 외의 지역에 소재하는 기준시가 3억 원 이하의 주택을, 제2호에서 장기임대주택 등(제167조의3 제1항 제1호부터 제8호까지 및 제8호의2에 해당하는 주택)을, 제8호에서 일시적 2주택 등을 들고 있다.
• 나) 이러한 소득세 관련 법령의 문언 및 체계를 살펴보면, 양도소득에 대한 세율은 주택 수에 따라 결정되는데, 1세대가 소유하는 주택수가 1개인지, 2개인지, 3개 이상인지 여부는 원칙적으로 거주자가 실제 소유하는 모든 주택을 대상으로 하는 점, 다만, 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제1호, 제167조의10 제1항 제1호에 규정된 주택(수도권 및 광역시, 특별자치시 외의 지역에 소재하는 기준시가 3억 원 이하의 주택)만이 주택수 산정에서 제외될 뿐 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항, 제167조의10 제1항의 나머지 각 호에 규정된 주택은 그것이 비록 1세대 1주택 특례에 해당하는 장기임대주택, 대체주택 등이라 할지라도 모두 주택수 산정에는 포함되고, 그것이 양도대상이 되는 경우에만 중과세율이 적용되지 않는 점, 일시적 2주택의 경우 구 소득세법 시행령 제167조의10 제1항 제8호 에서는 1세대 2주택에 해당하는 주택의 예외로 규정하고 있는 반면, 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 에서는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 예외로 규정하고 있지 않은 점 등에 비추어 보면, 이 사건에서 원고들이 소유하고 있는 주택들은 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제1호 에 정한 주택에 해당하지 않으므로, 일단 주택 수 산정에 있어 모두 포함하여 계산하여야 하고, 양도대상인 이 사건 주택이 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 각호에서 정한 주택에 해당하지 아니하므로(구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제10호 에서는 일반주택을 중과세율 배제 대상으로 규정하고 있으나, 이 사건 양도 당시 장기임대주택인 이 사건 임대주택 이외에 대체주택인 이 사건 대체주택도 소유하고 있었으므로, 이 사건 주택은 위 제10호 소정의 일반주택에 해당하지 않는다), 이 사건 양도는 구 소득세법 제104조 제7항 제3호 에서 규정한 ‘조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’을 양도한 경우에 해당하여 중과세율이 적용된다고 봄이 상당하다. 따라서 이 사건 양도에 구 소득세법 제95조 제2항, 제104조 제7항 제3호에 따라 장기보유특별공제를 적용하지 아니하고, 같은 법 제104조 제7항 제3호에 따른 중과세율을 적용하여 한 이 사건 처분은 적법하고, 원고들의 이 부분 주장은 이유 없다.

2. 고가주택의 경우에도 장기보유특별공제가 적용되어야 하는지 여부(②주장) 살피건대, 구 소득세법 제95조 제2항 의 문언과 체계에 비추어, 구 소득세법 제95조 제2항 표 외의 부분 본문은 장기보유특별공제 대상이 되는 자산을 ‘제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것…(중략)…’으로 한정하고 있고, 같은 항 단서에서 규정한 ‘자산’은 위 본문에서 규정한 장기보유특별공제 대상에 해당하는 자산을 의미한다고 보아야 할 것이므로, 구 소득세법 제104조 제7항 각 호에 해당하여 구 소득세법 제95조 제2항 본문 첫 번째 괄호 안 규정에 따라 장기보유특별공제 대상에서 제외된 자산인 경우에는 같은 항 단서가 적용될 여지가 없다고 봄이 타당하다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고들의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 개정된 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 이 확인적 규정에 불과한지 여부(③주장) 원고들은 구 소득세법 시행령 제167조의3 등 관련 규정들의 합목적적 해석에 따르면 위 조항에서 ‘장기임대주택’을 주택수 계산에서 제외하는 규정을 별도로 두지 않았다고 하더라도 장기임대주택과 일시적 2주택이 중첩적용되는 경우에는 여전히 1세대 1주택으로 해석하는 것이 타당하고, 따라서 위 개정된 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제13호 에서 ‘장기임대주택’을 추가하는 규정을 새롭게 마련한 것은 위와 같은 합목적적 해석의 내용을 명문화한 확인적 규정에 불과하다는 취지로 주장하나, 이는 다음과 같은 이유로 이유 없다.

• 가) 조세는 국가의 재정수요를 충족시킨다고 하는 본래의 기능 외에도 소득의 재분배, 자원의 적정배분, 경기의 조절 등 여러 가지 기능을 가지고 있으므로, 국민의 조세부담을 정함에 있어서 재정ㆍ경제ㆍ사회정책 등 국정 전반에 걸친 종합적인 정책판단을 필요로 하는 것이어서, 조세법규를 어떠한 내용으로 규정할 것인지는 입법자의 입법 형성적 재량에 기초한 정책적ㆍ기술적 판단에 맡겨져 있다(헌법재판소 2010. 10. 28. 선고 2009헌바67 전원재판부 결정 참조). 앞서 본 바와 같이 구 소득세법 시행령은 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택에서 제외되는 항목과 1세대 2주택에 해당하는 주택에서 제외되는 항목을 분리하여 별도로 규정하고 있는 점, 1세대 3주택 이상 중과세 규정의 취지는 부동산 투기로 인한 이득을 세금으로 흡수하여 과세형평을 도모하고 부동산 투기를 차단하여 주택 가격의 안정과 주거생활의 안정을 도모하기 위함이므로, 이러한 취지 및 조세정책의 합리적 운용을 위하여 1세대 2주택자와 1세대 3주택 이상의 경우 중과대상에서 제외되는 항목을 달리 규정한 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면, 일시적 2주택의 경우 중과되는 1세대 2주택에서 배제하면서도 1세대 3주택에서 배제하지 않은 것이 입법의 흠결에 해당한다고 보기는 어렵다. 나) 소득세법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31442호로 개정된 것) 제167조의3 제1항 제13호는 ‘제155조 또는 조세특례제한법에 따라 1세대가 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보거나 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항이 적용되는 주택으로서 같은 항의 요건을 모두 충족하는 주택’을 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도에서 제외하는 것으로 규정하고 있다. 그런데 위 개정 규정은 이를 소급 적용하는 규정을 마련하지 않았는바, 국가의 조세정책은 탄력적․합리적으로 운용할 필요성이 큰 만큼 조세에 관한 법규와 제도는 신축적으로 변할 수밖에 없다는 점을 감안하면, 위 개정 규정이 구 소득세법 시행령 제155조 또는 조세특례제한법에 따라 1세대 1주택으로 보게 되는 경우를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택에서 제외한 것은, 그 부작위가 위법하다는 인식 하에 그 위법적 요소를 없애려는 반성적 고려에서 비롯된 것이라기보다는 입법자가 조세감면의 혜택을 받는 범위를 합리적으로 조정하기 위한 입법재량권 행사에 따라 이루어진 것으로 보이므로, 원고들 주장과 같이 개정 소득세법 시행령이 단순히 확인적 규정에 불과하다고 볼 수는 없다.

4. 과세관행 및 신뢰보호의 원칙 등에 위반되는지 여부(④주장) 살피건대, 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도의 경우 장기보유특별공제를 배제하고 양도소득세율을 일반세율에 20%를 더한 세율을 적용하도록 규정한 구 소득세법 규정은 2017. 12. 19. 소득세법이 개정되면서 신설된 것으로 해당 소득세법 부칙에 따라 2018. 4. 1.부터 시행된 것인데, 위 조항의 신설 이유는 조정대상지역 내의 부동산 투기를 억제하기 위하여 2주택 이상 보유자가 조정대상지역 내의 주택을 양도하는 경우에 양도소득세를 중과하고 장기보유특별공제를 배제하여 과세형평을 제고하기 위한 것으로서 2018. 4. 1. 이후에 양도된 주택에 대하여 적용된다. 따라서 원고들이 주장하는 장기간에 걸친 과세관청의 질의회신 등은 이처럼 소득세법이 개정되기 전의 사안에 관한 것으로서 위와 같이 개정·신설된 법조항이 적용되는 이 사건에 그대로 적용할 수 있다고 보기 어려우므로 이 사건 처분이 과세관행 및 신뢰보호의 원칙 등에 반한다는 취지의 원고들 주장은 이유 없다.

5. 중과세율을 적용할 수 없는 특별한 사정이 인정되는지 여부(⑤주장)

• 가) 투기목적의 주택 소유를 억제하여 주택 가격의 안정과 주거생활의 안정을 도모하려는 취지에서 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도에 대하여 중과세율을 적용하도록 하는 한편, 임대주택의 공급을 활성화함으로써 서민과 중산층의 주거안정을 지원하기 위하여 장기임대주택과 더불어 일반주택도 중과세율의 적용 대상에서 제외하는 위 관련 규정의 입법 취지 등에 비추어 보면, 일반주택(종전주택)과 장기임대주택을 소유한 거주자가 대체주택을 취득함으로써 장기임대주택을 제외하고도 2주택을 소유하게 되었더라도, 주거를 이전하기 위하여 대체주택을 취득한 것으로서 거주자에게 투기목적이 없고 대체주택을 취득한 후 종전주택을 양도하기까지 소요된 기간이 주택거래의 현실 등에 비추어 사회통념상 일시적이라고 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에는 종전주택의 양도를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 양도소득세를 중과할 수 없다(대법원 2014. 2. 27. 선고 2010두27806 판결 등 참조).
• 나) 살피건대, 원고들에게 투기 등 목적이 없었던 것으로 보이기는 하나, 앞서 거시한 증거들과 을 제5호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 원고들에게 중과세율을 적용할 수 없는 특별한 사정이 있다고 볼 수 없다. 따라서 이 부분 원고들 주장도 받아들이지 아니한다.

① 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 은 일괄적으로 중과세 대상이 된다고 할 경우의 불합리를 방지하기 위하여 1세대 3주택 이상에서 제외되는 주택에 대하여 상세히 규정하고 있는 점, 이러한 예외에 해당하지 않는 한 모두 중과세 대상에 포함하려는 것이 당초 입법의도로 보이는 점, 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건을 막론하고 조세법규의 해석은 엄격히 하여야 하며, 확장해석이나 유추해석은 허용되지 않는 점 등을 종합하여 보면, 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 의 ‘국내에 주택을 3개 이상 소유하고 있는 1세대가 양도하는 주택’을 투기 목적으로 소유하는 경우에 한정하여 적용되는 것으로 해석하기는 어렵다.

② 원고들로서는 이 사건 신규주택을 취득하기 전에 얼마든지 보유하고 있던 다른 주택을 양도함으로써 3주택 이상을 보유하지 않을 수 있었던 것으로 보이고, 다른 주택을 처분하는 데에 특별한 제약이 있었던 것으로 보이지 않으며, 이 사건 쟁점주택의 매수인의 요구에 따라 잔금지급기일을 조정하는 등으로 인하여 이 사건 신규주택의 취득과 이 사건 쟁점주택의 양도의 순서가 바뀌는 등의 특별한 사정도 없다.

③ 원고 BBB은 단순히 증여를 받아 이 사건 신규주택을 취득한 것일 뿐 주거를 이전하기 위한 목적으로 취득한 것은 아닌 것으로 보이며, 실제로 원고들은 이 사건 쟁점주택을 양도한 이후 이 사건 신규주택으로 주거를 이전한 사실도 확인되지 않는다.

④ 원고들은 2017. 8. 1. 이 사건 신규주택을 취득하였고, 2019. 11. 25. 이 사건 쟁점주택을 양도하였는데, 이 사건 신규주택과 이 사건 쟁점주택을 중복으로 보유한 기간이 2년 3개월 정도에 이르러 이를 두고 사회통념상 일시적이라고 할 수도 없다.

원고들의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.