법인세법 시행규칙 별지 제56호의 이자소득만 있는 비영리법인 신고용 서식으로 신고한 법인세 신고가 무신고에 해당하는지

사 건 2021구합78909 법인세부과처분 등 취소 원 고 사단법인 AAAAAAAA 피 고 OO세무서장 변 론 종 결

2022. 4. 15. 판 결 선 고

2022. 5. 27.

1. 피고가 2020. 12. 1. 원고에 대하여 한 2013 사업연도 법인세 1,442,223,180원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. 원고(변경 전 명칭: 사단법인 BBBBB연구원)는 2000. 7. 21. 미래 유망산업 연구․등을 목적으로 설립된 비영리 법인이다.
• 나. 원고는 2002. 12. 12. CCC으로부터 OO도 OO군 OO면 OO리 산143-1 임야 76,128㎡를 증여받았고, 위 토지가 수차례 분할되고 남은 같은 리 800-23 임야 19,937㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 2012. 11. 22. 주식회사 GGGGGG 등 1인에게 41억 원에 매도한 후 2013. 2. 20. 그에 따른 소유권이전등기를 마쳐 주었다.
• 다. 원고는 2014. 3. 18. 피고에게 2013 사업연도 법인세를 신고하면서, 이 사건 토지의 양도소득은 비과세소득이어서 원고에게는 이자소득만 있다고 판단하여 구 법인세법 시행규칙(2014. 3. 14. 기획재정부령 제409호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제82조 제2항 제1호 [별지 제56호 서식]의 ‘이자소득만 있는 비영리법인 신고용 법인세ㆍ농어촌특별세 과세표준 및 세액신고서’(이하 ‘이 사건 서식’이라 한다)를 사용하여 이자소득금액 96,389,757원만을 신고하였고(이하 ‘이 사건 신고’라 한다), 이미 원천징수되어 납부하였던 이자소득에 대한 법인세 13,546,240원을 환급받았다.
• 라. 피고는 2017. 3. 원고에게 이 사건 토지의 양도차익에 대한 해명자료를 제출하라는 요청을 하였고, 이에 원고는 2017. 6. 30. 이 사건 토지가 비사업용 토지에 해당한다고 보아 구 법인세법(2014. 1. 1. 법인세법 제12166호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제55조의2에 따라 피고에게 2013 사업연도의 ‘토지 등 양도소득에 대한 법인세’ 1,826,980,770원(가산세 포함)을 신고․납부하였다.
• 마. 또한 피고는 2018. 11. 29. 원고에게 이 사건 토지의 양도에 따른 법인세 납부에 대한 해명자료 제출을 요청하였고, 원고가 위 라.항과 같이 토지 등 양도소득에 대한 법인세를 납부한 자료를 제출하자 별도의 과세처분을 하지 않았다.
• 바. OOOO국세청장은 피고에 대한 종합감사를 실시한 결과, 원고가 이 사건 토지의 양도소득에 대하여 구 법인세법 제55조의2 에 따른 ‘토지 등 양도소득에 대한 법인세’를 신고․납부하였을 뿐 제55조 제1항에 따른 일반세율을 적용한 법인세를 신고․납부하지 않았다는 취지의 지적을 하였고, 이에 피고는 2020. 12. 1. 원고에 대하여 이 사건 토지의 양도소득을 반영한 2013 사업연도 법인세 과세표준에 구 법인세법 제55조 제1항 의 일반세율을 적용한 법인세 1,442,223,180원(무신고가산세 152,543,570원 및 납부불성실가산세 526,961,760원 포함)을 경정․고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 사. 원고는 2021. 2. 26. 조세심판원에 이 사건 처분의 취소를 구하는 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2021. 6. 24. 위 심판청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8호증(가지번호 있는 경우 각 가지번호 포함), 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 구 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조의2 제1항은 국세의 부과제척기간을 일반적인 경우 5년, 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 않은 경우 7년으로 정하고 있다. 원고가 이 사건 신고를 하면서 이자소득만을 신고하여 2013 사업연도의 소득 중 일부 항목의 신고를 누락한 것은 사실이나, 구 법인세법령에서 정한 바에 따라 이 사건 서식을 사용하여 법인세 과세표준 및 세액을 신고한 이상 과세표준신고서 자체를 제출하지 않았다고 볼 수는 없으므로, 7년이 아닌 5년의 부과제척기간이 적용되어야 한다. 그런데도 피고는 원고에게 7년의 부과제척기간이 적용된다는 전제에서 부과제척기간 기산일로부터 5년을 경과하여 이 사건 처분을 하였으므로, 이 사건 처분은 부과제척기간 경과 후 이루어진 것으로서 위법하여 취소되어야 한다.
• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 관련 법리

• 가) 구 국세기본법 제26조의2 제1항 은 원칙적으로 국세의 부과제척기간을 5년으로 규정하면서(제3호), ‘납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우’에는 그 부과제척기간을 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년으로 연장하고 있다(제2호). 이처럼 구 국세기본법 제26조의2 제1항 은 무신고와 과소신고를 각각 달리 취급하고 있으므로, 7년의 부과제척기간을 규정한 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제2호 는 과세표준확정신고를 하여야 할 의무가 있음에도 아예 그 신고를 하지 않은 무신고의 경우에 적용되고, 과소신고의 경우에는 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제3호 에 의하여 5년의 부과제척기간이 적용된다고 보아야 한다(대법원 2021. 4. 29. 선고 2020두54630 판결 등 참조).
• 나) 한편, 구 법인세법 제60조 제1항 은 ‘납세의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다’라고 규정하면서 제2항에서 신고서에 첨부하여야 할 서류에 대하여 규정하고 있고, 다만 제62조 제1항에서 ‘비영리내국법인은 제3조 제3항 제2호에 따른 이자ㆍ할인액 및 이익(이하 ’이자소득‘이라 한다)으로서 제73조에 따라 원천징수된 이자소득에 대하여는 제60조 제1항에도 불구하고 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있고, 이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 이자소득은 제14조에 따른 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함하지 아니한다’라고 규정하고 있다. 위와 같은 구 법인세법 제60조 제1항, 제2항의 위임에 따른 구 법인세법 시행령(2018. 10. 30. 대통령령 제29269호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제97조 제1항은 ‘구 법인세법 제60조 제1항, 제2항의 규정에 신고를 함에 있어 그 신고서에는 법인세법의 규정에 의하여 계산한 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액 등 필요한 사항을 기재하여야 한다’고 규정하면서, 제2항에서 ‘제1항의 규정에 의한 신고서는 기획재정부령이 정하는 법인세 과세표준 및 세액신고서로 한다’로 규정하고 있다. 그 위임에 따른 구 법인세법 시행규칙 제82조 제1항 은 일반적인 법인세 및 농어촌특별세의 신고 및 납부에 관한 서식을 규정하고 있고, 제2항 제1호 [별지 제56호 서식]은 이자소득만 있는 비영리내국법인의 과세표준신고는 이 사건 서식에 의한다고 규정하고 있다.

2. 구체적 판단 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하면, 원고는 구 법인세법 제60조 제1항 에 따라 2013 사업연도 법인세 과세표준 및 세액을 신고하였으므로, 무신고가 아닌 과소신고에 해당하여 5년의 부과제척기간이 적용된다. 그런데 피고가 원고의 2013 사업연도 법인세 부과제척기간 기산일인 2014. 4. 1.(법인세 과세표준 신고기한인 2014. 3. 31.의 다음날)부터 5년 이상 경과한 2020. 12. 1.에 이르러서야 이 사건 처분을 한 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 이 사건 처분은 부과제척기간을 도과한 것으로서 위법하여 취소되어야 한다.

① 구 법인세법 제62조 제1항 은 비영리내국법인이 원천징수된 이자소득에 대하여는 제60조 제1항에도 불구하고 과세표준 신고를 아니할 수 있다고 규정하고 있으므로, 비영리내국법인은 이미 법인세가 원천징수된 이자소득을 해당 사업연도의 법인세 과세표준에 포함시켜 법인세 과세표준 및 세액을 신고할지 여부를 선택할 수 있다. 1) 그런데 원고는 위와 같은 구 법인세법 제62조 제1항 에도 불구하고 2013 사업연도의 이자소득 과세표준을 신고할 것을 선택하였고, 이에 따라 피고에게 법정신고기한 내에 법인세 과세표준 및 세액을 신고하면서 구 법인세법 제60조 제1항, 구 법인세법 시행령 제97조 제1항, 제2항, 구 법인세법 시행규칙 제82조 제2항 제1호 에 따라 이 사건 서식을 사용하였다. 즉, 원고는 구 법인세법 제62조 제1항 의 적용을 받아 이자소득에 대한 신고를 하지 아니한 것이 아니라 제60조 제1항에 따라 법인세 과세표준을 신고한 것이고, 다만 구 법인세법 시행령 및 시행규칙이 이자소득만 있는 비영리법인이 사용하는 법인세 과세표준신고서 서식을 따로 정하고 있는 관계로 일반적인 과세표준신고서의 서식이 아닌 이 사건 서식을 사용하여 신고한 것일 뿐이다.

② 실제로 이 사건 서식은 비영리법인의 해당 사업연도 소득금액, 과세표준, 세울, 산출세액, 가산세액 등을 기재하도록 정하고 있고, 신고인이 ‘구 법인세법 제60조 에 따라 위와 같은 내용을 신고한다’고 명시되어 있으므로, 이 사건 서식에 따른 신고 역시 일반적인 신고서에 따른 신고와 마찬가지로 구 법인세법 제60조 제1항 에 따른 법인세의 과세표준과 세액의 신고에 해당한다.

③ 다만, 원고가 2013 사업연도에 이자소득 외의 다른 소득이 발생하지 않았다고 오인하여 이 사건 서식을 사용하였고, 이 사건 토지에 대한 양도소득의 신고를 누락한 것은 사실이다. 그러나 비영리내국법인에 대한 법인세는 수익사업에서 생기는 소득, 이자소득, 배당소득, 주식양도소득, 자산양도소득 등 구 법인세법 제3조 제3항 에서 정한 ‘비영리내국법인의 각 사업연도 소득’에서 결손금, 비과세소득, 소득공제액 등을 공제한 과세표준에 제55조 제1항에 따른 세율을 적용하여 계산하는 것이므로, 원고가 법정신고기한 내에 2013 사업연도 법인세 과세표준을 피고에게 신고한 이상 해당 사업연도의 소득 중 일부 항목을 누락하였다고 하더라도 이는 과세표준 중 일부를 신고하지 않은 ‘과소신고’에 해당할 뿐이고, 아예 신고를 하지 않은 ‘무신고’에 해당하는 것은 아니다.

④ 더욱이 원고는 2017. 6. 30. 피고에게 이 사건 토지의 양도소득에 대한 2013 사업연도의 ‘토지 등 양도소득에 대한 법인세’를 신고하였으므로, 피고로서는 부과제척기간 기산일인 2014. 4. 1.로부터 5년이 경과하기 전에 충분히 이 사건 토지의 양도소득을 반영한 법인세를 원고에게 경정․고지할 수 있었다.

⑤ 이에 대하여 피고는, 원고가 구 법인세법 제62조 제1항 에 따라 이자소득에 대한 과세표준 신고를 하지 않을 수 있음에도 이 사건 신고를 한 것이므로, 신고의무가 없는 이자소득만을 신고한 것이어서 ‘과소신고’가 아니라 ‘무신고’에 해당한다고 주장한다. 그러나 구 법인세법 제62조 제1항 은 비영리내국법인에게 이자소득 과세표준신고에 대한 선택권을 부여하는 규정일 뿐 이자소득을 아예 신고 대상에서 제외하는 규정이 아니므로, 원고가 위 규정에도 불구하고 이자소득에 대한 과세표준을 신고하기로 결정한다면 당연히 이자소득에 대하여도 구 법인세법 제60조 제1항 에 따라 과세표준신고서를 제출할 수 있다. 이러한 경우 원고는 법인세 과세표준을 신고한 것에 해당하고, 원고에게 이자소득의 과세표준을 신고하지 않을 수 있는 선택권이 있었다는 이유로 원고가 신고 자체를 하지 않았다고 볼 수는 없다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한

• 다. 1) 해당 사업연도의 소득에 적용되는 한계 법인세율이 원천징수세율인 14%에 미달할 경우 비영리외국법인은 이자소득에 대한과세표준을 신고함으로써 원천징수된 법인세를 환급받을 수 있으므로, 비영리외국법인은 해당 사업연도의 전체 소득금액 등을 고려하여 이자소득의 과세표준을 신고할 실익이 있는지를 판단할 수 있다.