원고가 이 사건 단체에 이 사건 장소를 무상임대하였다거나 이 사건 장소의 임대료 시가를 이 사건 수수료 상당액으로 인정하기 부족함

사 건 서울행정법원-2021-구합-77074 원 고 AAAA 주식회사 피 고 CCC세무서장 변 론 종 결 2023.3.10. 판 결 선 고 2023.4.21.

1. 피고 CCC세무서장이 2020. 5. 12. 원고에 대하여 한 별지 2 목록 기재 각 감액경정 거부처분을 모두 취소한다.

2. 별지 3 목록 ‘피고’란 기재 각 피고들이 같은 목록 ‘경정거부처분(의제)일’란 기재 각 일자 1) 에 원고에 대하여 한 같은 목록 기재 각 감액경정 거부처분을 모두 취소한다.

3. 소송비용은 피고들이 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. 원고는 AA백화점, AA마트 등을 운영하면서 의류, 식품류 및 각종 일용품의 제조, 가공, 도매에 관한 사업 등을 영위하는 법인이고, AA쇼핑 주식회사 BBB금고(이하 ‘이 사건 금고’라 한다), AA마트 신용협동조합(이하 ‘이 사건 조합’이라 하고, 이 사건 금고와 함께 ‘이 사건 단체’라 한다)은 원고의 임직원 등이 출자하여 설립한 비영리법인으로 구성원의 약 99.5% 이상이 원고 소속 직원들이다.
• 나. 이 사건 금고는 주식회사 DD와 매점 운영계약을, AA칠성음료 주식회사와 캔음료 자동판매기 설치운영계약을, EE벤딩 주식회사(이하 주식회사 DD, AA칠성음료 주식회사, EE벤딩 주식회사를 통틀어 ‘이 사건 운영업체’라 한다)와 커피자동판매기 설치운영계약을 각 체결하고, 이 사건 조합은 AA칠성음료 주식회사와 캔음료 자판기 설치운영계약을 체결하는 등 이 사건 단체는 이 사건 운영업체에 원고의 사업장 중 일부 공간(이하 ‘이 사건 장소’라 한다)에 자동판매기 등 설치·운영 위탁에 관한 계약(이하 ‘이 사건 위탁계약’이라 한다)을 체결하고 그 계약에 따라 이 사건 운영업체로부터 2014년, 2018년 합계 9,156,755,866원의 수수료(이하 ‘이 사건 수수료’라 한다)를 수취하였다.
• 다. 서울지방국세청장(이하 ‘조사청’이라 한다)은 2019년경 원고에 대한 세무조사를 하던 중, 원고가 이 사건 단체에 이 사건 장소를 무상으로 임대하여 주었고 이 사건 장소의 임대료 시가는 이 사건 단체가 이 사건 운영업체로부터 받은 이 사건 수수료로 볼 수 있다는 이유로, 법인세법 및 부가가치세법상 부당행위계산부인 규정을 적용하여원고에게 2015 내지 2017 사업연도 법인세 및 부가가치세에 대한 과세예고통지를 하고, 2014, 2018 사업연도 법인세 및 부가가치세 수정신고를 하도록 권고하였다.
• 라. 위 권고에 따라 원고는 2019. 11. 22. 이 사건 수수료를 익금에 산입하여 2014,2018 사업연도 법인세, 법인지방소득세, 부가가치세를 수정신고·납부하였다가, 법인세법 및 부가가치세법상 부당행위계산부인 규정 적용대상이 아니라는 이유로 2020. 3. 16. 피고 CCC세무서장에게, 2020. 4. 16. 및 2020. 4. 19. 나머지 피고들에게 별지 2 ‘감액경정청구금액’란 기재 각 금액 또는 별지 3 목록 ‘경정청구금액’란 기재 각 금액에 대한 감액경정청구를 하였다.
• 마. 그러나 피고 CCC세무서장은 2020. 5. 12. 원고에게 별지 2 목록 기재와 같이 각 감액경정 거부처분을 하였고, 나머지 피고들은 별지 3 목록 ‘경정거부처분(의제)일’란 기재 각 일자에 원고에게 별지 3 목록 기재와 같이 각 감액경정 거부처분(이하 위 각 거부처분을 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.
• 바. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2020. 7. 17., 2020. 7. 20., 2020. 8. 6. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2021. 6. 9. 위 청구를 모두 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑1 내지 7, 15, 16, 17호증, 을가1, 2호증, 을나1 내지94호증(가지번호 있는 것은 이를 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 요지 이 사건 처분의 적법성은 피고들이 증명하여야 EE, 피고들은 아래와 같이 이 사건 처분의 적법성에 대한 증명을 다하지 못하고 있으므로, 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

1. 비록 이 사건 단체의 이사들이 모두 원고의 직원이고, 이는 국세기본법 시행령 제1조의2 제4항 제2호 가목에서 ‘지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우’에 일응 해당하기는 EE, 이 사건 단체의 이사들은 이 사건 단체의 목적 달성을 위해 독립적인 지위에서 의사결정을 할 뿐 원고의 지시를 받아 이 사건 단체의 의사결정을 하지는 않는바, 원고가 이 사건 단체 이사들의 의사결정을 실질적으로 좌우하고 있다는 명확한 증거를 피고들이 제출하지 못하는 이상, 원고가 이 사건 단체의 경영에 지배적인 영향력을 행사한다고 볼 수는 없다. 따라서 원고와 이 사건 단체는 법인세법 및 부가가치세법상 특수관계에 있다고 볼 수 없다.

2. 이 사건 처분은 원고가 이 사건 단체에 이 사건 장소를 무상으로 임대하였음을 전제로 EE, 원고는 사용자로서의 의무 이행 일환으로 단지 직원들에게 휴게공간을 제공하였을 뿐 이 사건 단체에 이 사건 장소를 사용·수익하도록 허락하는 등 임대한 사실이 없다(나아가 피고들은 원고가 이 사건 단체에 운영권 또는 사업권을 부여한 것 이라고도 주장EE 그러한 사실도 없다). 또한 이 사건 수수료는 이 사건 장소 임대료의 시가로 볼 수 없다.

3. 원고가 이 사건 단체에 이 사건 장소를 사용하도록 한 행위는 근로자에게 충분한 휴게공간과 작업 공간을 보장하는 사용자로서의 의무 이행의 일환으로 이루어진 것인바, 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 인정된다.

• 나. 관계 법령 별지 4 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 감액경정 거부처분 취소소송에 있어 증명책임에 관하여 이 사건 소송에 있어 증명책임의 소재에 관하여 당사자들 사이에 다툼이 있으므로 이에 관하여 우선 살핀다. 일반적으로 조세부과처분의 취소소송에서 과세요건사실에 관한 증명책임은 과세관청에게 있으므로 과세관청이 구체적인 소송과정에서 과세요건사실을 직접 증명하거나 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실을 밝히지못하면 해당 과세처분은 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이 된다(대법원 2013. 3. 28. 선고 2010두20805 판결 참조). 한편 감액경정청구를 받은 과세관청으로서는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 객관적으로 정당한 과세표준 및 세액을 초과하는지 여부에 관하여 조사·확인할 의무가 있으므로 통상의 과세처분 취소소송에서와 마찬가지로 감액경정청구에 대한 거부처분 취소소송 역시 그 거부처분의 실체적·절차적 위법사유를 취소원인으로 하는 것으로서 그 심판의 대상은 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액의 객관적인 존부라고 할 것이고, 그 거부처분의 적법 여부는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 정당한 과세표준 및 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단되는 것이므로(대법원 2008. 12. 24. 선고 2006두13497 판결 참조), 감액경정 거부처분 취소소송에서도 거부처분의 적법성에 관하여 원칙적으로 과세관청이 증명하여야 한다고 보는 것이 타당하다. 이 사건의 경우 원고가 스스로 수정신고·납부한 금액에 대하여 피고들에게 경정청구를 한 것이기는 EE, 위 수정신고·납부가 이루어진 경위는 조사청이 원고에 대한 세무조사를 하던 중 원고에게 수정신고·납부를 권고하자 원고가 이에 따른 것에 불과하다는 점은 앞서 본 바와 같은바, 이 사건 처분의 적법성에 관한 증명책임에 대하여 위 법리와 달리 볼만한 특별한 사정은 찾기 어렵다. 따라서 과세관청인 피고들이 이 사건 처분의 적법성에 관하여 증명하여야 한다고 보는 것이 타당하다.

2. 원고와 이 사건 단체 사이의 특수관계 존부에 관하여 법인세법 제52조 에 따라 부당행위계산으로 부인되는 거래의 상대방인 특수관계인에 대하여 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것) 제87조 제1항은 “법인의 임원·사용인 또는 주주등의 사용인”(제3호), “해당 법인이 직접 또는 그와 제1호부터 제3호까지의 관계에 있는 자를 통하여 어느 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인”(제4호) 등을 규정하고, 같은 조 제2항은 “제1항 제4호 및 제5호에 따른 지배적인 영향력을 행사하고 있는지 여부는 국세기본법 시행령 제1조의2 제4항 에 따른다.”고 규정하고 있다. 그리고 구 부가가치세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29535호로 개정되기 전의 것) 제26조 제1항은 부가가치세법상 특수관계인의 개념에 대해 “ 소득세법 시행령 제98조 제1항 또는 법인세법시행령 제87조 제1항 각 호에 따른 자”라고 규정하고 있다. 특수관계인의 범위에 관하여, 국세기본법 시행령 제1조의2 제3항 은 본인이 법인인 경우 “개인 또는 법인이 직접 또는 그와 친족관계 또는 경제적 연관관계에 있는 자를 통하여 본인인 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 개인 또는 법인”(제2호 가목), “본인이 직접 또는 그와 경제적 연관관계 또는 가목의 관계에 있는 자를 통하여 어느 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우 그 법인”(제2호 나목), “본인이 직접 또는 그와 경제적 연관관계, 가목 또는 나목의 관계에 있는 자를 통하여 어느 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 그 법인”(제2호 다목)을 규정하고 있다. 그리고 위 제1조의2 제4항 제2호 가목은 같은 조 제3항 제2호 가목부터 다목까지의 규정을 적용할 때 ‘비영리법인의 이사 과반수를 차지하는 경우’ 해당 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하고 있는 것으로 본다고 정하고 있는데, 이는 ‘지배적인 영향력 행사’라는 특수관계인의 개념 표지를 구체적이고 명확하게 판단할 기준을 제시함과 동시에 이에 관한 과세관청의 입증부담을 경감시키고자 하는 것으로 보인다. 위 각 규정의 문언, 체계, 취지 등을 고려할 때, 어떠한 법인이 거래상대방인 비영리법인의 이사 과반수를 차지하는 경우 해당 거래상대방(비영리법인)에 대하여 ‘지배적인 영향력을 행사하고 있는 경우’에 해당한다고 보아야 할 뿐, 그 밖의 사정을 살펴 달리 판단할 수는 없다고 봄이 상당하다(예를 들어 국세기본법 시행령 제1조의2 제4항 제1호 나목의 경우, 어떠한 법인이 거래상대방인 영리법인의 임원의 임면권의 행사, 사업방침의 결정 등 ‘법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사’하고 있다고 인정되는 경우를 해당 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 경우로 규정하고 있는데, 여기서 ‘법인의 경영에 대하여 사실상 영향력을 행사하는 경우’란 판단의 여지가 존재하는 부분이므로 과세관청이 위 조항의 적용을 주장할 때에는 이에 관한 추가적인입증이 필요하다고 볼 것이다. 그러나 위 제1조의2 제4항 제1호 나목과 이 사건에서 문제되는 같은 항 제2호 가목을 비교하여 보면, 후자는 그 문언상 ‘비영리법인의 이사과반수 차지 여부’ 외에 추가적으로 판단의 여지가 존재하는 추상적인 요건은 존재하지 않는바, 국세기본법 시행령 제1조의2 제4항 제2호 가목은 ‘비영리법인의 이사 과반수 차지 여부’라는 객관적인 사실의 존재만을 입증하면 곧바로 ‘해당 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 경우’로 간주되는 것으로 해석함이 타당하다). 이 사건에서 원고 역시 비영리법인인 이 사건 단체의 이사들이 모두 원고의 직원이라는 점을 인정하는 이상, 국세기본법 시행령 제1조의2 제4항 제2호 가목에 따라 원고와 이 사건 단체 사이에서는 법인세법 및 부가가치세법상 부당행위계산부인 규정을 적용함에 있어 특수관계가 존재한다고 할 것이다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.

3. 이 사건 장소의 무상임대 여부, 이 사건 장소 임대료 시가 등에 관하여 앞서 살핀 사실관계 및 위 각 증거에 갑8, 9, 21, 24호증, 을가3 내지 6호증의 각 영상 및 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 종합하면, 피고들이 제출한 증거만으로는 원고가 이 사건 단체에 이 사건 장소를 무상임대하였다거나 이 사건 장소의 임대료 시가를 이 사건 수수료 상당액으로 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 있고, 이 사건 처분은 원고의 나머지 주장에 나아가 살필 필요 없이 위법하다.

• 가) 피고들은 이 사건 처분 당시 원고가 이 사건 단체에 이 사건 장소를 무상 ‘임대’한 것으로 단정하지 않았다고 주장하면서 원고가 이 사건 단체에 이 사건 장소를 제공한 것은 ‘임대’ 또는 ‘운영권·사업권의 부여’라고 주장한다. 그러나 피고 CCC세무서장의 원고에 대한 경정청구 처리결과 통보(갑1호증)에는 “검토결과: 특수관계인에게 무상으로 장소를 임대한 것은 부가가치세법상 용역의 공급에 해당함”이라고 명시적으로 기재되어 있는 등 피고들은 이 사건 처분을 함에 있어 이 사건 장소 제공 관련 법률관계를 ‘임대차’로 보고 이를 전제로 이 사건 수수료 상당액을 ‘이 사건 장소 임대료의 시가’라고 보았다.
• 나) 원고와 이 사건 단체 사이에서 이 사건 장소 제공과 관련하여 어떠한 계약서도 존재하지 않고 어떠한 대가 수수도 없었기에 피고들은 원고가 이 사건 단체에 이 사건 장소를 무상임대하였다고 본 것으로 보인다. 그러나 임대차는 당사자 일방이 상대방에게 목적물을 사용·수익하게 할 것을 약정하고 상대방이 이에 대하여 차임을 지급할 것을 약정함으로써 성립하는 것인 점(민법 제618조, 대법원 2009. 9. 24. 선고 2008다38325 판결 등 참조), 차임을 제외하더라도 통상적인 임대차계약에서는 임대차 목적물, 임대차 기간 등을 구체적으로 정하고, 임대인의 임대차 목적물 수선 의무 등 임대차 목적물의 사용·수익과 관련한 계약당사자들의 제반 의무가 발생한다는 점을 고려할 때, 제출된 자료만으로는 원고와 이 사건 단체 사이에 위와 같은 임대차 계약의 성립 및 그에 따른 권리·의무 발생이 있었다고 보기 부족하므로, 원고가 이 사건 단체에 이 사건 장소를 ‘임대’하였다고 인정하기는 어려워 보인다. 단지 원고는 그 주장과 같이 원고 소속 임직원들에 대한 휴게공간 제공 등 목적으로 이 사건 단체가 이 사건 장소를 사용하는 것을 관행적으로 묵인해온 것으로 보인다(비록 이 사건 단체의 구성원이 전부 원고 소속 임직원만 있는 것은 아니고, 이 사건 위탁계약에 따라 설치된 자동판매기 등 전부가 오롯이 원고 소속 임직원만 사용할 수 있도록 설치된 것은 아니지만, 이 사건 단체 구성원의 대부분은 원고 소속 임직원들이고, 이 사건 장소가 이 사건 단체 구성원인 원고 소속 임직원들의 복지 증진에 도움이 전혀 되지 않는다고 보기도 어려운 이상, 그 합리성 여부를 떠나 원고가 이 사건 단체를 통하여 원고 소속 임직원들에게 이 사건 장소와 같은 휴게공간을 제공할 목적이 없었다고 단정하기도 어렵다).
• 다) 피고들은 원고가 이 사건 단체에 이 사건 장소를 ‘임대’하였다는 전제 하에 이 사건 수수료를 이 사건 장소 임대료의 시가라고 보았는바, 이 사건 위탁계약은 이사건 단체가 이 사건 운영업체에 이 사건 장소에서의 자동판매기 등 설치·운영을 위탁하고 수수료를 지급받는 내용일 뿐 앞서 본 바와 같이 민법상 임대차계약에 해당한다고 보기는 어려우므로, 이 사건 수수료 역시 이 사건 장소 ‘임대료’의 시가로 보기 어렵다. 더욱이 부동산 임대차계약에서 차임은 기본적으로 그 임대차 목적물 자체의 가치로 정해지는 것일 뿐 임대차 목적물인 부동산을 사용·수익할 임차인이 어떠한 용도로 사용·수익할지에 따라서 달라지는 것이 아니다. 그런데 예를 들어 이 사건 위탁계약 중 이 사건 금고가 주식회사 DD와 체결한 계약에서는 수수료의 상세 내역을 기재한 ‘거래약정 내역서’(갑17호증의 1의 5면)의 기타사항 제1항으로 “생과일쥬스 판매가격 인상에 따른 수수료 반영분을 2월분부터 적용한다.“고 정하는 등 이 사건 수수료는이 사건 운영업체에 위탁된 용역의 내용과 관련하여 정해지는 것일 뿐, 이 사건 장소의 객관적 가치에 따라 정해진 것이 아니라고 보인다. 따라서 만약 원고가 이 사건 위탁계약과 전혀 다른 내용의 위탁계약을 체결하여 이 사건 장소가 현재와 다른 용도로사용되고 있을 경우, 그에 따른 수수료도 이 사건 위탁계약과 전혀 다른 체계, 가격으로 정해질 수 있는바, 이를 고려하더라도 이 사건 수수료를 이 사건 장소 ‘임대료’ 시가로 볼 수는 없을 것이다.
• 라) 운영권 또는 사업권 부여가 이루어질 경우, 그 권리를 부여받은 자가 권리를 부여한 자에게 주는 대가는 사업을 운영함에 따라 얻는 수익 전부가 아니고 예를 들어 협의한 비율로 정한 자신의 이익을 제외한 나머지와 같이 그 수익 중 일부로 한정되는 것이 통상적일 것이다. 따라서 피고들의 주장대로 원고가 이 사건 단체에 이 사건 장소 관련 운영권·사업권을 부여한 것이라 보더라도, 운영권·사업권 부여에 따른 적정한대가의 시가는 이 사건 수수료 전부가 아니고 그 중 일부라고 봄이 타당할 것이므로,이 사건 수수료 상당액을 전부 원고의 익금으로 산입하는 것은 타당하지 않다.

그렇다면 원고의 피고들에 대한 청구는 이유 있으므로 이를 모두 인용하기로 하여 주 문과 같이 판결한다. 1) 원고는 피고 CCC세무서장을 제외한 나머지 피고들에 대한 변론이 종결된 이후에 이 사건 청구취지 변경신청서를 제출하면서 별지 3 목록 기재와 같이 일부 피고들이 한 처분일자를 변경하였는데, 그 변경 내역에 비추어볼 때 이 사건 소장 기재 처분일자는 오기임이 분명하므로 이를 별지 3 목록 기재와 같이 정정한다.