소멸시효가 완성된 직무발명보상금청구권에 따라 지급한 직무발명보상금은 부당행위계산에 해당함

사 건 2021구합65903 소득금액변동통지처분취소 원 고 ㈜aaa 피 고

○○○청장 변 론 종 결

2022. 11. 11. 판 결 선 고

2023. 2. 10.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2020. 7. 8. 원고에 대하여 소득자를 AAA로 한 2016년 귀속 소득금액 xxx,xxx,xxx원의 소득금액변동통지처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2004. 2. 17. 설립된 의료기기 제조·판매업을 영위하는 회사로서 대표이사는 AAA이고, AAA는 원고의 주식 61.77%를 보유하고 있다.
• 나. AAA는 아래와 같은 특허의 발명자이다(이하 아래 표 기재 내용의 특허를 ‘이 사건 특허’라 한다).
• 다. AAA는 2016. 11. 28. 원고에게 이 사건 특허에 대한 직무발명보상금 xxx,xxx,xxx원의 지급을 청구하였고, 원고는 2016. 11. 30. 위 금액을 AAA에게 지급하였다(이하 원고가 AAA에게 지급한 금원을 ‘이 사건 직무발명보상금’이라 한다).
• 라. 피고는 2020. 3. 3.부터 같은 해 4. 11.까지 원고의 2016년 ~ 2018년 사업연도 법인세통합조사를 실시한 후 원고가 AAA에게 이 사건 직무발명보상금을 지급하고 이 사건 특허를 원고의 무형자산특허권으로 계상한 것을 가공자산으로 보아 부인한다는 이유로 2020. 4. 20. 이 사건 직무발명보상금에 대하여 상여처분하고 소득금액변동통지를 할 예정이라는 취지로 세무조사결과통지서를 발송하였고, 원고는 위 세무조사결과통지에 대한 과세전적부심사를 청구하였으나, 피고는 세무조사결과통지가 정당하다는 이유로 불채택결정을 하였다.
• 마. 이후 피고는 2020. 7. 8. 원고에 대하여 소득자를 AAA로 한 2016년 귀속 소득금액 xxx,xxx,xxx원의 소득금액변동통지처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.
• 바. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2020. 9. 23. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2021. 3. 23. 원고의 청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑1 내지 4, 18 내지 20, 22, 23호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고 주장의 요지 아래와 같은 이유에서 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

1. 원고는 AAA에게 근로의 대가가 아니라 직무발명보상금으로 xxx,xxx,xxx원을 지급한 것이므로, 위 금액에 대하여 상여로 처리하는 것은 부당하다.

2. 원고가 AAA에게 지급한 직무발명보상금은 실시보상금으로서 등록된 특허권을 전제로 지급되는 것이므로(원고의 직무발명보 상규정 제15조 제1항 제2호 에 의하면 실시보상금은 직무발명에 대한 권리의 실시 등으로 인한 수익금이 발생하였을 경우 지급함), 그 소멸시효는 특허등록일인 2006. 12. 5.부터 기산되어야 하고 원고는 그로부터 10년이 경과하기 이전인 2016. 11. 30. AAA에게 이 사건 직무발명보상금을 지급하였으므로, 소멸시효기간 도과 이후 이 사건 직무발명보상금이 지급되었다고 볼 수 없다.

3. 설령 이 사건 직무발명보상금청구권의 소멸시효 기산일을 이 사건 특허의 출원일인 2005. 9. 14.로 보더라도 원고의 직무발명보 상규정 및 직무발명보상금 산정기준세칙이 제정된 2013. 9. 16.부터 원고가 2016년 2차 직무발명심의위원회의 의결에 따라 실시보상금을 지급한 2016. 11. 30.까지의 기간은 법률상 장애기간에 해당하여 소멸시효가 정지 또는 중단되었다고 보아야 한다.

4. 채무자는 소멸시효 완성의 이익을 포기할 수 있고 이는 직무발명보상금지급채무의 경우에도 마찬가지이므로, 설령 원고가 AAA에게 이 사건 직무발명보상금을 지급하였을 당시 이미 AAA의 직무발명보상금청구권의 소멸시효가 완성되었다 하더라도 채무자인 원고는 시효완성의 이익을 포기하고 AAA에게 직무발명보상금을 지급할 수 있다.

5. 원고는 이 사건 특허를 통해 수익을 얻은 것과 관련하여 AAA에게 정당한 금액의 직무발명보상금을 지급한 것이므로 부당행위계산부인에 해당하지 않는다.

• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 원고의 주장 중 이 사건 직무발명보상금이 근로의 대가로 제공된 것이 아니므로 이를 상여로 처리한 이 사건 처분은 부당하다는 주장에 대하여 본다. 구 법인세법(2016. 12. 20. 법률 제14386호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제52조에 의하면 납세지 관할 세무서장 또는 관할 지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 ‘부당행위계산’이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있고, 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정하도록 규정하고 있다. 위 규정의 위임에 따른 구 법인세법 시행령(2016. 2. 12. 대통령령 제26981호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제88조 제1항 제1호는 ‘조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우’로서 자산을 시가보다 높은 가액으로 매입 또는 현물출자를 받았거나 그 자산을 과대상각한 경우를 규정하고 있다. 한편 구 법인세법 제66조 는 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 신고를 한 내국법인이 신고를 하지 아니하거나 신고 내용에 오류 또는 누락이 있는 경우 등에 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정할 수 있다고 규정하고 있고, 제67조는 위와 같이 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정할 때 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여·배당·기타사외유출·사내유보 등 대통령령으로 정하는 바에 따라 처분한다고 정하고 있다. 살피건대, 피고는 이 사건 직무발명보상금청구권의 소멸시효가 완성되었다는 전제에서 원고가 AAA에게 그 지급의무가 없음에도 시효가 완성되어 시가가 0원인 이 사건 특허에 대하여 이 사건 직무발명보상금을 지급하였으므로 이러한 원고의 행위는 자산을 고가로 매입한 경우에 해당한다고 보아 법인세 법령이 정하고 있는 위와 같은 부당행위계산부인에 관한 규정에 따라 이 사건 직무발명보상금에 대하여 그 귀속자로서 임원(대표이사)인 AAA에 대한 상여로 처분한 것이므로, 부당행위계산부인의 적법 여부에 관하여 다투는 것은 별론으로 하더라도 단순히 이 사건 직무발명보상금이 근로의 대가로 지급된 것이 아니므로 상여처분을 한 것은 부당하다는 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

2. 다음으로 소멸시효에 관한 주장에 관하여 본다.

• 가) 소멸시효 기산점에 관하여 구 발명진흥법(2007. 4. 11. 법률 제8357호로 개정되기 전의 것) 제13조 제1항은 “종업원등은 직무발명에 대하여 특허등을 받을 수 있는 권리 또는 특허권등을 계약 또는 근무규정에 의하여 사용자등으로 하여금 승계하게 하거나 전용실시권을 설정한 경우에는 정당한 보상을 받을 권리를 가진다”고 규정함으로써 종업원 등의 직무발명보상금청구권에 관하여 규정하고 있다. 직무발명보상금청구권은 일반채권과 마찬가지로 10년간 행사하지 않으면 소멸시효가 완성하고 그 기산점은 일반적으로 사용자가 직무발명에 대한 특허를 받을 권리를 종업원으로부터 승계한 시점으로 봐야 할 것이나, 회사의 근무규칙 등에 직무발명보상금의 지급시기를 정하고 있는 경우에는 그 시기가 도래할 때까지 보상금청구권의 행사에 법률상의 장애가 있으므로 근무규칙 등에 정하여진 지급시기가 소멸시효의 기산점이 된다(대법원 2011. 7. 28. 선고 2009다75178 판결). 위 법리에 비추어 AAA의 원고에 대한 직무발명보상금청구권의 기산점은 일반적으로 사용자가 직무발명에 대한 특허를 받을 권리를 종업원으로부터 승계한 시점으로 보아야 할 것이므로 그 승계시점에 관하여 본다. 원고와 AAA 사이에 이 사건 특허를 받을 권리를 양도, 양수하는 내용의 명시적 계약이 체결되지 않은 사실은 당사자 사이에 다툼이 없으나, 갑3호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음의 사실 내지 사정, 즉 AAA는 2005. 9. 14. 이 사건 특허에 대한 출원을 한 점, 원고는 이 사건 특허에 관하여 발명자를 AAA로, 특허권자를 자신으로 한 등록을 신청하여 2006. 12. 5. 등록이 완료된 점, AAA는 원고의 대표이사로서 위와 같은 특허등록사실에 대하여 충분히 알고 있었다고 보임에도 이에 대하여 이의를 제기하지 않은점 등을 종합적으로 고려하여 보면, 이 사건 특허에 대한 출원 무렵 특허 등을 받을 수 있는 권리가 원고에게 묵시적으로 승계되었다고 봄이 상당하다. 따라서 이 사건 특허의 출원일인 2005. 9. 14.부터 AAA의 원고에 대한 직무발명보상금청구권의 소멸시효가 진행된다고 보아야 한다. 이에 대하여 원고는 AAA가 원고로부터 지급받은 이 사건 직무발명보상금은 출원에 대한 보상으로 지급되는 출원보상금이 아니라 실시보상금으로서, 실시보상금은 특허권의 등록을 전제로 등록된 특허권이 실시되었을 경우에 지급되기 때문에 특허등록일인 2006. 12. 5.부터 소멸시효가 진행되어야 한다고 주장한다. 살피건대 갑9, 18호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고가 제정한 직무발명보 상규정 제15조 제1항 이 ‘원고가 직무발명에 대한 권리를 승계한 때에는 발명진흥법 제15조 제1항 의 규정에 따라 발명자에게 출원보상금(제1호), 등록보상금(제2호), 실시·처분보상금(제3호), 출원유보보상금(제4호), 특별보상금(제5호)의 보상금을 지급한다’고 규정하고 있고, AAA는 원고에게 직무발명보상금을 청구할 당시 실시보상금을 청구한다고 기재한 사실은 인정된다. 그러나 사용자 등이 직무발명에 대한 권리를 승계한 후 출원하지 않거나 출원을 포기 또는 취하하는 경우에도 발명을 한 종업원등에게 정당한 보상을 하여야 하는 이상(이에 위 직무발명보상규정에서도 출원유보보상금을 정하고 있다), 종업원등은 직무발명에 대한 권리가 승계된 때 즉시 직무발명보상금청구권을 행사할 수 있다고 봄이 상당하고 다만 구체적인 보상금을 산정하는 과정에서 해당 직무발명의 출원여부, 등록여부, 실시 내지 처분 여부에 따라 보상금액을 달리 산정하고 있다고 할 것이다. 따라서 단순히 AAA에게 지급된 보상금의 종류가 실시보상금이라고 하여 AAA가 원고에 대하여 가지는 직무발명보상금청구권의 소멸시효 기산점을 달리 볼 것은 아니므로, 원고의 위 주장은 받아들이지 않는다.
• 나) 소멸시효 진행에 법률상 장애 사유가 있는지에 관하여 원고는 직무발명보상금 지급시기에 관하여 정하고 있는 직무발명보 상규정 및 직무발명보상금 산정기준세칙이 2013. 9. 16. 제정되었고 AAA는 위 규정에 따라 보상금을 지급받아야 하므로 위 규정들 제정 이후에는 이 사건 직무발명보상금청구권의 행사가 법률상 장애가 발생하여 소멸시효가 중단된다고 주장한다. 살피건대, 원고는 직무발명보 상규정 및 직무발명보상금 산정시준세칙이 2013.9. 16.경 제정되었음을 전제로 위와 같이 주장하나, 을2호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음의 사실 내지 사정을 종합하여 보면, 위 직무발명보 상규정 및 직무발명보상금 산정기준세칙은 2016. 6.경 제정된 것으로 보이고, 앞서 이 사건 직무발명보상금청구권의 소멸시효가 2005. 9. 14.부터 진행되어 위 규정이 제정되기 이전에 이미 10년의 소멸시효가 완성된 이상 위 규정에 근거하여 소멸시효 진행에 장애가 있다고 볼 수는 없다.

(1) AAA는 원고에 대한 법인세조사와 관련하여 조사를 받으면서 직무발명보상금 규정을 제정하게 된 경위에 관하여 “직무발명 관련 000 본부장의 소개로 2016년 6월경 직무발명보상금을 제정하게 되었습니다.”라고 답변하고, 2013. 9. 16. 직무발명심의위원회 구성에 대한 공고문 작성일자 및 작성경위, 직무발명심의위원회 신설과 관련 인사발령 내역, 직무발명보 상규정 공지, 직무발명보 상규정 공지에 대해 공지사항 확인서(직원열람), 2013년도 제1차 직무발명심의위원회 회의록, 직무발명보상규정, 직무발명보상금 산정기준세칙 관련 작성일자 및 작성경위를 묻는 질문에 대하여 재차 “직무발명 관련 000 본부장의 소개로 2013년에 진행한 상기절차내역들은 2016년 6월 이후에 소급하여 본인이 작성하였습니다”라고 답변하여 직무발명보 상규정 및 직무발명보상금 산정기준세칙이 실제로는 2016. 6.경 제정되었음을 인정하였다(원고는 위 답변이 기재된 을2호증 문답서에 AAA의 자필기재 내지 날인이 없어 믿을 수 없다는 취지로 다투나 위 문답서 오른쪽 중간마다 무인이 찍혀있고 위 무인이 AAA의 것이라는 피고의 주장에 대하여 원고가 다투지 않는 이상 위 문답서에 기재된 내용은 신빙할 수 있다).

(2) 증인 BBB은 이 법정에서 원고의 주장에 부합하는 취지로 증언하였으나, BBB과 AAA가 지인관계인 점, 증언내용을 뒷받침할만한 객관적인 자료는 존재하지 않는 점 등을 고려할 때 위 증언은 그대로 믿기 어렵다.

(3) 원고는 원고에 대한 세무조사과정에서 피고가 AAA에게 이미 작성된 확인서의 내용을 확인해달라고 요구하였는데, 당시 직무발명보상규정이 2016년경 제정된 것으로 기재된 부분을 AAA가 2013년경 제정되었고 2016년경 개정된 것이라는 취지로 수정하였다고 주장하며 갑27호증을 제출하였으나, 피고의 2023. 1. 11.자 참고서면에 첨부된 자료에 의하면 피고가 보유하고 있는 동일한 내용의 확인서에는 위와 같은 수정된 부분이 확인되지 않아 작성경위에 의문이 있다.

(4) 그 외 원고가 제출한 증거들은 사후에 날짜를 소급하여 작성할 수 있는 서류이거나 원고 직원들의 진술을 기재한 것에 불과하여 위 증거들만으로 앞서 본 판단을 뒤집기는 어렵다.

(5) 한편 원고가 근거로 들고 있는 대법원 2017. 1. 25. 선고 2014다220347판결은 특허의 등록 무렵 이미 직무발명보상규정에 실시보상금의 시기가 규정되어 있었던 경우로서 이 사건과는 사안을 달리하여 원용하기 적절하지 아니하다.

• 다) 원고가 시효이익을 포기한 것으로 볼 수 있는지에 관하여 원고는 직무발명보상금지급채무도 일반 채무와 동일하게 채무자가 시효완성의 이익을 포기할 수 있으므로, 원고가 시효이익을 포기하고 AAA에게 직무발명보상금을 지급한 것을 두고 AAA에 대한 상여로 처분하여 소득금액변동통지처분을 하는 것은 부당하다고 주장한다. 살피건대, 직무발명보상금지급채무의 경우에도 민법상 일반 법리에 따라 채무자가 그 시효이익을 포기할 수 있다고 할 것이나 시효이익을 포기하고 직무발명보상금을 지급한 행위를 세법상 어떻게 평가하는지 여부는 별도의 문제이므로 아래 라)항에서 보는 바와 같이 원고의 행위를 부당행위계산으로 볼 수 있는 이상 원고의 위 주장은 이유 없다.
• 라) 부당행위계산 부인에 해당하는지에 관하여 법인세법 제52조 에 정한 부당행위계산 부인이란, 법인이 특수관계에 있는 자와 거래할 때 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 각 호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도이다. 이는 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로써 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하되, 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다(대법원 2019. 5. 30. 선고 2016두54213 판결 등 참조). 이 사건으로 돌아와 본다. 원고가 AAA에게 이 사건 직무발명보상금을 지급하였을 무렵 AAA가 원고에 대하여 가지는 직무발명보상금청구권의 소멸시효가 이미 완성된 사실은 앞서 본 바와 같은바 원고는 지급할 의무가 없는 이 사건 직무발명보상금을 지급한 것이고, 지급의 의무가 소멸한 상황에서 x억 원이 넘는 이 사건 직무발명보상금을 지급하는 행위는 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스러울 뿐만 아니라 불합리한 행위로서 경제적 합리성을 결여하였다고 할 것이어서 원고의 위와 같은 행위는 부당행위계산에 해당한다 할 것이다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 받아들이지 않는다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.