이월과세 요건인 순자산가액을 계산함에 있어서 그 자산이나 부채는 소멸하는 사업장의 사업과 직접 관련된 자산이나 부채로 한정하는 것이 타당하다.

사 건 2021구합62126 양도소득세부과처분취소 원 고 AAA, BBB 피 고 CC세무서장 변 론 종 결 2022.4.12. 판 결 선 고 2022.5.17.

1. 원고들의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2019. 11. 1. 원고 AAA에 대하여 한 양도소득세 2,205,677,920원, 원고 BBB에 대하여 한 양도소득세 568,254,060원의 각 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고들은 서울 ○○구 □□동 xxx-xx 대지 467.9㎡ 및 그 지상 3층 건물 895.03 ㎡(이하 ‘이 사건 부동산’이라고 한다)에서 ‘DD빌딩’이라는 상호로 공동임대업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다, 원고 AAA 지분 3/4, 원고 BBB 지분 1/4)을 영위하였다.
• 나. 주식회사 EE(법인설립일 2013. 11. 4., 대표자 사내이사 FFF, 이하 ‘이 사건 법인’이라고 한다)는 GG감정평가사사무소에 이 사건 부동산에 대한 감정 평가를 의뢰 하였고, 감정평가사는 2017. 11. 13. 이 사건 부동산에 대한 감정평가액을 10,397,922,900원으로 산정하였다.
• 다. 이 사건 법인은 HH회계법인에 이 사건 사업 및 부동산에 관한 재무실사와 이 사건 법인의 주식가치 산정을 의뢰하였고, 해당 회계법인은 2017. 12. 28.경 이 사건 부동산과 관련하여 자산을 10,744,422,900원, 부채를 10,296,736,351원, 순자산가액 및 신주취득가액을 각 447,686,550원으로 평가하고, 이 사건 법인 주식의 1주당 평가액을 1,600원(기준일 2017. 12. 9.)으로 산정한 뒤, 위 부동산이 현물출자되는 경우 그 대가로 원고 AAA는 209,853주(= 이 사건 부동산의 순자산가액 447,686,550원 ÷ 1주당 1,600원 × 3/4)를, 원고 BBB는 69,951주(= 이 사건 부동산의 순자산가액 447,686,550원 ÷ 1주당 1,600원 × 1/4)의 주식을 부여받아야 된다는 내용의 주식가치 산정보고서 및 재무에 관한 감정보고서를 작성하였다.
• 라. 원고들은 2017. 12. 27. 이 사건 법인과 이 사건 부동산을 현물출자하는 내용의 계약을 체결하였고, 이 사건 법인은 같은 날짜에 임시주주총회를 개최하여 원고들이 현물출자하는 이 사건 부동산의 가액을 447,686,550원, 그 대가로 원고 AAA에게 209,853주를, 원고 BBB에게 69,951주의 신주를 부여하는 내용을 의결하였다. 이후 ○○지방법원 □□지원은 위 회계법인 소속 회계사가 작성한 신주발행조사보고서를 인가하였다. 원고들은 2018. 6. 26. 해당 각 계약을 원인으로 위 법인에게 이 사건 부동산에 관하여 소유권이전등기를 마쳐주었다.
• 마. 원고들은 2018. 5. 31. II세무서장에게 양도소득세를 신고하면서 이 사건 부동산에 관한 양도소득세에 관하여 조세특례제한법 제31조 및 같은 법 시행령 제28조 제1항 제2호 등에 따른 이월과세를 신청하였다.
• 바. 피고는 2019. 6. 10.부터 2019. 8. 4.까지 세무조사를 실시하면서, 2019. 7. 12. 원고들에게 이 사건 부동산의 순자산가액과 관련하여 부채로 계상된 단기차입금 9,932,100,000원이 이 사건 부동산과 관련하여 발생한 부채(이하 ‘이 사건 부채’라 한다)에 해당하는지에 대하여 소명자료를 요청하였고, 원고들은 위 차입금 중 9,532,100,000원은 이 사건 법인으로부터 차용하였고(그중 8,000,000,000원은 이 사건 법인이 주식회사 JJ은행으로부터 차입한 것을 원고들에게 그대로 대여해준 것임), 나머지 400,000,000원은 KKK으로부터 차용하였으며, 차입금은 전부 ‘DD빌딩’의 취득, 유지비용과 리모델링 비용 등으로 사용하였다는 내용의 소명서를 제출하였다.
• 사. 피고는 세무조사 결과 이 사건 부채로 계상된 단기차입금 9,932,100,000원 중 9,047,000,000원, 임대보증금 350,000,000원 중 220,000,000원이 이 사건 사업과 관련이 없거나 가공채무에 해당하므로 이를 위 부채에서 차감하여 이 사건 부동산의 순자산가액을 계산하면, 원고들이 현물출자로 취득하는 주식의 가액이 이 사건 부동산의 순자산가액에 미달하게 되므로, 이월과세 대상에 해당되지 아니한다는 판단을 하였고, 이에 따라 2019. 11. 1. 원고 AAA에 대해서는 2,205,677,920원, 원고 BBB에 대해서는 양도소득세 568,254,060원의 각 양도소득세를 부과하는 처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.
• 아. 원고들은 2020. 1. 28. 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 제기 하였으나, 조세심판원은 2021. 1. 19. 이를 기각하는 결정을 하였다. 원고들은 2021. 1. 20. 해당 결정을 통지받았다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7호증(가지번호가 있는 것은 가지번호를 포함한다. 이하 같다), 을 제1 내지 11호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고들의 주장 원고들이 이 사건 법인으로부터 이 사건 부동산의 유지관리 및 리모델링 비용을 위한 자금 9,532,100,000원을 차용하였으므로 위 법인에 대한 채무가 존재하고, 조세특례제한법상 순자산가액 계산에 있어 자산에서 차감되는 부채가 반드시 이 사건 사업과 관련성을 가져야 한다는 요건을 규정하고 있지 않으며, ○○지방법원 □□지원의 심사에 따라 위 채무액을 포함한 부채 총액 10,296,736,350원은 순자산가액에서 공제된 상태로 현물출자 한다는 내용의 감정보고서에 대하여 인가결정을 받은 이상, 이 사건 부채는 이 사건 부동산의 순자산가액에서 공제되어 조세특례제한법상 양도소득세 이월과세 요건은 충족되었다.
• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단 1) 조세특례제한법 제2조 제6호 에 의하면 ‘이월과세(移越課稅)’란 개인이 해당 사업에 사용되는 사업용 고정자산 등을 현물출자(現物出資) 등을 통하여 법인에 양도하는 경우 이를 양도하는 개인에 대해서는 양도소득세를 과세하지 아니하고, 그 대신 이를 양수한 법인이 그 사업용 고정자산 등을 양도하는 경우 개인이 종전 사업용 고정자산 등을 그 법인에 양도한 날이 속하는 과세기간에 다른 양도자산이 없다고 보아 계산한 양도소득 산출세액 상당액을 법인세로 납부하는 것을 말한다고 규정하고 있고, 제31조 제1항은 ‘대통령령으로 정하는 업종을 경영하는 중소기업 간의 통합으로 인하여 소멸되는 중소기업이 대통령령으로 정하는 사업용고정자산(이하 ’사업용고정자산‘이라 한다)을 통합에 의하여 설립된 법인 또는 통합 후 존속하는 법인(이하 ’통합법인‘이라 한다)에 양도하는 경우 그 사업용고정자산에 대해서는 이월과세를 적용받을 수 있다’고 규정하고 있으며, 그 위임에 따른 조세특례제한법 시행령 제28조 제1항 제2호 에 의하면 ‘통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 당해 통합으로 인하여 취득하는 주식 또는 지분의 가액이 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액(통합일 현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액을 말한다)이상’인 경우에 한하여 이월과세를 적용받도록 하고 있다. 이처럼 양도소득세 이월과세의 요건으로 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 중소기업자가 취득하는 주식 또는 지분 가액이 통합으로 인하여 소멸하는 사업장의 순자산가액 이상일 것을 규정한 이유는, 중소기업 간의 통합을 장려하여 생산 또는 경영규모의 적정화를 유도하기 위해서는 사업양수도 대상의 순자산가액이 통합법인에 그대로 승계되도록 해야 하는데, 소멸되는 사업장의 중소기업자가 출자금액을 부당하게 축소시키는 것을 방지하기 위함이다. 따라서 이월과세 요건인 순자산가액 즉, ‘현재의 시가로 평가한 자산의 합계액에서 충당금을 포함한 부채의 합계액을 공제한 금액’을 계산함에 있어서도 그 자산이나 부채는 소멸하는 사업장의 사업과 직접 관련된 자산이나 부채로 한정하는 것이 타당하다.

2. 그러나 원고들이 제출한 자료만으로는 이 사건 부채로 계상된 단기차입금 9,932,100,000원 중 9,047,000,000원이 이 사건 사업과 관련된 채무라는 사실을 인정하기 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다. 오히려 원고들은 위 차입금이 이 사건 사업과 관련성이 있는지에 대하여 구체적인 소명자료를 제출하지 않고 있는 점, 갑 제2호증의 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면 이 사건 부동산이 2017. 12. 27. 현물출자 되기 직전에 위 차입금과 관련하여 2017. 11. 3. 및 2017. 11. 5. 근저당권이 설정된 점, 위 차입금은 대부분 원고들에게 교부된 점, 이 사건 부동산은 2021. 5. 20. 매매를 원인으로 하여 2021. 6. 17. 제3자에게 소유권이 이전되었음에도 이 사건 법인은 지금까지 원고들이 주장하는 이월과세액을 납부하지 않고 있는 점 등을 종합하여 보면, 원고들은 이 사건 부동산을 이 사건 법인에 현물출자하기 직전에 소멸하는 사업장과 직접 관련이 없는 고액의 부채를 발생시켜서 이를 개인적으로 사용하고 출자금액을 사실상 축소시키려고 한 것으로 보인다. 또한 앞서 본 차입금 중 적어도 80억 원과 관련하여, 원고들은 주식회사 JJ은행 등에게 이 사건 부동산에 관하여 채권최고액 9,960,000,000원의 근저당권을 설정해주었는데, 위 80억 원은 이 사건 법인이 금융기관으로부터 빌린 후 곧바로 원고들에게 빌려준 돈인바, 이 사건 사업과 관련 없는 80억 원 상당의 부채가 이 사건 법인에 계속 남아 있는 것으로 보이는 이상, 원고들은 이 사건 부동산을 이 사건 법인에 현물출자하기 직전에 소멸하는 사업장과 직접 관련이 없는 고액의 부채를 발생시켜 개인적으로 사용하고 출자금액을 사실상 축소시킨 것이 분명하고, 이 사건 부동산의 순자산가액이 이 사건 법인에 그대로 승계되었다고 평가할 수 없으므로, 이는 실질적으로 동일한 사업주가 사업의 운영행태만 변경한 것으로 인정되기 어렵다. 따라서 피고가 이 사건 양도소득세 이월과세 요건을 판단함에 있어 이 사건 부채를 순자산가액의 산정에서 제외한 것이 위법하다고 할 수 없다.

3. 더욱이 원고들이 제출한 자료만으로는 이 사건 부채로 계상된 임대보증금 350,000,000원 중 220,000,000원이 실제 보증금이라는 사실을 인정하기 부족하며, 달리 위 각 사실을 인정할 증거가 없는바, 해당 부분을 소멸하는 사업장의 순자산가액에 포함시키는 경우 원고들이 취득하는 주식가액을 초과하게 된다(원고들은 이 사건 법인의 현물출자 이전의 순자산가액 등을 기초로 평가한 주식가액을 기준으로 주식배정을 받았으므로, 이 사건 법인의 채무가 축소된다고 하여 그에 비례한 액수만큼의 주식 가치가 증가한다고 보기도 어렵다).

4. 법원이 신주발행조사보고서를 인가할 때 현물출자에 관한 사항을 심사하는데, 이는 현물출자의 목적물을 과대평가하는 등의 방법으로 회사의 자본충실을 해하는 것을 방지하여 금전출자자와 회사채권자를 보호하기 위한 것이다. 법원의 심사도 이러한 취지에 맞추어 부동산감정서의 평가기준일이나 근저당채무의 반영 여부, 대항력 있는 임차인의 존부 등과 같은 외형적․형식적 사항에 집중되어 있고, 변경결정을 할 때에도 제도의 취지상 제한적․소극적 변경만이 가능할 뿐이다. 따라서 법원으로부터 신주발행조사보고서를 인가받았다는 사정만으로는, 소멸되는 사업장의 중소기업자가 출자금액을 부당하게 축소하는 것을 방지하는데 그 목적을 둔 조세특례제한법상의 이월과세의 요건까지 승인받은 것으로 볼 수는 없다.

5. 결국 원고들의 주장은 받아들이기 어렵다.

그렇다면 원고들의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.