이 사건 부칙규정에 따라 조특법상 중소기업 특별세액 감면규정에 해당하지 않는 것으로 본 처분은 정당함

사 건 서울행정법원-2021-구단-60717 원 고 AAA전기 피 고 BB세무서장 변 론 종 결 2022.07.14. 판 결 선 고 2022.09.29.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2019. 11. 22. 원고에 대하여 한 2018 사업연도 법인세 22,600,030원(가산세 포 함)의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2009. 10. 23. 산업전기제품 판매업 등을 목적으로 설립되어 서울 CC구에서 기타기계 및 장비 도매업을 영위하는 법인으로, 2015 사업연도부터 2018 사업연도(원고는 매년 1. 1.부터 12. 31.까지를 사업연도로 한다)까지 원고의 매출액은 다음과 같다.
• 나. 원고는 2019. 3. 25. 원고의 2018 사업연도 법인세에 대하여 조세특례제한법 시행령 부칙(2016. 2. 5. 대통령령 제26959호) 제22조(이하 ‘이 사건 부칙규정’이라 한다를 근거로 하여, 2016 사업연도 매출액이 100억 원 미만이므로 구 조세특례제한법 시행령(2016. 2. 5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 것) 제6조 제5항 제3호(이하 ‘이 사건 종전규정’이라 한다)에서 정한 도매업을 영위하는 소기업에 해당한다며(원고의 계속 고용 근로자 수가 10명 미만인 사실에 관하여는 다툼이 없다), 구 조세특례제한법(2018. 12. 11. 법률 제15881호로 개정되기 전의 것) 제7조 제1항 제2호 가목의 중소기업특별세액감면 규정에 따른 소기업 감면율인 100분의 10을 적용한 감면세액을19,508,011원으로 산정하여 법인세를 신고·납부하였다.
• 다. 이에 대하여 피고는, 원고의 2015 사업연도 매출액이 189억 원으로 이 사건 종전규정에 따른 매출액 기준 100억 원을 초과하여 원고는 이 사건 부칙규정에 따른 소기업 경과조치 적용대상에 해당되지 않고, 2018 사업연도 매출액이 72억 원으로 2016. 2. 5. 개정된 조세특례제한법 시행령 제6조 제5항 (이하 ‘이 사건 개정규정’이라 한다)에서 정한 평균매출액 등 50억 원 이하의 기준도 초과하므로, 어느 것에 의하더라도 위 감면세액 (19,508,011원)의 적용을 받을 수 없다고 판단한 다음, 2019. 11. 22. 원고에게 2018 사업연도 법인세 22,600,030원(가산세 포함)을 증액경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 라. 원고는 이에 불복하여 2020. 1. 30. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2021. 1. 14. 위 심판청구를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장

1. 도매업을 영위하는 원고의 경우, 이 사건 종전규정에 따르면 근로자 수가 10명 미만이고 매출액이 100억 미만인 경우 소기업에 해당하는 반면, 이 사건 개정규정에 따르면 매출액이 50억 원 미만이면 소기업에 해당한다. 이 사건 부칙규정상의 ‘이 사건 종전규정에 따라 소기업에 해당되었던 기업’인지 여부는 ‘법률 제13560호 조세특례제한법 일부 개정법률 시행일’인 ‘2016. 1. 1.’을 포함하는 2016 사업연도를 기준으로 함이 타당하고, 2016 사업연도 원고의 매출액은 약 99억 원으로 이 사건 종전규정에 의할 때에는 소기업에 해당하나 이 사건 개정규정에 따르면 소기업에 해당하지 아니하여결국 ‘원고는 이 사건 개정규정으로 인하여 소기업에 해당하지 아니하게 된 경우’에 해 당하므로, 이 사건 부칙규정에서 정한 경과조치의 적용을 받는다.

2. 대법원은 2020. 7. 29. 선고 2019두56333 판결에서 “이 사건 부칙규정의 적용 대상은 법률 제13560호 조세특례제한법 일부 개정법률 시행일인 2016. 1. 1. 당시인 2016 과세연도의 경우 종전규정 아래에서는 소기업에 해당하여 중소기업특별세액감면을 받을 수 있었으나 개정규정으로 인하여 더 이상 소기업에 해당하지 않아 중소기업특별세액감면을 받을 수 없게 된 기업이라고 봄이 타당하다.”고 판시하였는바, 이는2016 사업연도 원고의 매출액을 기준으로 하여 이 사건 종전규정에 의할 때는 소기업에 해당하나 이 사건 개정규정에 의할 경우 소기업에 해당하지 않을 때에 이 사건 부칙규정이 적용된다는 취지로 해석되므로, 원고의 위 주장 취지와도 부합한다.

3. 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하다.

• 나. 관계 법령 [별지] 관계 법령 기재와 같다.
• 다. 판단 이 사건의 쟁점은 원고의 2018 사업연도 법인세에 대하여 이 사건 부칙규정이 적용되는지 여부이다.

1. 관련 법 규정 및 법리 등

• 가) 구 조세특례제한법(2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정되어 2016. 1. 1. 시행되고 2016. 12. 20. 법률 제14390호로 개정되기 전의 것) 제7조 제1항은 “중소기업 중 감면 업종인 ‘도매 및 소매업(제1호 아목)’을 경영하는 기업에 대해서는 2017. 12. 31. 이전에 끝나는 과세연도까지 해당 사업장에서 발생한 소득에 대한 소득세 등에 ‘대통령령으로 정하는 소기업이 도매 및 소매업, 의료업을 경영하는 사업장은 100분의 10의 감면 비율(제2호 가목)을 곱하여 계산한 세액상당액을 감면한다.”고 정하고 있다(이하 ‘중소기업특별세액감면’이라고 한다). 그 위임에 따른 이 사건 종전규정에 의하면, 중소기업특별세액감면이 적용되는 ‘대통령령으로 정하는 소기업’이란 ‘기타의 사업을 주된 사업으로 영위하는 경우’에는 중소기업 중 해당 기업에 계속하여 고용되어 있는 근로자로서 기획재정부령으로 정하는 자(이하 ‘계속 고용 근로자’라고 한다)의 수가 10명 미만이고, 매출액이 100억 원 미만인 중소기업을 말한다.
• 나) 한편 이 사건 개정규정에서는 이 사건 종전규정 중 계속 고용 근로자의 수에 관한 요건을 삭제하면서 ‘대통령령으로 정하는 소기업’을 ‘중소기업 중 매출액이 업종별로 중소기업기본법 시행령 [별표 3]을 준용하여 산정한 규모 기준 이내인 기업’으로 정하고 있고, 중소기업기본법 시행령 [별표 3] 제31호는 ’도매 및 소매업‘을 주된 업종으로 하는 중소기업 중에서 매출액이 50억 원 이하인 기업을 소기업으로 정하고 있다. 따라서 이 사건 개정규정에 의하면 중소기업특별세액감면을 받는 ‘대통령령으로 정하는 소기업’ 중 ‘도매업 및 소매업을 주된 사업으로 영위하는 소기업’은 계속 고용 근로자의 수와 관계없이 매출액이 50억 원 이하인 중소기업을 말한다.
• 다) 이와 같이 중소기업특별세액감면을 받는 ‘소기업’의 범위가 이 사건 종전규정 및개정규정에서 달라짐에 따라 이 사건 부칙규정은 ’소기업의 범위에 관한 경과조치‘라는 제목으로 “법률 제13560호 조세특례제한법 일부 개정법률 시행 당시 종전의 (조세특례제한법 시행령) 제6조 제5항에 따라 소기업에 해당되었던 기업이 법률 제13560호 조세특례제한법 일부개정법률 시행 이후 제6조 제5항의 개정규정에 따른 소기업에 해당하지 아니하게 된 경우에는 제6조 제5항의 개정규정에도 불구하고 2019년 1월 1일이 속하는 과세연도까지 소기업으로 본다.”라고 정하고 있다.

2. 구체적 판단

• 가) 살피건대, 아래와 같은 이유에서 이 사건 부칙규정은 법률 제13560호 조세특례제한법 시행일인 2016. 1. 1. 이후 개시하는 과세연도의 직전 과세연도에 종전규정에 따라 소기업에 ‘해당하였던’ 기업이 2016. 1. 1. 이후 개시하는 과세연도에 종전규정에 의해서는 소기업에 해당하나 개정규정으로 인하여 소기업에 해당되지 않는 경우를 의미하는 것으로 봄이 타당하다.

① 이 사건 부칙규정 문언상 ’법률 제13560호 조세특례제한법 시행 당시‘는 그 시행일인 ’2016. 1. 1.‘을 의미하고, 이 사건 부칙규정 적용은 그 당시 이 사건 종전규정에 따라 소기업에 ‘해당되었던’ 기업을 대상으로 하고 있다. 이 사건 종전규정에서 그 적용의 요건으로 삼고 있는 매출액은 대상 기업의 특정 시점의 재무상태에 대한 개념이 아니라 일정기간 동안의 기업의 성과에 대한 개념으로서, 이 사건 부칙규정은 2016. 1.1. 당시에 이 사건 종전규정에 따라 종업원의 수가 일정 규모 미만이고 2016. 1. 1.이 속하는 과세연도의 직전과세연도에 이 사건 종전규정에서 정한 매출액 기준 규모에 미달하여 소기업에 해당하는 기업을 의미한다고 해석하는 것이 문언에 부합한다.

② 원고의 주장과 같이 해석되기 위해서는, 오히려 이 사건 부칙규정에서 ‘법률 제13560호 조세특례제한법 시행일이 속하는 과세연도에 소기업에 해당하는 기업’이라고규정하는 것이 자연스럽다.

③ 위 ①항과 같은 해석은 경과규정인 이 사건 부칙규정의 성격에도 부합한다. 경과규정은 납세의무자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 납세의무자에게 유리한 종전 규정을 적용하도록 한 특별규정에 해당하므로, 이를 마련하는 취지는 납세의무자가 종전 규정에 의한 조세감면 등을 신뢰하여 종전규정의 시행 당시에 과세요건의 충족과 밀접 하게 관련된 직접적인 원인행위로 나아감으로써 일정한 법적 지위를 취득하거나 법률관계를 형성하는 등의 경우에 그에 대한 신뢰를 마땅히 보호하여야 할 필요가 있기 때문이다. 그런데 만일 어떠한 기업이 법률 제13560호 조세특례제한법 시행 전에 소기업에 해당하지 않아 중소기업특별세액감면을 받지 못하였다면, 이를 대상으로 ‘경과규정의 형식’을 갖추어 규정을 마련할 필요는 없다. 원고의 주장은 이 사건 개정규정을 통해 소기업의 범위가 개정되었음에도 이 사건 종전규정에서 정한 소기업의 범위를 일정기간 병행하여 적용되어야 한다는 취지라 할 것인데, 법령에서 이와 같은 취지를 담을 의사였다면, 이는 이 사건 부칙규정과 같은 경과규정이 아닌 시행령 본문에 해당 조항을 두는 것이 합리적이다.

④ 또한 조세특례제한법 시행령의 제·개정 소관부처인 기획재정부에서 발간한 ‘2015 간추린 개정세법’ 해설 책자에는 조세특례제한법 시행령 제6조 의 경과조치에 관하여“종전규정에 따라 소기업에 ‘해당했던’ 기업이 시행령 개정에 따라 소기업에 해당하지아니하게 되는 경우에 2019. 1. 1.이 속하는 과세연도까지 소기업 유예기간을 적용한다.”고 기재되어 있고, 기획재정부 질의회신에서는 ‘이 사건 부칙규정은 법률 제13560호 조세특례제한법 시행일이 속하는 직전 과세연도에 종전규정에 따라 소기업에 해당하는 납세자에 대하여 적용하는 조항’이라고 해석한 바 있다.

• 나) 따라서 원고가 2015 사업연도에 이 사건 종전규정에 의하더라도 중소기업특별세액감면 대상 소기업에 해당하지 아니하는 이상, 이 사건 부칙규정에 따른 경과조치 적용대상이 된다고 볼 수 없다. 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로, 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.