이 사건 대여이자 중 일부를 비과세사업의 대가로 분리하거나 특정할 만 한 방법이 있다고 보이지 않고 다른 안분계산방법을 적용하는 것도 그 성격상 불가능해보이므로 이 사건 대여이자를 매입세액에서 모두 공제하여야하고 자문수수료는 공통매입세액으로 보아 공통매입세액 안분계산의 방법으로 매입세액 공제하는 것이다.
이 사건 대여이자 중 일부를 비과세사업의 대가로 분리하거나 특정할 만 한 방법이 있다고 보이지 않고 다른 안분계산방법을 적용하는 것도 그 성격상 불가능해보이므로 이 사건 대여이자를 매입세액에서 모두 공제하여야하고 자문수수료는 공통매입세액으로 보아 공통매입세액 안분계산의 방법으로 매입세액 공제하는 것이다.
사 건 2021구합58370 양도소득세부과처분취소 원 고 00금융회사 피 고 aa세무서장 변 론 종 결
2022. 03. 25. 판 결 선 고
2022. 04. 15.
1. 피고가 원고에게 한 별지1 표의 경정거부처분세액란 기재 각 부가가치세 경정거부처분 중 같은 표 감액세액란 기재 부분을 취소한다.
2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.
3. 소송비용 중 x/xx은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다. 청구취지 피고가 원고에 대하여 한 별지1 표의 경정거부처분세액란 기재 각 부가가치세 경정거부처분 중 같은 표 경정청구세액란 기재 부분을 취소한다
1. 금융업을 영위하는 회사 또는 금융업의 영위와 밀접한 관련이 있는 회사의 지배 내지 경영관리
2. 자회사 등(자회사, 손자회사 및 손자회사가 지배하는 회사를 포함한다. 이하 같다)에 대한자금지원
3. 자회사에 대한 출자 또는 자회사 등에 대한 자금지원을 위한 자금조달
4. 자회사 등의 공동상품의 개발, 판매를 위한 사무지원 등 자회사 등의 업무에 필요한 자원의 제공
5. 전산, 법무, 회계 등 자회사 등의 업무를 지원하기 위하여 자회사 등으로부터 위탁받은 업무
6. 위 각호에 부수 또는 관련되는 업무
1. 원고의 주장
2. 피고의 주장
1. 당초 원고는 이 사건 각 거부처분의 과세기간이 아닌 2009년 제2기부터 2012년제2기까지의 과세기간 중 본 건과 동일하게 자회사에 지원한 자금에 대한 대여이자에 관하여 ‘면세사업의 공급가액에서 제외하여 불공제대상 매입세액을 재계산’해달라는 취지의 경정청구를 하였고, 피고가 거부처분을 하자 경정거부처분 취소를 구하는 소송을 제기하였다. 그런데 위 사건의 상고심에서 대법원은 “금융지주회사인 원고가 금융지주회사법에 따라 자회사 등에 자금지원업무를 수행하고 이들로부터 대여이자를 받은 행위는 부가가치세 부과대상이 되지 않는 비과세사업에 해당하고, 원고가 받은 이 사건 대여이자 전부가 곧바로 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 대한 대가로 볼 수 없으므로, 구 부가가치세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24359호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 전 시행령’이라 한다) 제61조 제1항의 규정을 유추 적용하여 공통매입세액중 비과세사업에 안분되는 매입세액을 가려낼 수 없다”고 판단하였다(대법원 2019. 1.17. 선고 2015두60662 판결). 위 판결의 내용은 자회사 등에 자금지원업무를 수행하고 자회사 등으로부터 받은 대여이자에 자금대여 수수료가 포함되어 있지 않고 대여이자에 포함된 조달금리 등을 전부 비과세사업인 자금대여용역 자체의 대가로 볼 수도 없어, 개정 전 시행령 제61조 제1항의 규정을 유추적용하여 공급가액의 비율에 따라 공통매입세액 중 비과세사업에 안분되는 매입세액을 가려낼 수 없다는 것이고, 나아가 대여이자 중 일부를 비과세사업에 대한 대가로 명확히 분리할 수 있다거나 그 부분을 특정할 수 있다는 내용은 아니다(한편 2013. 2. 15. 개정으로 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항 에 개정전 시행령에 없던 “비과세사업을 포함한다”는 문구가 추가되었으나, 이는 과세사업과 비과세사업을 겸영하는 경우 공통매입세액 안분에 관한 규정이 없어 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우의 규정을 유추적용하였던 종래 대법원 판례의 취지를 반영하여 비과세사업에 직접 공통매입세액 안분에 관한 시행령 규정을 적용할 수 있도록 한 것이다. 공급가액을 기준으로 한 공통매입세액 안분계산방법은 공급가액이 비과세사업 용역의 대가 관계에 있고 그 금액이 명확하다는 것을 기본 전제로 하는 것이므로, 공급가액을 기준으로 한 공통매입세액 안분계산방법을 적용하려면 이 사건대여이자가 자금대여용역의 대가 관계에 있어야 한다는 전제에는 개정 전후로 변함이 없다).
2. 실제로 원고는 위 기간 후 이 사건 각 거부처분의 과세기간에 걸쳐 자회사 자금지원지침에서 정한 바에 따라 자회사 등에 대한 자금지원업무를 수행해왔는데, 위 지침에서는 조달금리, 조달부대비용, 충당금적립비용, 업무원가 등을 더한 금액을 지원금리로 정하고 있을 뿐이다. 따라서 위 지침에 따라 원고가 수령한 이 사건 대여이자에는 비과세사업인 자금대여용역 자체의 대가로 볼 수 있는 자금대여수수료와 같은 명목의 금액은 포함되어 있지 않은 것으로 보이고, 조달금리나 조달부대비용 등을 자금대여용역 자체의 대가라고 보기도 어렵다. 다시 말해, 위와 같은 지침에 따라 결정된 이 사건 대여이자 중 원고의 자금대여용역에 대한 대가라고 볼 수 있는 부분을 딱히 특정할 수 없고 나아가 그러한 대가가 포함되어 있다고 보기도 어렵기 때문에, 비과세사업과 과세사업의 공급가액 비율에 따라 공통매입세액을 안분계산하는 방법인 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항 을 적용할 수 없는 것이다.
3. 공급가액 비율에 따른 공통매입세액 안분방법을 적용할 수 없는 경우에는 구 부가가치세법 시행령 제61조 제4항 에 따라 매입가액비율, 예정공급가액비율, 예정사용면적비율의 순서대로 안분계산을 하여야 한다(대법원 2012. 11. 29. 선고 2010두4810판결 참조). 그러나 원고의 매입가액 중 비과세사업 관련 매입가액만을 따로 분리할 수있는 자료도 없고(피고는 위 1)항 기재 사건의 파기환송심에서도 비과세사업 관련 매입세액을 확인할 수 없다는 전제에서 면세 관련 매입세액을 비과세사업 관련 매입으로 간주하여 공통매입세액을 안분계산한 후 조정금액을 제시하였다), 이 사건 대여이자의성격상 그와 관련된 매입가액만을 상정하여 이를 분리하는 것이 사실상 가능하다고 보이지도 아니하므로 비과세사업에 관련된 매입가액의 비율을 이용하는 방법은 적용하기 어렵다. 또한 앞서 본 이 사건 대여이자의 특성에 비추어 보면 예정공급가액비율이나 예정사용면적비율 등의 방법을 적용하기도 어려워 보인다.
4. 부가가치세는 신고납세방식이므로 납세자가 스스로 한 신고가 잘못되었다는 이유로 경정청구를 하는 경우 거부처분이 위법하다는 점에 대하여는 원칙적으로 원고가 입증하여야 할 것이다. 그러나 일응 원고의 주장대로 이 사건 대여이자 전부가 비과세사업에 해당하는 용역의 공급에 대한 대가라고 볼 수 없고, 그러한 전제에서 구 부가가치세법 시행령 제61조 제1항 을 적용하여 매입세액을 안분할 수도 없는 상황이라면, 과세관청인 피고가 다른 합리적인 안분계산방법을 제시하는 등으로 이 사건 각 거부처분의 적법성에 관하여 주장·증명하여야 할 것인데, 피고가 제출한 증거를 모두 살펴보아도 이 부분 합리적인 안분계산방법을 찾기 어렵다. 그렇다면 이러한 경우에는 납세자에게 유리하게 해석할 수밖에 없고, 결국 매입세액에서 이 사건 대여이자 부분 전부를 공제할 수밖에 없다.
그렇다면 원고의 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.
판결 내용은 붙임과 같습니다.