이 사건 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서임

사 건 서울행정법원-2021-구합-56190 원 고 주식회사 야** 피 고 oo세무서장 변 론 종 결

2022. 2. 24. 판 결 선 고

2022. 3. 17.

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2019. 7. 8. 원고에 대하여 한 2014년 제1기 부가가치세 32,338,260원, 2014년 제2기 부가가치세 21,100,224원의 각 부과처분을 모두 취소한다.

• 가. 원고는 의류 제조 및 도, 소매업 등을 목적으로 2007. 3. 8. 설립된 법인이다.
• 나. 서울지방국세청장은 2015. 9. 9.부터 2015. 10. 30.까지 원고에 대한 법인제세 통합조사(조사대상기간 2012. 1. 1.부터 2014. 12. 31.까지, 이하 ‘이 사건 선행조사’라고 한다)를 실시하였고, 피고는 2019. 2. 14.부터 2019. 6. 19.까지 2014년 제1기부터 2015년 제2기에 대한 부가가치세 세목별 조사(이하 ‘이 사건 세무조사’라고 한다)를 실시하였다. 이후 서울지방국세청장은 2019. 10. 7.부터 2019. 12. 11.까지 원고에 대한 법인제세 통합조사(조사대상기간 2016. 1. 1.부터 2018. 12. 31.까지, 이하 ‘이 사건 후행조사’라고 한다)를 실시하였다.
• 다. 피고는 2019. 7. 9. 이 사건 세무조사를 실시한 결과 원고가 2014년 제1, 2기 동안 기타매출로 신고하였어야 할 중국 보따리상 등에 대한 매출을 국내 거래처에게 허위로 세금계산서를 발급하였다고 판단하여 구 부가가치세법(2016. 12. 20. 법률 제14387호로 개정되기 전의 것) 제60조 제3항 제3호 등에 따라 원고에게 2014년 제1기 부가가치세 32,338,260원, 제2기 부가가치세 21,100,224원을 경정․고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2019. 9. 24. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 2021. 2. 9. 위 청구가 기각되었다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부에 관한 판단

• 가. 원고의 주장

1. 절차적 하자 주장

• 가) 원고는 이 사건 처분과 관련하여 1년 동안 두 번의 중복 재조사를 받았는데, 납세자가 기존에 세무조사를 받은 세목이나 과세기간에 대해 다시 세무조사 대상자로 선정되어 세무조사를 받았다면 이는 원칙적으로 중복세무조사에 해당하고, 예외적으로 국세기본버 제81조의4 제2항 각호의 예외 사유에 해당하여야 조사가 가능하나, 피고는 중복세무조사의 예외 사유를 입증하지 못하고 있다.
• 나) 피고는 과세표준의 산정방법과 그 산출근거를 밝히지 않았고, 과세표준 산출근거라고 주장하는을 제5 내지 8호증의 각 기재만으로는 과세표준을 어떻게 계산한 것인지 알 수 없다.

2. 실체적 하자 주장 가)을 제6, 7, 8호증은 진정성립이 인정되지 않아 증거로 쓸 수 없고, 원고 대표이사의 자백이 처분사유를 인정할 유일한 증거라고 할 것인데, 위 진술은 원고 대표이사가 구체적인 내용을 알지 못한 상태에서 세무대리인으로부터 자백하고 통고처분에 따라 돈을 납부하면 별다른 문제가 없을 것이라는 조언을 받고 한 것으로 중대한 착오에 기한 것이고, 피고는 각 거래처별 세금계산서가 허위인지 여부의 처분사유를 입증하지 못하였다.

• 나) 가사 실제 거래가 인정되지 않는다고 하더라도 가공매출의 경우 실제 매출이 존재하지 않기 때문에 이에 대한 부가가치세를 납부할 의무가 없으므로, 해당 가공매출에 대한 부가가치세는 원고에게 환급되어야 한다.
• 나. 관계법령 별지 기재와 같다.
• 다. 절차적 하자 주장에 관한 판단

1. 위법한 중복세무조사 주장에 관한 판단 세무공무원이 어느 세목의 특정 과세기간에 대하여 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 한 경우는 물론 그 과세기간의 특정 항목에 대하여만 세무조사를 한 경우에도 다시 그 세목의 같은 과세기간에 대하여 세무조사를 하는 것은 국세기본법 제81조의4 제2항 에서 금지하는 재조사에 해당한다(대법원 2015. 2. 26. 선고 2014두12062 판결 등 참조). 한편, ‘조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’란 조세탈루 사실에 대한 개연성이 객관성과 합리성 있는 자료에 의하여 상당한 정도로 인정되는 경우를 말한다(대법원 2012. 11. 29. 선고 2010두19294 판결 등 참조). 앞서의 인정사실에 의하면, 이 사건 세무조사는 2014년 제1기부터 2015년 제2기까지의 부가가치세 세목별조사이고, 이 사건 후행조사는 2016년 내지 2018년 사업연도에 대한 법인제세 통합조사이므로, 같은 세목 및 같은 과세기간에 대한 재조사에 해당하지 않는다. 다만 이 사건 세무조사와 이 사건 선행조사는 일부 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 이루어졌으므로, 이 사건 세무조사가 중복세무조사의 예외 사유에 해당하는지 여부에 관하여 살펴본다. 갑 제1호증의 기재에 변론 전체의 취지를 보태어 보면, 피고는 심판청구 과정에서 이 사건 선행조사와 이 사건 세무조사가 중복조사가 아니라는 근거로 다음과 같은 자료를 제시하였다.

① 피고가 원고의 가공세금계산서 발행 관련 제보(이하 ‘이 사건 제보’라고 한다)에 대하여 서울지방국세청에 이 사건 선행조사 시 이와 관련하여 경정결정이 있었는지 여부를 문의하였는데, 서울지방국세청장은 2018. 1. 4. 피고에게 이 사건 제보 내용과 관련하여 이 사건 선행조사 당시 2014년 제1, 2기 부가가치세 관련 적출사항 및 경정내역은 없는 것으로 회신하였다.

② ‘중복조사 해당여부 및 사전통지 제외사유 검토조서’에 따르면, 피고는 이 사건 선행조사가 2012. 1. 1. ~ 2014. 12. 31. 기간에 대한 거래질서 관련 조사(234백만원 추징)이고 이 사건 세무조사는 국세기본법 제81조의4 제2항 제1호 에 따라 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우에 해당하여 중복조사에 해당하지 않는다고 검토하였다. 살피건대, 이 사건 세무조사는 이 사건 제보와 이에 대한 검토결과인 ‘중복조사 해당여부 및 사전통지 제외사유 검토조서’ 등에 기초하여 이루어진 것으로, 그와 같은 자료는 원고의 조세탈루 사실을 확인할 수 있는 상당한 개연성을 객관적․합리적으로 뒷받침하는 자료에 해당한다. 따라서 이 사건 세무조사는 국세기본법 제81조의4 제2항 제1호 에 의하여 예외적으로 허용되는 재조사에 해당하므로, 위법한 중복세무조사라고 볼 수 없으므로, 원고의 위 주장은 받아들이지 않는다.

2. 가산세의 세액과 산출근거가 불명확하다는 주장에 관한 판단 2014년 제1기 부가가치세 재경정 결의서에는 가산세 구분 ‘세금계산서 지연발급, 지연수취, 미발급 등’, 금액 ‘1,616,913,000원’, 세액 ‘32,338,260원’으로 각 기재되어 있고, 2014년 제2기 부가가치세 재경정 결의서에는 가산세 구분 ‘세금계산서 지연발급, 지연수취, 미발급 등’, 금액 ‘941,751,000원’, 세액 ‘18,835,020원’으로 각 기재되어 있는 사실을 인정할 수 있다(이하 위 각 ‘금액’에 해당하는 세금계산서를 합하여 ‘이 사건 세금계산서’라고 한다). 위 각 결의서의 가산세 구분이 다소 포괄적으로 기재되어 있고 세율이 기재되어 있지 않기는 하다. 그러나 ① 위와 같은 가산세 구분 기재만으로도 세금계산서 허위 발급과 관련된 구 부가가치세법 제60조 제3항 제3호 의 가산세임을 충분히 인식할 수 있는 점, ② 위와 같이 기재된 금액과 세액을 통해서 가산세율이 2%임을 추론할 수 있는 점, ③ 원고로서도 이 사건 세무조사를 받으면 2014년 제1, 2기 과세거래의 실물거래 여부가 문제되었으므로 허위 세금계산서 발급에 관한 가산세가 부과될 수 있음을 예상할 수 있었을 것인 점 등에 비추어 보면, 원고의 위 주장도 받아들일 수 없다.

• 라. 실체적 하자 주장에 관한 판단

1. 관련 법리 납세의무자가 신고한 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 실물거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 실지비용인지 여부가 다투어지고 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 증명된 경우에는, 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2007두1439 판결 등 참조).

2. 인정사실

• 가) 원고의 대표이사 송**은 2019. 6. 17. 조세범칙혐의자 심문과정에서 ‘세금계산서 발행대상이 아닌 중국 보따리상 등 외국인과의 거래가 활발하였고 상대적으로 매입 자료가 필요한 업체들이 동대문 상가와 연결된 곳들이 많아 이들에게 실지 거래보다 부풀려서 혹은 거래가 없음에도 세금계산서를 발행하게 되었고, 현실적으로 세금계산서만 발행해 달라는 업체들의 요청을 거절하기가 쉽지 않았다. 2015년 세무조사 후에는 세법에 맞게 정상적으로 세금계산서를 발행하도록 노력해 왔으며 이러한 과정에서 영업상 많은 어려움을 겪었다’고 진술하였다.
• 나) 원고의 판매관리프로그램인 EOS 자료 중 2015년 12월 매출내역 일부자료에 의하면, 원고의 거래처는 ‘내수’와 ‘오다’로 구분되는데, ‘오다’ 매출은 ‘오다-상대’, ‘오다-삼양’, ‘오다-중국’ 등으로 기재되어 있고, 매출의 대부분이 중국 등의 ‘오다’ 매출이다.
• 다) 원고의 2014년 제1기부터 2015년 제2기 동안의 부가가치세 신고내역에 따르면 원고의 매출이 전반적으로 감소함에도 2015년 제2기 기타매출은 다음 표와 같이 증가하였다.
• 라) 피고는 심판청구 과정에서 원고가 2014년 제1기~2015년 제2기 동안 국내 거래처에게 허위로 발급하였다고 본 합계 3,713,477,500원의 세금계산서 발행내역과 원고의 계좌 입금내역을 비교․검토한 자료를 제출하였는데(그 중 일부가을 제7호증으로 제출된 것으로 보인다), 이에 의하면 원고는 해당 세금계산서를 발급할 무렵 거래처들로부터 각 세금계산서의 부가가치세액에 해당하는 돈을 입금받았다.
• 마) 피고는 원고의 거래처인 마, 테, 에스, 이즈, 퓨**를 원고로부터 허위 세금계산서를 발급받았다고 판단하여 각 관할 과세관청에 과세자료를 통보하였고, 해당 과세관청은 위 각 업체가 발급받은 매입세금계산서를 부인하고 매입세액을 경정․고지하였다.

3. 판단

• 가) 주위적 주장에 관한 판단 앞서의 인정사실, 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 보태어 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① ‘중국 보따리상에 대한 현금 매출을 매입세금계산서가 필요한 국내 사업자에게 허위의 세금계산서를 발행하였다’는 송의 진술은 그 진술내용이 구체적이고 원고 판매관리프로그램이나 부가가치세 신고내역 등 객관적 자료에도 부합하여 허위 사실을 인정한 것으로 보이지 않는 점, ② ‘2015년 세무조사 후 영업상 어려움을 겪었음에도 세법에 맞게 정상적으로 세금계산서를 발급하도록 노력하였다’는 송의 진술에 비추어 보면 원고의 매출이 전반적으로 감소함에도 2015년 2기 기타 매출이 큰 폭으로 증가한 이유는 원고가 당초 중국 보따리상 등에 대한 기타매출을 국내 거래처에 대한 세금계산서 발급분 매출로 허위 신고해오다가 기타매출로 정상 신고하게 되었기 때문으로 보이는 점, ③ 원고로부터 세금계산서를 발급받은 거래처들은 원고에게 부가가치세액 상당의 돈을 입금하였는데, 매매대금의 지급 없이 단지 부가가치세액만을 지급하는 것은 상거래 관행상 매우 이례적인 점, ④ 원고로부터 세금계산서를 발급받은 거래처에 대하여는 매입세금계산서가 사실과 다른 허위의 것이라는 점은 원칙적으로 과세관청이 입증하여야 할 것이나, 위와 같이 세금계산서가 허위임이 상당한 정도로 입증되었다면, 그에 관한 증빙과 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자측에서 자신의 주장에 부합하는 입증을 할 필요가 있음에도 원고는 이 사건 세무조사와 심판청구 단계에서 실거래를 주장하면서도 현재까지 실제 거래과정을 확인할 수 있는 객관적인 증빙자료를 제출하지 않고 있는 점 등에 비추어 보면 이 사건 세금계산서는 실제로 재화 또는 용역을 공급받는 자가 아닌 자의 명의로 발급된 세금계산서라고 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 처분은 그 처분사유가 인정되어 적법하므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.
• 나) 예비적 주장에 관한 판단 살피건대, 앞서 본 바와 같이 원고는 중국 보따리상에 대한 현금 매출을 매입세금계산서가 필요한 국내 거래처에 허위로 세금계산서를 발급하였는바, 재화의 공급 없이 세금계산서만 발급한 가공거래에 해당한다고 볼 수 없으므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 이유 없다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.