장기임대주택 및 대체주택을 포함한 조정지역 내 3주택 이상의 경우, 1세대 1주택 고가주택에 장기보유특별공제 배제 및 중과세율 적용 당부

사 건 2021구합51362 양도소득세부과처분취소 원 고

○○○ 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2021. 8. 26. 판 결 선 고

2022. 1. 25.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2020. 6. 3. 원고에 대하여 한 2018년 귀속 양도소득세 645,494,000원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2018. 10. 10. 서울 ○○구 ○○로 ○○길 ○○, ○○○동 ○○○호 (○○동, ○○○ 1단지)(이하 ‘이 사건 주택’이라 한다)를 24억 9,000만 원에 양도하였고(이하 ‘이 사건 양도’라 한다), 이 사건 주택이 1세대 1주택인 고가주택에 해당한다고 보아 9억 원을 초과하는 양도차익에 대하여 장기보유특별공제 및 일반 세율을 적용하여2018. 11.경 2018년 귀속 양도소득세 66,873,572원을 신고‧납부하였다.
• 나. 피고는 원고가 이 사건 양도 당시 이 사건 주택 외에 원고와 배우자 AAA(이하 원고와 AAA를 통틀어 ‘원고 등’이라 한다)의 공동명의로 서울 ○○구 ○○○동 ○○○, ○○아파트 ○○동 ○○○호(이하 ‘**** 주택’이라 한다) 및 서울 ○○구 ○○동 ○○-○○ 토지 및 지상 다세대주택 ○○○호, ○○○호, ○○○호, ○○○호, ○○○호, ○○○호, ○○○호(이하 ‘△△△ 임대주택’이라 한다)를 소유하고 있었고, AAA 명의로 서울 ○○구 ○○동 ○○○-○ ○○동갤러리 ○○호(이하 ‘□□□ 임대주택’이라 한다)를 소유하는 등 조정대상지역에 있는 1세대 3주택 이상의 주택을 소유하고 있었다고 보아, 구 소득세법(2018. 12. 31. 법률 제16104호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제95조 제3항, 제2항, 제104조 제7항 제3호, 구 소득세법 시행령(2018. 10. 23. 대통령령 제29242호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제160조 제1항에 따라 이 사건 주택의 양도가액 중 9억 원을 초과하는 부분에 해당하는 양도차익에 대하여 장기보유특별공제의 적용을 배제하고 구 소득세법 제104조 제7항 제3호 에 따른 중과세율(종합소득세율에 100분의 20 가산)을 적용하여 2020. 6. 3. 원고에 대하여 2018년 귀속 양도소득세 645,494,000원(가산세 포함)을 경정‧고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 다. 원고는 이에 불복하여 2020. 7. 3. 조세심판원에 조세심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2021. 1. 5. 원고의 청구를 기각하였다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다) 및 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장

1. △△△ 임대주택과 □□□ 임대주택은 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제2호 가목의 장기임대주택에 해당하므로 같은 항 제10호, 제4항에 따라 보유주택 수에서 제외하여야 하고, 원고는 이 사건 주택에 거주하고 있다가 대체주택으로 2017. 5. 24. ** 주택을 취득한 후 2018. 10. 10. 이 사건 주택을 양도함으로써 일시적으로 1세대 2주택을 보유하였던 것이므로, 구 소득세법 제104조 제7항 제3호, 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제10호, 제167조의10 제1항 제8호에 따라 ** 주택도 보유주택 수에서 제외하여야 한다. 따라서 원고는 이 사건 양도 당시 1세대 1주택 소유자에 해당하므로, 중과세율이 아닌 일반세율이 적용되어야 하고, 양도가액 중 9억 원을 초과하는 부분에 대하여도 장기보유특별공제가 적용되어야 한다.

2. 가사 법령의 해석상 이 사건 양도에 구 소득세법 제95조 제2항, 제104조 제7항 제3호가 적용된다고 하더라도, 원고는 주거이전을 위하여 이 사건 주택을 양도하기 전에 **** 주택을 취득함으로써 일시적으로 1세대 2주택에 해당하게 되었으므로, 사회통념상 이 사건 양도에 중과세율 등을 적용하여서는 아니 된다.

• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 인정 사실

1. 원고는 2004. 3. 29. 서울 ○○구 ○○동 ○○○, ○○아파트 ○동 ○○○호를 취득하여 거주하였으나, 재건축으로 2012. 7. 16. 위 아파트는 멸실되었고, 2016. 5. 20. 재건축된 이 사건 주택의 소유권을 취득하였다. 원고는 위 아파트의 재건축이 시작된 2011. 7. 8. 서울 ○○구 ○○동 ○○○-○○ 소재 ○○○○○○○ 아파트로 전입하였고, 2018. 3. 5. **** 주택으로 전입신고를 하기 전까지 위 ○○○○○○○ 아파트에 주민등록을 유지하였다.

2. AAA는 2005. 1. 21. □□□ 임대주택을 취득하였고, 2013. 9. 24. 민간임대주택에 관한 특별법(이하 ‘민간임대주택법’이라 한다) 제2조 제3호, 제5조에 따른 임대사업자등록을 마치고 위 주택을 임대하기 시작하였다. 2013. 1. 1.기준 □□동 주택에 관한 공동주택 공시가격은 349,000,000원이다.

3. 원고 등은 2016. 1. 4. △△△ 임대주택의 7/10 지분(AAA 4/10, 원고 3/10)을 취득하였다가 2017. 1. 10. 원고가 3/10 지분을 추가로 매수하면서 △△△ 임대주택의소유권을 완전히 취득하였다. 원고 등은 2015. 12. 30. 나머지 지분 공유자인 BBB와 함께 민간임대주택법 제2조 제3호, 제5조에 따른 임대사업자등록을 마치고 위 주택을 임대하기 시작하였다. 2015. 1. 1. 기준 △△△ 주택에 관한 공동주택 공시가격은 각 192,000,000원 내지 244,000,000원이다.

4. 원고 등은 2017. 4. 7. CCC으로부터 ** 주택을 각 1/2 지분씩 매수하기로 하는 매매계약을 체결하면서, 잔금 및 부동산 인도일인 2017. 5. 24. 매도인을 임차인으로 하는 전세계약서를 작성하고 전세보증금은 매매대금에서 공제하고 지불하기로 약정하였고, 2017. 5. 24. ** 주택의 소유권을 취득하면서 CCC의 배우자인 DDD을 임차인으로 하여 임대차기간이 2018. 3. 2.까지인 임대차계약을 체결하였다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제3 내지 6, 10, 11, 13, 14, 16호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 라. 판단

1. 구 소득세법령의 해석상 장기보유특별공제 및 중과세율 적용 여부

• 가) 구 소득세법 제95조 제2항, 제104조 제7항 제3호는 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도의 경우, 장기보유특별공제를 적용하지 아니하고 소득세법 제55조 제1항 에 따른 일반 종합소득세율에 20%를 더한 중과세율을 적용한다고 규정하고 있다. 그 위임에 따라 제정된 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 은 ‘대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다’고 규정하면서, 제2호 가목에서 민간임대주택법 제2조 제3호 에 따른 민간매입임대주택을 1호 이상 임대하고 있는 거주자가 5년 이상 임대한 주택으로서 해당 주택 및 이에 부수되는 토지의 기준시가의 합계액이 해당주택의 임대개시일 당시 6억 원을 초과하지 아니하는 주택을 들고 있고, 제10호에서 1세대가 제2호 등에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 해당 주택(이하 ‘일반주택’이라 한다)을 들고 있다. 또한 같은 조 제4항은 위 제1항 제2호에 의한 장기임대주택의 의무임대기간의 요건을 충족하기 전에 제1항 제10호의 규정에 의한 일반주택을 양도하는 경우에도 당해 임대주택을 제1항의 규정에 의한 장기임대주택으로 보아 제1항 제10호의 규정을 적용한다고 규정하고 있으며, 구 소득세법 시행령 제155조 제2항 에 의하면 서울 전 지역은 조정대상지역에 해당한다. 위 각 규정에 의하면, 1세대가 3주택 이상을 소유하였는지 여부를 판단할 때에는 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제1호 에 해당하는 주택(수도권 및 광역시, 특별자치시 외의 지역에 소재하는 주택으로서 기준시가의 합계액이 해당 주택 또는 그밖의 주택 양도 당시 3억 원을 초과하지 아니하는 주택)만을 주택 수 산정에서 제외하고, 양도 대상 주택이 각 호에 해당하는 주택일 경우에 1세대가 3주택 이상을 소유하였더라도 해당 주택의 양도에 구 소득세법 제104조 제7항 제3호 에 따른 중과세율 등을 적용하지 않도록 하고 있다.
• 나) 이 사건에 관하여 보건대, 위 인정 사실에 의하면 이 사건 주택은 조정대상지역에 있는 주택에 해당하고, 원고 등은 이 사건 양도 당시 이 사건 주택 외에 □□□ 임대주택, △△△ 임대주택 및 ** 주택 등 국내에 주택을 3개 이상 소유하고 있었으므로, 이 사건 주택이 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 각 호 중의 어느 하나에 해당하지 않는 이상 이 사건 양도에는 구 소득세법 제95조 제2항, 제104조 제7항 제3호가 적용된다. 그런데 □□□ 임대주택은 임대개시일 당시 기준시가가 6억 원을 초과하지 아니하는 주택으로서 민간임대주택법에 따른 임대사업자로 등록한 후 5년 이상 임대한 주택으로서 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제2호 가목에 해당하나, △△△ 임대주택은 임대개시일 당시 기준시가가 6억 원을 초과하지 아니하지만 이 사건 양도 당시 민간임대주택법에 따른 임대사업자로 등록한 후 5년이 경과하지 않아 위 규정에 따른 장기임대주택에 해당하지 아니할 뿐만 아니라, 원고 등은 이 사건 양도 당시 이 사건 주택과 위 장기임대주택 외에 ** 주택도 소유하고 있었기 때문에 이 사건 주택은 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제10호 에 따른 일반주택에 해당하지 아니한다. 따라서 이 사건 양도에 구 소득세법 제95조 제2항, 제104조 제7항 제3호에 따라 장기보유특별공제를 적용하지 아니하고, 같은 법 제104조 제7항 제3호에 따른 중과세율을 적용하여 한 이 사건 처분은 적법하고, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2. 사회통념상 중과세율 등 적용대상에 해당하지 않는지 여부 투기목적의 주택 소유를 억제하여 주택 가격의 안정과 주거생활의 안정을 도모하려는 취지에서 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도에 대하여 중과세율을 적용하도록 하는 한편, 임대주택의 공급을 활성화함으로써 서민과 중산층의 주거안정을 지원하기 위하여 장기임대주택과 더불어 일반주택도 중과세율의 적용 대상에서 제외하는 위 관련 규정의 입법 취지 등에 비추어 보면, 일반주택(종전주택)과 장기임대주택을 소유한 거주자가 다른 주택(이하 ‘대체주택’이라 한다)을 취득함으로써 장기임대주택을 제외하고도 2주택을 소유하게 되었더라도, 주거를 이전하기 위하여 대체주택을 취득한 것으로서 거주자에게 투기목적이 없고 대체주택을 취득한 후 종전주택을 양도하기까지 소요된 기간이 주택거래의 현실 등에 비추어 사회통념상 일시적이라고 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에는 종전주택의 양도를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 양도소득세를 중과할 수는 없다고 봄이 상당하다(대법원 2014. 2. 27. 선고 2010두27806 판결 등 참조). 이 사건에 관하여 보건대, 위 인정 사실에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고가 대체주택이라고 주장하는 ** 주택을 취득한 후 이 사건 주택을 양도하기까지 약 1년 5개월이 소요된 점, ② 원고는 주택을 매수하면서 곧바로 매도인에게 해당 주택을 임대하였다가 2018. 3. 5.경에야 주택에 입주할 수 있었기 때문에 이 사건 주택 양도에 시간이 소요되었다고 주장하나, 원고는 2011. 7. 8. 이후 계속하여 ○○동 소재 아파트에 거주하였던 것으로 보이는 점, ③ 원고가 이 사건 양도 당시 이 사건 주택에 거주하고 있지 않았던 이상 이 사건 주택 양도 전에 주택을 취득하였어야 할 불가피한 사정이 없는 점 등에 비추어 보면, 원고가 주거를 이전하기 위하여 대체주택을 취득한 것이라거나 ** 주택을 취득한 후 이 사건 주택을 양도하기까지 소요된 기간이 주택거래의 현실 등에 비추어 사회통념상 일시적이라고 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에 해당한다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한