부동산 양도 후 양수인에게 지급한 폐기물처리비용만큼 매매가액이 감액되었다고 볼 수 있는지

사 건 2021구단68592 양도소득세경정거부처분취소 원 고 오AA 외 2 피 고 ●●세무서장 변 론 종 결

2022. 4. 27. 판 결 선 고

2022. 6. 8.

1. 원고들의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2020. . . 원고들에 대하여 한 2019년 귀속 양도소득세 28,000,000원의 경정거부처분을 취소한다.

• 가. 원고들의 모 박BB(2019. . . 사망, 이하 ‘망인’이라 한다)은 2019. . . 주식회사 ◎◎(이하 ‘소외 법인’이라 한다)에 00시 00읍 00리 대 1,000㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다) 및 그 지상 건물 2동(이하 이 사건 토지 및 지상 건물 2동을 통틀어 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 양도하고, 2019. 5. 31. 피고에게 아래 [표1]과 같이 이 사건 부동산의 양도가액은 실지거래가액인 합계 13,000,000,000원(이하 ‘이 사건 매매대금’이라 한다)으로, 취득가액은 환산취득가액인 합계 870,000,000,000원으로 하여 양도소득세 3,700,000,000원을 신고·납부하였다. (단위: 원)
• 나. 이 사건 부동산에 관하여 2019. . . 매매를 등기원인으로 하여 00지방법원 00지원 00등기소 2019. . . 접수 제*호로 소외 법인 명의의 부동산소유권 이전등기가 마쳐졌고, 거래가액은 13,000,000,000원으로 기재되었다.
• 다. 소외 법인은 2019. . .부터 2019. . .까지 이 사건 토지의 정지 작업을 하던 중 발생한 폐기물 처리비용 2억을 지출하였다면서 2019년 월경 망인의 상속인들인 원고들에게 위 폐기물 처리비용의 지급을 요구하였다. 이에 원고들은 2020. . . 소외 법인에게 위 폐기물처리비용 2억 중 1억 원을 지급하기로 합의하고, 2020. . *. 소외 법인에 1억 원(이하 ‘이 사건 지급금’이라 한다)을 지급하였다.
• 라. 원고들은 2020. *. **. 피고에게, 이 사건 지급금 관련 추가 비용이 발생하였으므로 기 납부한 양도소득세 중 26,000,000원이 감액·환급되어야 한다는 내용의 양도소득세 경정청구를 하였으나, 피고는 원고들이 지급한 비용은 손해배상금에 해당한다는 이유로 위 경정청구를 거부(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.
• 마. 원고들은 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2021. 5. 25. 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증 내지 제10호증, 을 제1호증 내지 제5호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고들의 주장

1. 원고들은 매도인인 망인의 상속인들로서 하자 없는 부동산을 인도할 의무가 있었기에 매수인인 소외 법인이 터파기 작업 중 발생한 폐기물 처리비용 지급요구에 응할 수밖에 없었다. 따라서 소외 법인에게 지급한 금액만큼 이 사건 매매대금이 감액되었고 보아야 하고, 감액된 매매대금만큼 양도차익이 줄어들었으므로 이에 상응하는 양도소득세도 감액되어야 한다.

2. 이 사건 지급금만큼 매매대금이 감액된 것으로 볼 수 없다면, 이 사건 지급금을 소득세법 제97조 에 따른 자본적 지출액으로 보아 필요경비로서 이 사건 매매대금에서 공제되어야 한다.

• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 이 사건 매매대금이 감액된 것으로 볼 수 있는지 여부 앞서 든 증거에 의하면, 원고들이 이 사건 토지에 존재하였던 예상치 못한 폐기물처리비용의 일부로 소외 법인에게 이 사건 지급금을 지급한 사실이 인정되고, 만일 당사자들 사이에서 이 사건 지급금만큼 이 사건 매매대금이 감액된 것으로 정한다는 의사합치와 이를 객관적으로 명확히 하는 후속조치가 있었다면 이 사건 지급금만큼 이 사건 매매대금이 감액된 것으로 볼 여지가 전혀 없는 것은 아니다. 그러나, 원고들과 소외 법인 사이에 작성된 합의서(갑 제9호증)에는 이 사건 지급금만큼 매매대금을 감액한다는 취지의 기재가 없고, 오히려 위 합의서 제1항에 의하면, 이 사건 지급금을 “지장폐기물 처리대금으로 지급한다”고 기재되어 있는바, ① 매매계약의 당사자들 사이에서 이 사건 지급금만큼 이 사건 매매대금을 감액하는 것으로 정한다는 의사합치가 있었다고 볼 증거가 없고 그러한 의사합치가 객관적으로 명확히 드러나지도 않는 점, ② 이 사건 지급금만큼 이 사건 매매대금이 감액되었다고 볼 경우 원고들로서는 양도차익이 줄어들어 양도소득세가 줄어드는 효과가 있는 반면, 매수인인 소외 법인의 입장에서는 취득가액에 해당하는 이 사건 매매대금이 감액되면 추후 이 사건 토지 양도시 납부할 양도소득세가 늘어나게 되는 등으로 불리한 사정이 있어 원고와 소외 법인의 이해관계가 일치하지 아니하고, 쌍방의 의사합치가 있었다고 추정할 만한 상황도 아닌 점, ③ 피고는 이 사건 소송절차에서 ‘당사자 간 이 사건 매매대금을 감액한다는 명시적인 계약변경이 없는 이상 소외 법인이 추후 이 사건 토지를 양도하면서 양도소득세를 신고할 때에는 이 사건 지급금을 감액하지 않은 당초 매매대금을 취득가액으로 공제할 것으로 예상된다’는 점을 지적하였음에도 원고들이 소외 법인과 사이에 이 사건 지급금만큼 매매대금을 감액한 것으로 합의하여 계약을 변경하였다는 내용의 증거는 제출하지 못하고 있는 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 지급금만큼 이 사건 매매대금이 감액되었다고 볼 수 없다. 원고들의 이 부분 주장은 받아들이지 아니한다.

2. 자본적 지출액으로서 필요경비 공제 여부 소득세법 제97조 제1항, 제2항, 구 소득세법 시행령(2020 2. 11. 대통령령 제30395호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제163조 제6항의 문언 내용 및 취지에 비추어 보면, 위 구 소득세법 시행령 제163조 제6항 은 ‘취득가액을 자산의 취득 당시 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(이하 ‘매매사례가액 등’이라 한다)에 의하는 경우 필요경비에 가산할 금액’을 대통령령으로 정할 수 있도록 위임하고 있는 소득세법 제97조 제2항 제2호 에 근거를 둔 것으로서 모법의 위임이 없는 무효의 규정이라고 볼 수 없다. 그리고 소득세법 제97조 제2항 제2호 는 자산의 취득 당시 실지거래가액을 확인할 수 없어 취득가액을 추계하여야 하는 경우에는 매매사례가액 등에 의하여 산정하도록 하면서, 취득가액은 납세의무자가 실제로 지출한 비용인지 여부가 확인되지 아니하였음에도 필요비로 공제하는 것임을 감안하여 자본적 지출액이나 양도비 등의 기타 비용도 실제 지출 여부를 묻지 않고 자산별로 취득 당시 기준시가에 일정한 비율을 곱한 금액(이하 ‘개산공제액’이라 한다)을 필요경비로 공제할 수 있도록 하는 것이 합리적이라는 견지에서 구체적인 금액을 대통령령으로 정하도록 위임하고 있으므로, 구 소득세법 시행령 제163조 제6항 이 소득세법 제97조 제2항 제2호 의 위임범위를 벗어나거나 실질과세원칙에 위배되어 무효라고 볼 수도 없다. 따라서 실지거래가액을 자산의 양도가액으로 하여 양도차익을 산정하면서 양도가액에서 공제하는 필요경비 중 하나인 취득가액을 자산 취득 당시의 매매사례가액 등에 의하는 경우에는 납세의무자가 소득세법 제97조 제1항 제2호, 제3호에서 정한 자본적 지출액이나 양도비 등의 비용을 실제로 지출하였다고 하더라도 원칙적으로 개산공제액 외에 이를 필요경비로 공제할 수 없다(대법원 2015. 10. 15. 선고 2011두24286 판결 참조). 구 소득세법(2010. 12. 27. 법률 제10408호로 개정되기 전의 것) 제97조 제3항 제2호에 의하면, 취득가액을 환산가액에 의하는 경우 ‘환산가액과 개산공제금액의 합계’만이 필요경비로 인정되었는데, 이 사건에 적용되는 소득세법 제97조 제2항 제2호 단서는 취득가액을 환산가액에 의하는 경우 객관적으로 확인가능한 필요경비인 ‘자본적지출액과 양도비의 합계’가 ‘환산가액과 개산공제금액의 합계’보다 더 크다면 납세자가 이를 필요경비로 선택할 수 있도록 규정하고 있으나, 다만 여전히 ‘자본적지출액과 양도비의 합계’와 ‘환산가액과 개산공제금액의 합계’ 모두를 필요경비로 공제할 수 없도록 규정하고 있음은 마찬가지이다. 또한 소득세법 제97조 제2항 제2호 에 근거를 둔 구 소득세법 시행령 제163조 제6항 이 무효라고 할 수 없음은 앞서 살핀 것과 같다. 원고들의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 이 사건 처분은 적법하고, 원고들의 주장은 모두 이유 없다.

그렇다면 원고들의 청구는 이유 없어 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.