1세대1주택 고가주택외의 다른 주택 보유시 장기보유특별공제 배제 및 중과세율의 적용 여부

사 건 2021구단68387 양도소득세부과처분취소 원 고 AAA 피 고 BB세무서장 변 론 종 결

2022. 06. 17. 판 결 선 고

2022. 08. 19.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2020. 9. 6. 원고에 대하여 한 2018년도 귀속 양도소득세 201,991,250원(가산세 포함)의 경정처분을 취소한다.

• 가. 원고는 1999. 7. 27. 서울 송파구 CC 아파트 동 호(이하 ‘이 사건 주택’이라 한다)를 취득하여 보유하다가, 2018. 10. 5. 이를 1,280,000,000원에 양도(매매계약일 2018. 7. 21., 이하 ‘이 사건 양도’라 한다)하였다.
• 나. 원고는 2018. 10. 15. 이 사건 주택이 1세대 1주택 비과세 대상인 고가주택에 해당한다고 보아 구 소득세법(2018. 12. 31. 법률 제16104호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제95조 제3항에 따라 계산한 양도차익에서 장기보유특별공제를 적용하여 산출한 양도소득금액에 구 소득세법 제55조 제1항 에 따른 기본세율을 적용하여 2018년 귀속 양도소득세 10,009,741원을 신고․납부하였다.
• 다. 한편 원고는 2005. 8. 22. 어머니로부터 서울 강남구 호(이하 ‘이 사건 임대주택’이라 한다)를 증여받아, 2017. 11. 9. 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따라 임대사업자등록을 한 다음, 2017. 4. 20. 소득세법 제168조 에 따라 사업자등록을 마쳤고, 2018. 2. 12. 서울 서초구 *호(이하 ‘이 사건 대체주택’이라 한다)를 추가로 취득(매매계약일 2017. 12. 13.)하였는데, 이 사건 주택 양도 당시 원고의 주택 보유 현황은 3주택자이다.
• 라. 피고는 2020. 9. 6. 이 사건 양도는 구 소득세법 제104조 제7항 제3호 에 따른 조정대상지역 내에 있는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 원고에게 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용하여 2018년 귀속 양도소득세 201,991,250원(가산세 포함)을 경정․고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2020. 9. 28. 서울지방국세청장에게 이의신청을 하였으나 2020. 11. 19. 이의신청이 기각되었고, 2020. 12. 21. 다시 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2021. 5. 4. 심판청구도 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증, 을 제1, 2호증의 각 기재(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

• 가. 원고 주장의 요지

1. 이 사건 임대주택은 구 소득세법 시행령(2018. 10. 23. 대통령령 제29242호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제167조의3 제1항 제2호의 장기임대주택에 해당하므로 보유주택 수에서 제외하여야 하고, 원고는 이 사건 주택의 대체주택으로 2018. 2. 12. 이 사건 대체주택을 취득한 후 2018. 10. 5. 이 사건 주택을 양도함으로써 일시적으로 1세대 2주택을 보유하였던 것이므로, 구 소득세법 제104조 제7항 제3호, 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제10호, 제167조의10 제1항 제8호에 따라 이 사건 대체주택도 보유주택 수에서 제외하여야 한다. 따라서 원고는 이 사건 양도 당시 1세대 1주택 소유자에 해당하므로, 중과세율이 아닌 일반세율이 적용되어야 하고, 양도가액 중 9억 원을 초과하는 부분에 대하여도 장기보유특별공 제가 적용되어야 한다.

2. 설령 이 사건 양도가 1세대 3주택에 해당하는 주택의 양도라 하더라도, 원고는 이 사건 주택에 거주하다가 딸의 교육문제로 2010년부터 서울 서초구 아파트(이하 ‘이 사건 임차아파트’라 한다)를 임차하여 거주하고 있었는데, 위 임차아파트 단지가 재건축이 진행되어 주택재건축정비사업조합이 이주를 통보하면 즉시 이사를 가야 하는 상황이어서 주거를 이전하기 위하여 이 사건 대체주택을 취득한 것이고, 원고에게 투기 목적이 없었으며, 이 사건 주택과 이 사건 대체주택을 중복으로 보유한 기간이 약 7개월에 불과하므로 사회통념상 일시적이라고 볼 만한 특별한 사정이 있다. 그럼에도 이 사건 양도를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 중과세율을 적용함은 부당하다.

• 나. 관계법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 구 소득세법령의 해석상 장기보유특별공제 및 중과세율 적용 여부 양도소득에 대한 세율은 구 소득세법 제104조 에 따라 계산하게 되는데, 건물(주택)의 경우 원칙적으로 구 소득세법 제55조 제1항 에 따른 일반세율을 적용하되(제1항제1호), 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택을 양도하는 경우에는 일반세율에 100분의 10을 더한 세율을 적용하고(제7항 제1호), 조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택을 양도하는 경우에는 일반세율에 100분의 20을 더한 세율을 적용하게 된다(제7항 제3호). 한편, 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 은 “대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택”이란 ‘국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다’고 규정하면서 제1호에서 수도권, 광역시․특별자치시 외의 지역에 소재하는 기준시가 3억 원 이하의 주택을, 제2호에서 장기임대주택을, 제10호에서 1세대가 제1호부터 제8호까지 및 제8호의2에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우의 해당 주택(일반주택)을 들고 있다. 구 소득세법 시행령 제167조의10 제1항 은 ”대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택”에 관하여 ‘국내에 주택을 2개(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 이를 산입하지 아니한다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 주택을 말한다’고 규정하면서 제1호에서 수도권, 광역시․특별자치시 외의 지역에 소재하는 기준시가 3억 원 이하의 주택을, 제2호에서 장기임대주택 등(제167조의3 제1항 제1호부터 제8호까지 및 제8호의2에 해당하는 주택)을, 제8호에서 일시적 2주택 등을 들고 있다. 이러한 소득세 관련 법령의 문언 및 체계를 살펴보면, 양도소득에 대한 세율은 주택 수에 따라 결정되는데, 1세대가 소유하는 주택수가 1개인지, 2개인지, 3개 이상인지 여부는 원칙적으로 거주자가 실제 소유하는 모든 주택을 대상으로 하는 점, 다만, 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제1호, 제167조의10 제1항 제1호에 규정된 주택(수도권 및 광역시, 특별자치시 외의 지역에 소재하는 기준시가 3억 원 이하의 주택)만이 주택수 산정에서 제외될 뿐 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항, 제167조의10 제1항의 나머지 각 호에 규정된 주택은 그것이 비록 1세대 1주택 특례에 해당하는 장기임대주택, 대체주택 등이라 할지라도 모두 주택수 산정에는 포함되고, 그것이 양도대상이 되는 경우에만 중과세율이 적용되지 않는 점, 일시적 2주택의 경우 구 소득세법 시행령 제167조의10 제1항 제8호 에서는 1세대 2주택에 해당하는 주택의 예외로 규정하고 있는 반면, 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 에서는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 예외로 규정하고 있지 않은 점 등에 비추어 보면, 이 사건에서 원고가 소유하고 있는 주택들은 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제1호 에 정한 주택에 해당하지 않으므로, 일단 주택수 산정에 있어 모두 포함하여 계산하여야 하고, 양도대상인 이 사건 주택이 구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 각호에서 정한 주택에 해당하지 아니하므로(구 소득세법 시행령 제167조의3 제1항 제10호 에서는 일반주택을 중과세율 배제 대상으로 규정하고 있으나, 이 사건 양도 당시 장기임대주택인 이 사건 임대주택 이외에 대체주택인 이 사건 대체주택도 소유하고 있었으므로, 이 사건 주택은 위 제10호 소정의 일반주택에 해당하지 않는다), 이 사건 양도는 구 소득세법 제104조 제7항 제3호 에서 규정한 ‘조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’을 양도한 경우에 해당하여 중과세율이 적용된다고 봄이 상당하다. 따라서 이 사건 양도에 구 소득세법 제95조 제2항, 제104조 제7항 제3호에 따라 장기보유특별공제를 적용하지 아니하고, 같은 법 제104조 제7항 제3호에 따른 중과세율을 적용하여 한 이 사건 처분은 적법하고, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2. 이 사건 양도에 중과세율을 적용할 수 없는 특별한 사정이 인정되는지 여부

• 가) 투기목적의 주택 소유를 억제하여 주택 가격의 안정과 주거생활의 안정을 도모하려는 취지에서 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도에 대하여 중과세율을 적용하도록 하는 한편, 임대주택의 공급을 활성화함으로써 서민과 중산층의 주거안정을 지원하기 위하여 장기임대주택과 더불어 일반주택도 중과세율의 적용 대상에서 제외하는 위 관련 규정의 입법 취지 등에 비추어 보면, 일반주택(종전주택)과 장기임대주택 을 소유한 거주자가 대체주택을 취득함으로써 장기임대주택을 제외하고도 2주택을 소유하게 되었더라도, 주거를 이전하기 위하여 대체주택을 취득한 것으로서 거주자에게 투기목적이 없고 대체주택을 취득한 후 종전주택을 양도하기까지 소요된 기간이 주택거래의 현실 등에 비추어 사회통념상 일시적이라고 인정되는 특별한 사정이 있는 경우에는 종전주택의 양도를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 양도소득세를 중과할 수 없다(대법원 2014. 2. 27. 선고 2010두27806 판결 등 참조).
• 나) 살피건대, 원고가 이주목적으로 이 사건 대체주택을 취득하였을 뿐 부동산 투기 등 목적이 없었던 사정 등은 인정되나, 앞서 거시한 증거들과 갑 제8, 9호증, 을 제3호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 원고가 주장하는 사정을 고려하더라도 원고가 이 사건 대체주택을 취득하고 이 사건 주택을 매도할 때까지 소요된 기간이 사회통념상 일시적이라고 보기는 어려우므로, 원고에게 중과세율을 적용할 수 없는 특별한 사정이 있다고 볼 수 없다. 따라서 이 부분 원고의 주장도 이유 없다.

① 원고는 2018. 2. 12. 이 사건 대체주택을 취득하였음에도 그로부터 약 8개월 정도가 지난 2018. 10. 5.에야 이 사건 주택을 양도하였다.

② 원고로서는 이 사건 대체주택의 취득 당시 이 사건 임차아파트에 거주하고 있었고, 이 사건 주택에는 거주하지 않고 있었으므로, 이 사건 대체주택을 취득하는 방법 외에도 이미 소유하고 있는 이 사건 주택으로 이사하거나 다른 임대차계약 등을 통하여 대체주택을 마련하는 방법도 충분히 가능해 보이고, 따라서 원고가 이 사건 대체주택을 이 사건 주택의 양도 전에 취득한 것이 불가피한 사정에 의한 것이라고 보기 어렵다.

③ 원고는 당시 자녀가 동에서 중학교 2학년에 재학 중이어서 교육 문제로 동으로 주거를 이전하기 위하여 이 사건 대체주택을 취득한 것이라고 하나, 실제 원고는 이 사건 대체주택을 취득한 다음 자녀가 고등학교 졸업을 앞둔 2021. 12. 3.에야 이 사건 대체주택으로 전입하게 되었는바, 이에 비추어 원고가 반드시 자녀교육 문제 차원에서 이 사건 대체주택을 취득한 것이라고 인정하기도 어려워 보인다.

④ 원고는 이 사건 대체주택에는 기존 임차인이 임대차기간을 2019. 8. 3.까지로하여 거주하고 있는 상태였고, 또한 임차인을 내보내기 위한 부족한 임대보증금을 확보하는데 시간이 필요하여 즉시 대체주택으로 이주하기 어려운 상황이었다고 주장하나, 설령 원고가 주장하는 것과 같은 사정이 있어 곧바로 대체주택으로 거주를 이전하지 못한 것이라고 하더라도 기존 임대인에게 지급할 임대보증금이 부족했다는 사정은 개인적인 사정에 불과할 뿐만 아니라, 원고가 이 사건 대체주택을 취득한 이후 실제 약 3년 10개월이 지나서야 이 사건 대체주택에 전입한 점에 비추어 그 기간이 사회통념상 일시적이라고 보기도 어렵다.

⑤ 구 소득세법 시행령 제155조 제1항 이 신규주택을 취득한 후 3년(종전주택이 조정대상지역에 있는 상태에서 조정대상지역에 있는 신규주택을 취득한 경우에는 2년)내에 종전주택을 양도할 경우 1세대 1주택의 특례를 적용하는 규정하고 있다고 하더라도, 앞서 본 바와 같이 일시적 2주택의 경우 1세대 3주택 이상의 주택에서 제외하는 규정을 두지 않은 입법자의 의사를 살펴볼 때 위 기간이 1세대 3주택의 경우 ‘사회통념상 부득이하게 일시적으로 3주택을 소유한 기간’임을 판단할 때에 그대로 적용될 수는 없다.

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.