구 소득세법 시행령 제156조의2의 1세대 1주택 특례에 해당하는지 및 이 사건 아파트가 주택인지 여부

사 건 2021구단59918 양도소득세부과처분취소 원 고

○○○ 피 고 ◎◎세무서장 변 론 종 결

2021. 10. 6. 판 결 선 고

2021. 11. 24.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2020. 7. 1. 원고에게 한 2019년 귀속 양도소득세 196,284,070원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2009. 7. 2. 서울 용산구 △△동 아파트(이하 ‘이 사건 아파트’라 한다)를 취득하여 보유하던 중 2019. 12. 24. 이 사건 아파트는 매매대금 22억 원에 양도(이하 ‘이 사건 양도’라 한다)하였다.
• 나. 원고는 피고에게 이 사건 쟁점아파트가 1세대 1주택인 고가주택에 해당한다고 보아, 1세대 1주택인 고가주택에 대한 특례규정을 적용하여 양도소득세 78,674,229원을 신고․납부하였다.
• 다. 한편 원고는 2013. 4. 5. 서울 강남구 □□동 아파트(이하 ‘이 사건 재건축아파트’라 한다)를 임의경매절차에서 취득하였다.
• 라. 이 사건 재건축아파트의 주택재건축정비사업조합은 2006. 7. 11. 사업시행인가를, 2006. 11. 13. 관리처분인가를 받았으나, 2011. 10. 26. 서울고등법원에서 의결정족수 등을 충족하지 아니한 중대한 하자가 존재한다는 등의 사유로 관리처분인가가 무효가 되었다. 이후 위 주택재건축정비사업조합은 2017. 6. 20. 사업시행변경인가를, 2018. 1. 18. 관리처분계획인가를 각 받았다.
• 마. 피고는 원고에 대한 세무조사를 거쳐 원고가 이 사건 양도 당시 이 사건 재건축아파트를 보유하고 있었으므로, 이 사건 양도는 1세대 1주택인 고가주택의 양도에 해당하지 않는다고 보아, 2020. 7. 1. 원고에게 2019년 귀속 양도소득세 196,284,070원(가산세 포함)을 경정․고지(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.
• 바. 피고는 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원장은 2021. 2. 3. 이를 기각하였다.

• 가. 원고의 주장 원고가 2013. 4. 5. 이 사건 재건축아파트를 취득할 당시 이 사건 재건축아파트는 사업시행변경인가 및 관리처분인가를 받았다가 관리처분이 무효라는 판결을 받은 상태였고, 이후 다시 사업시행변경인가 및 관리처분인가를 받아 현재 재건축정비사업이 진행 중이다. 이 사건 재건축아파트는 비록 외형적으로 주택의 형태를 갖고 있었으나 재건축정비사업을 위해 철거예정인 주택으로, 세대원 전원이 퇴거․이주하여 단전․단수 및 출입문 봉쇄 등 폐쇄조치가 취해져 주택으로서의 가치를 상실한 상태이다. 원고는 이 사건 재건축아파트를 취득할 당시 토지(나대지)에 대한 취득세를 납부하였고, 이후재산세 역시 토지분만 고지 받아 이를 납부하여 왔으므로, 원고는 이 사건 재건축아파트를 나대지 상태로 보유하여 왔다고 보아야 한다. 이후 이 사건 재건축아파트는 2018. 1. 18. 관리처분인가를 받았으므로, 원고는 위 2018. 1. 18. 조합원입주권을 취득하였고, 그로부터 3년 이내인 2019. 12. 24. 이 사건 아파트를 양도하였으므로, 이 사건 양도는 구 소득세법(2019. 8. 27. 법률 제16568호로개정되기 전의 것, 이하 같다) 제89조 제2항 단서 및 구 소득세법 시행령(2019. 12. 31. 대통령령 제30285호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제156조의2 제3항에 따라 1세대 1주택의 양도에 해당한다고 보아야 한다. 따라서 이 사건 양도가 1세대 1주택인 고가주택의 양도에 해당하지 않는다고 본 이 사건 처분은 위법하므로 취소하여야 한다.
• 나. 관련 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 조세법률주의의 원칙에서 파생되는 엄격해석의 원칙은 과세요건에 해당하는 경우에는 물론이고 비과세 및 조세감면요건에 해당하는 경우에도 적용되는 것으로서, 납세자에게 유리하다고 하여 비과세요건이나 조세감면요건을 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 조세법의 기본이념인 조세공평주의에 반하는 결과를 초래하게 되므로 허용되어서는 아니 된다. 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2011.12. 13. 선고 2011두20116 판결, 대법원 2006. 5. 25. 선고 2005다19163 판결 등 조).

2. 구 소득세법 제89조 제2항 본문에 의하면, 1세대가 주택과 도시 및 주거환경정비법(이하 ‘도시정비법’이라 한다)의 규정에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 조합원입주권을 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에는 원칙적으로 같은 조 제1항 소정의 1세대 1주택 비과세 특례를 적용하지 않는다. 다만 구 소득세법은 조합원입주권을 매개로 한 부동산 투지를 억제하는 한편, 실수요 목적으로 조합원입주권을 취득한 1세대 1주택자에 대하여 양도소득세를 비과세하고자 하는 취지에서 도시정비법에 따른 주택재건축사업 또는 재개발사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우와 그 밖의 부득이한 사유로서 대통령령이 정하는 경우에는 예외적으로 1세대 1주택의 특례를 적용하고 있다. 구 소득세법 시행령 제156조의2 제3항 은 ‘국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 조합원입주권을 취득함으로써 일시적으로 1주택과 1조합원입주권을 취득하고 그 조합원입주권을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우에는 이를 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.’라고 규정하고 있다.

3. 원고는 2009. 7. 2. 이 사건 아파트를 취득하였고, 2013. 4. 5. 이 사건 재건축아파트를 취득한 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 원고는 구 소득세법 제89조 제2항 단서에서 정한 ‘재건축사업의 시행기간 중 거주를 위하여 주택을 취득하는 경우’에 해당하지 아니함은 명백하다. 그러므로 원고가 구 소득세법 시행령 제156조의2 제3항 에 정하는 ‘국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 조합원입주권을 취득함으로써 일시적으로 1주택과 1조합원입주권을 취득하고 그 조합원입주권을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우’에 해당하는지 여부가 문제된다. 위 규정을 앞서 본 법리 및 1세대 1주택인 고가주택에 대하여 특례를 규정한 구 소득세법 관련 법령의 취지에 비추어 보면, 구 소득세법 시행령 제156조의2 제3항 소정의 ‘국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 조합원입주권을 취득함으로써 일시적으로 1주택과 1조합원입주권을 소유하게 된 경우’라 함은 1세대가 1주택만을 소유한 상태에서 조합원입주권을 취득함으로써 일시적으로 1주택과 1조합원입주권을 소유하게 된 경우를 말하는 것이고, 1세대가 2주택을 소유하다가 그 중 1주택이 조합원입주권으로 전환되는 경우는 그에 해당하지 않아 구 소득세법 시행령 제156조의2 제3항 에 의한 비과세특례는 적용이 없다고 봄이 타당하다. 만약 1세대가 2주택을 소유하다가 그 중 1주택이 조합원입주권으로 전환되는 경우도 구 소득세법 시행령 제156조의2 제3항 의 적용을 받는다고 해석할 경우, 조합원입주권 전환 전의 주택의 보유 기간은 묻지 않고 조합원입주권 취득일로부터 3년 내에 종전 주택을 양도하였는지만 보게 되는 것이므로 앞서 본 입법취지에도 부합하지 않고, 이러한 해석은 위 규정의 문언에도 부합하지 않는다. 살피건대, 앞서 본 증거들 및 의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 2013. 4. 5. 이 사건 재건축아파트를 취득하여 보유하던 중 2018. 1. 18. 관리처분계획이 인가되어 이 사건 재건축아파트가 조합원입주권으로 전환된 것인 사실을 인정할 수 있으므로, 원고는 1주택을 소유한 1세대가 1조합원입주권을 취득하여 일시적으로 1주택과 1조합원입주권을 소유하게 된 경우에 해당한다고 보기 어렵다.

4. 한편 이 사건 재건축아파트가 관리처분계획인가일인 2018. 1. 18. 이전에 ‘주택’에 해당하지 않는지에 관하여 보건대, 앞서 본 증거들 및 갑 제14 내지 20호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 이 사건 재건축아파트를 취득할 당시 서울특별시 강남구청장으로부터 토지시가표준액을 기준으로 산정한 취득세를 고지받았고, 그 무렵부터 2017년까지 서울특별시 강남구청장으로부터 이 사건 재건축아파트에 대하여 토지분에 대한 재산세만 고지받아 납부한 사실은 인정할 수 있다. 그러나 앞서 본 증거들 및 갑 제21 내지 23호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사실 및 사정들에 비추어 보면, 원고가 이 사건 재건축아파트에 대하여 주택 유상거래세율을 적용하지 아니한 취득세를 납부하였었다거나, 토지분 재산세만 납부하여 왔었다는 사정만으로는, 이 사건 재건축아파트가 관리처분계획이 인가되어 조합원입주권으로 전환되기 전까지 구 소득세법 관련법령에 따른‘주택’에 해당하지 않았다고 보기는 어렵다. 따라서 원고의 주장은 이유 없다.

• 가) 행정안전부장관은 2018. 1. 2. ‘재개발․재건축 구역 멸실 예정 주택 적용 기준(이하 ’이 사건 지침‘이라 한다)’을 마련하였는데, 이는 기존에 재건축․재개발사업지구 내 철거예정 주택에 대해 일반 주택(주택이 사실상 철거․멸실된 날 또는 사실상 철거․멸실된 날을 알 수 없는 경우에는 공부상 철거․멸실된 날을 기준으로 주택인지 여부를 판단)과 달리 적용하던 기준(취득세: 관리처분계획인가 후 단전, 단수, 이주완료, 이주비 지급완료 등을 종합적으로 판단하여 이미 주택으로서의 기능을 상실하였다고 인정될 경우 주택 유상거래세율을 적용하지 아니함, 재산세: 세대의 세대원이 퇴거․이주하여 단전․단수 및 출입문 봉쇄 등 폐쇄조치가 이루어진 경우 주택에 해당되지 않는 것으로 보아 토지분 재산세를 부과)을 변경하여, 재건축․재개발사업구역 내 철거예정주택의 경우에도 일반주택과 동일하게 ‘주택이 사실상 철거․멸실된 날 또는 사실상 철거․멸실된 날을 알 수 없는 경우에는 공부상 철거․멸실된 날’을 기준으로 주택인지 여부를 판단하는 내용이다.
• 나) 행정안전부장관이 이와 같이 재건축․재개발사업지구 내 철거예정 주택에 대해 ‘주택’인지 여부를 판단하는 시기에 대한 입장을 변경한 이유는 기존과 같은 해석으로는 다양한 사례 적용 곤란, 개별 사실관계 확인 과정에서 많은 행정력 소모, 지방자치단체간 상이한 운영에 따른 과세 불평등 문제를 해결하기 위한 명확하고 일관된 기준이 필요하다는 감사원의 권고에 따른 것으로(실제 이 사건 재건축아파트의 경우 세대별로 주택분과 토지분 재산세가 함께 고지된 경우도 있고, 토지분 재산세만 고지된 경우도 있어 과세 불평등 문제가 있었던 것으로 보인다), 이 사건 지침에 따라 지방세 과세관청 역시 이 사건 지침의 시행일(2018. 1. 1.) 이후 납세의무가 성립하는 경우부터는 재건축․재개발사업지구 내 철거예정 주택에 취득세, 재산세를 부과함에 있어서도 이 사건 지침을 적용하고 있다.
• 다) 원고의 경우에도 이 사건 지침의 적용에 따라 2018년 재산세는 주택분으로 적용되어 부과되었고, 2019년 및 2020년 재산세가 다시 토지분으로 부과된 이유는 2018. 1. 18. 관리처분계획인가 후 2018년 하반기경부터 이 사건 재건축아파트의 철거가 진행되었기 때문인 것으로 보인다.
• 라) 뿐만 아니라, 재산세는 보유하는 재산에 담세력을 인정하여 부과되는 수익세적 성격을 지난 보유세로서, 재산소유 자체를 과세요건으로 하는 것인 반면, 양도소득세는 재산의 소유권이 매매 등으로 다른 사람에게 유상으로 이전되는 경우 발생하는 양도차익에 대하여 부과하는 조세로서 개발이익의 일부를 환수함으로써 투기를 억제하거나 소득 재분배 및 부동산 가격의 안정 등을 목적으로 하는 것이므로, 재산세 과세대상으로서의 주택인지 여부와 1세대 1주택에 해당하여 양도소득세의 비과세 또는 감면 요건을 충족하는지 여부에 대하여 항상 동일한 기준이 적용되어야 한다고 보기는 어렵다.
• 마) 1세대 1주택 양도소득세 비과세 제도의 취지 및 소득세법 제89조 제2항 에서 1세대가 주택과 도시 및 주거환경정비법의 관리처분계획인가에 의하여 취득하는 조합원입주권을 함께 보유하다가 그 주택을 양도하는 경우에도 1세대 1주택 양도소득세 비과세 규정을 적용하지 않도록 규정한 입법 취지와 조문체계 등에 비추어 보면, 주거용으로서의 잠재적 기능을 여전히 보유한 상태였던 것으로 보이는 도시 및 주거환경정비법에 의한 재건축으로 인하여 철거를 앞둔 아파트는 소득세법 제89조 제1항 제3호 의 ‘주택’에 해당한다고 봄이 상당하다(대법원 2009. 11. 26. 선고 2008두11310 판결 등 참조).

5. 따라서 이 사건 양도 당시 원고가 조합원입주권을 보유하고 있었다는 이유로 이 사건 아파트가 1세대 1주택인 고가주택에 해당하지 않는다고 본 이 사건 처분은 적법하다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.