양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 취득가액은 실지거래가액을 우선으로 하되, 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액을 기준으로 함

사 건 2021구단55831 양도소득세부과처분취소 원 고 문AA 피 고 BB세무서장 변 론 종 결 2022. 7. 20. 판 결 선 고 2022. 10. 5.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2020. 5. 1. 1) 원고에게 한 2016년 귀속 양도소득세 ○○○원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2002. 11. 28. 서울 △△△ 및 위 지상 단층 건물(이하 건물과 대지를 통칭하여 ‘이 사건 부동산’이라 하고, 건물만을 지칭할 때는 ‘이 사건 건물’이라 한다)을 CC 주식회사(이하 ‘CC’이라 한다)로부터 2002. 10. 9. 매매를 원인으로 취득하였다.
• 나. 원고는 2016. 10. 4. 주식회사 DD에 이 사건 부동산을 □□□원에 매도하고 2016. 12. 5. 소유권이전등기를 마쳐주었다.
• 다. 원고는 2017. 2. 28. 이 사건 토지 및 건물의 취득가액을 환산가액인 ●●●원으로, 필요경비를 ▲▲▲원으로 하여 양도소득세 ■■■원을 신고·납부하였다.
• 라. EE지방국세청장은 2019. 12. 3.부터 2020. 3. 7.까지 위 양도소득세 관련 세무조사를 실시하여, 원고가 신고한 이 사건 부동산 환산취득가액 ●●●원을 부인하고, ☆☆☆원을 실지거래가액으로 적용하여 피고에게 과세자료를 통보하였다.
• 마. 이에 따라 피고는 2020. 5. 1. 원고에게 2016년 귀속 양도소득세 ○○○원(가산세 포함)을 경정고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 바. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2020. 12. 21. 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증 내지 제6호증, 을 제1, 2호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장

1. 원고는 2016년경 FF세무서장으로부터 현장확인 형식의 세무조사를 받고 종합소득세 수정신고납부까지 하였는데, EE지방국세청에서 재차 세무조사 후 이 사건 처분을 하였으므로, 이 사건 처분은 국세기본법 제81조의4 에서 금지하는 중복세무조사에 근거한 것이어서 위법하다.

2. 원고는 이 사건 부동산을 ▣▣▣ 원에 취득하였으나, 잦은 이사로 매매계약서 등을 분실하여 실지거래가액을 입증할 증거가 없기에 환산취득가액을 기준으로 양도소득세를 신고·납부하였다. 이 사건 처분의 주된 근거는 CC의 이사회의사록에 이 사건 부동산의 양도금액이 ☆☆☆ 원으로 기재되었다는 것이나, 위 의사록은 허위의 것으로 실지거래가액 산정의 근거로 삼을 수 없고, 원고의 2002년 재무제표, 이 사건 건물취득 세금계산서, 취등록세 납부내역서도 신빙성이 떨어져 이 사건 부동산의 실지거래가액을 뒷받침할 자료로 볼 수 없다. 결국 이 사건 부동산은 실지거래가액을 알 수 없는 경우이므로 당초 원고가 신고한 대로 환산취득가액을 적용하여 양도소득을 계산하는 것이 타당하고, 설령 환산취득가액을 적용할 수 없다고 하더라도, 원고가 CC에 계약금으로 ◈◈◈ 원을 지급한 점, 출금내역, 이 사건 부동산 매매를 중개한 이RR의 확인서 등의 자료에 의하면 이 사건 부동산의 실지거래가액은 ▣▣▣ 원으로 인정되어야 한다.

3. 피고는 이 사건 처분을 하면서 2010년 7월경 지출한 이 사건 건물 리모델링 비용 ◈◈◈ 원 및 임차인 GG에게 폭우로 인하여 못쓰게 된 원재료 비품 등 재고자산 손해금, 컴퓨터, 기계시설, 카페트 등의 교체비용, 영업을 못한 기간 동안의 영업손실 보상금 등으로 지급한 HH 원 합계 II 원에 대하여는 구체적인 증빙이 없다는 이유로 필요경비로 인정하지 않았으나, 이는 자본적지출액으로서 필요경비에 해당하여 양도가액에서 공제되어야 한다.

• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단 1) 국세기본법 제81조의4 중복세무조사금지 위반 여부 갑 제12호증 내지 제15호증의 각 기재, 증인 유JJ의 증언 및 변론 전체의 취지에 의하면, FF세무서장은 원고의 모 박KK를 상대로 2010. 1. 1.부터 2016. 12. 31.까지의 기간 중 수입금액 매출누락이 있는지 여부에 관하여 2016. 11. 10.부터 2016. 11. 16.까지를 확인기간으로 하여 현장확인 통지를 하고 현장확인을 실시한 사실, 그 과정에서 원고는 2012년 2기부터 2016년 1기까지의 기간 중 신고를 누락한 매출 합계 LLL원을 시인하고 그에 대한 종합소득세를 수정신고 및 납부한 사실이 인정된다. ‘중복’ 세무조사인지 여부는 ‘세목’과 ‘과세기간’을 기준으로 판단하여야 하는데, FF세무서장의 현장확인이 사실상 원고에 대하여 실시된 것으로 보더라도 임대수입 등 ‘종합소득세’에 관한 것이었던 반면, 이 사건 처분에 앞선 세무조사는 이 사건 부동산의 양도에 관한 ‘양도소득세’에 관하여 이루어졌고, FF세무서장의 현장확인은 당초 2010년부터 2016년까지를 확인대상 기간으로 삼았던 것으로 보이기는 하나 2016. 11. 30.에 현장확인이 종료되었고, 이 사건 양도소득은 위 현장확인 종료 이후 2016. 12. 5. 발생한 소득이라는 점에서 ‘세목’과 ‘과세기간’이 중복된다고 볼 수 없다. 따라서 설령 2016년에 FF세무서장이 실시한 현장확인이 실질적으로는 원고에 대한 세무조사에 해당한다고 가정하여 볼 경우에도, 이 사건 처분에 앞서 EE지방국세청장이 실시한 세무조사는 중복세무조사에 해당하지 아니한다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2. 이 사건 부동산의 취득가액을 환산가액에 의하여야 한다거나 실지거래가액에 의하더라도 ▣▣▣ 원으로 인정하여야 한다는 주장에 대한 판단

• 가) 구 소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제97조 제1항은 거주자의 양도차익을 계산할 때 양도가액에서 공제할 취득가액은 실지거래가액을 우선으로 하되, 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 대통령령으로 정하는 매매사례가액, 감정가액 또는 환산가액을 기준으로 한다고 규정하고 있다. 실지거래가액이란 거래 당시 양도자가 자산을 양도하고 그 대가로 지급받은 가액으로서 매매계약 기타 증빙자료에 의하여 객관적으로 인식되는 가액을 말하고(대법원 2012. 2. 9. 선고 2010두27592 판결 등 참조), 양도소득세의 과세표준과 세액은 실지거래가액에 의하여 결정하는 것이 원칙이므로 환산가액을 기준으로 하기 위해서는 납세자의 장부나 증빙서류 등이 없거나 그 중요 부분이 미비 또는 허위로 기재되어 신뢰성이 없고 달리 과세관청이 그 실지거래가액을 밝힐 수 있는 방법이 없는 때에 한하여 예외적으로 허용된다고 보아야 한다. 이때 실지거래가액을 밝히는 방법은 객관적이라고 할 수 있는 한 특별한 방법상의 제한이 없고, 근거 과세의 원칙에 위반되지 않게 일정한 과세자료에 기초하였다면 적법한 실지거래가액에 해당한다고 볼 수 있다.
• 나) 앞서 든 증거에다가 갑 제10호증의 1, 2, 을 제3호증 내지 제10호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 부동산의 실지거래가액이 ☆☆☆ 원이라는 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 이 사건 부동산 취득 당시 작성된 취·등록세 신고서·장부·회의록 등 기타 증빙서류를 포함한 다수의 객관적인 자료에 기초하여 이루어진 것으로서 적법하고, 원고가 주장하는 사정 및 제출한 증거만으로는 그와 같은 객관적인 자료들이 모두 허위의 내용으로 기재된 것으로서 실지거래가액을 뒷받침하는 증거로 삼을 수 없다고 볼 수 없다. 따라서 이 사건 부동산의 실지거래가액을 확인할 수 없어 환산취득가액에 의하여 양도소득세를 산정하여야 한다거나, 실지거래가액에 의할 경우라도 이 사건 부동산의 실제 취득가액을 ▣▣▣ 원으로 인정해야 한다는 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

(1) 원고는 피고가 이 사건 부동산에 관한 원고의 취득세 신고서 및 소득세, 부가가치세 신고서 등은 이전부터 확보하고 있었으므로, 결국 이 사건 부동산 취득가액을 ☆☆☆ 원으로 인정하여 이 사건 처분을 한 주된 근거는 이 사건 처분일 무렵 피고가 지득한 CC의 이사회 회의록(갑 제3호증)인데, 위 회의록은 사실과 달리 위법하게 작성되었으므로 그에 기초하여 이루어진 이 사건 처분도 위법하다는 취지로 주장한다. 그러나 아래에서 살피는 것과 같이 피고는 위 이사회 회의록 외에도 소득세신고서, 부가가치세신고서 등 원고가 이 사건 부동산 취득가액이 ☆☆☆원임을 전제로 작성한 여러 객관적인 자료들을 확보한 상태에서 새롭게 지득한 위 CC 이사회 회의록의 기재까지 종합적으로 고려하여 이 사건 처분을 한 것이지, 오로지 또는 주로 위 이사회 회의록에만 근거하여 이 사건 처분을 한 것은 아니다.

(2) 나아가 위 이사회 회의록의 신빙성에 관하여 보면, 원고는 위 이사회 회의록에는 이 사건 부동산 양도에 관한 결의가 이 사건 매매계약일인 2002. 10. 9. 17:30~18:00경 이루어진 것으로 되어 있는데, 이 사건 부동산 양도계약 체결 및 계약금 ◈◈◈ 원의 지급은 오전 11시경 이루어졌으므로, 위 회의록은 CC의 회장 임MM가 비자금 조성을 위하여 보관하고 있던 대표이사 등의 인장을 이용하여 허위로 작성한 것으로서 임MM 회장과 정PP 감사의 도장도 날인되어 있지 않고, 토지와 건물의 세부가액도 잘못 기재되어 있어서 신뢰할 수 없는 허위의 것이라고 주장한다. 그러나 ① 원고의 계좌에서 예금이 인출된 시간 외에 이 사건 부동산 양도계약이 체결된 정확한 시간을 알 수 있는 객관적인 자료는 없고, 회사나 이사들의 사정에 따라 우선 양도계약 체결 및 계약금 지급 후에 이를 추인하는 성격의 결의도 가능하다고 보이는 점, ② 만일 원고의 주장과 같이 임MM 회장이 비자금 조성을 위하여 사후에 허위의 이사회 회의록을 작성한 것이라고 한다면 오히려 참석자, 이사회 개최 시간 등을 문제될 여지가 있는 내용으로 작성하지는 않았을 것으로 보이는 점, ③ 위 이사회 회의록에 기재된 이 사건 부동산 중 토지와 건물의 세부가격은 장부가액에 근거하였던 것으로 보이는 점, ④ ‘임MM 회장이 비자금 조성을 위하여 이 사건 건물에 관하여 다운계약을 체결하고 이사회 회의록에도 허위의 양도가액을 기재하였으며, 참석한 이사의 날인도 임MM 회장이 권한 없이 한 것’이라는 원고의 주장은 원고의 추측에 기초한 것일 뿐 이를 직접적으로 뒷받침하는 증거는 없는 점 등을 종합하여 보면, 위 이사회 회의록을 신빙할 수 없다고 볼 만한 사정이 인정되지 않는다.

(3) 위 이사회 회의록 외에도 원고가 이 사건 부동산의 소유권 취득 당시 QQ구청에 과세표준을 ☆☆☆ 원으로 하여 취·등록세를 납부하였던 점(취·등록세 신고 시 양도가액이 ☆☆☆ 원으로 기재되어 있는 매매계약서를 첨부하였을 가능성이 크다), 원고가 2002년 귀속 종합소득세 신고 당시 제출한 표준대차대조표에 이 사건 부동산의 취득가액을 ☆☆☆ 원으로 기재하였던 점 등에 비추어 보면, 그 무렵 원고가 관공서에 대한 각종 신고의무 등 이행과정에서 객관적으로 인식된 이 사건 부동산의 실지거래가액이 ☆☆☆ 원이었다고 볼 수 있다.

(4) 한편 원고는 이 사건 부동산의 취득가액을 환산가액이 아닌 실지거래가액으로 인정하는 경우에도, 원고가 매매계약 체결일인 2002. 10. 9.에 CC에 ‘매매계약금’으로 ◈◈◈ 원을 수령하였다는 내용으로 발행한 영수증(갑 제10호증의 1)이 존재하고, 원고가 위 일자 무렵 약 ◈◈◈ 원을 출금한 내역이 존재하며, 위 매매계약을 중개한 이RR이 당시 매매대금을 ▣▣▣ 원으로 정하였다는 사실확인서를 작성하여 주었으므로, 이 사건 부동산 양도대금이 ▣▣▣ 원이라는 사실이 입증되었고 실지거래가액은 ▣▣▣ 원으로 인정되어야 한다고 주장한다. 그러나 앞서 살핀 것과 같이 이 사건 부동산의 매도인인 CC의 이사회 회의록에 이 사건 부동산 양도대금이 ☆☆☆ 원으로 기재되어 있고, 매수인인 원고 역시 이 사건 부동산에 대한 취·등록세 신고·납부의무 이행 등 과정에서 이 사건 부동산의 취득가액이 ☆☆☆ 원임을 분명히 표시하였는데, 이처럼 보다 객관적이고 신빙성 높은 자료에도 불구하고 단지 계약금 영수증과 출금내역 및 원고의 지인인 이RR의 사실확인서만으로 이 사건 부동산의 실지거래가액을 달리 인정할 수 있을 정도로 위 증거들의 증거가치가 크다고 보기 어려운 점, 통상 계약금은 매매대금의 10%로 정하기는 하나 당사자 간의 약정에 따라 달리 정할 수도 있고, 특히 이 사건 부동산 매매계약은 지인들 사이에서 소개로 체결되었다는 것이므로 서로의 필요에 따라 계약금액 등을 다소 조정하는 것도 용이하였을 것으로 보이는 점, 원고는 이RR의 소개를 통해 매도인 CC의 회장 임MM와도 친분이 생겼다고 하면서도 원고의 주장을 뒷받침할 수 있는 CC 측의 진술이나 자료는 전혀 제출하지 못하고 있는 점 등을 종합하여 보면, 원고가 제출한 위 증거들만으로 이 사건 부동산의 실지거래가액이 ▣▣▣ 원이었다고 인정할 수 없다.

3. 이 사건 부동산의 필요경비로 리모델링 비용 ◈◈◈ 원, 임차인에게 지급한 손해배상금 HH 원을 공제할 수 있는지 여부

• 가) 부동산의 양도가액에서 공제할 필요경비 중 자본적지출액은 사업자가 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 수선비 혹은 양도자산의 용도변경·개량 또는 이용편의를 위하여 지출한 비용을 말하는데, 전자의 예로는 본래의 용도를 변경하기 위한 개조, 엘리베이터 또는 냉난방장치의 설치, 빌딩 등의 피난시설 등의 설치, 재해 등으로 인하여 건물·기계·설비 등이 멸실 또는 훼손되어 당해 자산의 본래 용도로의 이용가치가 없는 것의 복구, 기타 위와 유사한 개량·확장·증설 등에 대한 지출이 포함된다. 여기서 양도가액에서 공제될 필요경비에 해당하는 설비비나 개량비는 토지나 건물의 과세시가표준액 결정에 영향을 줄 수 있는 정도로 고정자산의 객관적 가치를 현저하게 증가시키는 비용을 의미한다(대법원 1992. 4. 14. 선고 91누7149 판결, 대법원 1997. 10. 10. 선고 96누13033 판결 등 참조). 한편, 과세처분의 적법성에 대한 입증책임은 과세관청에게 있으므로 과세소득확정의 기초가 되는 필요경비도 원칙적으로 과세관청이 그 입증책임을 부담하나, 필요경비의 공제는 납세의무자에게 유리한 것일 뿐 아니라 필요경비의 기초가 되는 사실관계는 대부분 납세의무자의 지배영역 안에 있는 것이어서 과세관청으로서는 그 입증이 곤란한 경우가 있으므로 그 입증의 곤란이나 당사자 사이의 형평을 고려하여 납세의무자로 하여금 입증케 하는 것이 합리적인 경우에는 입증의 필요를 납세의무자에게 돌려야 한다(대법원 1992. 7. 28. 선고 91누10909 판결 등 참조). 이 사건에서 원고가 실제로 SS 주식회사에 훼손된 건물의 복구나 이 사건 건물의 가치를 증가시키기 위한 리모델링 공사를 맡겨 그 비용을 지출하였는지 여부 및 폭우로 인하여 이 사건 건물의 임차인이 입은 손해를 배상하기 위한 손해배상금을 지급하였는지 여부는 원고의 지배영역 안에 있어 피고가 위 사실에 관한 입증을 하는 것은 곤란하므로, 원고가 주장하는 공사의 실시 및 그 공사대금 지출 사실, 폭우로 인한 건물 관련 손해배상금 지급사실에 관하여는 납세의무자인 원고에게 입증책임을 돌리는 것이 합리적이다(대법원 1988. 5. 24. 선고 86누121 판결, 대법원 2004. 9. 23. 선고 2002두1588 판결 등 참조).
• 나) 우선 원고가 임차인에게 폭우로 인한 피해배상을 위하여 지급하였다는 HH 원의 손해배상금은 그것이 자본적지출액에 해당하는지 여부를 별론으로 하더라도, ‘원고의 아버지로부터 이 사건 건물 임차인에게 손해배상금으로 HH 원을 지급했다는 말을 들었다.’는 증인 유JJ의 증언 외에는 그 지급사실을 인정할 아무런 객관적인 증거가 없으므로 이를 필요경비로 인정할 수 없다. 다음으로 ‘원고가 SS 주식회사와 사이에 이 사건 건물 리모델링 계약을 체결하고 ◈◈◈ 원을 지급하였고 그 공사비용을 자본적지출액으로 인정할 수 있는지 여부’에 관하여 본다. 이를 뒷받침하기 위한 증거로는 원고와 SS 주식회사 사이에서 2010. 7. 29.자로 작성된 리모델링 계약서(갑 제16호증의 1), 계약금 및 자재대금으로 TTT원을 수령하였다는 위 법인 작성의 2010. 8. 4.자 영수증(갑 제16호증의 2), UUU원을 잔금으로 수령하였다는 위 법인 작성의 2010. 10. 6.자 영수증(갑 제16호증의 3)이 존재한다. 그러나 원고는 위와 같이 당사자 사이에서 작성된 문서 외에는 원고가 SS 주식회사에 ◈◈◈ 원을 지급하였음을 입증할 수 있는 금융자료나 위 법인이 위 거래에 관하여 부가가치세 신고를 한 내역이나 소득세를 신고한 내역등 객관적인 증거는 전혀 제출하지 못하고 있다. 또한 증인 유JJ의 증언은 ‘일반적으로 리모델링 공사비는 자본적 지출액에 포함되므로, 세무사로서는 고객이 리모델링 비용으로 얼마를 지출하였다고 하면 자본적지출로 기장을 해 줄 뿐이지 그 공사내역을 하나하나 따져보거나 자금을 어떻게 조달해서 지급했는지까지는 고객에게 묻지 않는다.’는 것으로서 결국 위 증언은 원고의 부로부터 ‘리모델링 공사대금으로 ◈◈◈ 원을 SS 주식회사에 지급했다’고 들었고 그가 제시하는 영수증 등에 근거하여 장부에 자본적지출액으로 기재하였다는 내용에 불과하다. 따라서 원고가 주장하는 사정 및 제출한 증거만으로는 ‘원고가 SS 주식회사에게 리모델링 공사대금으로 ◈◈◈ 원을 실제로 지급하였고, 그 리모델링 공사비용이 자본적지출액에 해당한다’는 점을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 위 ◈◈◈ 원 역시 양도가액에서 공제할 수 없다.
• 다) 결국 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 이 사건 처분은 적법하고, 원고의 주장은 모두 이유 없다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 1) 소장 청구취지 기재 2020. 5. 26.은 오기로 보인다.