주주로 등재되어 있었다고 하더라도 주식에 대한 권리를 실질적으로 행사할 지위에 있지 않았다면 제2차 납세의무자로 볼 수 없음

사 건 2020구합87951 부가가치세세부과처분취소 원 고 AAA 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2025. 6. 12. 판 결 선 고

2025. 8. 14.

1. 피고가 20✕✕. ✕. ✕✕. 원고에게 한 2018년 제2기분 부가가치세 ✕✕✕원의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다. 이 유

• 가. aaaa 주식회사(이하 ‘이 사건 회사’라 하고, 이하 법인명을 칭할 때 ‘주식회사’의 기재는 생략한다)는 영상콘텐츠 제작업 등을 목적으로 설립된 회사이다.
• 나. 이 사건 회사는 2018년 2기 과세기간 부가가치세 신고시 납부할 세액을 ✕✕✕원으로 신고하였으나, 이를 납부하지 않았다.
• 다. 피고는 이 사건 회사가 제출한 주식등변동상황명세서에 의하면 원고가 20✕✕. ✕. ✕✕. 이 사건 회사의 주식 200주(액면가 5,000원)를 소외 BBB로부터 양수함으로써(이하 ‘이 사건 주식양도계약’이라 한다) 이 사건 회사 주식 지분 100%를 소유한 과점주주에 해당한다고 보아 국세기본법 제39조 에 따라 원고를 제2차 납세의무자로 지정하고, 20✕✕. ✕. ✕✕. 원고에 대하여 이 사건 회사의 2018년 제2기분 부가가치세 ✕✕✕원(가산세 포함)을 부과하는 처분을 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의취지

별지 관계법령 기재와 같다.

• 가. 원고 주장의 요지 원고는 20✕✕. ✕. ✕✕. BBB와 이 사건 주식양도계약을 체결한 사실이 없고, BBB 및 이 사건 회사의 실질 소유자인 CCC에게 명의도용을 당하여 이 사건 회사의 주주명부상 주주로 등재된 것일 뿐이다. 따라서 원고는 주주총회 소집통지를 받거나 주주총회에 출석하여 의결권을 행사하는 등 주주로서 권리를 행사한 적이 없고, 실질적으로 이 사건 회사를 경영·지배한 사실도 없으므로, 이 사건 회사의 제2차 납세의무자에 해당하지 않는다.
• 나. 관련 법리 1) 국세기본법 제39조 에 규정된 제2차 납세의무는 조세징수의 확보를 위하여 원래의 납세의무자인 법인의 재산에 대하여 체납처분을 하여도 징수하여야 할 조세에 부족이 있다고 인정되는 경우에 사법질서를 어지럽히는 것을 최소화하면서 실질적으로 법인의 운영을 지배할 수 있는 출자자에 한하여 법인으로부터 징수할 수 없는 액을 한도로 하여 보충적으로 납세의무를 부담케 하는 제도이다. 한편 위 조항의 취지는, 회사의 경영을 사실상 지배하는 실질적인 운영자인 과점주주는 회사의 수익은 자신에게 귀속시키고 손실은 회사에 떠넘김으로써 회사의 법인격을 악용하여 이를 형해화시킬 우려가 크므로 이를 방지하여 실질적인 조세평등을 이루려는 데 있다. 그러나 과점주주의 제2차 납세의무는 사법상 주주 유한책임의 원칙에 대한 중대한 예외로서 본래의 납세의무자가 아닌 제3자에게 보충적인 납세의무를 부과하는 것이기 때문에 그 적용 요건을 엄격하게 해석하여야 한다(대법원 2019. 5. 16. 선고 2018두36110 판결 참조).

2. 과점주주에 해당하는지 여부는 과반수 주식의 소유집단의 일원인지 여부에 의하여 판단하여야 하고, 구체적으로 회사경영에 관여한 사실이 없다고 하더라도 그것만으로 과점주주가 아니라고 판단할 수 없다. 주식의 소유 사실은 과세관청이 주주명부나 주식이동상황명세서 또는 법인등기부등본 등 자료에 의하여 이를 입증하면 되고, 다만 위 자료에 비추어 일견 주주로 보이는 경우에도 실은 주주명의를 도용당하였거나 실질소유주의 명의가 아닌 차명으로 등재되었다는 등의 사정이 있는 경우에는 단지 그 명의만으로 주주에 해당한다고 볼 수는 없으나, 이는 주주가 아님을 주장하는 그 명의자가 입증하여야 한다(대법원 2004. 7. 9. 선고 2003두1615 판결, 대법원 2008. 9. 11. 선고 2008두983 판결 참조). 그리고 주식회사의 임원으로만 등재되어 있을 뿐 회사 경영에 참여하거나 임금 또는 주주로서의 배당금을 받지 않은 주주들의 경우, 주식의 실제 소유자가 아닌 단지 주주명의만 대여한 형식상의 주주에 불과할 뿐만 아니라 그 주식에 대한 권리를 실질적으로 행사할 여지도 없었으므로, 그 주주들은 제2차 납세의무자에 해당하지 않는다(대법원 2010. 2. 25. 선고 2009두7578 판결 취지 참조).

• 다. 인정사실 앞서 든 증거, 갑 제7 내지 18호증, 을 제4, 5 호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면 다음과 같은 사실이 인정된다.

1. 이 사건 회사가 2018 사업연도 법인세 신고를 하면서 제출한 주식등변동상황명세서에 의하면, 원고가 2018. 6. 8. 이 사건 회사 주식을 BBB로부터 인수함으로써 이 사건 회사의 주식 지분 100%를 소유한 주주라고 기재되어 있다. 또한 이 사건 주식양도계약서에는 원고가 BBB로부터 이 사건 회사 주식 200주를 1주당 금액 5,000원에 양수하기로 하는 계약을 체결하면서, 양도금액 100만 원을 2018. 6. 12.까지 BBB에게 지급하고, BBB는 잔금 수령과 동시에 주권에 관한 모든 권리를 원고에게 양도하며, 주식 인수 후 발생된 공과금은 원고의 부담으로 한다는 등의 내용이 기재되어있고, 원고의 인감도장이 날인되어 있다. 한편 위 주식양도계약서는 2018. 6. 8.자로 작성된 것으로 되어 있으나, 첨부된 원고의 주민등록표 등본은 원고가 2018. 7. 5. 발급받은 것이다.

2. CCC는 2018. 7. 4. 원고에게 ‘우리 주식은 오픈되는게 아니고 압류나 세금부과되고 법적 문제는 전혀 아니니 염려 말아요. 추후 투자자에게 주식 분산하려면 내쪽에서 확보해놔야 필요에 따라 바로바로 넘길 수 있기 때문에 좀 불편해도 F사장에게 옮겨도 되고..’라는 취지의 문자메세지를 발송하였고, 같은 날 이 사건 회사의 DDD은 원고에게 ‘C대표님이 cccc하고 dddd 2곳 다 주식을 사모님에게 넘기라고 해서요. 주식양도양수계약을 진행해야하니 사모님 주민등록등본상 주소 확인 좀 해주세요’라면서 원고의 주소와 주민등록번호를 확인하는 취지의 문자메세지를 발송하였다.

3. 이 사건 주식양도계약의 매도인인 BBB는 이 법원에 이 사건 주식양도계약의 체결과 관련하여 ‘CCC 대표가 전화로 서류 준비되면 DDD이 연락할거라고 해서 2018. 7. 5.경 ◯◯◯호텔 지하 2층 사무실에 가서 DDD에게 도장과 서류를 주었고 DDD이 사무실 책상에서 서류에 도장을 직접 찍고 돌려주었다. 주식대금은 자신이 받지 않고 C대표에게 위임하였다.’는 취지의 진술서를 제출하였다.

4. 원고는 ◯◯◯◯지방법원에 이 사건 회사를 상대로 2018. 6. 15.자 및 2019. 3. 14.자 주주총회 결의의 부존재 확인을 구하는 소송을 제기하였는데, 그 소장에 의하면, 원고는 스스로 ‘원고는 2018. 6. 8. 이 사건 회사 발행주식 전부를 취득한 1인 과점주주이다’라고 주장하면서, 이 사건 회사의 상업등기부에 의하면 2018. 6. 15.자 주주총회에서 FFF를 사내이사로 선임하는 결의 및 상호를 변경한 결의, 2019. 3. 14.자 주주총회에서 CCC를 사내이사로 선임한 결의 및 상호를 변경한 결의 등이 있었다고 등기되어 있으나 위와 같은 주주총회가 개최된 사실이 없다‘고 주장하였다. ◯◯◯◯지방법원은 ’2018. 6. 15. 당시 원고가 이 사건 회사의 1인 주주인지 여부‘에 관하여 ’이 사건 회사가 2018년 사업연도 법인세 신고시 제출한 주식등변동상황명세서 등에 의하면 원고가 2018. 6. 8. BBB로부터 이 사건 회사 주식 100%를 양수하여 취득하였다고 기재된 사실은 인정되나, 이러한 인정사실 만으로 원고가 2018. 6. 15. 당시 이 사건 회사의 주주라고 인정하기에 부족하고, 오히려 원고가 CCC를 이 사건 주식양도계약서위조 혐의 등으로 고소한 사건에서 검찰이 혐의없음(증거불충분) 불기소처분을 하였는데, 그 불기소이유서에 의하면 원고는 2018. 7. 3. CCC와 사이에 이 사건 회사 및 eeeeee 주식을 양수하는 주식 양수계약 체결에 관하여 합의하였고, 그 무렵 원고와 이 사건 회사의 기존 1인 주주이던 BBB와 사이에 주식매매계약이 체결된 것으로 보이므로, 2018. 6. 15. 당시 원고가 피고의 1인 주주였다고 단정하기 어렵다‘고 판단하면서, 2018. 6. 15.자 주주총회 결의 부존재 확인청구는 기각하는 한편, 원고가 2018년경 BBB로부터 이 사건 회사의 발행주식 전부를 취득한 이 사건 회사의 1인 주주인 사실은 인정하면서 2019. 3. 14.자 주주총회 결의 부존재 확인청구는 인용하였다(◯◯◯◯지방법원 20✕✕가합✕✕✕✕, 이하 ’관련 사건‘이라 한다).

5. 한편, 원고는 이 사건 처분을 받고 2019. 11.경 CCC에게 이를 항의하는 취지의 문자메세지를 보냈는데, CCC는 ’저 역시 원고를 이 사건 회사의 주주로 등록시킨 적이 없다. 아마 착오가 있었나 본데 원고가 직접 서류며 도장을 날인하게 아니라면 밝혀내야겠으니 고소부터 하시라‘, ’주주로 등록하기로 제의나 강요한 사실이 없는데 어떻게 등록된건지 오히려 제가 그 책임을 묻고 싶다‘는 취지로 답변하였다

• 라. 구체적인 판단 앞서 인정한 사실에 의하면, 원고가 이 사건 주식양도계약서 기재와 같이 2018. 6. 8. BBB와 사이에 이 사건 회사 주식 100%를 양수하기로 하는 계약을 체결한 사실은 없더라도, ① 원고가 2018. 7. 4.~ 5.경 이 사건 회사의 실질 소유자인 CCC와 사이에 이 사건 회사 주식의 양수에 관하여 논의하였던 점, ② 원고 스스로 관련 사건 소장에서 ’원고는 이 사건 회사 발행주식 전부를 취득한 1인 과점주주이다’고 주장하면서 주주총회 결의 부존재 확인을 구하였던 점 등에 비추어 보면, 원고가 2018. 7. 무렵 CCC와 사이에 원고를 이 사건 회사의 주주로 등재하기로 하는 합의를 하였던 것은 아닌지 의심이 들기는 한다. 그러나 앞서 인정한 사실에 앞서 든 증거와 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉, ① 원고가 이 사건 회사의 주식을 취득하기 위하여 원고의 자금을 출자하였다거나 주주로서 정기적인 배당을 받았다고 볼 만한 자료가 없는 점, ②원고가 이 사건 회사의 주주총회에 참석통지를 받았거나 참석하여 의결권을 행사한 것으로 볼 만한 자료도 없는 점, ③ 이 사건 회사의 실질 소유자인 CCC도 원고가 이 사건 회사의 주주로 등재된 사실을 몰랐다는 취지로 주장하는 점 등을 종합하여 보면, 원고가 이 사건 회사의 주주로 등재되어 있었다고 하더라도 이 사건 회사의 주식에 대한 권리를 실질적으로 행사할 지위에 있었다고 볼 수 없다. 따라서 원고가 이 사건 회사의 제2차 납세의무자라는 것을 처분사유로 한 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.