사실과 다른 세금계산서의 입증책임 문제

사 건 서울행정법원-2020-구합-81748 원 고 AAA 피 고 AA세무서장 변 론 종 결

2022. 4. 29. 판 결 선 고

2022. 6. 17.

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다. 청 구 취 지 피고들이 원고들에 대하여 한 별지 1 목록 기재 각 처분(각 가산세 포함)을 모두 취소 한다.

• 가. 원고 주식회사 ABC그룹(이하 ‘원고 ABC그룹’이라 한다)은 2015. 6. 8. 사업장 소재지로 하여 사업자등록 후 현재에 이르고 있고, 원고 주식회사 DEFGH(이하 ‘원고 DEFGH’이라 한다)은 2016. 3. 15. 같은 장소에서 사업자등록 후 영업을 하던 중 2021. 1. 15. 영업부진으로 폐업하였다.
• 나. 2017년도에, 원고 DEFGH은 IJ 주식회사(대표자 사내이사 OPQ, 이하 ‘IJ’이라 한다)로부터 5건의 매입세금계산서(공급가액 합계 1,735,500,000원)를 수취한 후 KLMN 주식회사(대표자 사내이사 RST, 이하 ‘KLMN’이라 한다)에 3건의 매출세금계산서(공급가액 합계 181,000,000원), 원고 ABC그룹에 3건의 매출세금계산서(공급가액 합계 1,574,000,000원)를 각 발급하고, 원고 ABC그룹은 KLMN으로부터1건의 매입세금계산서(공급가액 30,000,000원), 원고 DEFGH으로부터 3건의 매입세금계산서(공급가액 합계 1,574,000,000원)를 각 수취한 후 KLMN에 5건의 매출세금계산서(공급가액 합계 1,571,000,000원)를 발급한 것으로 각 신고하였다(이하 위 세금계산서와 관련된 거래를 ‘이 사건 거래’라 한다).
• 다. 대전지방국세청장은 2018. 7. 10.부터 2018. 9. 18.까지 원고들에 대한 세무조사(이하 ‘이 사건 세무조사’라 한다)를 실시한 후 피고들에게 이 사건 거래와 관련한 세금계산서가 실물 거래 없이 거짓으로 수수되었다는 과세자료를 통보하였고, 이에 별지1 기재와 같이 피고 원주세무서장은 2018. 11. 19. 원고 DEFGH에 대하여 2017년제1기 부가가치세 42,626,240원, 2017년 제2기 부가가치세 26,420,000원을 경정․고지하였고, 피고 잠실세무서장은 2018. 11. 1. 원고 ABC그룹에 대하여 2017년 제1기 부가가치세 35,840,000원, 2017년 제2기 부가가치세 30,960,000원, 2017 사업연도 법인세19,684,850원을 경정․고지하였다(이하 위 각 처분을 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 라. 원고들은 이에 불복하여 각 이의신청을 거쳐 조세심판원에 심판청구를 하였으나,조세심판원은 2020. 7. 22. 원고들의 청구를 모두 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑1, 9, 17, 51 내지 54호증, 을1 내지 4, 6, 10, 14호증(가지번호 있는 것은 이를 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고들의 주장 원고들, KLMN, IJ은 중고자동차 부품 재활용 사업 개척 및 성장이라는 공동의 목표 하에 부품협동조합 형태로 공동사업을 하기로 하여 중고자동차 부품의 매집,가공, 국내판매, 해외수출 등의 역할을 나누어 맡았고, 이 사건 거래는 위 역할에 따라이루어진 실질거래로서 세금계산서는 허위로 작성된 것이 아니다. 따라서 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.
• 나. 관계 법령 별지 2 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 조세부과처분 취소소송에서 과세요건사실에 대한 증명책임은 과세관청에 있으므로, 거래과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 부가가치세법제39조 제1항 제2호가 규정하고 있는 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이다(대법원 2008. 12. 11. 선고 2008두9737판결 참조). 그러나 피고가 직접 증거 또는 제반 정황을 토대로 세금계산서가 실물거래를 동반하지 아니한 것이라는 등의 허위성에 관하여 합리적으로 수긍할 수 있을 정도로 상당한 정도의 입증을 한 경우라면, 그 세금계산서가 허위가 아니라고 주장하면서 피고 처분의 위법성을 다투는 납세의무자인 원고로서도 관련된 증빙과 자료를 제시하기가 용이한 지위에 있음을 감안해 볼 때 자신의 주장에 부합하는 증명의 필요가 있다(대법원 1997. 9. 26. 선고 96누8192 판결 등 참조).

2. 앞서 든 증거들 및 을5, 7, 8, 11, 12, 13, 16호증의 각 기재 및 영상, 증인 UVW의 증언에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 아래와 같은 사실 또는 사정을 고려하면, 이 사건 거래는 실물의 이동을 수반하지 않은 가공거래로서 원고들은 실제로 재화를 공급하거나 공급받지 아니하고 세금계산서를 사실과 다르게 발급하거나 발급받았거나 적어도 설령 실질거래가 일부 존재했다고 하더라도 그 진정한 거래구조와 다른 내용으로 세금계산서를 발급하거나 발급받았다고 봄이 타당하다. 따라서 이사건 처분은 적법하다.

• 가) 이 사건 거래와 관련하여 발급된 세금계산서 내역은 별지 3 기재와 같은데,이에 의하면 원고 DEFGH, 원고 ABC그룹, KLMN, IJ은 아래 그림 1과 같이 위 4개 법인 내에서 중고자동차 부품이 순환하는 거래구조를 형성하였을 뿐 위 4개 법인을 제외한 외부로 중고자동차 부품을 판매하지 않았다. 이는 원고들이 KLMN, IJ과 함께 공동사업을 하기로 하고, 원고들이 중고자동차 부품 완성품을 국내에 판매 또는 해외에 수출하기로 하였다는 주장에 부합하지 않는다.
• 나) 원고들은 위와 같은 순환거래 구조와 관련하여 아래 그림 2와 같이, ‘① 원고 DEFGH이 개인 사업자로부터 폐차장 등지에서 중고자동차 부품을 매집하여 이를 원고 ABC그룹에 공급하고, ② 원고 ABC그룹은 이와 같이 원고 DEFGH으로부터 공급받거나 자신이 직접 매집한 중고자동차 부품을 KLMN에 공급하며, ③KLMN과 IJ이 그 부품을 순차적으로 가공하여 최종적으로 완성된 중고자동차 부품 완성품을 원고 DEFGH에 공급하면, ④ 원고 DEFGH이 위 완성품에 바코드와 라벨링 작업을 한 후 이를 국내에 판매하는 거래 등을 계획하였다. 다만 원고 DEFGH은 중고자동차 부품 판매 플랫폼(소프트웨어)을 개발하여 이 플랫폼을 통해 완성품을 국내에 판매하는 등의 거래를 진행하려 하였으나, 플랫폼 개발 및 원활한 중고자동차 부품 판매사업 수행을 위한 재고수량 확보 등을 위해 2∼3년 간 IJ으로부터완성품을 공급받아 재고로 확보하기만 하던 중 이 사건 세무조사가 이루어져 모든 작업을 중단하였다.’고 주장한다. 그러나 원고들의 이러한 주장은 다음과 같은 점에서 믿기 어렵다.

(1) 원고들이 주장하는 위 거래의 외형에 부합하는 듯한 물품수령증, 거래명세표 등과 같은 문서 외에 실제로 원고 DEFGH이 폐차장 등지에서 중고자동차 부품을 매집하였다거나 IJ으로부터 완성된 중고자동차 부품 완성품을 매입하여 현재 보유하고 있다고 볼만한 자료를 찾기 어렵다.

(2) 원고 DEFGH이 폐차장 등지에서 중고자동차 부품을 매집하였다는 부분과 관련하여, 원고 DEFGH이 작성한 2017년 손익계산서 등에 따르면 2017년 말기준 원고 DEFGH의 매출액은 1,574,000,000원으로 원고 DEFGH이 원고 ABC그룹에 교부한 매출세금계산서의 총 공급가액과 동일하고, 이에 상응하는 매출원가중 당기 매입원가는 1,455,500,000원으로 IJ이 원고 DEFGH에 공급하였다고 주장하는 매입세금계산서 교부금액 1,735,500,000원[= 위 당기 매입원가 1,455,500,000원+ 원고 DEFGH 제출 지출증명서류 수취명세서(을16호증 3쪽)상 개발비280,000,000원]에 포함된 것으로 파악되는바, 이에 의하면 세금계산서상으로는 원고 DEFGH이 원고 ABC그룹에 공급한 부품은 IJ으로부터 매입한 것으로 보아야할것인데 이는 원고 DEFGH이 폐차장 등지에서 부품을 매집하여 원고 ABC그룹에공급하였다는 원고들의 주장과 배치된다.

(3) 원고 DEFGH이 중고자동차 부품을 보관하였다고 주장하는 QQ사업장을 촬영한 사진에 의하면, 위 장소에는 중고자동차 부품을 대량으로 운반하여 와서 적재할만한 창고시설이 존재하지 않는 것으로 보인다.

(4) 원고들이 주장하는 것과 같이 플랫폼 개발 및 원활한 중고자동차 부품 판매사업 수행을 위한 적정한 수준의 재고수량 확보를 위하여 2∼3년의 시간이 소요된다고 볼만한 자료 또한 존재하지 않는다. 또한 별지 3 기재 발급일자 2017. 7. 10.의 각 세금계산서 부분과 같이 원고DEFGH, 원고 ABC그룹, KLMN, IJ 그리고 다시 원고 DEFGH 순으로 이어지는 거래가 같은 날에 이루어지기도 하는 등, 이 사건 거래와 관련한 세금계산서는같은 날 같은 시간대를 중심으로 위 4개 법인 간에 서로 순환하여 발급되었다. 만약 원고들의 주장과 같이 실제 중고자동차 부품의 매집, 가공 등이 이루어졌다면 4개 법인 간의 거래가 같은 날 같은 시간 대를 중심으로 순차적으로 이루어질 수 있었다고 보기는 어렵다. 이에 대하여 원고들은 부가가치세법 제34조 제3항 에 따라 1개월분의 거래에 대한 세금계산서를 그 재화 또는 용역의 공급일이 속하는 달의 다음 달 10일까지 발급할 수도 있고 이에 따라 원고들과 KLMN, IJ 또한 매월 비슷한 시기에 한꺼번에 세금계산서를 수수하였다는 취지로 주장하는데, 설령 원고들의 주장과 같이 원고들, KLMN, IJ 간 합의에 따라 실제 거래가 발생한 시기와 세금계산서 발급 시기가 달라졌다 하더라도, 위 4개 법인 간에 발급할 세금계산서가 같은 날 같은 시간대를 중심으로 순차적으로 이루어질 필요는 없다는 점을 고려하면, 위와 같은 세금계산서 발급형태는 여전히 부자연스러워 보인다.

• 라) 아래와 같이 이 사건 거래에 참여한 법인들의 대표자들 또한 이 사건 거래에 따른 구체적인 계약 내지 작업 현황에 대해서 진술하지 못하고 별다른 관여를 하지않았거나 다른 법인에서 지시한 바에 따랐다는 취지로 진술하고 있다. 특히 원고 ABC그룹의 경우 2017년 이후로 대표자인 QWF 1인만이 근무하는 회사였기에 QWF이 원고 ABC그룹에 대한 거래관계를 모두 직접 처리하였을 것임에도, 이 사건 거래관계에 대해 구체적으로 진술하지 못하고 있다.

(1) IJ의 대표자인 OPQ은 이 사건 세무조사 당시 ‘원고 DEFGH에 대한 중고자동차 부품의 매입·매출단가는 물론 IJ에 입금될 금액 또한 KLMN 대표자인 RST이 결정해서 지시한 바대로 하였을 뿐만 아니라, 원고 DEFGH이 자금을 IJ에 입금하면 KLMN에 입금하여야 할 자금 또한 지시한대로 입금하였다. 이사건 거래에 관한 거래품목이나 거래가격, 그리고 세금계산서 수수액은 모른다.’는 취지로 진술하였다.

(2) 원고 DEFGH의 대표이사인 FGH도 이 사건 세무조사 당시 ‘원고 DEFGH이 IJ으로부터 중고자동차 부품을 매입한 후 별도의 작업을 하지 않고 IJ의 차량을 이용하여 원고 ABC그룹의 사업장으로 옮겨주었다.’는 취지로 진술하였다.

(3) 원고 ABC그룹의 대표자 HJK은 이 사건 세무조사 당시 ‘원고 DEFGH으로 물건을 인수할 때에 처음에는 직접 검수했으나 이후에는 KLMN으로 물품을 바로 넘겼다. 원고 DEFGH에서 KLMN으로 실물이 넘어간 것에 대해서 직접확인한 것은 없다. KLMN에 대한 매출세금계산서는 원고 DEFGH 측에서 알려준금액으로 발행하였다.’는 취지로 진술하였다.

• 마) 원고 DEFGH에 2016. 3.경 입사하여 위 회사의 폐업 당시까지 일하였던 UVW은 이 법정에서 “그때 그때 물건이 오고 가는 것을 볼 수는 없고 서류가 오고갔습니다.”고 진술하여 실물 거래를 명확히 확인하지 못하였다는 취지로 말하였다.나아가 위 UVW은 IJ과 원고 DEFGH의 거래와 관련하여 ‘KLMN RST 대표가 IJ에게 가공비를 일부 남겨주고 IJ은 KLMN의 지시에 따라 부품 2차 가공을 하여 원고 DEFGH에 넘겨주는 거래였다.’는 취지로도 진술하였는데, 진정한 거래구조가 이러했다면 IJ이 KLMN에 부품 전체 금액으로서 1,698,800,000원을 지급하고 다시 원고 DEFGH으로부터 1,735,500,000원을 지급받을 것이 아니고, 단지 가공 용역에 대한 수수료 상당액만을 지급받는 형태가 되어야 할 것이다.

그렇다면 원고들의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문 과 같이 판결한다.