비정기 세무조사대상 선정의 위법 여부

사 건 서울행정법원2020구합80240 부가가치세등부과처분취소 원 고 주식회사 00식품 피 고 00세무서장 외 변 론 종 결

2021. 8. 13. 판 결 선 고

2021. 10. 15

1. 원고들의 피고들에 대한 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다. 청 구 취 지 피고들이 원고에 대하여 한 [별지1] 목록 기재 각 부과처분 및 피고 00세무서장이 원고에 대하여 한 [별지2] 목록 기재 각 소득금액변동통지를 모두 취소한다.

• 가. 원고는 1987. 2. 13. 설립되어 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 00대로 000(00동)에 본점을 두고 장류제조 및 판매업 등을 영위하고 있는 법인이다. aaa은 2009. 3. 23.부터 2020. 3. 10.경까지 원고의 대표이사를 재직하였다.
• 나. 피고 00세무서장은 2018. 2. 7.부터 2018. 11. 5.까지 원고에 대한 2012 사업연도 내지 2017 사업연도 법인통합조사 및 2018년 제1기 부가가치세 조사(이하 ‘이 사건 세무조사’)를 실시하고, 아래와 같은 내용의 조사결과와 조치내용을 각 관할 세무서에 통보하였다.

1. 원고는 2014년 제1기 내지 2018년 제1기 부가가치세 과세기간 중 특수관계법인 bbb 주식회사(이하 ‘bbb’)로부터 재화나 용역을 공급받지 아니하였음에도 판촉용역을 제공받은 것처럼 총 공급가액 0,000,000,000원에 대한 세금계산서(이하 ‘이 사건 세금계산서’)를 수취하였다. 이 사건 세금계산서는 구 부가가치세법(2019. 12. 31. 법률 제16845호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제39조에서 정한 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당하므로 관련 부가가치세 매입세액 공제를 모두 부인하고, 이 사건 세금계산서를 바탕으로 법인의 비용으로 처리한 금액을 모두 손금 부인하되, bbb의 판촉사원 인건비는 사실상 원고의 비용으로 보아 0,000,000,000원을 원고의 손금으로 추인한다.

2. 원고가 2012년 제1기부터 2018년 제1기까지 부가가치세 과세기간 중 수입가격을 조작하여 미국 해외특수관계법인인 ccc(ccc-cc America, Inc., 이하 ‘ccc’)에 허위의 중개수수료 0,000,000,000원(이하 ‘이 사건 중개수수료‘)을 지급한 것으로 보아 관련 부가가치세 매입세액 공제를 부인하고 손금불산입한다.

3. 원고가 2012 사업연도 내지 2017 사업연도 사이에 허위의 인건비를 계상하고, 업무와 무관하게 다수의 수입차량을 리스ㆍ보유하였으며, 대표이사 aaa 및 그 가족이 원고의 업무와 무관하게 원고의 법인카드를 사용하는 등 업무 무관 비용을 지출한 것으로 보아관련 금액(법인카드 사용액 중 0,000,000,000원 및 차량유지비 0,000,000,000원)을 손금불산입한다.

• 다. 피고 00세무서장은 2018. 11. 13. 원고에게 이 사건 세무조사 결과를 통지하였고, 위 조사결과에 따라 2018. 12.경 원고와 원고의 대표이사 aaa을 조세범처벌법위반 등 혐의로 부산지방검찰청장에게 고발하였으며, 2018. 12. 1. 전 대표이사 ddd과 aaa에 대한 상여소득처분, ccc에 대한 기타소득처분을 하고 원고에게 이에 관한 소득금액변동통지를 하였다. 또한 피고들은 2018. 12. 3. 원고에게 위 조사결과에 따른 각 부가가치세 및 법인세 부과처분을 하였다.
• 라. 원고는 위 각 처분에 대하여 과세전적부심사청구를 하였고, 2019. 3. 13. ’이 사건 세무조사 당시 자료제출 미비로 부인된 법인카드 사용액 1,580,000,000원과 수입승용차 유지․관리비 중 489,000,000원(원고가 손금 인정을 주장한 부분)의 업무 관련 여부에 대해 재조사하라‘는 재조사결정에 따라 피고 00세무서장은 2019. 3. 18. 위 나의 3)항 부분에 관한 처분을 취소하고, 업무관련성에 대해 재조사를 실시한 다음 문제가 된 법인카드 사용액 및 수입차 유지 관리비 중 사업관련성이 인정된 0,000,000,000원 부분을 업무관련 비용으로 손금 인정하고, 업무관련성이 없는 비용 000,000,000원에 대하여는 대표자 상여처분을 하며, 식대, 주대 및 골프 사용액 중 000,000,000원은 접대비로 분류하여 한도초과액 전액을 손금불산입하기로 하고, 2019. 3. 21. 및 2019. 4. 8. 증액경정처분을 하였다(이하 피고들의 위 각 처분 및 일부 처분 취소, 재처분 후 남아있는 각 처분내역은 [별지1], [별지2] 각 목록 기재와 같고, 이를 통틀어 ’이 사건 처분‘이라고 한다).
• 마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2019. 3. 2. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2020. 7. 1. 심판청구를 기각하였다.
• 바. 한편, 원고와 대표이사 aaa은 2019. 2. 7. ① 이 사건 세금계산서 수수와 관련한 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(허위세금계산서교부등), ② 이 사건 중개수수료 지출과 관련한 조세범처벌법위반, 대외무역법위반, 특정경제범죄가중처벌등에관한법률 위반(재산국외도피), ③ aaa의 가족인 eee, fff에게 허위 인건비를 지급하고, 원고의 ddd에 대한 대여금 채권을 소멸시키기 위해 특별상여금을 지급한 것처럼 장부를 허위기재하여 법인세를 포탈하였다는 조세범처벌법위반의 각 공소사실로 기소되었다. 1심 법원은 2019. 7. 5. 원고 및 aaa에 대한 위 각 범죄사실을 모두 유죄를 인정하였고(ㅇㅇ지방법원 2019고합00), 이에 쌍방이 항소하였는데 항소심 법원은 2020. 2. 5. 위 ② 이 사건 중개수수료 지출 관련 공소사실 중 대외무역법위반, 특정경제범죄가중처벌등에관한법률위반(재산국외도피)의 점은 무죄, 나머지 부분은 유죄를 인정하였으며(ㅇㅇ고등법원 2019노0000), 다시 쌍방이 상소하였으나 상고심 법원은 2020. 6. 11. 상고기각판결을 선고하여(대법원 2020도0000) 위 항소심 판결이 그대로 확정되었다(이하 ’관련 형사사건‘). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1 내지 12, 14, 17호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 비정기 세무조사대상 선정의 위법 피고 00세무서장이 당초 원고를 비정기 세무조사 대상자로 선정하면서 그 사유로 삼았던 세 가지 혐의내용에 대해 이 사건 세무조사 과정에서 조사되지 않았고 세무조사 결과에도 포함되지 않았으므로, 원고에게는 세무조사대상 선정사유가 존재하지 않았다. 구 국세기본법(2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제81조의6 제3항 제4호에 의하면 세무조사대상으로 선정하려면 ‘신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’에 해당하여야 하는데, 피고 00세무서장은 세무조사대상 선정사유가 없음에도 불구하고 원고를 비정기 세무조사대상으로 선정하여 위법하게 세무조사를 진행하였다. 따라서 위법한 세무조사에 기초한 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. bbb로부터 수취한 이 사건 세금계산서 부분 피고 00세무서장이 bbb의 판촉사원들에 관한 인건비 상당액을 원고의 법인세 산정 관련 각 사업연도 소득금액 계산 시 손금으로 인정하였으므로, 원고의 부가가치세 과세표준 산정 시 매입세액에서도 공제하여야 한다. 이 사건 세금계산서상의 공급가액이 사실과 다르다고 하더라도 그 세금계산서의 전체 매입세액이 아니라 실제의 공급가액을 초과하는 부분의 매입세액만 부인하여야 한다. 가공 용역이라는 이유로 불공제되어야 할 매입세액은 판매대행 수수료에 관한 세금계산서상 매입세액에 국한되고, 급여 수수료에 관한 세금계산서상 매입세액은 여전히 공제되어야 하며, 손금으로도 인정되어야 한다.
• 다. ccc에게 지급한 이 사건 중개수수료 부분 탈지대두 거래 및 대금지급 방식의 변경 과정을 보면, 원고가 일방적으로 계약 관계를 구성하여 ccc를 거래구조에 끼워넣기 한 것이 아니라, 오히려 거래상대방인 일본 법인 ggg(000 0000, 이하 ‘ggg’)의 요청에 따라 ccc를 포함하여 거래구조를 구성한 것이므로, 원고, ccc, ggg를 당사자로 한 탈지대두 관련 계약은 모두 유효하다. 따라서 이 사건 중개수수료 관련 세금계산서의 매입세액은 공제되어야 하고, 적어도 ggg가 직접 ccc에게 수수료를 지급한 경우의 매입세액은 공제되어야 한다.
• 라. 과세전적부심사결정의 범위를 넘어서는 재조사 및 추가 부과고지의 위법 피고 00세무서장이 과세전적부심사결정에서 명한 재조사의 범위를 넘어 새로이 ‘접대비 한도초과액’ 부분까지 재조사를 한 다음 이를 익금에 산입하여 증액경정을 한부분은 위법하다.

[별지3] 기재와 같다.

• 가. 세무조사대상 선정 관련 위법 여부

1. 관련 법리 구 국세기본법 제81조의6 제3항 은 ‘세무공무원은 정기선정에 의한 조사 외에 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 세무조사를 할 수 있다‘고 규정하면서 ‘신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’(제4호)를 위 세무조사대상 선정사유로 들고 있다. 구 국세기본법은 세무조사의 공정성과 객관성을 확보하고, 세무조사가 과세목적 이외에 다른 목적으로 이용되거나 자의적인 세무조사권 발동으로 오․남용된다는 시비를 차단하고자 같은 법 제81조의4 제1항에서 ‘세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다’는 규정을 두고 있는바, 구 국세기본법 제81조의6 이 정한 세무조사대상 선정사유가 없음에도 세무조사대상으로 선정하여 과세자료를 수집하고 그에 기하여 과세처분을 하는 것은 적법절차의 원칙을 어기고 구 국세기본법 제81조의6 과 제81조의4 제1항을 위반한 것으로서 특별한 사정이 없는 한 그 과세처분은 위법하다(대법원 2014. 6. 26. 선고 2012두911 판결 등 참조). 한편 구 국세기본법 제81조의4 제1항, 제2항의 규정 등과 그 취지에 비추어 볼 때, 구 국세기본법 제81조의4 제2항 에서 재조사가 예외적으로 허용되는 경우의 하나로 규정하고 있는 ‘조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’라 함은 조세탈루사실에 대한 개연성이 객관성과 합리성이 있는 자료에 의하여 상당한 정도로 인정되는 경우를 말하며(2012. 11. 29. 선고 2010두19294 판결 등 참조), 이는 구 국세기본법 제81조의6 제3항 제4호 에서 규정하고 있는 ‘신고 내용에 탈루나 오류의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우’에도 마찬가지로 적용된다.

2. 인정사실

• 가) ㅇㅇ세무서의 담당공무원은 2017. 2. 10. 원고에 대한 ‘탈세정보 수집보고서’를 작성하였는데, 그 주요 내용은 다음과 같다. ▢ 정보내용(요지)

• 주주의제배당 원천징수 누락 등 혐의

• 특수관계자간 거래를 통한 이익분여 혐의

• 인건비 과다계상 혐의 ▢ 원고의 주주현황(2015. 12. 31. 기준) 원고 58.67%, aaa 41.33% ▢ 경영권 승계 현황 및 관계기업 원고는 2013. 10. 30. 대표 aaa이 소유한 hhh 주식회사(이하 ‘hhh’, 대표 aaa)을 1주당 10원으로 하여 총 50,000주를 500,000원에 100% 취득하고, 2013. 11. 14. hhh의 결손금 상당인 60억 원을 출자함. 2013. 12. 16. 원고의 주주였던 명예회장 ddd(aaa의 父) 및 그 배우자 eee은, 보유하고 있던 원고 지분 주식 모두에 대해 ’hhh과 합병에 반대한다’는 이유로 주식매수청구권을 행사하여 원고에게 양도한 후 이를 주식양도행위로 보아 각각 양도소득세를 신고함. 이후 2013. 12. 31. 원고와 hhh이 합병되면서 aaa은 결국 hh계열 기업 경영권을 단독행사 하게 됨. ▢ 탈루혐의 내용 (총 탈루금액 5,375,000,000원)

1. 주주 의제배당 원천징수 누락 혐의(제1선정사유) 원고가 위와 같이 자기주식을 취득하면서 지급한 현금은 실질적 자본의 환급으로 양도소득이 아닌 의제배당소득에 해당하여, 배당소득 원천세 등 0,000,000,000원을 신고 누락한 혐의가 있음. 원고는 자기주식을 취득한 후 현재까지 계속 보유하고 있는바, 이는 배당소득 과세를 회피하기 위하여 명목상 주식양도로 위장한 사실상의 의제배당 행위로 판단됨 ※ 첨부자료: 양도소득세신고서, 주식매매계약서, 주식평가서 등

2. 특수관계자 거래를 통한 이익분여 혐의(제2선정사유) 원고는 사주일가가 설립한 개인사업자와의 거래를 통상적인 금액보다 과다한 거래대금을 지급하는 방법으로 법인이익을 특수관계자에게 0,000,000,000원 분여한 혐의가 있음. ddd의 자녀들이 운영하는 iii(2003년 개업), kkk(2008년 개업), lll(2014년 개업)의 매출액의 대부분은 원고에 대한 매출로 그 비중은 80~100%에 이르고, 원고의 영업이익율보다 사주일가가 운영하는 개인업체의 영업이익율이 높다는 점을 발견함. ※ 첨부자료: 위 개인사업장의 2012~2014년 표준대차대조표와 표준손익계산서 등

3. 가공인건비 계상 혐의(제3선정사유) 검토 당시 사주일가[aaa 대표자 본인, ddd(대표자의 父), eee(대표자의 母), qqq(대표자의 弟), www(대표자의 弟)]가 원고의 직원으로 등록되어 있었는데, 이들이 원고의 직원으로서 근무하기에 부적절하거나 과다 급여 지급한 특이한 점을 발견하였으므로, ①, ②는 검토 필요, ③, ④는 손금 불산입 대상인 것으로 판단됨(가공인건비 혐의금액은 qqq 및 www의 총 급여 000,000,000원으로 도출).

① 명예회장 ddd: 원고의 2015 사업연도 경영실적이 악화되었음에도 전년보다 100%이상 총급여를 증액하여(2014귀속 000,000,000원→ 2015귀속 000,000,000원) 지급. 2015년의 경우 ddd의 급여만 증가하였으므로 과다지급 여부 등에 대한 검토가 필요함

② eee: 2017년 현재 74세의 고령으로 개인전시회를 여는 등 서양화가 활동을 적극적으로 하고 있음에도 불구하고 원고의 부회장으로 근무하였다는 이유로 2012~2015 사업연도 000,000,000원의 급여를 지급. 실제 근무여부 등의 검토가 필요함

③ qqq은 원고의 거래처인 iii를 운영하는 사업장 대표로 그 매출비중의 대부분이 원고인데, 원고 직원으로 근무한다는 것이 경험칙에 어긋남

④ www도 lll을 운영하는 사업장 대표로 그 매출비중 100%가 원고인데도 원고의 직원으로 근무하다는 것이 합리적이지 않음. ※ 첨부자료: 사주일가(aaa, ddd, eee, qqq, www) 급여계상내역 ▢ 조사 시 참고사항 비정기 수시조사

• 나) 00세무서 담당공무원이 2018. 1.경 원고를 일반 세무조사 대상자로 선정하면서 작성한 조사대상 선정 검토표와 붙임 분석보고서의 내용은 위 탈세정보 수집보고서의 내용과 거의 동일하여, 조사시 검토할 사항으로 제1, 2, 3선정사유가 기재되어 있다(다만 제2선정사유 부분의 탈루 혐의 금액이 0,000,000,000원으로 감소하였다).
• 다) 피고 00세무서장은 위와 같이 원고를 세무조사대상으로 선정할 때 그 조사대상기간을 2012 사업연도부터 2015 사업연도까지로 정하였다가, 2018. 8. 29. 조세범칙조사로 전환하면서 조사범위를 2016 사업연도 및 2017 사업연도(법인통합조사), 2018년 제1기 부가가치세 부분조사로 확대하였다.
• 라) 피고 00세무서장은 이 사건 세무조사를 진행하면서 제1선정사유에 대해 원고의 소명을 요구하였고, 제3선정사유에 대해 사주 일가에 대한 가공인건비 계상 혐의를 조사하였으며, 그 과정에서 aaa의 가족인 eee과 fff이 원고 회사에서 근무하지 않았음에도 부회장, 이사로서 근무한 것처럼 급여대장을 작성하고 급여를 지급받은 사실이 확인되자, 원고는 이 사건 세무조사 기간 중에 스스로 법인세 수정신고를 하였다. 제3선정사유와 관련된 eee, fff의 인건비 허위 계상 행위는 피고 00세무서장이 고발한 조세범처벌법위반의 범칙사실에도 일부 포함되어 있다.
• 마) 2018. 11.경 작성된 이 사건 세무조사 종결보고서(법인사업자 조사종결 보고 서)에 의하면, 조사결과 ① 업무무관지출(이 사건 중개수수료 관련) ② 업무무관지출(이 사건 세금계산서 관련), ③ 가지급금 변칙처리(ddd 가공급여로 변칙 처리), ④ 업무무관대여금 인정이자, ⑤ 법인카드 업무무관지출, ⑥ 카드사용접대비 한도초과 재계산,⑦ 법인차량 업무무관사용, ⑧ 가공급여(eee, fff) 등의 사항이 적발되었다. [인정근거] 앞서 거시한 증거, 을 제13, 15, 16, 19 내지 23호증 의 각 기재, 변론 전체의 취지

3. 구체적 판단 앞서 본 인정사실로부터 알 수 있는 다음과 같은 사정 등에 비추어 보면, 원고에게는 구 국세기본법 제81조의6 제3항 제4호 에서 규정하는 세무조사대상 선정사유가 인정된다 할 것이므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

• 가) 피고 00세무서장은 2017. 2.경 법인통합조사를 실시할 조사대상 선정을 위하여 검토한 결과, 원고의 주주 변동과정, 주식평가서, 원고와 특수관계자 운영 사업장의 표준대차대조표, 급여계상 내역 등의 자료를 바탕으로 원고가 자기주식을 취득하여 보유한 과정, 특수관계자가 운영하는 사업체와의 거래내역, 인건비 지급내역 등을 조사하면서 세금을 탈루하여 온 정황을 발견하고 원고를 조사대상으로 선정하였다.
• 나) 원고를 세무조사대상으로 선정하면서 세금 탈루 혐의가 있다고 본 각 선정사유의 내용과 그 근거로 삼은 사실관계 및 관련 거래 내역 등에 비추어 보면, 이 사건 세무조사의 개시 당시를 기준으로 위와 같은 세금 탈루 혐의에 대한 개연성을 충분히 인정할 수 있고, 위와 같은 판단이 단순한 추측에 불과한 것이라고 보기는 어렵다.
• 다) 실제로 이 사건 세무조사에서 제3선정사유와 관련된 허위 인건비 계상으로 인한 조세포탈 부분은 피고 00세무서장에 의해 고발이 이루어졌으며, 관련 형사사건에서 유죄판결도 확정되었다.
• 라) 원고는 조사대상 선정 검토표에 ‘qqq 및 www는 원고의 거래처 대표로 서, 특수관계법인 원고의 직원을 겸임하고 있다는 사실 자체가 합리적이지 않으며, 이는 사주일가라는 우월적인 지위를 이용하여 실제 근무를 하지 아니하고 급여를 지급받은 것으로 판단되어 ’12년~15년 qqq, www의 총급여 497,000,000원(qqq에 대한 급여 000,000,000원 + www에 대한 급여 000,000,000원)은 가공인건비 계상 혐의가 있다‘고 기재되어 있을 뿐이므로, eee 및 fff에게 허위로 인건비가 지급된 것이 밝혀졌다고 하더라도 이는 선정사유에 해당할 수 없다고 주장한다. 그러나 2017. 2. 10. 작성된 탈세정보 수집보고서에는, 위 가공인건비 000,000,000원을 계상한 혐의가 있다고 기재되어 있는 한편, 사주 일가(aaa의 가족)에 대한 각 검토사항에 eee에 대한 부분도 기재되어 있는 이상, eee 등 다른 사주 일가에 대한 가공 인건비 지급혐의도 선정사유에 포함되어 있다고 봄이 상당하다.
• 마) 세무조사대상 선정사유가 세무조사 결과를 완벽하게 반영하는 것은 불가능하고, 선정사유가 실제로 존재하고 그로 인한 세금 탈루가 발생하였는지는 세무조사를 통해 비로소 확인할 수 있다. 위와 같은 조사대상 선정경위와 이 사건 세무조사의 결과 등에 비추어 볼 때, 원고가 지적하는 ‘조사대상 선정표 및 붙임 분석보고서에 기재된 내용이 이 사건 처분사유에 포함되어 있지 않다’는 사정만으로는 구 국세기본법 제81조의6 이 정한 세무조사대상 선정사유가 없음에도 세무조사대상으로 선정된 경우에 해당한다고 볼 수 없다.
• 나. bbb 관련 이 사건 세금계산서 부분

1. 관련 규정 구 부가가치세법 제39조 제1항 은 ‘다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다’고 규정하면서 제2호 본문에서 ‘세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액’을 들고 있다.

2. 인정사실

• 가) 관련 형사사건에 유죄로 인정된 이 사건 세금계산서 관련 부분 범죄사실의 내용은 다음과 같다.

1. aaa의 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(허위세금계산서교부등) 누구든지 영리를 목적으로 재화 또는 용역을 공급하지 아니하거나 공급받지 아니하고 부가가치세법에 따른 세금계산서를 발급하거나 발급받는 행위를 하여서는 아니 된다. 그럼에도 불구하고 aaa은 영리를 2014. 1. 31.경 ㅇㅇ ㅇㅇ구 ㅇㅇ로 000길 00, 0층(00동, 00빌딩)에 있는 원고 ㅇㅇ영업본부에서 사실은 자신이 100% 지분을 보유하고 있는 bbb로부터 재화 또는 용역을 공급받은 사실이 없음에도 불구하고 bbb로부터 공급가액 00,834,812원 상당의 용역을 제공받은 것처럼 가공의 매입세금계산서를 발급받았다. aaa은 이를 비롯하여 2014. 1. 31.경부터 2018. 6. 29.경까지 사이에 영리를 목적으로 재화 또는 용역을 공급받지 아니하고 107회에 걸쳐 위와 같은 방법으로 bbb로부터 공급가액 합계 6,059,517,085원 상당의 가공 매입세금계산서를 발급받았다.

조세범처벌법 위반 원고는 제1항 기재와 같은 일시, 장소에서 원고의 대표이사인 aaa이 원고의 업무에 관하여 위와 같이 재화 또는 용역을 공급하지 아니하거나 공급받지 아니하고 세금계산서를 발급하거나 발급받는 조세범처벌법위반행위를 하였다.

• 나) bbb는 경영자문, 인사컨설팅, 무역업 및 그 부대사업을 사업목적으로 하여 2007. 12. 21. 설립된 법인으로, aaa의 1인 회사이다. 설립 당시인 2007년부터 2010년경까지는 원고의 직원이었던 rrr이 등기이사로 등재되어 명의상 대표를 하다가 사임하고 이후로 aaa이 사내이사로 등재되었다.
• 다) bbb는 원고 이외에 사업상의 실물 거래를 하였거나 하고 있는 회사나 상대방이 없다.
• 라) bbb의 법인 소재지 및 사업자등록상 사업장 소재지는 원고 서울지사의 주소지(서울 강남구 언주로 000길0, 00빌딩 2층)와 동일한데, 실제로 원고의 서울지사 사무실에는 bbb의 직원들이 근무하지 않으며, bbb 직원들이 근무할 수 있는 업무공간도 마련되어 있지 않다. bbb가 월세를 지급하는 서울 송파구 000길 00(00동)에 있는 오피스텔은 aaa의 짐이나 집기들이 보관되어 있는 장소로서 aaa이 개인적으로 이용하는 곳이고, ttt의 직원들이 사용하지 않았다.
• 마) bbb와 원고 사이에는 2014. 1.경 계약기간 2014. 1. 1. ~ 2014.12. 31.까지 1년, 원고의 상품진열 및 판촉업무기획, 판촉사원에 대한 교육 및 근태관리, 판촉사원 성과평가, 판촉사원 급여, 퇴직금 등의 관리 등을 bbb의 업무범위로 하는 업무위임계약서가 작성되어 있기는 하나, 위와 같은 bbb의 계약상 업무는 아래에서 보는 바와 같이 실제로 모두 원고의 영업부에서 담당하고 처리하였다.

(1) 채용, 교육, 근태관리, 회의, 급여(퇴직금 포함) 책정, 경조사 휴가 및 경조사비 지원 등 판촉직원들과 관련된 모든 관리 업무는 실제로 원고의 영업부 직원들이 처리하였다.

(2) 판촉행사나 마케팅 기획 등의 업무도 원고 영업부에서 직접 진행하였다.

• 바) bbb의 법인 계좌는 모두 원고 직원인 zzz(국민은행 계좌)및 rrr(신한은행 계좌)이 개설한 것이다. 그리고 국민은행 계좌는 이성욱이 aaa의 지시를 받아 관리하였고, 신한은행 계좌는 aaa이 직접 관리하였다.
• 사) 부가가치세, 법인차량 비용 등 bbb의 사업비용이 필요한 경우종종 원고의 법인계좌에서 전도금 명목으로 지급되었는데, 그러한 비용들은 사후에 회계상 대여금으로 변경되었다가 결손 처리 되었다.
• 아) bbb 법인 계좌에서 판촉사원들 및 대표이사인 aaa의 급여뿐만 아니라 eee, 111, 222, 333, rrr, 444, 555, 666, 777 등에 대하여도 급여가 지급되었는데, 소속 직원 중에는 bbb의 경리업무 또는 판촉사원 관리업무를 담당하는 직원이 없다. eee은 aaa의 모친이고 bbb의 업무를 한 것이 없다. yyy은 aaa의 처로서 1년 중 대부분의 기간을 미국에서 지내고 있고 bbb에 출근하거나 관련 업무를 하지 않았다. 333, 999, 000는 hh식품과 고문계약을 체결한 사람들이다. 777, 666 판촉사원이 아니다. 실제 bbb로 허위 세금계산서가 발행되어 지급된 00억 원 상당의 돈 중 특수관계자인 aaa(약 0억 7,800만 원)과 그 가족인 yyy(약 0억 원), eee(약 0,000만 원)의 급여로 지급된 돈만 00억 원 가량이다. [인정근거] 앞서 거시한 증거, 변론 전체의 취지

3. 구체적 판단 위 인정사실에 의하여 인정되는 다음과 같은 사실 및 사정들을 종합하여 보면, 원고가 bbb로부터 제공받았다고 기재한 판촉 용역이 실제로 이루어졌다고 볼 수 없고, 관련 인건비 역시 bbb에 지급된 것으로 볼 수 없으므로, 이 사건 세금계산서는 원고가 해당 용역을 제공받지 않고 가공으로 수취한 것으로 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 할 것이므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

• 가) 원고와 bbb간의 업무위임계약의 핵심은, 원고가 생산한 제품의 판촉업무를 bbb에 외주화하여 bbb가 판촉사원의 인사․노무관리, 판촉업무기획, 판촉현장에서의 업무 지시 및 사원 관리, 판촉사원에 대한 임금지급 등을 직접 수행하도록 용역을 주는 것이다. 그러나 실제로는 이러한 용역업무를 모두 원고의 영업부 직원들이 수행하였고, bbb는 위 계약에 따른 용역을 제공하지 않았다.
• 나) bbb는 이 사건 세금계산서를 발행할 때 판매대행수수료와 급여수수료 부분을 나누어 작성하였고, 원고는 판촉 용역 제공 사실이 인정되지 않더라도 인건비 부분은 매입세액 공제 및 손금 산입을 인정해 주어야 한다고 주장하나, 판촉업무에 대한 관리업무 등을 bbb 소속 직원이 수행한 적이 없고, 판촉사원들 또한 실질적으로 원고에 의하여 고용된 것으로 봄이 상당한 이상, 급여수수료와 관련한 부분 역시 사실과 다른 허위의 세금계산서로 봄이 상당하다(원고가 레인보우네트 워크로부터 용역을 공급받은 적이 없음에도 용역을 공급받은 것과 같은 외관을 작출하여 bbb에 용역비 명목으로 돈을 지급하고 세금계산서를 교부받은 이상, 이는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다).
• 다. ccc 관련 이 사건 중개수수료에 관한 부분

1. 관련 법리

• 가) 구 부가가치세법 제39조 제1항 제2호 는 세금계산서의 기재 내용이 사실과 다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있는바, 이 경우에 사실과 다르다는 의미는 과세의 대상이 되는 소득․수익․계산․행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다고 규정한 국세기본법 제14조 제1항 의 취지에 비추어, 세금계산서의 필요적 기재 사항의 내용이 재화 또는 용역에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등의 형식적인 기재 내용에 불구하고 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리키는 것이다(대법원 1996. 12. 10. 선고 96누617 판결 참조). 이러한 사실과 다른 세금계산서의 한 유형으로 중간자가 대금을 지급하고 재화의 공급을 받는 것과 같은 외관을 취하고 있지만 중간자의 거래는 형식에 불과하다고 볼 여지가 있는 ‘끼워넣기 거래’를 들 수 있고, 어느 일련의 거래과정 가운데 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래인지 여부는 각 거래별로 거래당사자의 거래의 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀속주체, 현실적인 재화의 이동과정, 대가의 지급관계 등 제반사정을 종합하여 개별적․구체적으로 판단하여야 한다(대법원 2012. 11. 15. 선고 2010두8263판결 등 참조).

2. 인정사실

• 가) 관련 형사사건에 유죄로 인정된 이 사건 중개수수료 관련 부분 범죄사실의 내용은 다음과 같다.

1. aaa의 조세범처벌법위반(일부) aaa은 원고의 대표이사이자 ccc의 대표자이고, sss는 hh식품 무역부 이사로서 수출입 업무를 담당하는 사람이며, 원고는 간장류 등을 제조·판매하는 법인이고, ccc는 원고가 미국으로 수출한 간장 완제품 등을 수입하여 미국시장에 판매하는 법인이며, 일본 법인 ggg는 인도 법인 uuu(000 Pvt Ltd, 이하‘uuu’)가 수출하는 인도산 탈지대두 등을 판매하는 법인이고, 대만 법인 ppp(000, 이하 ‘ppp’)은 ggg의 판매를 대리하는 법인이다. 원고는 2009년부터 2011년경까지 계열회사인 ccc를 수입대행사로 하여 간장류제품의 생산원료인 미국산 탈지대두를 수입ㆍ공급받아 사용하였다. 그러던 중 미국산 탈지대두의 품질에 논란이 일어나는 등의 문제가 생기자 2012년경부터는 인도산 탈지대두로 수입선을 대체하여 ppp으로부터 이를 수입하기로 하였는데, 이렇게 될 경우 종전까지 미국산 탈지대두의 수입대행으로 큰 수익원을 삼던 ccc의 경영수지가 크게 악화되어 존립이 위태로울 수 있다는 우려가 제기되었다. 이에 원고 대표이사인 aaa은, 원고와 ppp 사이의 새로운 거래에도 불구하고 ccc가 종전 수입대행사로서 얻고 있던 수익을 보장해 주는 방안으로서, 인도산 탈지대두의 원래 수입가격에 ccc에게 지급할 중개수수료(커미션)를 포함시켜서 ccc에게 중개수수료 상당의 자금을 지원하기로 하였다. aaa은 2012. 2.경 sss에게 원고와 ppp 사이에 간장의 원재료인 인도산 탈지대두수입계약을 체결하면서, 원고와 ppp 사이의 유통 과정에 ccc를 중간상인으로 참여시킨 후, ppp으로부터 탈지대두를 수입하는 실제 수입가격에 ccc에 지원할 중개수수료를 합산하는 방법으로 수입가격을 결정하도록 지시하고, sss는 위 지시대로 원고와 ppp 간 수입 유통 단계에 ccc를 참여시켜 ‘ppp→ccc→원고’순으로 인도산 탈지대두 수입이 순차 진행되는 구조의 인보이스 등 수출입 서류를 발행하고, ppp으로부터의 실제 수입금액에 aaa이 정해준 지원금(중개수수료)을 가산하여 원고와 ccc 간 인도산 탈지대두 수입계약서를 작성하였다. aaa과 sss는 2012. 7. 11.경 ㅇㅇ세관에서 원래는 ppp으로부터 직접 미화 00,220달러(한화 00,060,780원) 상당의 인도산 탈지대두 00톤을 수입하는 것이 가능함에도 불구하고 중간상인인 ccc를 통하여 미화 00,689.80달러(한화 00,060,835원) 상당의 인도산 탈지대두 00톤을 수입하는 내용으로 수입신고하여 수입가격을 결정한 것을 비롯하여, 그 무렵부터 2017. 10. 27.경까지 총 184회에 걸쳐 ppp으로부터 직접 미화 00,603,533.97달러(한화00,430,190,320원) 상당의 인도산 탈지대두 00,665톤을 수입하는 것이 가능함에도, 중간상인인 ccc로부터 위 인도산 탈지대두 00,665톤을 미화 00,582,689.71달러(한화00,679,209,923원)에 수입하는 내용으로 수입신고함으로써 미화 0,979,155.74달러(한화 0,249,019,603원)만큼 수입원가를 상승시키는 결과를 초래하였다. aaa은 원고의 대표이사로서, 2015. 3. 말경 00세무서에서 원고의 법인세 과세표준신고를 하면서, ① 위와 같이 원래 ppp으로부터 간장의 원재료인 인도산 탈지대두를 직접 수입할 수 있음에도 일부러 중간상인인 ccc를 통하여 수입하는 방식을 선택하여 ppp으로부터 직접 수입할 경우에 가능한 원래 수입가격보다 각각 2012년 000,848,297원, 2013년 000,270,872원, 2014년 000,921,043원 만큼 원가비용을 과다하게 기재하는 방법 등으로 (그 외 허위 인건비 계상 등 부분은 생략)... 각각 법인세를 포탈하였다.

조세범처벌법 위반 원고는 위 제1항 기재와 같은 일시, 장소에서 대표이사인 aaa이 원고의 업무에 관하여 위와 같이 조세를 포탈하는 조세범처벌법 위반행위를 하였다.

• 나) aaa은 2004. 8.경 미국 법인인 ccc를 설립하여 hh식품이 제조하는 간장류를 미국에 수입하여 판매하는 사업을 시작하였다. 원고는 2012. 5.경부터 인도산 탈지대두를 수입하여 사용해 왔는데, 그 거래형태는 원고가 ggg의 판매대리를 하는 ppp과 인도산 탈지대두 수입계약을 체결하고 그에 따라 ppp이나 대만지사에 수입대금을 지불하면, 인도에 소재하고 있는 uuu가 탈지대두를 원고에게 운송해주는 방식으로 거래가 이루어졌다.
• 다) 원고는 인도산 탈지대두의 위와 같은 실제 수입 과정과 다르게 ccc를 원고와 ppp 사이의 중간상으로 끼워 넣어, 원고가 ccc에 중개수수료를 지급하거나 ppp이 ccc에 커미션을 지급하는 것으로 무역서류를 처리하였다.
• 라) 인도산 탈지대두 수입 업무의 실제 처리 및 진행 경위는 다음과 같다.

(1) sss가 2011년경 최초로 ppp 측으로부터 연락을 받아 이를 당시 미국에서 원고의 탈지대두 수입 업무를 하던 ccc 직원인 xxx에게 전달하였고, xxx이 ppp의 직원 vvv과 전화통화를 한 차례 하였으나 그 외에 직접 연락을 주고 받은 적은 없었다. 이후 2012. 3.경 sss는 aaa의 지시를 받아 인도산 탈지대두 수입을 검토하고, 그 무렵부터 ppp의 vvv과 직접 이메일 등으로 연락하면서 가격, 품질, 수입시기 등의 계약조건 협의, 샘플 반입 및 관련 서류의 작성, 계약서 작성등 제반 업무를 처리하였다.

(2) sss는 인도산 탈지대두의 수입을 진행하면서 관련 내용을 aaa에게 쪽지로 보고하면서, xxx에게도 그 내용을 알려주거나 전달해주었다.

(3) ppp과의 첫 거래 이후로도 원고가 수사를 받게 되기까지 ppp 또는 ggg와의 협상 및 연락, 계약서ㆍ인보이스 등 관련 서류 업무, 수입대금 송금 관리등 모든 업무를 sss가 처리하였으며, 원고 직원들의 직무기술서에도 인도산 탈지대 두 수입 업무는 sss가 담당하는 것으로 정해져 있다. 000, 000 등 ccc의 직원들은 sss가 전달해주는 대로 무역 서류들에 ccc의 날인을 하여 보관하거나 ccc의 계좌에서 ppp으로 수입대금을 송금하였고, sss가 보낸 견적을 바탕으로 aaa이 정한 마진 금액을 다시 sss에게 통보하는 역할을 하였다.

(4) sss는 인도산 탈지대두 수입 업무를 진행하면서, ccc의 직원인 xxx에게 2012. 3. 23.경 ‘ggg 탈지대두 역시 미국지사의 마진 확보를 위하여 미국지사를 통하여 수입할 예정’이라고 알려주고, aaa에게 2012. 4. 26.경 ‘구매가격이 변동된다고 하더라도 (aaa이) 지시한 금액으로 미주지사의 마진은 차질없이 생기도록 하겠다’라는 취지의 보고를 하였다.

(5) ㉮ 인도산 탈지대두의 수입의 거래 및 대금지급 방식은, 최초 ‘ppp→ccc→원고’의 경로로 수입되는 것으로 하여 ccc가 원고로부터 대금을 받아 마진을 빼고 ppp에 실제 수입대금을 지급하다가 ppp 측이 대금 수령이 늦어진다고 하여, ‘ppp→원고’로 직접 수입하는 것으로 하여 ppp 측이 ccc가 받을 마진까지 모두 수입대금으로 받아 실제 수입대금을 빼고 ccc에 마진을 송금해주는 방식으로 변경되었다가, ppp 측에서 세금 및 외화도피 등의 문제를 제기하여 최초의 방식으로 다시 변경되었다. ㉯ ppp이 ccc에 마진을 지급하는 방식의 거래 기간 중 일부는 마진이 ccc가 아닌 hhUSA로 지급되기도 하였다.

(6) 이 사건 세무조사 과정에서 sss는 2018. 3. 5. ‘2012. 7.경 ccc의 무역담당 직원들이 모두 회사를 그만 두어서 그때부터 자신이 ccc의 탈지대두 수출입 업무를 대행하였다’고 진술하였다. aaa은 2018. 11. 2. ‘ccc에서 ggg라는 탈지대두 거래선을 최초로 개발하였기 때문에 일종의 거래선 발굴 수수료 명목과 무역중개 업무에 대한 대가로 이 사건 중개수수료를 지급한 것이다.ccc를 거쳐서 수입하는 것으로 업무처리를 하라고 지시하였는데, sss 이사가 원고가 직접 수입하는 것으로 계약서를 작성하여 나중에 알고 이를 다시 변경하라고 지시한 사실이 있다. sss가 수입업무를 담당한 것은 맞다. ccc는 원고로부터 수입대금을 받으면 그 금액에서 커미션을 공제하고 ggg로 송금한다. 위 (5)항과 같은 거래방식 변경에 대한 보고를 받고 거래의 실질내용이 변경되는 것이 없기 때문에 거래방식을 바꾸는 것은 큰 문제가 없다고 판단했다’고 진술하였다.

• 마) ccc의 마진은 매 거래시마다 aaa의 지시 및 결정에 따라 임의로 정해졌으며, 그 마진율도 상당 부분이 20~30% 정도로 통상의 중개무역 수수료보다꽤 높은 편이었다. 그로 인하여 hh식품은 국내에서 같은 원료를 수입하는 다른 회사들의 경우보다 인도산 탈지대두의 수입가격이 훨씬 높아졌다.
• 바) 이 사건 세무조사 과정에서 원고는 ‘2011. 11. 5.자로 작성된 ccc사이에 작성된 커미션 계약서’를 제출하였는데, 그 작성시기와 내용이 2012. 3.경부터 본격적인 검토와 협상이 시작된 인도산 탈지대두의 실제 수입과정과 차이가 있고, sss는 위 계약서의 진정성립을 부정하였다. [인정근거] 앞서 거시한 증거, 변론 전체의 취지

3. 구체적 판단 위 인정사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합해 보면, 원고는 실제로는 ppp으로부터 직접 인도산 탈지대두를 수입하면서도, 원고의 계열회사인 ccc에 자금을 지원할 목적에서 이른바‘끼워넣기 거래’를 통해 ccc가 탈지대두 수입거래를 중개하는 것처럼 외관을 갖추었다고 봄이 타당하므로, 위 거래에 관한 세금계산서 중 이 사건 중개수수료에 해당하는 부분은 그 기재내용이 사실과 다른 세금계산서에 해당한다. 따라서 원고의 주장은 이유 없다.

• 가) 관련 형사사건에서는 이 사건 중개수수료 지급으로 인한 조세범처벌법위반 (법인세 포탈)의 범죄사실을 유죄로 인정하면서, 그 이유로 ‘이 사건 중개수수료는 원고가 같은 계열회사인 ccc에 자금을 지원할 목적에서 지급한 것이어서 법인세법 제19조 제2항 이 정당한 손비로서 예정하고 있는그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 일반적으로 인정되는 통상적인 손실 또는 비용으로서 수익과 직접 관련되는 것이라고 보기는 어렵고, 원고도 이러한 사실을 알고 중개수수료에 대해 있는 그대로 신고하지 않았을 것이다’는 사정을 들었다.
• 나) 원고는 ppp으로부터 인도산 탈지대두 수입하는 거래를 하면서 ccc가 중개를 하는 거래구조를 구성함으로써 같은 재화를 오히려 더 비싼 가격에 구입한 결과가 초래되었는바, ccc에 대한 경제적 이익 공여 목적 외에는 원고가위 거래에서 ccc를 통하여 탈지대두를 공급받아야 할 특별한 이유를 찾아볼 수 없다.
• 다) 앞서 본 구체적인 거래 경위 등에 비추어 보면, 원고는 기존 미국산 탈지대두를 수입ㆍ공급받아 사용할 때는 ccc를 수입대행사로 하였지만, 인도산 탈지대두로 대체하면서는 공급업체의 판매대리 법인인 ppp과 직접 수입업무를 처리하였으므로 별도의 중개나 수입대행사가 필요하지 않은 상황이었음에도, 수입대행을 큰 수익원으로 삼던 ccc의 경역 악화 우려 때문에 이 사건 중개수수료를 지급할 목적으로 수입거래를 중개하는 듯한 거래구조를 갖춘 것으로 보이나, 실질적인 관련 업무는 원고의 직원인 sss가 담당하여 수행하였고, ccc는 증빙서류 발급과 서류 수령, 송금 등의 기계적인 역할을 하였을 뿐, 무역중개업무를 한 것으로 볼 수는 없다.
• 라. 과세전적부심사 재조사결정에 따라 재처분한 부분의 위법 여부 원고가 청구한 과세전적부심사 결과 2019. 3. 13. 이루어진 재조사결정의 내용은 ’이 사건 세무조사 당시 자료제출 미비로 부인된 법인카드 사용액 0,000,000,000원과 수입승용차 유지․관리비 중 000,000,000원의 업무 관련 여부에 대해 재조사하라‘는 것인데, 피고 00세무서장이 위 재조사결정에 따라 업무관련성 여부를 다시 조사한 부분은 위 과세전적부심사 청구액 부분에 국한되었고, 조사결과 위 금액 중 업무관련성이 인정되고 정상 일반경비로 분류된 0,000,000,000원은 전액 업무관련 비용으로 손금인정하고, 업무관련성이 인정되지만 접대비로 분류된 000,000,000원은 한도초과에 해당되어 손금불산입하였으며, 업무관련성이 인정되지 않은 비용 004,000,000원에 대하여는 대표자 상여처분을 한 것은 앞서 본 바와 같으므로, 위와 같이 재조사 이후 이루어진 재처분은 재조사결정의 범위를 내에서 이루어졌다. 따라서 이와 다른 전제에서 한 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

그렇다면 원고의 피고들에 대한 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.