VAT 과세표준에 포함된 Gross-up(법인원천세) 위법 여부 및 해외이용수수료의 부가가치세 대리납부 대상여부

사 건 2020구합78520 부가가치세 경정거부처분 취소 원 고 ㈜ AA은행 외 4 피 고 FF세무서장 외3 변 론 종 결 2025.07.21. 판 결 선 고 2025.08.18.

1. 피고 FF세무서장이 원고 주식회사 AA은행에 한, 피고 GG세무서장이 원고 CC카드 주식회사, 주식회사 DD은행에 한, 피고 HH세무서장이 원고 주식회사 JJ뱅크에 한 별지 1 [표] 기재 부가가치세 경정거부처분 중 ‘청구 인용 부분’란 기재 부분을 각 취소한다.

2. 원고 주식회사 AA은행, CC카드 주식회사, 주식회사 DD은행, 주식회사 JJ뱅크의 각 나머지 청구 및 원고 BB카드 주식회사의 청구를 각 기각한다.

3. 소송비용 중 원고 AA은행과 피고 FF세무서장 사이에 생긴 부분의 85%는 원고 AA은행이, 나머지는 피고 FF세무서장이, 원고 BB카드 주식회사와 피고 GG세무서장 사이에 생긴 부분은 원고 BB카드 주식회사가, 원고 CC카드 주식회사와 피고 GG세무서장 사이에 생긴 부분의 90%는 원고 CC카드 주식회사가, 나머지는 피고 GG세무서장이, 원고 주식회사 DD은행과 피고 GG세무서장 사이에 생긴 부분의 70%는 원고 주식회사 DD은행이, 나머지는 피고 GG세무서장이, 원고 주식회사 JJ뱅크와 피고 HH세무서장 사이에 생긴 부분의 90%는 주식회사 JJ뱅크가, 나머지는 피고 HH세무서장이 각 부담한다. 청 구 취 지 피고들이 원고들에게 한 별지 [1] 표 기재 부가가치세 경정거부처분 중 ‘취소를 구하는 세액’란 기재 각 부가가치세 경정거부처분을 모두 취소한다.

• 가. 원고들(이하 주식회사는 생략한다)은 2002년 이전에 미합중국 법인인 KK 인코퍼레이티드(KK Incorporated)와 사이에 회원자격 협약을, 2011년경부터 KK 인코퍼레이티드가 싱가포르 지주회사를 통하여 100% 지분을 보유한 싱가포르 법인인 KK 아시아/퍼시픽 피티이 리미티드(KK Asia/Pacific Pte. Limited, 이하 KK 인터내셔널 인코퍼레이티드와 통칭하여 ‘KK사’라 한다)와 사이에 회원자격협약을 각 체결하였다.
• 나. 원고들은 회원자격협약에 따라 KK사에 다음과 같은 분담금(이하 통틀어‘이 사건 분담금’이라 한다)을 지급하였다. [표 생략]
• 다. 또한 원고들은 KK사, 미국법인인 LL Inc., 싱가포르법인인 LL Worldwide Pte. Ltd., 미국법인인 MM Ltd., NN International Ltd. 및 일본국법인인 PP Co. Ltd.(이하 위 각 법인을 통틀어 ‘이 사건 해외카드들’이라 한다)에 해외이용수수료(각 해외카드사들의 카드 소지자가 해외에서 카드 결제를 하거나 해외 ATM을 통해 카드대출을 받는 경우 결제 또는 대출 금액의 1~1.5%로 산정되는 수수료), 긴급 대체카드 서비스, 긴급 현금서비스 등 기타수수료(이하 통틀어 ‘이 사건 기타수수료’라 한다)를 지급하여 왔다.
• 라. 원고들은 2014년 제2기부터 2015년 제2기까지 KK사 등 이 사건 해외카드사들에게 지급한 이 사건 분담금 및 기타수수료에 관한 부가가치세를 대리납부한 후 2019. 12. 10.부터 2020. 1. 15.까지 사이에 피고들에게 별지1 [표] ‘최초 경정청구액’란 기재 금액의 환급을 구하는 경정청구(이하 ‘이 사건 경정청구’라 한다)를 하였으나, 피고들은 같은 표 ‘경정거부처분일’에 이를 거부하였다(이하 이를 합하여 ‘이 사건 거부처분’이라 하고, 이 사건 거부처분 대상 과세기간을 ‘이 사건 과세기간’이라 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제6 내지 13호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

별지 2 기재와 같다.

3. 이 사건 분담금에 관한 부가가치세 과세표준 산정의 위법 여부

• 가. 관련 규정 및 관련 법리 부가가치세법 제29조 제1항 은 “재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.”라고 규정하고, 제3항은 “제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다.”라고 규정하면서 제1호에서 ‘금전으로 대가를 받는 경우: 그 대가’를 들고 있다. 이에 따르면 부가가치세의 과세표준이 되는 공급가액이란 금전으로 받는 경우 재화나 용역의 공급에 대가관계가 있는 가액 곧 그 대가를 말하므로, 그 실질이 재화나 용역의 공급과 대가관계에 있지 않은 금전 또는 금전적 가치가 있는 것은 부가가치세의 과세표준이 되는 공급가액에 포함될 수 없다(대법원 1984. 3. 13. 선고 81누412 판결, 대법원 1997. 12. 9. 선고 97누15722 판결, 대법원 2019. 9. 10. 선고 2017두61119 판결 등 참조).
• 나. 주위적 주장[(법인세 원천징수세액 및 그로스-업 관련 주장)에 관한 판단

1. 원고들(원고 BB카드는 제외한다. 이하 3. 나.항에서는 이와 같다) 주장의 요지 국내 카드사들에 2007년부터 이 사건 분담금 관련 원천징수 법인세(이하 ‘원천세’라 한다)가 과세된 이후, 피고들이 KK사의 원천세를 원고들이 실제 부담한다고 보아 부가가치세 대리납부 과세표준을 ‘실제 지급액/(1 - 원천세율15%)’로 그로스-업하여 과세하였고, 그 후 원고들은 같은 방식으로 대리납부 과세표준을 계산하여 신고하였다. 그러나 실제 KK사가 원천세를 부담하므로, 대리납부 과세표준이 과다하게 산정되어 위법하다.

2. 인정사실

• 가) 라이선스 계약의 체결 및 그 내용 QQ연합회는 1982. 9. 1. 원고들을 비롯한 KK사의 국내회원사들(이하 ‘국내회원사들’이라 한다)을 대표하여 KK사와, KK사의 마크 및 상표 사용에 관한 기본적인 사항 등을 담은 라이선스 계약을 체결하였다. 라이선스 계약 제15조에는 ‘국내회원사들은 KK사의 라이선스를 이용하는 국가에서 부과된 모든 세금을 납부(pay)하여야 하고, 해당 세금을 공제하지 않은 분담금을 KK사에 납부하여야 한다’고 규정되어 있다(이하 ‘이 사건 라이선스 약정’이라 한다).
• 나) 용역의 제공 및 원천세의 징수, 납부

① 국내에 고정사업장을 두고 있지 않은 KK사는 국내회원사들에 해외결제 네트워크 시스템을 통한 결제 처리용역(이하 ‘이 사건 용역’이라 한다)을 제공하고, 국내회원사들은 KK사에 이 사건 용역 제공의 대가로 이 사건 분담금을 지급하였다.

② 국내회원사들은 2007년경까지 이 사건 분담금에 관하여 법인세를 원천징수하여 납부하지 않았다.

③ 대한민국 과세관청은 2008년 1월경부터 ‘KK사가 2002. 6. 28. 영리법인으로 조직이 변경(KK사는 각 국의 카드사 등을 회원으로 하는 협회 성격의 비영리법인이었다가 2002. 6. 28. 영리법인으로 조직이 변경됨)된 이후에는 이 사건 분담금이 KK사의 상표 사용의 대가로서 사용료소득에 해당하여 법인세 원천징수 대상이다’는 이유로 국내회원사들에게 2002년 이후의 법인세를 각 경정․고지하였다. 국내회원사들은 대한민국 과세관청의 세무조사를 거쳐 2008년 이후의 법인세 및 지방소득세 법인세분(합계 16.5%)을 원천징수하여 원천세를 납부하게 되었고, 그 기간 동안 KK사에는 원천세를 공제하지 않은 용역대금을 지급하였다(2002년부터 2007년까지의 원천세는 대한민국 국세청과 미국 국세청의 상호합의 절차를 거쳐 2015년 이후 추가 납부가 이루어졌다).

④ 대한민국 과세관청은 2013. 1.경부터 KK사에 지급하는 분담금 및 기타수수료도 국내에서 소비한 용역의 공급대가로서 부가가치세 대리납부 대상에 포함된다고 보고, 국내회원사들에 KK사 기타수수료 등에 관하여 2007년 제2기 확정신고분부터 증액경정 과세처분을 하였다. 이에 원고들은 이 사건 분담금 및 기타수수료 등에 대해 자진하여 부가가치세 대리납부신고를 한 후, 이 사건 경정청구를 하기에 이르렀다.

• 다) 과세처분에 대한 국내회원사들과 KK사의 대응 및 조치

① 국내회원사들은 2008년경부터 이 사건 분담금이 사용료소득이 아닌 사업소득이어서 원천징수 대상이 아니라는 이유로 부가가치세 및 법인세 부과처분을 다투는 조세심판 및 행정소송을 제기하였다. KK사 역시 2008년경부터 국내회원사들의 법인세 원천징수에도 불구하고 이 사건 분담금이 사업소득으로서 원천징수 대상이 아니라는 입장을 고수하였고, 국내회원사들에 ‘대한민국과 미국 국세청 간 상호 합의절차를 진행하는 등 원천세 관련 분쟁의 근본적인 해결을 위해 노력 중이고, 만약 국내회원사들이 원천세를 납부할 수밖에 없게 되는 경우에는 2002년 7월부터 2007년 6월까지의 원천세를 환급해주겠다. 또한 2007년 7월 이후의 원천세를 환급하겠다.’는 입장을 밝혔다(갑 제9호증). KK사는 2011년경부터 과세관청을 상대로 법인세의 환급을 구하는 경정청구를 하고, 그 경정거부처분을 다투는 조세심판 및 행정소송을 진행하였다.

② 대한민국 및 미합중국 과세당국 사이에 2011년 1월~6월분에 대한 상호합의 절차가 완료됨에 따라 원고들이 납부한 원천세 중 일부가 국세청으로부터 국내회원사들에게 환급되었는데, KK사는 2023. 4. 28.경 국내회원사들에게 ‘환급받을 세액 및 관련 지연이자는 KK사가 고객사에게 100% 보전하여 드린 원천징수 법인세와 관련된 것입니다.…귀사가 국세청으로부터 전달받은 해당 세액 환급 통지서 및/ 혹은 이미 환급받은 세액 및 이자 금액을 알려주면 KK사가 해당 환급세액 및 지연이자를 전달받는 절차를 진행하는 데 큰 도움이 되겠습니다’는 내용의 서한을 보냈다(갑 제27호증).

③ 원고 BB카드는 국내회원사들의 KK사에 대한 분담금 및 원천세 정산업무를 일부 담당하였다. 원고 BB카드는 2016. 1. 13. 원고 AA은행, CC카드, JJ뱅크 등의 담당자를 수신자로 하여 보낸 공문에서, 2015년 4분기 국제카드 부가가치세 대리납부 자진신고납부 관련 사항을 통지하였는데, ‘그로스업은 ○○지방국세청 적용기준 준용’할 것을 안내하였다(갑 제11호증, 이하 ‘원고 BB카드의 2016. 1. 13.자 통지’라 한다).

④ 국내회원사들의 원천세 납부에도 불구하고 국내회원사들과 KK사는 이 사건 용역의 양이나 내용을 정함에 있어서 원천세 납부 사정을 반영하지 않았고, KK사가 국내회원사들로부터 실제로 지급받은 용역대금 역시 원천세와는 무관하게 이 사건 용역의 양(KK 소지자의 국내 또는 국외 거래금액)에 비례하여 정해졌다.

⑤ KK사는 2002년 이후 기간의 원천세 상당액을 국내회원사들에 보전해주는 절차를 진행하였다.

• 라) 관련 대법원 판결의 선고 대법원은 2022. 7. 28. 국내회원사들이 제기한 부가가치세경정거부처분취소 사건 및 KK사가 제기한 법인세경정거부처분취소 사건에서 이 사건 분담금 중 발급사분담금은 상표권 사용의 대가로서 법인세 원천징수 대상에 해당하지만 발급사일일분담금은 국내회원사들이 발급한 신용카드의 국외 사용이 가능하도록 제공한 포괄적 역무 제공의 대가로서 국내원천소득에 해당하지 않아 법인세 원천징수 대상이 아니라는 내용의 판결을 선고하였다(대법원 2022. 7. 28. 선고 2019두35282, 2019두52706, 이하 ’관련 대법원 판결‘이라 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 앞서 든 증거들, 갑 제5 내지 16, 25 내지 32호증, 을 제1내지 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 구체적인 판단

• 가) 피고들은, 이 사건 라이선스 계약에 따라 해외카드사가 아닌 원고들이 이 사건 분담금에 관한 원천세를 부담하였으므로, 이는 이 사건 분담금의 일부로 지급된 것으로서 부가가치세 대리납부 과세표준 산정시 원천세를 그로스업하여 산정하여야 한다고 주장한다. 원고들이 원천세를 납부하면서 KK사로부터 원천세액을 실제로 징수하지 않았다고 하더라도, 그 원천세의 실질이 이 사건 용역 제공과 대가관계에 있지 않다면 이는 부가가치세 과세표준이 되는 공급가액에 포함될 수 없다.
• 나) 원고들과 KK사가 원고들이 납부한 원천세 상당을 이 사건 용역 제공의 대가로 인식했다고 보기 어렵다.

○ 원고들이 2008년경부터 법인세를 원천징수하여 납부하였지만, 이는 과세관청의 과세처분에 따른 부득이 한 조치였다. 원고들과 KK사는 과세처분에 맞서 이 사건 분담금이 원천세 징수대상이 아니라고 주장하였고, 그 주장 중 발급사일일분담금에 관한 부분은 관련 대법원 판결에서 받아들여지기도 했다.

○ KK사는 이 사건 과세기간 전부터 원고들에게 원천세 환급의사를 밝혔을 뿐 아니라 국내회원사들에 원천세 환급절차를 진행하였다. 특히, KK사는 2023. 4. 28. 자 레터를 통해 국내카드사들에 한-미 과세당국 간 상호합의를 통해 일부 환급받을 원천세에 관하여 이는 KK사가 100% 부담하였던 것임을 이유로 환급된 부분을 KK사에 전달해 달라고 요청하기도 하였다.

○ KK사가 원천세의 부담을 실질적으로 원고들에게 전가함으로써 그에 상응하는 경제적 이익을 직접 취득하겠다는 의사를 갖고 있었다고 볼 수 없다.

• 다) 이 사건 라이선스 약정을 근거로 원고들이 납부한 원천세와 이 사건 용역 사이에 직접적 대가관계가 있다고 볼 수도 없다. 원고들이 KK사를 대신하여 이 사건 분담금에 대한 원천세를 최종 부담하였다거나 부담할 의무가 있다고 보기 어려우므로, 원천세는 이 사건 용역 제공에 대한 대가에 해당한다고 볼 수 없다.

○ 이 사건 라이선스 약정은 세금 납부에 관한 합의사항일 뿐 이 사건 용역거래와는 직접 관련이 없다. 이 사건 라이선스 약정에도 불구하고 원고들과 KK사는 원천세를 용역대금에 반영하거나 그 세액에 따라 용역의 양을 조절하는 등 거래에 관한 주요 내용을 특별히 다르게 정하지 않았다.

○ 이 사건 라이선스 약정의 문언에 의하더라도, 원고들이 이 사건 분담금과 관련하여 발생한 세금을 대한민국 과세관청에 납부해야 할 책임을 지는 것을 넘어서 KK사에 대한 구상권마저 포기하여 세금을 종국적으로 부담하는 것으로 해석하기 어렵다. 향후 부과될 세금의 종류, 내용, 세액 및 과세처분에 대한 불복 여부 등을 알 수 없는 상황에서 아무런 조건 없이 모든 세금의 종국적인 부담 주체를 국내회원사들로 정할 합리적인 이유나 동기를 찾을 수 없다. 더구나 이 사건 라이선스 계약 체결 당시에는 해외카드사가 비영리법인이었던 관계로 과세관청이 국내카드사가 해외카드사에 지급하는 분담금에 대해 원천세를 과세하지 않았으므로, 원천세가 국내에서 부과될 것으로 예상할 수 없었다.

○ 이 사건 라이선스 약정에서 국내회원사들로 하여금 세금을 공제하지 않은 대금을 KK사에 지급하도록 정한 부분 역시 원활한 거래관계 유지를 위한 수단일 뿐 향후 내부적인 정산까지 배제하는 취지라고 볼 수 없다. KK사가 이 사건 분담금에 대한 원천세를 부담하였다고 하여 이 사건 라이선스 계약 제15조의 내용을 변경하는 것이라고 볼 수 없다.

• 라) 그럼에도, 원고들이 제출한 그로스업 세부 내역, 대리납부 세부 내역(갑 제15, 16, 25, 26호증), 부가가치세 대리납부신고서(을 제1호증), 원고 BB카드의 2016. 1. 13. 자 통지 내용 및 이 사건 경정청구 경위 등에 비추어 보면, 원고들은 이 사건 분담금에 원천세를 그로스업 방식으로 더한 금액을 부가가치세 과세표준이 되는 공급가액으로 산정하여 이 사건 과세기간에 부가가치세 대리납부신고를 한 사실이 인정된다.
• 마) 따라서 이 사건 분담금 관련 원천세를 부가가치세 과세표준이 되는 공급가액에 포함할 수 없다. 이 사건 처분 중 이와 다른 전제에서 이루어진 별지 1 [표]의 ’청구 인용 부분‘란 기재 부분은 위법하다[이 사건 분담금에 관한 원고들의 주위적 주장을 받아들이는 이상 예비적 주장(발급사일일분담금에 대한 원천세는 부가가치세 과세표준에서 제외되어야 한다는 주장)에 대해서는 더 나아가 판단하지 아니한다].

4. 해외이용수수료에 관한 부가가치세 과세표준 산정의 위법 여부

• 가. 원고들의 주장 해외이용수수료는 카드 소지자가 이 사건 해외카드사들에 직접 부담하는 것이고, 원고들은 단순히 이를 수취하여 보관하다가 이 사건 해외카드사들에 전달한 것에 불과하다. 해외이용수수료는 원고들이 공급받은 용역의 대가로 지급된 것이 아니어서 부가가치세 대리납부 대상이 아니다.
• 나. 해외이용수수료의 성격 앞서 든 증거들과 갑 제8, 17 내지 22호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정할 수 있는 아래와 같은 사실 내지 사정을 종합하면, 해외이용수수료는 원고들이 공급받은 용역의 대가로 KK사에 지급한 것으로서 부가가치세 대리납부 대상에 해당한다고 봄이 타당하다. 이에 반하는 원고들의 주장은 받아들이지 아니한다.

① 원고들은 고객 약관에 신용카드 해외이용시 거래금액의 1% 내외에 해당하는 해외이용수수료가 함께 청구됨을 명시하면서 ‘해외이용수수료(국제브랜드수수료)는 이 사건 해외카드사들이 카드사에 부과하는 수수료’라는 내용을 기재하였다. 원고들의 홈페이지나 상품 안내장 등을 보더라도 해외이용수수료가 이 사건 해외카드사들이 카드소지자에게 직접 부과하는 수수료라는 내용은 찾아볼 수 없다.

② 이 사건 해외카드사들의 매뉴얼에도 국내회원사들에 대하여 해외이용수수료를 부과한다는 내용만 기재되어 있을 뿐 해외이용수수료를 카드 소지자에게 직접 부과한다는 내용은 기재되어 있지 않다.

③ 이 사건 해외카드사들이 국내회원사들에 제공하는 역무의 주된 내용은 해외 결제 네트워크 시스템을 통한 해외거래승인에 관한 정보의 수수, 대금의 정산과 결제 등에 관한 서비스이다. 해외이용수수료 발생의 기초가 되는 해외 신용카드 결제나 단기카드대출 역시 그와 같은 시스템을 통해 이루어지는 서비스이다.

원고 한국AA은행, CC카드, DD은행, JJ뱅크의 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 기각하며, 원고 BB카드의 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.