이 사건 토지 중 1/2 지분을 무상으로 이전받아 그 시가에 상응하는 순자산이 증가하였는지 여부

사 건 2020구합77978 법인세부과처분취소 원 고

○○해운 주식회사 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2022. 4. 12. 판 결 선 고

2022. 5. 17.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2018. 10. 4. 원고에게 한 2014 사업연도 법인세 000원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

• 가. 1, 2차 계약

1. 당사자 지위

• 가) 원고는 AA 주식회사(이하 주식회사 명칭은 모두 생략한다)의 자회사로, AA의 대표이사인 김○○이 두 회사를 실질적으로 운영하고 있다.
• 나) BB은 CC의 대표이사 겸 대주주이고, DD은 CC의 자회사이다.

2. AA과 CC, BB 사이의 1차 계약

• 가) AA은 2012. 10. 29. CC및 BB과, BB 소유인 부산 ○○구 ○○동 산○○ 임야 000㎡ 토지(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)와 관련된 계약을 체결하였다(이하 ‘1차 계약’이라 한다). 당시 AA, CC및 BB은, ① BB이 AA에게 이 사건 토지 중 1/2 지분을 6억 원에 매도하고, ② CC은 AA에게 이 사건 토지 지상에 부○○건설계획 제안서를 작성하고 기본설계를 하는 용역을 제공하고 그 대가로 14억 원을 지급받기로 하는 내용의 계약서(갑 제2, 3호증)를 각각 작성하였다(이하 BB과 CC을 통틀어서는 ‘BB 등’이라 한다).
• 나) AA은 2012. 11. 5. 및 2012. 12. 12. BB 등에게 20억 원(=6억 원+ 14억 원)을 모두 지급하였다.
• 다) AA은 2012. 10. 30. BB 등과 이 사건 토지에 관하여 채권최고액 16억 원의 근저당권설정계약을 하고 2012. 11. 5. 부산지방법원 2012. 11. 5. 접수 제00호로 근저당권설정등기를 마쳤다. AA은 2012. 12. 11. BB 등과 채권최고액 24억 원의 추가 근저당권설정계약을 하고, 부산지방법원 2012. 12. 12. 접수 제00호로 추가 근저당권설정등기를 마쳤다.

3. 원고, CC사이의 2차 계약 원고와 CC은 2013. 9. 12. CC이 보유하는 DD 주식 중 50%인 316,000주를 18억 4,860만 원에 매도하기로 하는 계약을 체결하였다(이하 ‘2차 계약’이라 한다). 원고는 2013. 9. 13. 및 2013. 9. 16. CC등에게 위 매매대금 중 15억8,000만 원을 지급하였다.

• 나. 이 사건 합의 등

1. CC등은 1, 2차 계약을 모두 이행하지 아니하였다.

2. 원고, CC, BB은 2014. 7.경, BB이 이 사건 토지 전부를 원고에게 총 12억 원에 매도하되, 그 매매대금은 2차 계약이 이행되지 않음으로써 CC등이 원고에게 반환하여야 하는 15억 8,000만 원 중 12억 원의 반환에 갈음하여 지급된 것으로 하는 토지매매계약서(갑 제10호증)를 작성하였다(이하 ‘쟁점 매매계약’이라 한다). 또한 원고, AA, CC, BB은 그 무렵 ‘원고, AA, CC, BB 사이에는 각자 1, 2차 계약 및 쟁점 매매계약이 존재함을 확인하며, 쟁점 매매계약에 따라 이 사건 토지에 관한 소유권이전등기가 마쳐지는 것을 조건으로, 원고와 AA는 더 이상 1, 2차 계약에 따라 BB과 CC에 가지고 있는 모든 잔여채권을 청구하지 않기로 하며, CC과 BB은 이를 제3자에게 유출하거나 공개하지 않는다.’는 내용으로 4자 합의를 하였다(이하 ‘이 사건 합의’라 한다).

3. BB은 2014. 7. 21. 원고에게 이 사건 토지에 관한 소유권이전등기를 마쳐주었고, 2014. 9. 30. 서초세무서에 이 사건 토지를 쟁점 매매계약에 따라 원고에게 12억 원에 양도한 것처럼 2014년 귀속 양도소득세를 신고하였다.

4. AA은 이 사건 합의에 따라 CC등에게 더 이상 청구하지 못하게 된 1차 계약에 따른 20억 원의 반환채권과 관련하여, 회계장부에 원고에 대한 장기선급금 20억 원을 계상하였다.

• 다. 이 사건 처분 등

1. 서울지방국세청은 2018년 5월경 1, 2차 계약, 쟁점 매매계약 및 이 사건 합의와 관련하여 원고, AA, BB 등에 대한 조사를 실시하였다.

2. 서울지방국세청장은 이 사건 토지의 매매대금은 사실 40억 원이었고 AA이 그 중 20억 원, 원고가 그 중 20억 원(= 2차 계약에 따라 지급한 15억 8,000만원 + 별도로 BB에게 빌려준 4억 2,000만 원)을 각각 부담한 것임에도, 원고, CC, BB이 2014. 7.경 이 사건 토지의 매매대금이 12억 원인 것처럼 쟁점 매매계약을 체결하고 이에 따라 매매계약서(갑 제10호증)을 작성하였다고 판단하여 2019. 10. 30. BB을 특정범죄가중처벌 등에 관한 법률위반(조세)혐의로 형사고발하고, 관할 세무서장에게 이를 통보하였다. 또한 서울지방국세청장은 AA이 이 사건 합의를 통해 CC 등에 대한 20억 원의 반환채권을 포기하는 대신 BB으로 하여금 2014. 7. 21. 이 사건 토지 전부에 관하여 원고 앞으로 소유권이전등기를 마쳐 주게 하여 자회사인 원고에게 이 사건 토지 중 1/2 지분에 상응하는 20억 원의 이익을 분여하고 원고는 같은 액수 상당의 이익을 얻었다고 보아 이를 관할세무서장들에게 통보하였다.

3. AA의 관할 과세관청은 법인세법상 부당행위계산부인 규정을 적용하여 AA의 소득금액을 조정하고 2014 사업연도 법인세를 경정‧고지하였다. AA은 위 경정처분에 대하여 다투지 아니하였다.

4. 원고의 관할 과세관청인 피고는 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제15조 제1항, 구 법인세법 시행령(2015. 2. 3. 대통령령 제26068호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제11조에 따라 자산수증이익 20억 원을 원고의 2014 사업연도 익금에 산입하여 2018. 10. 4. 원고에게 2014 사업연도 법인세 000원(가산세 포함)을 부과‧고지하는 처분을 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

5. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2018. 12. 28. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2020. 6. 19. 기각결정을 받았다.

6. 한편, BB은 특정범죄가중처벌 등에 관한 법률위반(조세) 혐의로 기소되어 2022. 1. 21. 서울중앙지방법원에서 유죄판결을 선고받았다. BB은 이에 불복하여 항소하였고, 현재 항소심이 계속 중이다(이하 위 사건을 ‘관련 사건’이라 하고, 위 1심 판결을 ‘관련 판결’이라 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 13호증, 을 제6 내지 8호증(가지번호 있는 경우에는 각 가지번호를 포함한다, 이하 같다)의 각 기재 및 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 요지 이 사건 합의 당시 원고, AA, BB은 원고와 AA이 1, 2계약의 미이행에 따른 약 40억 원의 반환채권을 BB 등에게 직접 청구하지 않는 대신 BB은 이 사건 토지 전부에 대한 소유권이전등기를 마쳐 주고, 원고는 BB 등의 AA에 대한 20억 원의 반환채무를 면책적으로 인수하기로 합의하였다. 이에 따라 AA은 여전히 원고에게 20억 원의 채권을 가지고 있다. 비록 AA이 원고에게 20억 원의 지급을 독촉하지는 아니하였지만, 이는 원고와 AA이 모자회사이고 위 20억 원의 반환채무가 이 사건 토지에 관하여 2012. 11. 5. 및 2012. 12. 12. 각각 마쳐진 근저당권설정등기의 피담보채무로써 담보되고 있기 때문이었다. AA은 원고에 대하여 20억 원의 반환채무에 관한 채무면제의 의사표시를 명시적‧묵시적으로 한 바 없고, AA의 회계장부에는 원고에 대한 20억 원의 채권이 장기선급금으로 반영되어 있다. 따라서 원고가 AA으로부터 무상으로 이 사건 토지 중 1/2 지분에 상응하는 20억 원 상당의 이익을 얻었다고 보기 어렵다. 만약 원고가 AA에 대한 20억 원의 채무를 인수하지 않았더라도, 처분문서인 쟁점 매매계약서에 이 사건 토지의 거래가액이 12억 원으로 기재된 점, 1, 2계약 및 쟁점 매매계약의 내용 및 각 계약에 이르게 된 경위 등에 비추어 이 사건 토지의 시가가 40억 원에 달한다고 단정하기 어렵고, AA이 이 사건 합의에 따라 BB 등에 대한 20억 원의 반환채권 또는 이에 갈음하는 이 사건 토지 중 1/2 지분에 관한 소유권이전등기청구권을 포기하는 경우 이익을 얻은 것은 원고가 아니라 1차 계약의 상대방인 BB 등이므로, 원고가 AA으로부터 20억 원 상당의 자산을 무상으로 받았다고 보기도 어렵다. 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 관련 규정 및 법리

• 가) 구 법인세법 제15조 제1항 은 해당 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 발생하는 수익의 금액을 익금으로 한다고 규정하고, 같은 조 제3항은 수익의 범위와 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다고 규정하며, 구 법인세법 시행령 제11조 제5호 는 무상으로 받은 자산을 수익의 범위로 규정하고 있다. 또한 구 법인세법 제41조 제1항 제1호 는 내국법인이 취득한 자산의 취득가액에 대하여 매입가액에 부대비용을 더한 금액으로 규정하면서 제2항에서 자산의 취득가액의 계산에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다고 규정하고, 구 법인세법 시행령 제72조 제2항 제6호 는 그 밖의 방법으로 취득한 자산의 취득가액은 취득당시의 시가로 한다고 규정한다. 따라서 법인이 현금 이외의 자산을 무상으로 받은 경우에는 그 시가가 익금에 산입되어 법인세의 과세표준에 포함된다. 구 법인세법은 부당행위계산의 부인과 관련된 제52조 제2항에서 ‘건전한 사회통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격’을 시가로 정의하고 있는데, 이는 일반적이고 정상적인 거래에 의하여 형성된 객관적인 교환가치를 의미하며(대법원 2004. 9. 23. 선고 2002두1588 판결), 상속재산의 평가와 관련하여 시가주의를 선언하고 있는 상속세 및 증여세법 제60조 제2항 도 마찬가지로 해석된다(대법원 2010. 1. 14. 선고 2007두23200 판결등 참조).
• 나) 처분문서의 진정성립이 인정되는 이상 법원은 반증이 없는 한 그 문서기재 내용에 따른 의사표시의 존재 및 내용을 인정하여야 하나, 처분문서라 할지라도 그 기재내용과 다른 특별한 명시적, 묵시적 약정이 있는 사실이 인정될 경우에는 그 기재내용과 다른 사실을 인정할 수도 있고, 또 작성자의 법률행위를 해석함에 있어서도 경험칙과 논리칙에 어긋나지 않는 범위 내에서 자유로운 심증으로 판단할 수 있다(대법원1991. 7. 12. 선고 91다8418 판결 등 참조). 또한 과세관청이 세무조사를 하는 과정에서 납세의무자로부터 일정한 부분의 거래가 가공거래임을 자인하는 내용의 확인서를 작성받았다면 그 확인서가 작성자의 의사에 반하여 강제로 작성되었거나 혹은 그 내용의 미비 등으로 인하여 구체적인 사실에 대한 입증자료로 삼기 어렵다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 확인서의 증거가치는 쉽게 부인할 수 없다(대법원 2002. 12. 6. 선고 2001두2560 판결 등 참조).

2. 이러한 법리를 토대로, 앞서 인정한 사실관계 및 앞서 든 각 증거에 의하여 알수 있는 다음과 같은 사실들 내지 사정들을 종합적으로 살펴보면, 원고, AA, BB 등이 정한 이 사건 토지의 시가는 40억 원이고 그 중 20억 원은 AA이 그 중 20억 원은 원고가 실질적으로 각각 부담하였음에도, 원고, AA, BB 등은 이 사건 합의를 통하여 AA이 BB 등에 대한 20억 원의 채권 행사를 포기하는 대가로 BB 등이 그 취득가액의 1/2만을 부담한 원고에게 이 사건 토지 전부에 관한 소유권이전등기를 마쳐 주도록 하였으며, 원고는 이 사건 합의에 따라 이 사건 토지 중 1/2 지분을 무상으로 이전받아 그 시가에 상응하는 20억 원의 순자산이 증가하였으므로, 이는 구 법인세법 제15조 제1항 에 따라 원고의 2014 사업년도 익금으로 산입된다. 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 받아들이지 않는다.

① 1차 계약 당시 AA과 BB 등 사이에 작성된 각 계약서(갑 제2, 3호증), 쟁점 매매계약서(갑 제10호증), 이 사건 합의서(갑 제9호증)에는 이 사건 토지 중 1/2 지분의 대가가 6억 원, 이 사건 토지의 전체 시가가 12억 원이며, 이와 별도로 14억 원이 용역대가로 지급되는 것처럼 기재되어 있다. 그러나 원고는 이 사건 합의 당시 이 사건 토지의 소유권이전등기를 마치는 대신 2차 계약에 따라 BB 등에게 지급한 15억 8,000만 원의 반환을 더 이상 구하지 않는 것으로 합의하였는데, 위 액수와 원고가 주장하는 이 사건 토지의 대가(12억 원)가 일치하지 않는데도 이 사건 합의서에는 그 차액(3억 8,000만 원)의 처리에 대하여는 아무런 언급이 없고, 을 제6호증의 기재에 의하면 이 사건 합의 결과 2차 계약의 이행은 더 이상 의미가 없는데도 원고는 이 사건 합의에 따른 이행까지 완료된 후인 2015. 1. 5. 김○○으로부터 BB에 대한 4억 2,000만 원의 채권을 양수한 후 다음날 위 채권과 2차 계약에 따라 BB 등에게 지급하여야 하는 20억 원 중 실제로는 지급하지 않은 4억 2,000만 원을 상계한다는 의사표시를 한 사실을 인정할 수 있는바, 이와 같은 사실관계에 의하면 원고, AA, BB 등이 이 사건 합의 당시 별도의 약정을 한 사실을 추단할 수 있다. 여기에 원고, AA, BB 등 사이에 체결된 각 계약의 구체적인 내용과 각 계약에 이르게 된 경위, AA과 CC이 용역의 제공이 완성되지 않은 상태에서(용역의 제공이 있었는지도 불분명하다) 14억 원이라는 용역대가 전액을 선지급하고 세금계산서 발급까지 완료한 것은 거래관념상 매우 이례적이고, AA의 대표이사는 세무조사를 받으면서 위 14억 원이 가공거래에 따라 지급되었음을 인정한 점(을 제3호증의 1), 1차 계약의 대가 20억 원과 관련된 액수 및 구체적 항목이 정해지게 된 경위가 주된 쟁점이 되어 다투어진 관련 사건의 현재까지 경과 및 관련 판결의 내용, 이 사건 합의 전까지 원고, AA이 BB 등에게 지급한 돈은 총 40억 원이었는데, 이 사건 합의에 따라 위 돈의 반환이 더 이상 문제되지 않는 것을 조건으로 BB 등이 부담하는 유일한 의무는 이 사건 토지에 관한 소유권이전등기를 원고 앞으로 마쳐 주는 것인 이상 그와 결부된 대가는 원칙적으로 이 사건 토지의 가치로 보는 것이 타당하고, 원고와 CC사이의 2차 계약 당시 작성된 주식양수도계약서(갑 제7호증) 제4.2.항도 이 사건 토지 중 1/2 지분의 가치는 20억 원으로 기재되어 있는 점을 모두 종합하여 보면, 이 사건 토지 전체의 시가는 40억 원인 것으로 판단된다.

② 이 사건 합의 당시 AA이 이 사건 토지에 관하여 원고 명의의 소유권이전등기가 마쳐지는 것을 조건으로 BB 등에 대하여 20억 원의 채권을 더 이상 청구하지 않기로 합의한 이상, BB 등이 여전히 AA에 20억 원의 반환채무를 부담하는 것을 전제로 원고가 위 채무를 면책적으로 인수하였다고 볼 수는 없고, 이러한 해석은 처분문서인 이 사건 합의서(갑 제9호증)의 문언에 정면으로 반한다. AA이 자신의 회계장부에 20억 원의 채권을 장기선급금반환채권으로 반영하였더라도 이는 회계기준상 장기선급금에 해당하지 않는 것이 분명한데다, 앞서 본 대로 과세관청이 이미 법인세법상 부당행위계산부인 규정을 적용하여 위 채권을 인정하지 않는 것으로 AA의 소득금액을 조정하여 2014 사업연도 법인세를 경정‧고지하였고 이는 그대로 확정되었으므로, AA의 내부 회계처리를 달리 볼 근거로 삼을 수 없다. 오히려 원고는 AA에 20억 원의 채무를 부담하고 있다고 하면서도 이 사건 합의일이 속한 2014. 7.경부터 8년 이상이 경과한 현재까지 AA과 20억 원이라는 거액과 관련된 그 어떠한 실질적인 논의도 하지 않았고, 부채를 회계장부에 계상하지도 않았다.

③ 이 사건 합의는 원고, AA, BB 등 4자간의 합의임에도 원고가 BB 등의 AA에 대한 채무를 인수한다는 내용이 전혀 기재되어 있지 않고, 원고의 대표이사는 세무조사를 받으면서 AA이 부담한 이 사건 토지 중 1/2 지분 상당의 자산수증이익 20억 원을 법인세 신고시 누락하였음을 인정하였다(을 제3호증의 2). 앞서 본 법리에 비추어 그 증거가치를 쉽게 부인하기 어렵다.

④ 이 사건 합의는 AA이 BB 등에 대한 20억 원의 반환채권을 포기하는 대가로 시가 20억 원 상당인 이 사건 토지 중 1/2 지분에 관하여 원고 앞으로 직접 소유권이전등기를 마치는 것을 내용으로 하므로, 원고가 아닌 BB 등이 이 사건 합의로 인하여 이익을 얻은 자라고 볼 수 없다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.