과세처분의 적법성에 대한 입증책임은 피고에게 있으나, 피고가 제출한 증거들만으로는 이를 입증하지 못함

사 건 2020구합77091 부가가치세 과세처분 취소 청구의 소 원 고 주식회사 AA 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2021. 9. 14. 판 결 선 고

2021. 11. 30.

1. 피고가 2018. 12. 5. 원고에 대하여 한 2018년 제1기 부가가치세(가산세 포함) 176,892,090원의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. 원고는 2018. 1. 15. 주식회사 BB(이하 ‘BB’라 한다)와 사이에서 서울 성동구 도선동 지상 외 4필지 토지 지상에 오피스텔 및 근린상가시설을 개발‧신축하는 사업 등 총 4건의 개발사업1)에 관한 컨설팅 용역(이하 ‘이 사건 용역’이라한다)을 제공받고 BB에게 보수로 11억 원을 지급하기로 하는 내용의 컨설팅용역계약을 체결하고, 용역계약서(갑 제3호증)를 작성하였다. 원고는 2018. 6. 15. BB로부터 공급가액 11억 원의 전자세금계산서(갑 제4호증, 이하 ‘이 사건 세금계산서’라 한다)를 발급받고 그 보수를 BB 및 BB가 지정한 제3자에게 모두 지급하였다.
• 나. 피고는 2018. 8. 31.부터 2018. 10. 30.까지 원고에 대한 세무조사를 실시한 후, 실제로는 BB가 아니라 원고와 BB의 관계회사인 주식회사 CC(이하 ‘CC’라 한다)가 원고에게 이 사건 용역을 제공하였다고 판단하였다.
• 다. 피고는 이 사건 세금계산서가 구 부가가치세법(2019. 12. 31. 법률 제16845호로개정되기 전의 것, 이하 같다) 제39조 제1항 제2호에서 규정하는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 판단하고 2018. 12. 5. 원고에게 이 사건 세금계산서의 매입세액을제외하여 산정한 2018년 제1기 부가가치세(가산세 포함) 176,892,090원을 경정‧고지하였다.
• 라. 원고는 이에 불복하여 2019. 2. 28. 이의신청을 하였으나 기각되었고, 2019. 7. 29. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 2020. 6. 22. 기각결정을 받았다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 3 내지 6호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 BB와 CC는 관계회사이고, 이 사건 용역을 실제로 수행한 H, S, K(이하 통틀어서는 ‘H 등’이라 한다)은 BB와 CC에 동시에 근무하면서 양사의 업무를 모두 처리하였으므로 H 등이 이 사건 용역의 수행 당시 주로 CC로부터 급여를 지급받았다는 사정만으로 이 사건 용역의 계약체결 당사자인 BB가 아닌 CC가 이 사건 용역을 제공한 것으로 단정할 수 없다. 이 사건 용역대금은 BB의 이익으로 귀속되었고, 결손금이 있던 CC가 굳이 BB의 명의를 빌려서 이 사건 용역을 공급할 이유가 없으며, CC는 2017년 주식회사 PP로부터 형사고발 및 손해배상소송을 제기당하여 이에 대응하느라 컨설팅 등 사업을 수행할 능력도 없었다. 따라서 원고에게 이 사건 용역을 제공한 것은 BB라고 보아야 하므로 이 사건 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서라고 할 수 없고, 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하다.
• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 인정사실

1. 이 사건 용역계약 체결 당시 CC, BB의 관계

• 가) CC는 2011. 5. 24. 부동산개발, 분양 및 임대, 부동산개발 금융컨설팅 등을 목적으로 설립되었다가, 2015. 12. 1. 창고 및 운송 관련 서비스업, 보관 및 창고업 등을 목적사업으로 추가하였다.
• 나) BB는 2006. 12. 14. 설립되어 2016. 10. 25. 창고 및 운송 관련 서비스업, 보관 및 창고업, 부동산개발, 분양 및 임대, 부동산개발 금융컨설팅 등을 목적사업으로 추가하였다. BB는 당초에는 주 업태 부동산, 주 종목 창고임대로 사업자등록이 되어 있었으나, 2018. 4. 2. 부 업태 건설업, 부 종목 그 외 기타 건축마무리 공사업을, 2019. 2. 13. 부 업태 서비스, 부종목 보관업 및 부 업태 부동산, 부 종목 부동산컨설팅을 각각 추가하였다.
• 다) 원고의 대표이사인 류승념은 원고의 주식지분 100%를, CC의 주식지분 중 40%를, BB의 주식지분 중 20%를 각각 보유하고 있었다. 또한 CC는 BB의 주식지분 중 44%를 보유하고 있는 등 BB의 지분은 모두 CC 또는 CC의 주주들이 보유하고 있었으며, 두 회사의 대표이사는 동일인(송영우)이었다. CC와 BB는 관계회사로서 운영되었다.
• 라) CC 및 CC의 대표자는 2017년경 주식회사 PP로부터 형사고발 및 손해배상소송을 제기당하여 이 사건 용역 계약 체결 당시 그 소송이 진행 중이었다.

2. 이 사건 용역의 수행 과정

• 가) H 등은 원고에게 이 사건 용역을 제공하는 과정에서 이메일 계정을 사용하였는데, 그 명칭은 CC의 상호이지만, 그 이메일 말미의 서명 란에는 원고와 BB가 모두 기재되어 있었다. 또한 H 등이 사용하던 명함에도 CC와 BB의 상호가 모두 기재되어 있었다.
• 나) H 등이 작성한 용역보고서의 작성 주체는 BB로 되어 있고(갑 제11호증), 각종 사업계획서나 보고서에도 참여자가 BB로 기재되어 있다(갑 제20호증).

3. 이 사건 처분 및 관련 형사‧행정 사건 등 경과

• 가) 피고는 2018. 8. 31.부터 2018. 10. 30.까지 원고에 대한 자료상 조사를, 2019. 3. 28.부터 2019. 5. 12.까지 CC에 대한 세무조사를 각각 실시하였다. 피고는 BB가 아닌 CC가 원고에게 이 사건 용역을 제공하였다고 보아 이 사건 처분을 하고 세금계산서를 교부받은 원고 및 원고의 대표이사를 조세범처벌법위반 혐의로 고발하였으며, CC에 대하여 2018년 제1기 부가가치세 및 법인세 부과처분을 하였다.
• 나) 그러나 서울남부지방검찰청 소속 검사는 2021. 5. 7. 이 사건 세금계산서의 내용이 허위라고 보기 어렵다고 판단하여 혐의없음(증거불충분) 처분을 하였다. CC는 위 가)항 부가가치세 등 부과처분에 불복하여 피고를 상대로 취소소송을 제기하였고(서울행정법원 2020구합87326), 위 법원은 2021. 9. 4. CC가 원고에게 이 사건 용역을 제공하였다고 인정하기 부족하다고 판단하여 부가가치세 등 부과처분을 모두 취소하는 판결을 선고하였다. 위 판결은 그대로 확정되었다.
• 다) 원고의 대표이사 류승념은 2018. 10. 18. 조세범처벌법 위반혐의로 조사받을 당시 H은 BB를 전반적으로 관리‧운영하는 이사로서 BB의 직원이며, 원고는 BB로부터 이 사건 용역을 제공받은 것이라고 진술하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8, 11, 12, 15, 17, 18, 20, 21호증, 을 제6, 12호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지
• 라. 판단

1. 부가가치세의 과세에 있어 어느 특정 거래과정에서 수취한 세금계산서가 그 매입세액의 공제가 부인되는 구 부가가치세법 제39조 제1항 제2호 소정의 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청에게 있다(대법원 2009. 2. 26. 선고 2008두15206 판결). 한편 납세의무자는 경제활동을 함에 있어서 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여 여러 가지의 법률관계 중 하나를 선택할 수 있고, 과세관청으로서는 특별한 사정이 없는 한 당사자들이 선택한 법률관계를 존중하여야 하며, 그러한 법률관계의 형성이 탈세를 위한 것이거나 위법‧부당한 목적이 아닌 이상 사법상 선택한 법률관계를 무시하고 다른 법률관계로 의제하는 것은 부당하다(대법원 1992. 12. 8. 선고 92누1155 판결, 대법원 2009. 4. 9. 선고 2007두26629 판결 등 참조).

2. 이러한 법리를 토대로 앞서 인정한 사실관계 및 앞서 든 각 증거를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사실들 내지 사정들을 살펴보면, 피고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 용역에 관한 계약의 형식과 달리 CC가 이를 원고에게 공급한 것이어서, 이 사건 세금계산서가 구 부가가치세법 제39조 제1항 제2호, 제32조 제1항 제1호가 규정하는 ‘공급자와 실제 공급자가 다르게 기재된 세금계산서’에 해당한다고 단정하기는 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

① 원고는 BB와 이 사건 용역에 대한 계약을 체결하고 계약서를 작성하였으며, BB 명의로 된 용역의 결과물을 제공받고 BB로부터 BB가 공급자로 기재된 이 사건 세금계산서를 발급받았다. 이 사건 용역을 수행한 H 등의 직원들은 이메일 말미의 서명란과 명함에 CC와 BB의 상호를 병기하였다. BB가 이 사건 용역을 반드시 단독으로 수행하여야 하는 것이 아니고 제3자에 위탁하거나 협력을 받아 하는 것도 가능하므로, 관계회사인 CC로부터 소속 직원인 H 등을 사실상 파견받아 업무를 수행하는 것도 이 사건 용역을 제공하는 정당한 방법에 속한다. 비록 H 등이 이 사건 용역을 제공하는 기간 중에 주로 CC로부터 급여를 지급받은 것으로 보이지만, 이것만으로 H 등이 BB가 아니라 CC를 위하여 이 사건 용역 관련 업무를 한 것이라고 단정하기는 어렵다.

② CC가 BB의 명의만 빌려 계약을 체결할 뚜렷한 이유나 그 필요성을 찾기 어렵다. 당시 CC는 형사 및 민사상 분쟁을 겪고 있었던 점, CC와 BB의 인적 구성이 유사하여 BB가 CC의 업무상 노하우를 쉽게 활용할 수 있었던 점 등을 고려하면, 비록 이 사건 용역에 관한 계약 체결 전까지는 BB가 부동산컨설팅과 관련된 매출이 없었다고 하더라도, 향후 CC를 대신하여 직접 부동산컨설팅 사업을 진행하는 것으로 내부적인 사업분담을 조정한 후 이 사건 용역에 관한 계약을 체결하였을 여지도 있다. 이에 따라 H, S은 2018년 초까지는 형식적으로는 CC에 속하였으나 실질적으로는 BB의 업무도 병행하다가, 2018년 중반경부터 정식으로 BB 직원 지위를 겸하면서 CC와 BB로부터 모두 급여를 지 급받기 시작한 것으로 보인다.

③ 이 사건 용역에 관한 계약서 작성 당시 BB와 CC의 등기부등본에는 부동산개발, 분양 및 임대, 부동산개발 금융컨설팅 등이 동일하게 사업목적으로 포함되어 있었다. BB가 피고의 세무조사 이후에 비로소 사업자등록에 부동산컨설팅을 부종목으로 추가하였다거나, CC가 2015년경까지 몇 차례 부동산컨설팅업무를 수행하였다는 사정만을 들어, 그로부터 약 2년 후에 체결된 다른 용역계약인 이 사건 용역에 관한 계약에서도 BB가 아닌 CC가 원고에게 실제로 용역을 제공하기로 한 당사자라고 단정하는 것은 무리하다.

④ 피고는 이 사건 처분의 사유와 동일하게 실제로는 BB가 이 사건 용역을 공급하지 않았음에도 원고와 원고 대표이사가 BB 명의로 된 허위의 이 사건 세금계산서를 발급받았다고 판단하여2) 원고와 원고 대표이사를 형사고발하였고, 이 사건 용역을 제공한 실제 당사자라고 판단한 CC에게 부가가치세 및 법인세를 결정‧부과하였다. 그러나 서울남부지방검찰청 소속 검사는 2021. 5. 7. BB가 이 사건 용역을 제공하였다고 보인다는 이유로 원고 등에 대하여 혐의없음의 불기소처분을 하였고, 서울행정법원 또한 2021. 9. 14. 그와 동일하게 판단하여 피고가 CC에 대하여 한 부가가치세 및 법인세 부과처분을 모두 취소하는 판결을 선고하였다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.