종합부동산세액에서 공제되는 재산세액이 종부세의 과세기준금액을 초과하는 영역에 부과되는 재산세액 중 일부만을 공제하도록 하였더라도 구 종부세법 제9조 제4항과 제14조 제7항의 위임 범위와 한계를 벗어나 무효라고 볼 수 없음

사 건 2020구합73563 종합부동산세등부과처분취소 원 고 ㈜AAA신탁 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2023. 11. 28. 판 결 선 고

2023. 12. 26.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2019. 11. 18. 원고에 대하여 한 2019년 종합부동산세 xx,xxx,xxx원 및 농어촌특별세 xx,xxx,xxx원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2019년 종합부동산세 과세기준일(2019. 6. 1.) 당시 과세대상 물건(위탁자 AAAA 주식회사, BBB)에 관한 종합부동산세 납세의무자이다.
• 나. 구 종합부동산세법(2020. 6. 9. 법률 제17339호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제9조 제3항, 제14조 제3항, 제6항은 주택, 종합합산과세대상 토지 및 별도합산과세대상 토지(이하 ‘주택 등’이라 한다)의 과세표준 금액에 대하여 해당 주택 등의 재산세로 부과된 세액(이하 ‘공제세액’이라 한다)을 주택분 종합부동산세액, 토지분 종합합산세액 및 토지분 별도합산세액(이하 ‘주택 등 종합부동산세액’이라 한다)에서 각각 공제하도록 하고 있고, 같은 법 제9조 제4항, 제14조 제7항은 ‘재산세로 부과된 세액의 공제 등 에 관하여 필요한 사항’을 대통령령으로 정하도록 하고 있다. 구 종합부동산세법 시행령(2015. 11. 30. 대통령령 제26670호로 개정되기 전의 것) 제4조의2, 제5조의3 제1항, 제2항은 공제세액의 계산식을 [주택 등 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 주택 등의 과세표준에 대하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 ÷ 주택 등을 합산하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세상당액](이하 ‘종전 산식’이라 한다)으로 정하였다. 한편, 종합부동산세법 시행규칙 제5조 제2항 별지 제3호 서식 부표(2) 작성방법에 기재된 계산식은 [(주택 등의 공시가격- 과세기준금액) × (종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율) × 재산세율](이하 ‘이 사건 산식’이라 한다)이다.
• 다. 그런데 구 시행령 산식 중 분자에 기재된 ‘주택 등의 과세표준에 대하여 주택 등 의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’ 부분이 이 사건 산식과 같은 내용을 의미하는지, 아니면 [(주택 등 공시가격 - 과세기준금액) × (재산세와 종합부동산세의 공정시장가액비율 중 적은 비율) × 재산세율]을 의미하는지 여부에 관하여 과세관청과 납세의무자 사이에 다툼이 있었다. 대법원은 2015. 6. 23. 선고 2012두2986 판결 등에 서 위 두 내용 가운데 후자를 의미한다는 법리를 선언하였다.
• 라. 위와 같이 대법원 판결이 선고되자, 정부(대통령)는 2015. 11. 30. 종전 산식 중 분자에 기재된 부분을 이 사건 산식으로 개정하였다. 그와 같이 개정된 구 종합부동산 세법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30404호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제4조의2, 제5조의3 제1항, 제2항(이하 ‘이 사건 쟁점규정’이라 한다)은 공포한 날부터 시행되었다.
• 마. 피고는 2019. 11. 18. 원고에게 이 사건 쟁점규정에 따라 계산한 재산세액만을 공제하여 2019년 종합부동산세 63,322,500원(위탁자 AAAA 주식회사분 9,663,410원+ 위탁자 BBB분 53,659,090원), 농어촌특별세 12,664,490원(위탁자 AAAA 주식회사분 1,932,680원 + 위탁자 BBB분 10,731,810원)을 부과하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 바. 원고는 2020. 2. 16. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2020. 5. 14. 조세심판원으로부터 기각결정을 받았다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1호증(가지번호 포함)의 각 기재 및 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장

1. 구 종합부동산세법 제14조 제3항 과 제6항은 종합부동산세액에서 공제하는 재산세 상당액은 해당 과세대상 토지의 토지분 재산세로 부과된 세액으로 규정하고 있고, 이는 납세자가 재산세로 납부하게 된 최종 세액 전액을 공제한다는 뜻을 법문에 분명하게 표현한 것이며, 특히 동일한 과세 물건에 대하여 보유세인 재산세와 종합부동산세를 중첩적으로 부과할 경우 이중과세에 해당하게 되므로, 종합부동산세 부과 대상인 과세기준금액 초과분에 대하여 부과된 재산세액은 원칙적으로 전액 공제되어야 한다. 그럼에도 불구하고 피고는 ‘공제할 재산세액’을 원고가 기납부한 재산세액 중 종합부동산세에 적용되는 공정시장가액비율이 적용된 만큼만을 공제하여 2019년 종합부동산세액을 산출하였는바 그 결과 기납부한 재산세액이 전액 공제되지 아니하여 이중과세 문제가 발생하므로, 이 사건 처분은 위법하다.

2. 토지에 대한 종합부동산세 과세표준은 해당 과세대상 토지의 공시가격을 기초로 산정되고 공시가격은 ‘부동산 가격공시에 관한 법률’에 따라 공시된 가액이 종합부동산세의 과세표준이 되나 이 사건 토지에 대한 공시지가가 잘못 산정되었으므로, 이사건 처분은 위법하다.

• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 재산세 공제 범위의 위법 여부

1. 구 종합부동산세법 제9조 제3항, 제14조 제3항과 제6항은 주택 등의 과세표준 금액에 대하여 해당 과세대상 주택 등의 재산세로 부과된 세액을 주택 등의 종합부동산세액에서 공제하도록 규정하고 있다. 또한 구 종합부동산세법 제9조 제4항 과 제14조 제7항에서는 주택 등의 종합부동산세액을 계산할 때 주택 등의 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정하도록 규정하고 있다. 그 위임에 따라 구 종합부동산세법 시행령의 이 사건 쟁점규정에서는 주택 등의 종합부동산세액 에서 공제하는 ‘주택 등의 과세표준 금액에 대한 주택 등의 재산세로 부과된 세액’을 앞서 본 바와 같은 ‘이 사건 산식에 따라 계산한 금액’으로 하도록 규정하고 있다.

2. 이 사건 쟁점규정과 관련된 개정 경과 등은 다음과 같다.

• 가) 2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정된 지방세법은 과세표준의 현실화를 위하여 재산세 과세표준을 공시가격으로 하되 새로운 제도의 도입에 따른 급격한 세부담을 완화하기 위하여 공시가격에 대한 연도별 적용비율에 따라 재산세 과세표준을 산정하도록 하였고, 2005. 1. 5. 법률 제7328호로 제정된 종합부동산세법은 그러한 재산세 과세표준을 합산한 금액에서 일정한 과세기준금액을 공제한 금액을 종합부동산세 과세표준으로 삼도록 하였다. 그 후 2005. 12. 31. 법률 제7836호로 개정된 종합부동산세법에서부터는 공시가격을 합산한 금액에서 일정한 과세기준금액을 공제한 금액을 종합부동산세 과세표준으로 삼도록 하되, 위와 같은 과세표준에 세율뿐만 아니라 연도별 적용비율도 곱하여 세액을 산출하도록 하였다. 다만, 종합부동산세법은 제정 당시부터 종합부동산세 산출세액에서 재산세로 부과된 세액을 공제하도록 규정하여 왔고, 이와 관련하여 2005. 12. 31. 대통령령 제19253호로 개정된 종합부동산세법 시행령 제4조의2, 제5조의3 제1항과 제2항에서는 공제되는 재산세액을 ‘주택 등 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 주택 등 과세기준금액을 초과하는 분에 대하여 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 ÷ 주택 등을 합산하여 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’의 산식에 따라 산정하도록 규정하였다.
• 나) 그런데 2005. 12. 31. 법률 제7843호로 개정된 지방세법, 2008. 12. 26. 법률 제9273호로 개정된 종합부동산세법은 재산세와 종합부동산세 모두 공시가격을 기초로 과세표준을 산정하되 부동산 시장의 동향과 재정 여건 등을 고려하여 일정한 범위에서 과세표준에 반영할 비율을 정할 수 있도록 재산세와 종합부동산세에 대하여 각각 적용되는 공정시장가액비율 제도를 도입하였다. 이에 따라 구 종합부동산세법 제8조 제1항, 제13조 제1항과 제2항의 위임에 따른 구 종합부동산세법 시행령 제2조의4 제1항 은 주택과 종합합산과세대상인 토지의 공정시장가액비율을 100분의 80으로, 제2항에서는 별도합산과세대상인 토지의 원칙적인 공정시장가액비율도 100분의 80으로 각각 정하고 있다. 또한 구 지방세법(2023. 3. 14. 법률 제19230호로 개정되기 전의 것) 제110조 제1항의 위임에 따른 구 지방세법 시행령(2022. 6. 30. 대통령령 제32747호로 개정되기 전의 것) 제109조는 토지의 공정시장가액비율을 시가표준액의 100분의 70으로, 주택의공정시장가액비율을 시가표준액의 100분의 60으로 각각 정하고 있다.
• 다) 위와 같이 공정시장가액비율 제도가 도입되면서 2009. 2. 4. 대통령령 제21293호로 개정된 종합부동산세법 시행령 제4조의2, 제5조의3 제1항과 제2항에서는 공제되는 재산세액의 계산을 ‘주택 등의 재산세로 부과된 세액의 합계액 × 주택 등의 과세표준에 대하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액 ÷ 주택 등을 합산하여 주택 등의 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액’의 산식(종전 산식을 말한다)에 의하도록 하였으나, 2015. 11. 30. 대통령령 제26670호로 개정된 구 종합부동산세법 시행령의 이 사건 쟁점규정에서는 앞서 본 바와 같이 공제되는 재산세액의 계산을 이 사건 산식에 의하도록 규정하고 있다.

3. 앞서 본 바와 같이 재산세와 종합부동산세의 과세표준 산정에 관하여 공정시장가액비율 제도가 도입되었고, 재산세와 종합부동산세에 각각 적용되는 공정시장가액비율이 반드시 일치하지는 아니하게 된 결과, 동일한 과세대상 재산이더라도 종합부동산세의 과세기준금액을 초과하는 영역 중 일부에 대하여만 종합부동산세가 과세되고 그와 같이 종합부동산세가 과세되는 부분은 재산세와 중복하여 과세되는 부분과 그렇지 않은 부분으로 나뉘게 되었다. 이에 따라 종합부동산세의 과세기준금액을 초과하는 영역에서 종합부동산세가 재산세의 과세 부분부터 먼저 과세되는지 아니면 재산세의 과세 부분과 그 외의 부분 사이에 안분하여 과세되는지 여부에 의하여 주택 등의 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액의 범위가 달라지게 된다. 그런데 앞서 본 바와 같이 구 종합부동산세법 제9조 제3항, 제14조 제3항과 제6항에서는 주택 등의 ‘과세표준 금액에 대하여’ 해당 과세대상 주택 등의 재산세로 부과된 세액을 주택 등의 종합부동산세액에서 공제하도록 규정하고 있을 뿐이고, 같은 법 제9조 제4항과 제14조 제7항에서는 주택 등의 재산세로 부과된 세액의 공제 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정하도록 규정하고 있다. 이러한 구 종합부동산세법규정의 문언, 체계와 취지 등에 비추어 보면, 위와 같이 종합부동산세의 과세기준금액을 초과하는 영역에서 종합부동산세가 재산세의 과세 부분부터 먼저 과세되는지 아니면 재산세의 과세 부분과 그 외의 부분 사이에 안분하여 과세되는지 여부는 기본적으로 입법자에게 광범위한 입법형성의 자유가 주어진 영역이라고 할 것인데 구 종합부동산세법은 이를 대통령령으로 정하도록 위임하고 있다. 그 위임에 따라 2009. 2. 4. 대통령령 제21293호로 개정된 종합부동산세법 시행령에서는 공제되는 재산세액의 계산을 종전 산식에 의하도록 규정하여, 종합부동산세의 과세기준금액을 초과하는 영역에서 종합부동산세가 재산세의 과세 부분부터 먼저 과세되도록 하였다. 이에 의하면 중복 부과임을 이유로 공제되는 재산세액을 산정할 때 종합부동산세 공정시장가액비율을 벗어나 종합부동산세 과세표준에서 제외된 부분은 고려할 필요가 없으므로(대법원 2015. 6. 23. 선고 2012두2986 판결 등 참조), 종합부동산세의 과세기준금액을 초과하는 영역에 대하여 부과되는 재산세액 전액이 공제되는 결과에 이르게 된다. 반면, 그 후 2015. 11. 30. 대통령령 제26670호로 개정된 종합부동산세법 시행령에서는 공제되는 재산세액의 계산을 이 사건 산식에 의하도록 규정하였고, 이에 의하면 개정 전과는 달리 종합부동산세의 과세기준금액을 초과하는 영역에 대하여 부과되는 재산세액 중 일부만이 공제되는 결과에 이르게 되나, 이는 입법자가 구 종합부동산세법 제9조 제4항 과 제14조 제7항의 위임 범위 내에서, 종합부동산세의 과세기준금액을 초과하는 영역에서 종합부동산세가 재산세의 과세 부분과 그 외의 부분 사이에 안분하여 과세되도록 함으로써 주택 등의 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액의 범위를 구체적으로 명확하게 하였기 때문이다. 따라서 이 사건 쟁점규정이 동일한 과세대상에 대하여 종합부동산세의 과세기준금액을 초과하는 영역에 부과되는 재산세액 중 일부만을 공제하도록 하였더라도 구 종합부동산세법 제9조 제4항 과 제14조 제7항의위임 범위와 한계를 벗어나 무효라고 볼 수 없다(대법원 2023. 8. 31. 선고 2019두39796 판결 참조).

4. 위와 같이 이 사건 쟁점규정이 적법한 이상 이 사건 산식에 따라 공제되는 재산세액을 계산하여 부과된 이 사건 처분 역시 정당하고, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

• 라. 공시지가 산정의 위법 여부 한편 원고는 토지에 관한 공시지가 산정이 위법하다는 취지의 주장도 하나, 그에 대하여 구체적인 위법사유나 증거를 제출하지 못하고 있고, 기록을 살펴보더라도 이 사건 처분의 과세표준 산정에 위법이 있음을 인정할 만한 사정이나 증거가 없으므로, 원고의 이 부분 주장도 받아들이지 아니한다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.