이 사건 전산시스템의 위탁개발은 구 조특법 제9조 제5항에서 정한 과학기술활동에 해당하지 않음

사 건 2020구합67797 법인세경정청구 거부처분 취소 청구의 소 원 고 AA은행 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2025. 4. 11. 판 결 선 고

2025. 4. 25.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2019. 7. 1. 원고에게 한 2013 사업연도 법인세 O 원, 2014 사업연도 법인세 O 원, 2015 사업연도 법인세 O 원의 각 경정거부처분을 모두 취소한다.

• 가. 원고와 원고의 자회사인 주식회사 BB(이하 ‘BB’이라고 한다)은 2011년 내지 2012년경 IT기반 서비스 차별화, 사용자 편의성 강화, 시스템 유연성 확보 등을 통하여 더 나은 고객 서비스를 제공하기 위한 차세대 전산시스템(이하 ‘이 사건 전산시스템’이라고 한다)의 개발을 CC 주식회사, 주식회사 DD 등(이하 ‘수탁업체’라고 한다)에 위탁하였다.
• 나. 원고는 2012 사업연도부터 BB을 연결자법인으로 하는 연결납세방식을 적용하여 법인세를 신고․납부하였다.
• 다. 원고는 2019. 4. 30. 피고에게 이 사건 전산시스템 개발 과정에서 지출한 위탁개발비용 (이하 ‘쟁점 비용’이라고 한다)이 구 조세특례제한법(2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조특법’이라고 한다) 제10조 제1항에 따른 연구・인력개발비 세액공제(이하 연구・인력개발비에 대한 세액공제를 ‘쟁점 세액공제’라고 한다)의 적용대상에 해당한다고 주장하면서 2013 내지 2015 사업연도 각 법인세의 일부 환급을 구하는 경정청구를 하였다.
• 라. 피고는 2019. 7. 1. 위 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증(가지번호 포함), 변론 전체의 취지

• 가. 사안의 쟁점 구 조특법 제10조 제1항은 ’내국인이 각 과세연도에 연구․인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제한다‘고 규정하여 쟁점 세액공제 등에 관하여 정하고 있고, 같은 법 제9조 제2항 제1호는 ’연구․인력개발비‘의 의미를 ’연구개발 및 인력개발에 필요한 비용(새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발의 경우 자체 연구개발에 필요한 비용만 해당한다) 중 대통령령으로 정하는 비용‘으로 규정하고 있으며, 제9조 제5항은 “연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동(이하 ’과학기술활동‘이라고 한다)과 새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동(이하 ’서비스활동‘이라고 한다)을 말하고, 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다.”라고 규정하고 있다. 그런데 원고는 이 사건 전산시스템을 수탁업체에 ’위탁‘하여 개발하였으므로 이 사건 전산시스템의 위탁개발이 ’과학기술활동‘에 해당하는 경우에 한하여 쟁점비용에 대한 세액공제를 적용받을 수 있다(앞서 보았듯이 구 조특법 제9조 제2항 제1호는 서비스활동의 연구개발비는 ’자체‘ 연구개발에 필요한 비용만 쟁점 세액공제의 적용대상이 된다고 규정하고 있다). 따라서 이 사건의 쟁점은 ’이 사건 전산시스템의 위탁개발이 구 조특법 제9조 제5항에서 정한 과학기술활동에 해당하는지 여부‘이다.
• 나. 구체적 판단 구 조특법 제9조 제5항에서 정한 ‘과학기술활동’은 ‘과학적 또는 기술적 불확실성을 체계적으로 해소하여 과학기술 분야(자연과학 및 그 적용 기술)의 진전을 이루기 위한 활동’을 의미하므로, 과학기술활동에 해당하는지 여부는 해당 연구개발활동의 목표와 결과 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다(대법원 2024. 12. 24. 선고 2021두56510 판결 등 참조). 그런데 앞서 든 증거들 및 갑 제6 내지 15호증, 을 제1호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 이 사건 전산시스템은 IT기반 서비스 차별화, 사용자 편의성 강화, 시스템 유연성 확보 등을 통하여 기존의 업무를 효율적으로 운영하여 더 나은 고객 서비스를 제공하기 위하여 이미 개발되어 있는 정보기술 등을 응용 또는 개선하는 방식으로 개발한 것으로 보일 뿐이고, 달리 이 사건 전산시스템의 위탁개발이 과학적 또는 기술적 불확실성을 체계적으로 해소하여 과학기술 분야의 진전을 이루기 위한 활동에 해당한다고 볼 만한 증거가 없다. 그렇다면 이 사건 전산시스템의 위탁개발은 구 조특법 제9조 제5항에서 정한 과학기술활동에 해당하지 않으므로, 쟁점 비용이 쟁점 세액공제의 대상이 아니라고 판단한 이 사건 처분에 위법이 있다고 볼 수 없다.

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.