일시적 1세대 3주택에 대하여 중과세율을 적용하여 과세한 처분은 위법

사 건 2020구합50720 양도소득세부과처분취소 원 고 AAA 피 고 BB세무서장 변 론 종 결

2020. 09. 10. 판 결 선 고

2020. 10. 15.

1. 피고가 2018. 5. 9. 원고에게 한 2017년 귀속 양도소득세 ×××,×××,000원(가산세 포함)의 부과처분 중 ×××,×××,563원(가산세 포함)을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 9/10는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2018. 5. 9. 원고에게 한 2017년 귀속 양도소득세 ×××,×××,000원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고의 AA동 주택 신축 및 소유권 취득 원고는 서울 GG구 AA동 15×-1 대 ×××㎡에 관하여 1984. 5. ×.자 매매를 등기원인으로 하여 1984. 5. ×. 원고 명의로 소유권이전등기를 마친 후, 그 지상에 3층건물을 신축하여 1988. 10. ×. 원고 명의로 그 소유권보존등기를 마쳤다[건물내역을 보면, 지층 및 1층은 근린생활시설(면적 16×.×㎡)이고 2, 3층은 주택(면적 17×.×㎡)인바, 주택 면적이 사업용 건물의 면적보다 더 큰 상가 겸용주택으로 건물의 구분상 그 전부를 주택으로 취급한다. 이하 ‘AA동 주택’이라 한다].
• 나. 원고의 BB동 오피스텔 소유권 취득 원고는 서울 GG구 BB동 11×-× BB하우스 50×호(이하 ‘BB동 오피스텔’이라 한다)에 관하여 2016. 12. ×.자 매매를 등기원인으로 하여 2017. 1. ×. 원고 명의로 소유권이전등기를 마쳤다.
• 다. 원고 부부의 CC동 아파트 소유권 취득 원고는 서울 DD구 CC동 41×-2 DD아파트 102동 140×호(전유면적: 84.81㎡, 이하 ‘CC동 아파트’라 한다)에 관하여 2017. 7. 11.자 매매를 등기원인으로 하여 2017. 10. 13. 배우자인 EEE와 공동으로 각 1/2 지분씩 그 소유권이전등기를 마쳤다.
• 라. 원고의 AA동 주택 양도에 따른 양도소득세 신고ㆍ납부

1. 원고는 2017. 7. ×. AA동 주택을 FF에게 4×억 원에 매도하기로 하는 매매계약을 체결하고, 이를 등기원인으로 하여 2017. 10. ×. 매수인인 FF 앞으로 소유권이전등기를 마쳐 주었다.

2. 원고는 AA동 주택의 양도에 따른 2017년 귀속 양도소득세 ×××,×××,944원 및 지방소득세 ××,×××,094원을 2017. 11. ×. 자진하여 신고ㆍ납부하였는데 그 구체적인내역은 다음과 같다. 즉, AA동 주택의 실지양도가액 4×억 원 중 주택 부분 양도가액을 약 20억 원(= 주택 토지분 18억 원 + 주택 건물분 2억 원), 상가 부분 양도가액을 약 2×억 원으로 안분하여 산정하면서 BB동 오피스텔을 업무용 건물로 보아 원고의 소유 주택수에서 제외하는 한편, 자신이 일시적 1세대 2주택(AA동 주택 및 CC동아파트) 소유자에 해당한다고 보아 AA동 주택 양도가액 4×억 원 중 비과세 기준가격인 9원 원 이하에 대하여는 1세대 1주택 비과세 특례를 적용하였다. 그리고 9억 원 초과분에 대하여는 1세대 1주택인 고가주택에 대한 장기보유특별공제 80% 및 일반 최고세율 40%를 적용하였다.

• 마. 양도소득세 부과처분 피고는 ‘원고가 AA동 주택을 양도할 당시 CC동 아파트 외에 주택 용도의 BB동 오피스텔을 소유하고 있음을 전제로 1세대 3주택 중과세 대상자에 해당하여 1세대1주택 고가주택 비과세요건을 충족하지 않는다.’고 보아 1세대 1주택 고가주택 비과세신고를 부인하고, 주택 양도분에 대하여 소득세법 제104조 제4항, 제55조 제1항에 따른 세율 40%에 10%를 가산한 50%(= 40% + 10%)의 세율을 적용하며 장기보유특별공제율은 당초 80%에서 30%로 경정하여 적용하기로 하여 2018. 5. ×. 원고에게 양도소득세 ×××,×××,000원(가산세 포함)을 부과고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 바. 전심절차 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2018. 8. 9. 피고에게 이의신청을 하였으나, 2018. 10. 5. 기각되었고, 원고는 이에 다시 불복하여 2018. 12. 31. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 2019. 10. 10. 기각되었다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 9호증(각 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 이 사건 처분은 다음과 같은 사유로 위법하므로 취소되어야 한다. ① 첫째, BB동오피스텔은 사업용 건물로서 주택에 해당하지 아니하는바, 원고의 AA동 주택 양도가1세대 3주택자의 양도에 해당함을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다. ② 둘째, CC동 아파트 취득은 원고 부부가 주거용으로 대체취득한 것으로 원고는 일시적 1세대 2주택자에 해당하는바, 원고의 AA동 주택 양도에 대하여는 1세대 1주택 비과세 특례규정이 적용되어야 함에도, 이와 다른 전제에서 AA동 주택의 양도에 대하여 1세대 3주택자의 양도에 해당하는 중과세율을 적용함을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.

③ 셋째, 설령 BB동 오피스텔이 원고의 소유 주택수에 산입된다 할지라도, 공부상 용도와 재산세 납부내역 등에 비추어 볼 때, 주택으로 보기 어려웠던 사정이 존재하였고 법령상 ‘일시적 1세대 2주택’이 인정되므로 “1세대 3주택”의 중과세율이 적용될 것을 전혀 예상하지 못하였다. 따라서 원고에게 위 중과세율 적용에 따른 납세의무 해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 인정되므로, 적어도 가산세 부과처분은 위법하여 취소되어야 한다.

• 나. 관계 법령 [별지] ‘관계 법령’ 기재와 같다.
• 다. 판단

1. AA동 주택 양도 당시 BB동 오피스텔이 원고의 주택수에 산입되는지 여부

• 가) 관련 법리 구 소득세법(2017. 2. 8. 법률 제14569호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제88조 제7호는 ‘주택이란 허가 여부나 공부상의 용도구분과 관계없이 사실상 주거용으로 사용하는 건물을 말한다. 이 경우 그 용도가 분명하지 아니하면 공부상의 용도에 따른다.’고 규정하고 있다. 그리고 주택을 양도한 자가 다른 건물을 소유하고 있는 경우, 그 다른 건물이 소득세법에 따른 양도소득세 산정과 관련한 '주택'에 해당하는지 여부는 건물 공부상의 용도 구분에 관계없이 실제 용도가 사실상 주거에 공하는 건물인가에 의하여 판단하여야 하고, 일시적으로 주거가 아닌 다른 용도로 사용되고 있다고 하더라도 그 구조ㆍ기능이나 시설 등이 본래 주거용으로서 주거용에 적합한 상태에 있고 주거기능이 그대로 유지ㆍ관리되고 있어 언제든지 본인이나 제3자가 주택으로 사용할 수 있는 건물의 경우에는 이를 주택으로 보아야 한다(대법원 2005. 4. 28. 선고2004두14960 판결 참조).
• 나) 구체적인 판단 앞서 든 증거들과 갑 제10 내지 14, 16 내지 21호증, 을 제3 내지 7, 9, 10호증의 각 기재와 영상에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정을 앞서 본 규정 등에 비추어 살펴보면, 원고가 AA동 주택을 양도할 당시 BB동 오피스텔은 사실상 주거용으로 사용되는 건물로서 원고가 소유한 주택수에 산입함이 타당하다. 따라서 이와 전제가 같은 피고의 판단은 정당하고, 이와 달리 원고의 AA동 주택양도에 대한 과세요건과 관련하여 그 당시 BB동 오피스텔이 주택에 해당하지 않음을 전제로 1세대 1주택 비과세 특례 규정과 80%의 장기보유특별공제율이 적용되어야 한다는 원고의 주장은 이유 없다.

(1) 업무시설로 볼 만한 사정 BB동 오피스텔의 집합건축물대장 및 건물등기부상 용도가 업무시설(오피스텔)로, 원고가 공인중개사로부터 교부받은 중개대상물 설명확인서에는 비주거용 건축물로 각 기재되어 있고, 원고가 BB동 오피스텔 소유권을 취득한 이래로 현재까지 서울특별시 GG구청장의 재산세 부과 역시 공부상 용도에 따라 업무시설에 해당하는 건축물분 세율이 적용ㆍ고지되었고 원고도 이를 받아들여 재산세를 납부해 왔다. 그리고 일반적으로 오피스텔은 주택법상 주택 외 건축물인 준주택으로 분류되어 건축법상 일반업무시설로 취급된다. 이처럼 AA동 주택 양도 당시 BB동 오피스텔이 주거용으로 사용된 것이 아니라 원고의 주장대로 업무용 내지 사업용으로 사용된 것은 아닌지 다소 의문을 품을 만한 사정들이 엿보이기는 한다.

(2) 주된 용도가 주거용이라고 볼 만한 사정 그러나 한편, AA동 주택 양도 당시 BB동 오피스텔이 사실상 주거용으로 사용되고 있었다고 볼 만한 유력한 정황들도 다수 존재한다. 즉, ① BB동 오피스텔이 속한 전체 집합건물은 2012년경 최초 분양 당시 호텔식 레지던스 내지 주거 전용 건물의 풀옵션 숙박시설로 광고되어 분양 완료 후 그 3층에서 15층까지 오피스텔 총 45개의 호실이 숙박시설로 무단 용도변경되었다가, 2015. 6. ×. 경 각 호실별 임대시설로 전환되어 건축법상 위반사항이 시정되기도 하였다. ② BB동 오피스텔의 전 소유자인 HHH은 2012년경부터 위 오피스텔을 사업장으로 하여 부동산 임대업에 관한 사업자등록을 계속 유지다가 2016. 6. ×. 폐업하였다. ③ 실제로 원고가 BB동 오피스텔을 매수할 당시 이미 그곳에 전입신고를 하고 확정일자를 부여받은 ‘II’(1989년생)이라는 세입자가 보증금 1억 ×××만 원, 계약기간 2016. 10. ×. 부터 2018. 10. ×. 까지의 조건으로 미등기 전세권자 지위에서 거주하고 있었고, 원고는 위 보증금반환채무를 매매대금 2억 ×××만 원에서 공제한 나머지 잔액을 지급함으로써 2017. 1. ×. 그 소유권을 취득하였다. ④ 위 세입자 ‘II’이라는 사람은 주식회사 JJ은행 소속의 일반근로자로서 2016년 ×××만 원, 2017년 ×××만 원 정도의 근로소득을 얻었고, 달리 위 세입자나 소유자인 원고가 BB동 오피스텔을 사업장으로 하는 사업자등록을 마쳤다고 볼 자료는 없는바, 위 세입자가 BB동 오피스텔을 업무용으로 사용하였을 가능성은 희박하고, 오히려 숙식을 위한 주거용으로 사용하였을 가능성이 더 크다. ⑤ BB동 오피스텔 내부는 원룸 형태로 화장실 1개, 싱크대, 옷장이 구비되어 있는 등 공부상의 용도와 상관없이 그 구조ㆍ기능이나 시설 등이 주거용에 적합한 상태로서 유지되고 있었다. ⑥ 원고는 AA동 주택 양도 당시 그 지층과 1층을 임대하면서 부동산임대업자로사업자등록을 하여 부가가치세를 신고ㆍ납부해 왔는바, 만일 BB동 오피스텔이 업무시설이었다면 원고로서는 신규 사업자등록을 하여 그 취득 시 부담한 건물분 부가가치세를 환급받았을 것으로 충분히 예상됨에도 실제 그러한 경제적 이익을 취하기 위한 합당한 행위를 하였다는 사정은 찾아볼 수 없다. ⑦ 원고가 BB동 오피스텔에 관한 과세관청의 재산세 과세변동 신고안내에도 불구하고, 여전히 업무시설(건축물분)에 해당함을 전제로 주택보다 높은 세율을 적용한 재산세를 납부해 왔다. 그러나 원고로서는 장래 다른 부동산 양도 시 다주택자 양도에 따른 중과세를 회피함에 따른 경제적이익을 충분히 예상하고서 BB동 오피스텔을 업무시설로 볼 수 있는 외형을 의도적으로 형성하여 실제에 부합하지 않게 재산세를 납부하는 재산상 손실을 감수할 만한 충분한 유인과 동기가 있었다고 못 볼 바가 아니다. ⑧ 집합건축물대장과 건물등기부 등공부상 기재 용도는 해당 건물의 실질적 주된 용도가 분명하게 파악되지 않는 경우에보충적으로 참조할 수 있는 것에 불과한바, 그와 같은 형식적인 사정만으로 BB동 오피스텔의 주된 실제 용도가 업무시설에 해당한다고 섣불리 단정할 수는 없다. ⑨ BB동 오피스텔의 기존 세입자가 퇴거한 후 2018. 8.경부터 원고의 배우자가 회화작업실로 사용하고 있고, 2020. 1.경 원고가 BB동 오피시텔을 사업장으로 하는 비주거용 건물 임대업에 관한 사업자등록을 마친 사정들은 모두 AA동 주택 양도 이후 발생한 사정에 불과하여 그 양도 당시 BB동 오피스텔의 실제 용도를 파악하는 데 있어 참조하기에 적절하지 않다.

(3) 소결론 피고가 지적하는 바와 같이 BB동 오피스텔의 주된 용도를 주거용으로 평가할 만한 유력한 사정들이 다수 존재하는바, 원고가 AA동 주택을 양도할 당시 BB동 오피스텔은 사업용 건물이라기보다는 일반 주거용으로 사용되는 건물로서 주택으로보아 그 당시 원고의 소유 주택수에 산입함이 옳고, 원고가 앞서 내세우는 사정만으로는 이와 같은 실체적 판단을 뒤집기에 부족하다. 따라서 원고의 AA동 주택 양도에대하여 1세대 1주택에 관한 특례 규정이 적용될 여지가 없다. 나아가, AA동 주택 양도 당시 원고는 CC동 아파트 및 주거용의 주택으로 취급되는 BB동 오피스텔을 함께 소유하고 있었으므로 1세대 3주택자로서 특별한 사정이 없는 한, 일응 구 소득세법제104조 제4항 제1호에 따른 중과세 대상자에 해당한다.

2. CC동 아파트가 대체주택에 해당하여 일시적 1세대 3주택자에 해당하는지 여부

• 가) 관련 법리 구 소득세법(2009. 12. 31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것) 제104조 제1항제2호의3, 구 소득세법 시행령(2008. 2. 29. 대통령령 제20720호로 개정되기 전의 것)제167조의3 제1항 제2호 (가)목, 제10호 등의 입법 취지와 관련 규정의 체계 등에 비추어 보면, 일반주택(이하 ‘종전주택’이라 한다)과 장기임대주택을 소유한 거주자가 다른 주택(이하 ‘대체주택’이라 한다)을 취득함으로써 장기임대주택을 제외하고도 2주택을 소유하게 되었더라도, 주거를 이전하기 위하여 대체주택을 취득한 것으로서 거주자에게 투기목적이 없고 대체주택을 취득한 후 종전주택을 양도하기까지 소요된 기간이주택거래의 현실 등에 비추어 사회통념상 일시적이라고 인정되는 특별한 사정이 있는경우에는 종전주택의 양도를 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택의 양도로 보아 양도소득세를 중과할 수 없다(대법원 2014. 2. 27. 선고 2010두27806 판결 참조).
• 나) 구체적인 판단 앞서 든 증거들과 갑 제15호증, 을 제8, 11호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정을 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 원고가CC동 아파트를 취득한 것은 주거를 이전하기 위하여 대체주택을 취득한 것으로서 사회통념상 ‘일시적 1세대 3주택자’에 해당한다고 봄이 타당하다. 따라서 원고의 AA동주택 양도에 대하여는 구 소득세법 제104조 제4항 제1호, 제55조 제1항에 따른 50%의중과세율을 적용할 수 없음에도 이와 달리 판단한 피고의 조치는 위법하고, 이를 지적하는 원고의 주장은 이유 있다.

(1) 원고는 AA동 주택을 2017. 10. 31. 매수인 FF에게 양도하기 전인2017. 10. 13. CC동 아파트를 취득함으로써 BB동 오피스텔을 합하여 1세대 3주택자에 해당하게 되었다.

(2) 그런데 원고는 AA동 주택을 취득한 직후인 1984. 10.경 그곳을 주민등록주소지로 하는 전입신고를 마치고 그때부터 CC동 아파트를 취득하기 직후인 2017.11. 2.까지 그와 같은 주민등록 상태를 계속 유지한 채로 그 직전까지 배우자인 EEE와 함께 AA동 주택에서 계속 거주해 온 것으로 보인다. 이후 원고 부부가 CC동아파트를 취득한 직후인 2017. 11. ×. 위 아파트를 주민등록주소지로 하는 전입신고를마치고 그곳에 계속 거주해 온 것으로 보인다. 이처럼 원고는 2017. 10. 13.부터 2017. 10. ×.까지 불과 보름 남짓 정도의 기간 동안 일시적ㆍ잠정적으로 1세대 3주택자에 해당하게 되었는데 이는 주거 이전을 목적으로 CC동 아파트를 대체주택으로 취득함에 따른 것으로 사회통념상 일시적 1세대 3주택자에 해당한다고 볼 여지가 충분하다(CC동 아파트의 매매계약서상 당초 잔금지급일인 ‘2017. 10. 20.’ 또는 변경된 잔금지급일인 ‘2017. 10. 13.’ 중 어느 날을 기준으로 하더라도 마찬가지이다). 이와 달리 원고가 부동산 투기나 임대수익 등 다른 영리적 목적으로 CC동 아파트를 취득한 것이라고 볼 만한 사정은 찾아보기 어렵다.

(3) 따라서 CC동 아파트는 주거 이전을 위한 대체주택으로서 원고는 ‘일시적1세대 3주택자’에 해당하는바, AA동 주택 양도 당시 CC동 아파트는 원고의 소유 주택수에 산입할 수 없어 원고를 실질적으로 1세대 2주택자에 해당하는 것으로 보아 일반세율(40%)을 적용하는 것이 타당하다. 이와 달리 원고가 1세대 3주택자에 해당함을 전제로 AA동 주택 양도에 대하여 50%의 중과세율을 적용한 피고의 조치는 위법하다.

3. 가산세 감면의 정당한 사유 존부

• 가) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재이다. 따라서 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법 해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한사유가 있는 경우에는 이러한 제재를 과할 수 없다. 그러나 세법 해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립 등이 있다고 할 수 없음에도 납세의무자가 자기 나름의 해석에 의하여 납세 등의 의무가 면제된다고 잘못 판단한 것은 단순한 법령의 부지 내지 오해에 불과하여 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하고, 이와 같은 경우 설령 과세관청이 세법에 위반된 신고를 그대로 받아들이면서 시정지시 등을 하지 아니하였다고 하더라도 정당한 사유가 있다고 할 수는 없다(대법원 1991. 9. 13. 선고91누773 판결 등 참조).
• 나) 위 법리에 비추어 보건대, 앞서 든 증거들과 변론 전체의 취지를 종합해 보면, BB동 오피스텔이 주거용 건물에 해당함이 분명하여 원고로서는 AA동 주택 양도에 대하여 적어도 1세대 2주택자의 양도에 해당하는 양도소득세를 신고ㆍ납부하였어야 함이 옳은바, 원고가 주장하는 사정을 감안하더라도, 원고가 위 정당세액에 관한 양도소득세 신고ㆍ납부의무를 이행하지 않은 것은 단순한 법률의 부지ㆍ착오 또는 사실관계의 오인에 의한 것으로서 가산세(신고불성실가산세 84,966,133원, 납부불성실가산세 32,372,096원) 부과를 면제할 정당한 사유가 있는 때에 해당한다고 볼 수 없다. 따라서 가산세 감면에 관한 원고의 주장은 이유 없다.

4. 취소의 범위 원고의 AA동 주택 양도 당시 BB동 오피스텔은 원고의 소유 주택수에 산입되고 CC동 아파트는 원고의 소유 주택수에서 제외하면, 원고는 실질적인 1세대 2주택자에 해당하므로 원고의 AA동 주택 양도에 대하여 과세표준상 40%의 세율을 적용하여야 하며, 원고가 1세대 3주택임을 전제로 50%의 중과세율을 적용할 수 없다. 그리고 장기보유특별공제는 피고의 주장대로 15년 이상 보유에 따른 일반공제율인 30%를 적용하여야 한다. 이와 같은 위법사항을 시정한 원고의 2017년 귀속 양도소득세 정당세액은 아래 <표> 내역과 같이 ×××,×××,563원(가산세 포함)이 되므로 이 사건 처분 중 위금액을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

그렇다면 원고의 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.