이 사건 사업비 전체는 부가가치세의 과세표준이고 이 사건 용역은 부가가치세의 면제 대상이 아님

사 건 2020구합50508 부가가치세경정거부처분취소 원 고 AAAA 피 고 〇〇세무서장 변 론 종 결 2020.10.15 판 결 선 고 2020.12.01

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2019. 3. 19. 원고에 대하여 한 2013년 제2기분 부가가치세 000,000,000원의 경정거부처분을 취소한다.

• 가. 원고의 설립 원고(변경 전 상호: BBB)는 구 지방공기업법(1991. 5. 31. 법률 제4371호로 개정되기 전의 것) 제49조 및 ‘〇〇〇 설치 조례’에 따라 택지의 개발과 공급, 주택의 건설·개량·공급 및 관리 등을 목적으로 CCC가 전액 출자한 지방공사로서, 1988. 12. 21. 내무부장관의 설립인가를 받아 1989. 1. 18. 설립되었다.
• 나. 집단에너지 공급사업의 위탁 및 수행

1. CCC는 1983년경부터 집단에너지사업법에 따라 〇〇〇 및 〇〇〇 등에서 다수의 사용자에게 열 또는 열과 전기를 생산·공급하는 집단에너지 공급사업을 다른 기관에 위탁하여 시행하였고, 2002. 1. 1.부터 지방자치법 제104조 제3항 및 구 ‘CCC 집단에너지공급사업의 시행 및 업무의 위탁에 관한 조례’(2015. 10. 8. CCC 조례 제6016호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘위탁조례’라 한다)에 따라 원고와 ‘집단에너지 공급사업 업무 위·수탁 협약’(이하 ‘위탁협약’이라 한다)을 체결하여 원고에게 관련 업무를 위탁하였다.

2. 원고는 〇〇〇에 집단에너지사업단(이하 ‘사업단’이라 한다)을 설치하여 2002. 1. 1.부터 위탁받은 집단에너지 공급사업의 관리업무를 수행(이하 ‘이 사건 용역’이라 한다)하면서 CCC로부터 지역난방 운영과 관련한 열생산재료비, 인건비, 경비, 위탁수수료 및 지역난방 건설비 등의 사업비를 수취하였는데, 원고의 사업단은 위 사업을 면세사업으로 보아 부가가치세를 신고하지 않았고, 원고의 본점에서 인건비 및 경비의 3% 상당액인 위탁수수료 부분을 과세표준으로 하여 부가가치세를 신고하여 왔다.

• 다. 원고의 2013년 제2기 부가가치세 신고 및 경정청구와 거부처분

1. DDD은 2013. 1. 21.부터 2013. 5. 10.까지 원고에 대한 법인세 정기 통합조사를 실시한 다음, 원고가 CCC로부터 집단에너지 공급사업 대행용역을 포괄적으로 위탁받으면서 2006년 제1기부터 2012년 제2기까지의 부가가치세 과세기간 중 공급가액 0,000억 원 상당을 부가가치세 과세표준에서 누락하였다고 보아 관련 과세자료를 통보하였고, 이에 피고는 2013. 6. 10. 및 2013. 10. 21. 원고에게 2006년 제1기 내지 2012년 제2기 부가가치세(각 가산세 포함) 합계 000,000,000,000원을 결정·고지하였다.

2. 원고는 2013년 이후에도 CCC에 이 사건 용역을 제공하고 사업비를 수취하였는데, 2013년 제2기 부가가치세에 대하여는 CCC로부터 수취한 사업비를 원고 사업단의 부가가치세 과세대상 매출로 하여 아래 표 기재와 같이 2013. 10. 25. 예정신고 및 2014. 1. 25. 확정신고를 하였다. <표 생략>

3. 원고는 2019. 1. 25. 이 사건 용역이 부가가치세 면제 대상이라는 이유에서 위와 같이 예정신고한 2013년 제2기 부가가치세 000,000,000원의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고는 2019. 3. 19. 이를 거부하였다(이하 ‘이 사건 거부처분’이라 한다).

• 라. 전심절차의 경유 원고는 이 사건 거부처분에 불복하여 2019. 6. 14. 조세심판원에 심판청구를 제기하 였으나 2019. 11. 25. 기각되었다.
• 마. 관계 규정 별지 기재와 같다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 10호증(각 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1내지 9, 18호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 요지 이 사건 거부처분은 아래와 같은 이유로 위법하여 취소되어야 한다.

1. 원고는 CCC로부터 집단에너지 공급사업에 필요한 사무 처리를 위탁받아 수행하였고, 위탁수수료를 제외한 나머지 사업비는 위 공급사업에 소요되는 비용으로서 CCC의 지출을 대행한 것에 불과하므로, 경제적 관점에서 이 사건 용역의 공급과 대가관계에 있지 아니하여 부가가치세의 과세표준에 포함될 수 없다.

2. 원고가 CCC로부터 위탁받아 수행한 집단에너지 공급사업은 공익을 목적으로 하는 사업에 해당하고 CCC로부터 실비를 변상받았을 뿐이므로, 이 사건 용역은 구 부가가치세법(2015. 8. 11. 법률 제13474호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조 제1항 제18호, 구 부가가치세법 시행령(2014. 2. 21. 대통령령 제25945호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제45조 제1호, 부가가치세법 시행규칙 제34조 제1항 에 따른 부가가치세 면제 대상에 해당한다.

• 나. 사업비 지급과 이 사건 용역 공급의 대가관계 여부에 관한 판단

1. 구 부가가치세법 제29조 제1항 은 ‘재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다.’라고 규정하고, 같은 조 제3항은 ‘제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액을 말한다. 이 경우 대금, 요금, 수수료, 그 밖에 어떤 명목이든 상관없이 재화 또는 용역을 공급받는 자로부터 받는 금전적 가치 있는 모든 것을 포함하되, 부가가치세는 포함하지 아니한다.’고 규정하면서 ‘금전으로 대가를 받는 경우 그 대가’(제1호) 등을 공급가액으로 정하고 있다. 부가가치세법은 부가가치 창출을 위한 ‘재화 또는 용역의 공급’이라는 거래 그 자체를 과세대상으로 하고 있을 뿐 그 거래에서 얻은 소득이나 부가가치를 직접적인 과세대상으로 삼고 있지 않다. 이와 같이 우리나라의 부가가치세는 실질적인 소득이 아닌 거래의 외형에 대하여 부과하는 거래세의 형태를 띠고 있으므로, 부가가치세법상 납세의무자에 해당하는지 여부 역시 원칙적으로 그 거래에서 발생한 이익이나 비용의 귀속이 아니라 재화 또는 용역의 공급이라는 거래행위를 기준으로 판단하여야 한다(대법원 2017. 5. 18. 선고 2012두22485 전원합의체 판결 등 참조).

2. 앞서 든 증거들에 갑 제11 내지 17호증, 을 제14 내지 17호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 다음과 같은 사실이 인정된다.

• 가) 구 집단에너지사업법(2017. 11. 28. 법률 제15090호로 개정되기 전의 것)에 따른 집단에너지 공급사업이란 많은 수의 사용자를 대상으로 열 또는 열과 전기를 공급하는 사업으로, 산업통상자원부장관으로부터 공급구역별로 허가를 받아 영위할 수 있다.
• 나) 원고는 2002. 1. 1.경 CCC와 위탁협약을 체결하고 지점인 사업단을 설치한 후 CCC 〇〇〇 및 〇〇〇 등 다수의 사용자에 대한 집단에너지 공급사업 관리업무를 수행하여 왔다.
• 다) 위탁협약 제3조은 ‘위탁조례 제3조 제2항에서 정한 집단에너지 공급사업의 업무를 원고에게 위탁하여 시행하게 하고 원고가 위탁받은 업무의 시행 전반에 관한 책임을 진다.’고 정하고, 위탁조례 제3조 제2항에서는 ‘① 공급시설의 기본설계, 실시설계, 시공 및 감리, ② 사업의 운영 및 공급시설·운영시설의 관리, ③ 열·전기 요금의 징수, ④ 공급시설 건설비용 부담금의 징수, ⑤ 그 밖에 사업의 효율적인 운영·관리를 위하여 실시하는 각종 시험·검사 등의 수수료의 징수 등’을 그 위탁사무로 정하고 있다.
• 라) 위탁조례, 위탁협약 및 이에 따라 마련된 집단에너지공급사업 업무처리지침(이하 ‘업무처리지침’이라 한다)의 주요 내용은 다음과 같다.

(1) 원고는 매년 수탁업무의 시행계획을 작성하여 CCC장의 승인을 얻어 시행하여야 하고, 매 회계연도 개시 전 수탁업무에 대한 총수입과 총지출을 예산안으로 편성하여 CCC장의 승인을 얻어야 하며, 매 회계연도 경과 후 3월 이내에 수탁업무에 대한 결산서를 작성하여 CCC장에게 제출하여야 한다(위탁조례 제4조제2항, 제7조 제2항, 제3항, 제4항).

(2) 원고는 위탁받은 업무와 관련하여 시설관리·운영계획서, 건설계획서 및 예산서(이하 ‘예산서 등’이라 한다)를 작성하여 매 회계연도 개시 4월 전까지 CCC에 제출하여 승인을 받고, 예산서 등에 대한 운용 및 지출에 관하여 책임을 지며, 위탁업무에 대한 결산보고서, 재산목록, 대차대조표, 손익계산서 등의 결산서에 공인회계사의 감사보고서를 첨부하여야 한다(위탁협약 제8조 제1항, 제4항, 제11조 제1항, 제2항). 사업비는 예산배정금액 범위 내에서 매월 지급하며, 회계연도가 종료된 때에는 집행한 사업비를 정산하고 잔액은 반납한다(업무처리지침 제10조).

(3) CCC는 원고에게 공급업무와 관련된 인건비와 일반경비 합계액의 3%를 위탁수수료(부가가치세 별도)로 지급하고, 그 위탁수수료는 원고가 지정하는 계좌에 다른 위탁사업비와 구분하여 지급한다. CCC는 원고로부터 결산서를 제출받은 후 3개월 이내에 위탁업무 전반에 대하여 경영실적을 평가할 수 있고, 경영실적 평가 결과에 따라 익년도 예산 범위 내에서 성과금을 지급할 수 있다(위탁협약 제12조 제1항, 제2항, 제16조 제1항, 제2항).

(4) CCC장은 원고의 수탁업무를 지도하기 위하여 처리지침을 시달하고 그이행 여부를 감독할 수 있으며 업무상 필요한 명령을 할 수 있고(위탁조례 제8조 제1항), 원고는 위탁받은 업무를 수행함에 있어 관계법규와 명령, 위탁협약에서 정한 사항및 업무처리지침을 준수하고 경영개선을 위하여 지속적으로 노력하여야 하며, 매 회계연도 개시 후 CCC에 경영개선 계획을 포함한 사업시행계획서를 제출하여 승인을 받아야 한다(위탁협약 제8조 제2항, 제13조 제1항).

• 마) 원고가 위탁받은 집단에너지 공급사업 사무에 관한 예산은 위탁조례 제5조 제2항 및 구 ‘CCC 집단에너지공급사업특별회계 설치 조례’(2015. 10. 8. CCC 조례 제6016호로 개정되기 전의 것)에 따라 설치된 CCC의 특별회계로 운영되고, 사업단의 예산은 지역난방 운영과 관련한 열생산재료비, 인건비, 경비 등 항목과, 지역난방 건설과 관련한 건설비(각종 공사나 시설 설치 관련 비용) 등으로 구성되어있다.

3. 위 인정사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 원고가 CCC로부터 지급받은 사업비는 위탁받은 집단에너지 공급사업 관리업무를 수행하며 공급한 이 사건 용역의 대가로서 부가가치세의 과세표준이 된다 할 것이므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

• 가) 원고가 위탁받아 수행한 집단에너지 공급사업의 사무는 ‘공급시설의 설계, 시공 및 감리, 사업 운영 및 시설관리, 요금 및 부담금, 수수료의 징수 등’ 집단에너지 공급사업의 제반 업무이고, 그 시행 전반에 관한 책임을 지며, 사업시행계획을 수립하거나 예산안을 편성하여 사업비를 집행하고, 경영실적에 대한 평가를 받는 점 등에 비추어 보면, 원고는 CCC로부터 집단에너지 공급사업을 포괄적으로 위탁받았다고 봄이 상당하다.
• 나) 사업단의 예산에 포함되는 열생산재료비는 집단에너지 공급을 위해 소요되는 비용으로 원고가 그 계약당사자로서 공급업체로부터 열생산재료를 공급받으면서 지출한 것이고, 건설비는 열공급시설과 부대시설의 건설, 운영 및 유지관리비용 등으로 원고 명의로 공사계약 등을 체결한 다음 원고의 회계결의를 통해 지출한 것이며, 인건비의 지급대상이 되는 사업단의 직원들은 원고 소속이고, 경비 또한 이 사건 용역의 공급 과정에서 지출하는 것이므로, 위 각 비용은 모두 원고가 위탁받은 사무 수행을 위해 자기의 명의와 계산으로 지출한 것이다. 따라서 원고가 CCC로부터 위 각 비용 명목으로 지급받은 사업비는 이 사건 용역의 공급에 대한 직접적인 대가에 해당한다 할 것이고, CCC장으로부터 승인받아 사업단의 예산을 편성하여 CCC 특별회계로 처리하였다거나 실제 지출액수에 따라 CCC와 사이에 사업비 정산이이루어진다는 사정만으로 원고가 단순히 CCC를 대행하여 사업비를 지출하는 지위에 있었다고 볼 수 없다.
• 다) CCC장으로부터 승인을 받은 시행계획에 따라 수탁업무를 수행하고 이에 관하여 지도·감독을 받도록 정한 관련 규정들은 지방공사인 원고가 위탁받아 수행하는 집단에너지 공급사업의 사업비 지출 및 업무 수행에 대해 CCC의 통제를 받도록 한 것에 불과하므로, 사업비와 이 사건 용역 공급과의 대가관계를 부정할 만한 사정에 해당하지 않는다.
• 다. 이 사건 용역 공급에 대해 부가가치세가 면제되는지 여부에 관한 판단

1. 구 부가가치세법 제26조 제1항 제18호 는 부가가치세 면제 대상의 하나로 ‘종교, 자선, 학술, 구호, 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것’을 규정하고 있고, 그 위임에 따른 구 부가가치세법 시행령 제45조 는 ‘법 제26조 제1항 제18호에 따른 종교, 자선, 학술, 구호, 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역은 다음 각 호의 재화 또는 용역으로 한다.’라고 규정하면서 제1호에서 ‘주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에등록된 단체로서 상속세 및 증여세법 시행령 제12조 각 호의 어느 하나에 따른 사업 또는 기획재정부령으로 정하는 사업을 하는 단체가 그 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하거나 실비 또는 무상으로 공급하는 재화 또는 용역’을 정하고 있으며, 부가가치세법 시행규칙 제34조 제1항 은 “영 제45조 제1호에서 ’기획재정부령이 정하는 사업‘이란 비영리법인의 사업으로서 종교, 자선, 학술, 구호, 사회복지, 교육, 문화,예술 등 공익을 목적으로 하는 사업을 말한다.’라고 규정하고 있다. 따라서 위 관련 규정에 의한 부가가치세 면제 대상이 되기 위해서는 재화 또는 용역을 공급하는 단체가주무관청의 허가 또는 인가를 받거나 주무관청에 등록된 단체로서 부가가치세법 시행규칙 제34조 제1항 이 규정하는 사업을 하는 단체이어야 하고, 공급하는 재화 또는 용역이 그 단체 고유의 사업목적을 위하여 일시적으로 공급하는 것이거나 실비 또는 무상으로 공급하는 것에 해당하여야 한다.

2. 앞서 인정한 사실에 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들에 의하면, 이 사건 용역은 구 부가가치세법 제26조 제1항 제18호, 구 부가가치세법 시행령 제45조 제1호, 부가가치세법 시행규칙 제34조 제1항 소정의 부가가치세 면제 대상에 해당한다고 할 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

• 가) 원고의 정관 제30조 제1항에서는 결산이익금을 ‘이월결손금의 보전, 이익준비금의 적립, 시 일반회계에 납입, 사업준비금의 적립’의 순으로 처리하도록 정하여 원고의 결산 결과 이익이 생긴 때에 지방공기업법 제67조 제1항 에 따라 출자자인 CCC에 대한 이익배당의 실시를 예정하고 있다. 또한 원고는 이 사건 용역을 공급한 대가로 CCC로부터 인건비 및 경비의 3% 상당액인 위탁수수료를 지급받아 왔고, 경영실적 평가 결과에 따른 성과금을 지급받기로 약정하였으므로, 원고가 수행하는 집단에너지 공급사업의 관리업무는 수익사업에 해당한다. 따라서 원고는 ‘비영리법인’에 해당한다고 볼 수 없다.
• 나) 원고는 택지의 개발과 공급, 주택의 건설·개량·공급 및 관리 등을 목적으로 설립된 지방공사이다. 원고의 정관은 제6조 제1항 제6호에서 수행하는 사업의 하나로 ‘국가 또는 지방자치단체로부터 위탁받은 업무’를 정하고 있고, 이에 따라 원고가 CCC로부터 위탁받은 집단에너지 공급사업 관리업무를 수행하였으나, 이는 원고의 위 설립목적과 별다른 관련 없는 수익사업에 해당한다. 따라서 집단에너지 공급사업 관리 업무를 수행하면서 공급한 이 사건 용역은 원고 고유의 사업목적을 위한 것이라고 보기 어렵다.
• 다) 원고는 2002. 1. 1. 이후 계속하여 집단에너지 공급사업 관리업무를 수행하였고, CCC 특별회계로 처리되어 실제 지출에 따라 정산이 이루어지는 다른 사업비와 별도로 위탁수수료를 지급받아 왔으며, 인건비와 일반경비 합계액의 3%로 정하여 진 위탁수수료 상당액이 실제 지출 비용에 상응하는 것이라고 인정할 아무런 증거가 없다. 따라서 원고가 이 사건 용역을 일시적으로 공급하였다거나 실비 또는 무상으로 공급하였다고 볼 수 없다.

그렇다면 원고의 이 사건 각 청구는 모두 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주 문과 같이 판결한다.