공제회법의 회원이 납입한 부담금에 부가하여 지급하는 부가금은 수익사업의 손금에 해당하지 아니함 ​

사 건 2020구합50256 법인세경정거부처분취소 원 고 aa 피 고 ss세무서장 변 론 종 결

2020. 9. 26. 판 결 선 고

2020. 12. 4.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2018. 6. 11. 원고에 대하여 한 2012사업연도 결손금 221,041,547,338원의 증액 경정거부처분을 취소한다.

• 가. 원고는 지방자치단체의 공무원 등에 대한 효율적인 공제제도를 확립·운영함으로써 이들의 생활안정과 복리증진을 도모하기 위해 대한지방행정공제회법(이하 ‘법’이라고만 한다)에 따라 설립된 비영리내국법인이다.
• 나. 원고는 회원들로부터 수취한 퇴직급여 부담금, 한아름목돈예탁급여 부담금 등을 재원으로 각종 금융상품이나 부동산 등에 투자하고 이로써 얻는 수익으로 회원들에게 일정한 사유가 발생한 경우 회원들이 납부한 부담금에 원고의 정관 등에서 정한 지급기준에 따른 부가금을 합한 금액을 퇴직급여, 한아름목돈예탁급여 등으로 지급하는 급여사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)을 하여 왔다. 그 구체적 내용은 다음과 같다.

1. 퇴직급여사업 원고의 회원은 100구좌 이내에서 구좌 수를 선택하여 1구좌당 매월 10,000원의 비율로 산정한 부담금을 납부할 의무를 부담한다. 회원이 퇴직 등을 하면 그동안 납부한 부담금에 퇴직급여율 등에 따라 산정한 부가금을 더한 퇴직급여를 지급받게 된다.

2. 한아름목돈예탁급여사업 원고의 회원이거나 회원이었다가 퇴직한 자가 5억 원 이내에서 100만 원 단위로 정한 부담금을 일시에 납부하면, 만기 등이 되었을 때 납부한 부담금에 일정한 지급률에 따라 산정한 부가금을 더한 한아름목돈예탁급여를 지급받게 된다.

• 다. 원고는 2012사업연도 손익계산서상 이 사건 사업의 부가금으로서 고유목적사업준비금 전입액 481,823,653,543원[퇴직급여준비금 245,780,510,410원, 한아름목돈예탁급여준비금 48,690,624,910원 합계 294,471,135,320원(이하 ‘이 사건 부가금’이라 한다)포함]을 계상하고, 그 중 고유목적사업준비금 한도액 260,782,106,205원을 초과하는 221,041,547,338원을 손금불산입하여 피고에게 법인세를 신고하였다(결손금14,545,007,572원).
• 라. 그 후 원고는 위 고유목적사업준비금 전입액 중 이 사건 부가금은 수익사업의 손금(이자비용)으로 산입하고 나머지 187,352,518,223원(481,823,653,543원 –294,471,135,320원)만 고유목적사업준비금으로 계상하는 것으로 고유목적사업준비금조정명세서 및 소득금액조정합계표를 수정한 후 위 187,352,518,223원이 고유목적사업준비금 한도액의 범위 내에 있는 이상 당초 법인세 신고 시 고유목적사업준비금 한도초과액으로 손금불산입 신고한 부분인 221,041,547,338원을 전액 손금산입하여야 한다는 이유로, 2018. 3. 25. 피고에게 2012사업연도 결손금을 14,545,007,572원에서 235,586,554,910원으로 증액경정해 달라는 취지의 경정청구를 하였다.
• 마. 피고는 2018. 6. 11. ‘이 사건 부가금의 지출은 고유목적사업에 해당하므로 수익사업의 손금으로 산입할 수 없다.’는 이유로 원고의 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건 거부처분’이라 한다).
• 바. 원고는 이 사건 거부처분에 불복하여 2018. 8. 29. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2019. 10. 15. 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 11호증(가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1내지 5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장

1. 주위적으로, 원고가 회원들로부터 납입받은 부담금을 재원으로 운영한 수익사업에서 얻은 소득에 대하여 법인세를 과세하는 이상 회원들에게 지급되는 이 사건 부가금은 부담금 납입에 대한 대가로서 지급되는 이자비용에 해당하여 손금으로 산입되어야 한다. 또한 부가금이 원고의 고유목적사업으로 정한 이 사건 사업의 급여로서 지급 되는 것이라고 하더라도, 이 사건 부가금은 부담금의 운용수익에 대응하는 비용으로서 부담금 운용수익과 수익·비용 대응의 관계에 있다고 할 것이므로, 수익사업의 손금에 상응하는바, 소득과세의 원칙상 수익과 관련된 손비의 공제를 부인할 수 없다(이하 ‘주위적 주장’이라 한다).

2. 예비적으로, 구 법인세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24357호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제2조 제1항 단서 제5호 나목에 따라 수익사업에서 제외되는 ‘급여사업’은 보험적 성격의 사업인 공제업의 일종이라고 보아야 하는데, 이 사건 사업은 그 실질이 납부한 금원에 정해진 이자를 가산하여 돌려주는 금융상품에 불과하여 급여사업이 아니므로, 이 사건 부가금은 급여사업이 아닌 수익사업의 지출에 해당하여 수익사업의 손금으로 산입되어야 한다(이하 ‘제1 예비적 주장’이라 한다). 그렇지 않더라도, 원고는 회원들로부터 적립금으로 부담금을 납입받아 이를 운용하여 얻은 수익금으로 기금을 조성하고 해당 기금을 회원들에게 지급하는 방식의 공제업을 영위하였는바, 원고의 부담금 운용은 기금(수익금)을 마련하는 행위로 고유목적사업인 기금조성사업에 해당하고, 이 사건 부가금에 대응하는 부담금 운용수익은 그러한 고유목적사업의 수익이므로 법인세 과세대상에서 제외하여야 한다. 그럼에도 이를 수익사업의 익금으로 보아 과세한 것은 위법하다(이하 ‘제2 예비적 주장’이라 한다).

• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 인정사실

1. 원고의 정관 중 이 사건 관련 규정은 다음과 같다. (규정 생략)

2. 원고의 내부규정인 공제금급여규정 및 한아름목돈예탁급여규정 중 이 사건 관련 규정은 다음과 같다. (규정 생략)

3. 원고는 회원부담금을 자본금으로, 지급준비금을 부채로 각 계상하는 한편, 회원급여의 지급을 위한 고유목적사업과 기금조성을 위한 수익사업으로 구분하여 회계처리하면서, 수익사업회계의 수익을 목적사업회계로 전출하여 고유목적사업비용으로 지출하였다. [인정근거] 갑 제11호증, 을 제1, 2, 3, 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 라. 판단

1. 주위적 주장에 관하여

• 가) 관련 법리 구 법인세법(2014. 1. 1. 법률 제12166호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제3조는 제1항에서 비영리내국법인에 대하여는 ‘각 사업연도의 소득’ 및 ‘토지 등 양도소득’에 대하여만 법인세를 부과한다고 규정하고 있고, 제3항에서 비영리내국법인의 각 사업연도 소득은 그 각 호의 사업 또는 수입(이하 ‘수익사업’이라고 한다)에서 생기는 소득으로 한다고 규정하고 있다. 또한 구 법인세법 제113조 제1항 은 비영리법인이 수익사업을 하는 경우에는 자산·부채 및 손익을 그 수익사업에 속하는 것과 수입사업이 아닌 그 밖의 사업에 속하는 것을 각각 다른 회계로 구분하여 기록하여야 한다고 규정하고 있다. 한편 구 법인세법 제29조 제1항 은 비영리내국법인이 각 사업연도에 그 법인의 고유목적사업 등에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에 일정한도액의 범위 안에서 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입하도록 규정하고 있고, 제4항 제4호는 고유목적사업준비금을 손금에 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업 등에 사용하지 아니한 때에는 그 잔액을 해당 사유가 발생한 날이 속하는 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 익금에 산입하도록 규정하고 있다. 이와 같은 규정들은 비영리내국법인이 고유목적사업준비금으로 계상한 부분에 대하여 고유목적사업 등에 지출하기 전이라도 미리 손금에 산입할 수 있도록 허용하는 대신, 고유목적사업준비금을 손금에 계상한 사업연도의 종료일 이후 5년이 되는 날까지는 고유목적사업 등에 지출이 이루어져야 한다는 점을 전제로 하여 위 기간 동안 과세를 이연함으로써 비영리내국법인이 공익사업을 원활하게 수행할 수 있도록 하기 위한 것이다. 위와 같은 관련 규정의 문언과 체계, 특히 구 법인세법이 비영리내국법인에 대하여 수익사업과 고유목적사업 등을 구분하고 수익사업에서 생기는 소득에 대하여만 과세하면서도 고유목적사업 등에 지출하기 위한 고유목적사업준비금을 일정 한도액의 범위 안에서 수익사업의 손금에 산입할 수 있도록 한 취지 등을 종합하면, 비영리내국법인의 경우 수익사업에서 얻은 소득을 고유목적사업 등에 지출한다고 하더라도, 특별한 사정이 없는 한 이는 수익사업의 소득을 얻기 위하여 지출한 비용으로 볼 수 없으므로, 이를 고유목적사업준비금의 손금산입한도액 범위 안에서 손금에 산입할 수 있을 뿐, 이와 별도로 비영리내국법인의 선택에 따라 그 지출금을 수익사업의 수익에 대응하는 비용으로 보아 손금에 산입하는 것은 허용될 수 없다고 봄이 타당하다(대법원2020. 5. 28. 선고 2018두32330 판결 등 참조).
• 나) 구체적 판단 앞서 인정한 사실을 통해 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 위 법리에 비추어 보면, 이 사건 부가금은 원고가 고유목적사업인 급여사업에 지출한 것으로서 수익사업의 소득을 얻기 위해 지출한 비용 또는 이자비용으로 볼 수 없으므로, 이를 원고의 수익사업에 관한 손금에 산입할 수는 없다. 원고의 주위적 주장은 이유 없다.

(1) 법의 규정과 원고의 정관 등에 의하면, 이 사건 사업은 회원들의 생활안정과 복지증진을 도모할 목적으로 하는 ‘회원에 대한 급여의 지급’을 위한 사업으로서 원고의 고유목적사업에 해당한다. 이 사건 부가금은 이와 같은 원고의 고유목적사업인 급여사업에 지출된 것이므로, 이를 원고가 수익사업과 관련하여 수익을 얻기 위하여 지출한 비용이라고 볼 수 없다.

(2) 구 법인세법 제29조 제1항 및 법의 규정 등에 의하면, 원고는 퇴직급여와 한아름목돈예탁급여에 포함되는 부가금의 지급을 위하여 고유목적사업준비금을 계상·적립하여야 하고, 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우 일정 한도액의 범위 안에서 수익사업에 관한 손금에 산입할 수 있을 뿐이다. 만약 이 사건 부가금을 수익사업의 손금에 모두 산입할 수 있다고 본다면, 위와 같은 고유목적사업준비금에 대한 손금산입 한도액 규정을 둘 이유가 없다.

(3) 앞서 본 바와 같이 이 사건 부가금은 원고의 고유목적사업인 급여사업에 지출되는 것이므로, 구 법인세법 제113조 제1항 등에서 정한 비영리내국법인의 구분경리 원칙에 따라 고유목적사업 즉, 비수익사업의 회계에 구분하여 기장되어야 한다. 원고는 2012사업연도 지급준비금 전입액 481,823,653,543원을 ‘고유목적사업준비금 전입액’으로 수익사업 부문의 비용항목에 회계처리하였을 뿐 수익사업 부문에서 발생하는 별도의 ‘이자비용’ 항목으로 회계처리하지는 않았다. 그럼에도 위 전입액이 수익사업 부문의 비용항목에 회계처리되었다는 사정만으로 이 사건 부가금을 이자비용과 동일하게 보아 수익사업에 관련된 손금에 해당한다고 단정하기 어렵다.

(4) 설령 원고의 회원들이 지급받는 이 사건 부가금이 이자소득세의 과세대상에 해당한다고 하더라도, 이 사건 부가금이 이를 지급받는 회원들의 이자소득세의 과세대상에 해당하는지 여부와 이를 지급하는 원고의 수익사업의 손금으로 인정되는지 여부는별개의 문제이다.

2. 제1 예비적 주장에 관하여 앞서 인정한 사실과 관련 규정 등을 통해 알 수 있는 다음과 같은 사정들 즉, ① 원고의 정관 제26조 제1, 2항은 퇴직급여 및 한아름목돈예탁급여의 지급을 원고의 급여 사업에 포함시키고 있는 점, ② 구 법인세법 및 같은 법 시행령은 급여사업을 수익사업에서 제외하고 있을 뿐, 보험적 성격이 없는 급여사업과 보험적 성격이 있는 급여사업을 구분하여 정하고 있지는 않은 점 등에 비추어 보면, 이 사건 부가금은 원고의 고유목적사업인 급여사업의 지출에 해당한다고 할 것이므로, 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3. 제2 예비적 주장에 관하여

• 가) 관련 법리 비영리내국법인이 수행하는 어느 사업이 법인세의 비과세대상에서 제외되어 과세되는 구 법인세법 제3조 제3항 소정의 수익사업인지 여부는 당해 사업이 수익성을 가진 것인지 여부에 의하여 판단할 것이므로, 그 사업에서 얻는 수익이 종국적으로 고유목적사업의 재원조달에 충당된다고 하여 그 사업 자체의 수익성을 부정할 수는 없다(대법원 1991. 5. 10. 선고 90누4327 판결 참조).
• 나) 구체적 판단 앞서 인정한 사실과 관련 규정 등을 통해 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 위 법리에 비추어 보면, 이 사건 부가금에 대응하는 부담금 운용수익은 수익사업으로부터 발생한 것으로서 익금에 산입함이 상당하다. 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

(1) 원고는 회원급여의 지급을 위한 고유목적사업과 기금조성을 위한 수익사업으로 회계를 구분하는 한편, 수익사업회계의 수익을 목적사업회계로 전출하여 고유목적사업비용으로 지출하는 방식으로 회계처리를 하여 왔는바, 이는 고유목적사업으로서 과세대상에서 제외되는 사업 범위를 명확히 하려는 취지로 보인다.

(2) 한편 원고의 정관 제26조 제5항은 ‘기금조성을 위한 사업은 다음 각 호와 같다.’라고 규정하면서 각 호에서 그 사업 중 하나로 ‘부동산의 개발, 취득, 처분 및 임대사업’(제3호), ‘유가증권 투자’(제5호) 등을 들고 있으나, 원고가 회원들로부터 수취한 부담금 등을 재원으로 부동산이나 금융상품 등에 투자하여 수익을 얻는 행위는, 그 자체가 구 법인세법 시행령 제2조 제1항 단서 제5호 나목에서 비수익사업으로 규정한 ‘기금조성사업’이라고 할 수는 없고, 위 규정의 기금조성사업을 통해 조성된 기금을 운용하여 수익을 창출한 것에 해당하여 그 자체로 수익성을 가진 것이거나 수익의 목적으로 영위된 것이므로 수익사업으로 봄이 상당하다.

(3) 구 법인세법 제3조 제3항 이 ‘비영리법인의 각 사업연도 소득은 다음 각 호의 수익사업에서 생기는 소득으로 한다.’고 규정하면서, 제1호에서 ‘제조업, 건설업, 도매업·소매업, 소비자용품수리업, 부동산·임대 및 사업서비스업 등의 사업으로서 대통령령으로 정하는 것’이라고 규정하고 있고, 그 위임에 따른 같은 법 시행령 제2조 제1항 본문은 한국표준산업분류에 의한 각 사업 중 수익이 발생하는 것을 수익사업으로, 같은 항단서 제5호는 그 수익사업에서 제외되는 사업으로서 ‘기금조성사업 및 급여사업’을 각 규정하고 있는바, 위 각 규정은 비영리내국법인의 목적 달성을 위해 ‘기금조성사업 및 급여사업’을 비수익사업으로 정하여 과세대상에서 제외하고 있을 뿐, 수익사업에서 생기는 소득의 용도를 따져 과세대상 해당 여부를 규정하고 있지는 않다. 이러한 규정취지에 비추어, 비영리내국법인이 관련 법령 등에서 정한 수익사업을 영위한 경우 그 소득은 주된 목적사업을 위하여 사용되었는지 관계없이 당연히 과세대상이라고 보는 것이 타당하다. 이와 달리 비영리내국법인이 고유목적사업의 재원조달을 위하여 수익사업을 한 경우 이를 기금조성사업에 해당하는 것으로 보아 과세를 하지 않는다면, 비영리내국법인이 수익사업의 소득을 고유목적사업에 사용하기만 하면 이에 대하여 과세를 하지 않는 결과를 낳게 되는바, 이는 구 법인세법이 비영리내국법인에 대하여 수익사업과 고유목적사업 등을 구분하고 수익사업에서 생기는 소득에 대하여만 과세하면서 고유목적사업준비금을 일정 범위에서만 수익사업의 손금에 산입할 수 있도록 정한 취지에 반하고, 과세형평에도 맞지 않아 불합리하다.

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.