원고가 주권상장법인의 대주주에 해당하는지 여부

사 건 2020구단79878 양도소득세 경정거부처분 취소 원 고

○○○ 피 고 ◎◎세무서장 변 론 종 결

2021. 8. 20. 판 결 선 고

2021. 11. 12.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2020. 6. 24. 원고에게 한 2018년 귀속 양도소득세 863,269,831원 부과처분을795,188,424원으로의 경정청구 거부처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2017. 12. 31. 기준 주권상장법인인 AA 주식회사(이하 ‘이 사건 회사’라 한다) 주식 131,628주(주당 14,950원, 시가총액 1,967,838,600원)를 보유하고 있었다.
• 나. 원고는 2018. 2. 9. 위 주식 131,628주 전부를 매도하였고, 2018. 4. 2. 이 사건 회사 주식 25,800주를, 2018. 4. 5. 이 사건 회사 주식 43,200주를 재매수한 뒤, 2018. 4. 24.부터 2018. 4. 26.까지 이를 모두 매도하였다. 원고는 위 69,000주(이하 ‘이 사건 쟁점 주식’이라 한다)의 거래로 아래 표 기재와 같이 양도차익 314,288,662원이 발생하였다. 원고는 2018년 귀속 양도소득세 795,188,424원을 예정 신고할 당시 위 양도차익에 대한 신고를 누락하였다가 2019. 10. 15. 피고에게 위 양도차익 314,288,662원에 대한 양도소득세 68,081,407원을 추가하는 내용으로 2018년 귀속 양도소득세를 863,269,831원으로 수정신고․납부하였다.
• 라. 원고는 2020. 4. 24. 이 사건 쟁점 주식은 2017. 12. 31. 보유하고 있던 대주주 요건을 충족한 주식이 아닌 2018. 4. 2.부터 새로 취득한 주식이므로 그 거래로 인하여 발생한 양도차익은 양도소득세 과세대상이 아니라고 주장하면서 피고에 대하여 2018년 귀속 양도소득세 863,269,831원 중 위 양도차익에 대한 양도소득세 68,081,407원의 환급을 구하는 취지의 경정청구를 하였다.
• 마. 그러나 피고는 2020. 6. 24. 위 경정청구를 거부하였고(이하 ‘이 사건 거부처분’이라 한다), 이에 불복한 원고가 2020. 7. 20. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2020. 12. 11. 그 청구가 기각되었다.

2. 이 사건 거부처분의 적법 여부

• 가. 원고의 주장 구 소득세법(2018. 12. 31. 법률 제16104호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제94조 제1항 제3호 가목, 구 소득세법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30395호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제157조 제4항 제2호에 의하면, 주식의 경우 지분비율, 시가총액 등 기준으로 일정한 ‘대주주’ 요건에 해당하는 자가 매각한 주식에 대해서만 예외적으로 양도소득세를 과세하고 있는데, 위 규정 문언에 비추어 보면, 직전 사업연도 종료일 현재 ‘대주주’ 요건 충족에 기여한 해당 주식이 매각되었을 때 발생한 양도차익에 대해서 과세하는 것으로 해석되므로, 그 반대 해석에 의하여 ‘대주주’ 요건 충족에 기여하지 아니한 주식으로부터 발생한 양도차익에 대해서는 과세대상에 포함하는 것으로 해석할 수는 없다. 원고가 2017. 12. 31. 기준 대주주 요건을 충족하는 주식을 2018. 2. 9. 모두 매각한 이후 다시 취득․매각한 이 사건 쟁점 주식의 양도차익에 대해서까지 원고를 ‘대주주’로 보아 양도소득세 과세대상으로 본 이 사건 거부처분은 조세법률주의 원칙에 반하여 위법하다.
• 나. 관계 법령 별지 관계법령 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하고, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(1998. 3. 27. 선고 97누20090 판결 참조).

2. 구체적 판단

• 가) 구 소득세법 제94조 제1항 제3호 가목은 주권상장법인의 주식등과 관련하여 ‘그 소유주식의 비율·시가총액 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 주권상장법인의 대주주가 양도하는 주식’만을 양도소득세 과세대상으로 정하고 있고, 그 위임을 받은 구 소득세법 시행령 제157조 제4항 제2호 (이하 ‘이 사건 시행령 조항’이라 한다)는 ’주식등의 양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도 종료일 현재 주주 1인 및 기타주주가 소유하고 있는 해당 법인의 주식등의 시가총액이 각 목의 구분에 따른 금액 이상인 경우 해당 주주 1인 및 기타주주‘를 주권상장법인의 대주주로 정하면서, 나목에서 ’2018. 4. 1.부터 2020. 3. 31.까지 기간 동안 주식등을 양도하는 경우에는 주식등의 시가총액이 15억 원 이상인 경우의 해당 주주 1인 및 기타주주‘를 주권상장법인의 대주주로 규정하고 있다. 주권상장법인의 주식 등의 양도에 따른 소득의 발생에도 불구하고 일정한 경우 그 양도소득세 과세대상에서 제외하고 있는 구 소득세법 제94조 제1항 및 이 사건 시행령 조항은 그 입법 취지와 내용에 비추어 양도소득세의 비과세 혹은 감면 요건을 규정한 특혜규정이라 할 것이어서 그 범위의 해당 여부에 관한 판정은 조세공평의 원칙에 입각하여 엄격히 이루어져야 한다.
• 나) 부동산 등 다른 자산과 달리 주권상장법인 주식의 양도로 인한 소득의 경우에는 자본시장의 충격을 완화하고 소액 투자자의 이익을 보호하고자 1998. 12. 28. 법률 제5580호로 개정된 소득세법 제94조 제3호 는 일정 규모 이상의 주식을 소유한 대주주의 주식 양도만을 과세 대상으로 삼았으나, 주식 시장이 성숙됨에 따라 자본소득 과세 정상화의 필요성과 더불어 과세 형평성 및 실효성 제고 등을 감안하여 소득세법 및 그 시행령은 그 개정을 통해 과세대상이 되는 대주주의 범위를 지속적으로 확장하여 왔다. 1999. 12. 31. 대통령령 제16664호로 개정되기 전의 구 소득세법 시행령 제157조 제6항 은 양도소득세 부과대상이 되는 대주주의 해당 여부를 주식을 양도하는 날 현재의 주식보유비율을 기준으로 개별적으로 판단하는 입장을 취하였으나, 1999. 12. 31. 개정으로 ‘직전 사업연도 종료일’이라는 특정 시점을 기준으로 대주주 해당 여부를 판단하는 방식으로 개정되었고 현재 이 사건 시행령 조항에 이르기까지 그와 같은 입장은 유지되고 있다. 이는 주권상장법인의 주식 거래가 빈번히 그리고 대규모로 이루어지는 특성 등을 고려하여 예외적인 과세대상이 되는 대주주 요건의 판단기준시점을 직전사업연도 종료일로 설정하고, 위 시점에 대주주 요건에 해당하는 경우 그 후 주식보유 여부 및 그 가액 또는 비율이 변동하더라도 해당 과세연도에는 대주주 자격이 지속되도록 하여 그 ‘대주주’가 당해 연도 해당 법인 주식 양도 일체에 대해서 과세하고자 하는 취지로 보이고, 원고의 주장과 같이 그 주주가 ‘대주주’로서 보유했던 ‘대주주’ 요건 충족에 기여한 해당 주식의 양도에 대하여만 과세하고자 하는 취지가 아니라고 해석된다.
• 다) 이 사건 시행령 조항을 직전 사업연도종료일 현재 주권상장법인의 주식을 시가총액 15억 원 이상 보유하다가 2018. 4. 1. 이전에 이를 모두 처분한 경우에 그 이후에 취득하는 주식의 양도에 있어 해당 주주를 ‘대주주’에서 제외하거나 ‘대주주’의 지위를 상실하였다는 것으로 제한하여 해석할 만한 합리적인 근거를 찾기 어렵고, 그와 같은 해석은 해당 과세연도에 주식의 양도가 있을 때마다 ‘대주주’ 요건에 부합하는지, 부합한다면 해당 양도 주식이 ‘대주주’ 요건 충족에 기여한 해당 주식인지 여부를 개별적으로 판단해야 한다는 것으로 이 사건 시행령 조항의 입법 연혁 및 취지에 정면으로 반하며 부동산 등 다른 자산과의 과세형평의 측면에서도 타당성을 인정하기 어렵다.
• 라. 소결론 원고가 직전 사업연도 종료일인 2017. 12. 31. 기준 시가총액 15억 원 이상의 이 사건 회사 주식을 소유하였는바, 2018. 4. 1. 이후의 기간 동안 주식등을 양도하는 경우 원고는 이 사건 시행령 조항에 따른 대주주이므로, 2018. 4. 1. 이후의 거래로 발생한 이 사건 쟁점 주식의 양도차익은 양도소득세 과세대상이라 할 것이다. 따라서 원고의 경정청구를 거부한 피고의 이 사건 거부처분은 적법하고, 이와 달리 이 사건 거부 처분이 조세법률주의원칙에 어긋난다는 원고 주장은 이유 없다.

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.