자산총액 5천억원 이상인 기업이 이 사건 회사 주식의 100분의 30 이상을 간접적으로 소유하고 있으면서 최다출자자인 경우에 해당하므로, 이 사건 회사는 중소기업에 해당하지 않음

사 건 2020구단76749 양도소득세부과처분취소 원 고 홍○○ 피 고

○○세무서장 변 론 종 결

2021. 8. 18. 판 결 선 고

2021. 9. 29.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2019. 4. 1. 원고에게 한 2013년 귀속 양도소득세 307,796,080원의 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고는 2013. 11. 4. 주식회사 AA(이하 ‘이 사건 회사’라 한다)의 주식 1,026주를 양도하고, 2014. 2. 28. 이 사건 회사가 중소기업에 해당한다면서 구 소득세법(2014. 1. 1. 법률 제12169호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제104조 제1항 제11호 나목에서 정한 10%의 세율을 적용하여 양도소득세 197,945,940원을 신고․납부하였다.
• 나. 피고는 2019. 2. 20.부터 같은 해 3. 11.까지 피고에 대한 세무조사를 실시한 결과, 이 사건 회사의 주식 중 44.44%는 주식회사 BB(이하 ‘BB’이라 한다)이 소유하고 있는데, BB은 아래 도식 기재와 같이 자산총액이 5천억원 이상인 해외법인 CC가 DD(이하 ‘① 회사’라 한다), EE(이하 ‘② 회사’라 한다), FF(이하 ‘③ 회사’라 한다), GG(이하 ‘④ 회사’라 한다), HH(이하 ‘⑤ 회사’라 한다), II(이하 ‘⑥ 회사’라 한다)를 통해 100% 지분을 소유하고 있는 법인이므로, 이 사건 회사는 결국 자산총액이 5천억 원 이상인 CC가 100분의 30 이상 지분을 간접소유하고 있어 구 중소기업기본법 시행령(2013. 12. 30. 대통령령 제25050호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제3조 제1항 제1호 나목, 제2호 나목에 따라 중소기업에 해당하지 않는다.’라고 보아, 2019. 4. 1. 원고에게 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 다목에서 정한 20%의 세율을 적용하여 2013년 귀속 양도소득세 307,796,080원(납부불성실 가산세 109,850,115원 포함)을 경정․고지하였다.
• 다. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 이의신청을 거쳐 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2020. 8. 25. 이를 기각하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제3 내지 5호증, 을 제1 내지 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장

1. 구 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 나목은 ‘최다출자자는 해당 기업의 주식등을 소유한 법인 또는 개인으로서 단독으로 또는 다음의 어느 하나에 해당하는 자와 합산하여 해당 기업의 주식등을 가장 많이 소유한 자를 말한다’라고 규정하고 있는바, 이때 ‘소유’는 직접소유만을 의미한다고 보아야 한다. 따라서 이 사건 회사의 최다출자자는 이 사건 회사의 주식 44.44%를 직접 소유하고 있는 BB이라고 보아야 하고, BB은 자산총액이 5천억 원 미만인 회사이므로 이 사건 회사는 구 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 각 호의 요건을 모두 갖춘 기업으로서 ‘중소기업’에 해당한다.

2. 최다출자자의 주식등 소유에 ‘간접소유’가 포함된다고 하더라도, 구 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 나목에 의하면 법인의 경우 그 법인의 임원이 소유한 주식등을 포함하여 가장 많은 주식을 소유한 자가 최다출자자가 되는데, ① 내지 ⑥ 회사와 BB의 임원 중 한 명이라도 이 사건 회사의 주식을 소유하고 있을 경우에는 CC가 최다출자자라고 볼 수 없다. 그럼에도 피고는 ① 내지 ⑥ 회사와 BB의 임원들이 이 사건 회사의 주식을 보유하고 있는지 여부에 대해 아무런 입증을 하지 않은 채 CC를 최다출자자라고 보았으므로, 이 사건 처분은 위법하다.

3. 설령 CC가 이 사건 회사의 최다출자자라고 하더라도, 원고는 개인으로서 해외법인인 CC가 ① 내지 ⑥ 회사와 BB을 거쳐 이 사건 회사의 주식을 44.44% 간접소유하고 있다는 사실을 알기 어려웠으므로 원고가 양도소득세 적용 세율을 20%로 적용하여 신고․납부하지 않은 데에는 정당한 사유가 있다. 따라서 이 사건 처분 중 가산세 부과처분은 부당하다.

• 나. 관련 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 구 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 나목의 ‘최다출자자’에 이 사건 회사의 주식을 간접소유한 법인이 포함되는지 여부

• 가) 중소기업기본법은 창의적이고 자주적인 중소기업의 성장을 지원하고 나아가 산업 구조를 고도화하여 국민경제를 균형 있게 발전시키기 위해 제정된 법으로, 자산총액 5,000억 원 이상인 법인이 100분의 30 이상의 주식을 직접적․간접적으로 소유하여 최다출자자가 되는 기업을 중소기업에서 제외하는 취지는, 기업의 규모가 커지거나 사업영역을 다각화할 경우 출자를 통해 별도의 법인을 설립하거나 인수하여 자회사를 보유하는 경우가 많은데, 개별기업은 중소기업의 규모에 해당한다고 하더라도 대기업의 자회사이거나 계열사들과 합한 규모가 중소기업의 규모 기준을 초과하는 기업에까지 중소기업으로 인정하여 혜택을 부여하는 것에 대한 불합리를 배제하기 위한 것이다. 구 소득세법 시행령 제167조의8 은 구 소득세법 제104조 제1항 제11호 나목의세율이 적용되는 중소기업을 중소기업기본법에 따른 중소기업으로 규정하고 있는바, 구 소득세법이 중소기업의 주식 양도에 대해 낮은 세율(10%)을 적용하는 취지는 중소기업 주식의 양도에 대한 양도소득세를 감면하여 줌으로써 그 양도를 활성화시켜 경쟁력이 취약한 중소기업의 재무구조개선 및 설비투자 등이 원활하게 이루어져 성장을 지원하는 등 중소기업을 보호․육성 하는 데에 그 취지가 있는 것으로 보인다(1990. 12. 31. 법률 제4281호로 개정된 소득세법 제70조 제3항 제5호 는 ‘제23조 제1항 제4호의 규정에 의한 자산양도소득 과세표준의 100분의 20(대통령령이 정하는 중소기업의 주식 또는 출자지분의 경우에는 100분의 10)’이라고 규정하여, 기본 세율을 100분의 20으로 하되 중소기업의 주식 또는 출자지분의 경우에는 낮은 세율을 적용하는 것으로 규정하였다).
• 나) 구 중소기업기본법 시행령 제3조 제1항 제2호 나목은, 해당 기업 주식의 100분의 30 이상을 ‘직접적 또는 간접적으로 소유’한 자산 총액이 5천억 원 이상인 법인이 해당 기업의 최다출자자인 경우에는 해당 기업이 중소기업으로서의 소유와 경영의 실질적 독립성이 없다고 보아 중소기업에서 배제하는 것으로 규정하면서, 이 경우 최다출자자가 소유한 주식에는 법인의 경우는 임원, 개인의 경우는 친족이 소유하는 주식을 포함하며, 주식등의 간접소유 비율에 관하여는 국제조세조정에 관한 법률 시행령을 준용한다고 규정하고 있는바, 여기에서 말하는 최다출자자가 ‘소유’한 주식이란 앞에서 정의한 ‘직접적 또는 간접적으로 소유’한 경우를 의미한다고 봄이 문언의 체계와 앞서 본 중소기업기본법의 입법 취지에 비추어 타당하고, 원고의 주장처럼 위 ‘소유’를 ’직접 소유‘하는 경우에 한정한다고 해석할 수는 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2. 이 사건 회사가 구 소득세법상 중소기업에 해당하는지 여부 앞서 본 증거들에 의하면, BB은 2012년 말 기준 이 사건 회사의 주식을 44.44% 보유한 최대 주주인 사실, CC는 2012년 말 기준 ① 내지 ⑥ 회사 및 BB의 지분을 순차적으로 100% 보유함으로써 이 사건 회사의 주식 44.44%를 간접소유하고 있는 사실, CC의 2012년 말 기준 자산총액은 463,623,000,000유로(2012. 12. 31. 환율 적용 시 약 65조 원)인 사실을 인정할 수 있다. 이러한 인정사실에 비추어 보건대, 앞서 본 바와 같이 CC는 순차적으로 BB 및 ① 내지 ⑥ 회사를 통해 위 각 회사의 지분을 100% 직접 또는 간접소유함으로써 위 각 회사들에 대한 실질적 경영권을 행사하는 모법인이라고 봄이 상당하므로, 설령 BB 및 ① 내지 ⑥ 회사 중 하나의 회사가 이 사건 회사의 주식 44.44% 이외에 그 임원을 통해 추가로 이 사건 회사의 주식을 보유하다고 하더라도, 해당 회사의 지분을 CC가 100% 직접 또는 간접소유함으로써 그 실질적인 경영권을 행사하는 모법인인 이상, CC가 이 사건 회사의 최다출자자에 해당하지 않는다고 보기는 어렵다. 뿐만 아니라 과세관청이 양도소득세부과처분의 적법성을 합리적으로 수긍할 수있는 사실에 관한 입증을 한 경우에 그 처분은 정당하다고 할 것이고, 경험칙상 이례에 속하는 특별한 사정으로 보이는 경우 그 특별한 사정에 대해서는 납세의무자가 입증하여야 하는 것인바(대법원 1999. 4. 23. 선고 97누11423 판결 등 참조), 앞서 본 증거들 및 갑 제1, 2호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면, 2012년 말 기준 이 사건 회사의 주주는 BB(44.44%), 원고(27.78%) 외 4명(DDD 8.33%, EEE 8.33%, FFF 5.56%, GGG 5.56%, 이하 4명을 ‘DDD 외 3명’이라 한다)인 사실, 원고와 DDD 외 3명은 2012년 말 기준 BB의 임원이 아닌 사실을 인정할 수 있고, 피고는 국세청 전산망 국외기업 정보분석을 통하여 자산총액이 5천억 원 이상인 외국법인인 CC가 ① 내지 ⑥ 회사 및 BB을 순차적으로 보유하여 실질적인 경영권을 행사하는 모법인임을 확인하고 이 사건 처분을 한 사실을 인정할 수 있으므로, 피고의 이 사건 처분은 합리적으로 수긍할 수 있는 사실에 기초한 것으로서 이 사건 처분이 위법하다고 볼 수는 없다.

3. 가산세 부과처분의 적법 여부

• 가) 납부불성실 가산세는 원칙적으로 납세의무자가 최종적으로 납부하여야 할 세액의 납부의무를 이행하지 아니한 것에 대한 행정상 제재로서 납부불성실 가산세 부과에 있어 납세자의 고의․과실은 고려되지 않으나, 납세의무자가의 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다(국세기본법 제48조 제1항). 따라서 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법 해석상 견해가 대립하는 등으로 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것에 책임을 귀속시킬 수 없는 합리적인 이유가 있을 때 또는 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하기 어려운 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 비난할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 가산세를 부과할 수 없다(대법원 2017. 7. 11. 선고 2017두36885 판결 참조).
• 나) 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 본 증거들 및을 제8호증의 1, 2에 변론 전체의 취지를 종합하면 원고는 이 사건 회사를 설립한 사람(원고는 이 사건 회사의 회장으로서 이 사건 회사의 홈페이지에 신년사를 업로드하기도 하였다)인 사실, 이 사건 회사는 2012년도 법인세 신고 시 중소기업이 아닌 일반 법인으로 법인세 신고를 한 사실, 이 사건 회사의 2012년 말 주주명부상 최대 주주인 BB의 공시된 감사보고서의 주석(2012년)에는 BB의 지분 전부를 ⑥ 회사가 보유하고 있다는 사실이 공시되어 있는 사실을 인정할 수 있다. 이러한 인정사실에다가 원고가 이 사건 양도소득세 신고 당시 BB의 지분 전부를 보유하고 있는 ⑥ 회사의 지분 관계 등에 대해 어떠한 조사를 하였음을 인정할 만한 아무런 자료가 없는 점, 조세행정의 원활과 조세부담의 공평을 기하기 위하여 조세법상 부과된 협력의무의 이행을 확보하고 납세자가 납부기한을 준수하지 않음으로 인하여 미납액에 대하여 얻을 수 있는 이자 상당의 이익을 박탈하는 것을 그 입법목적으로 하는 점(헌법재판소 1999. 6. 24. 선고 98헌바68 결정 등 참조) 등을 보태어 보면, 원고가 주장하는 사정만으로는 원고가 양도소득세를 과소신고 한 데에 원고에게 책임을 귀속시킬 수 없는 합리적인 이유 있다거나 원고에게 그 의무의 이행을 기대하기 어려운 사정이 있는 경우에 해당한다고 볼 수는 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.