비과세관행, 신뢰보호의 원칙 위배 여부

사 건 2020구단51641 양도소득세부과처분취소 원 고

1. 장○○ 피 고 aa세무서장 변 론 종 결 판 결 선 고

2020. 9. 22.

1. 피고가 2019. 1. ○. 원고에 대하여 한 201○년 귀속 양도소득세 ○○○원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청구취지 주문과 같다.

• 가. 원고는 201○. ○. ○. 서울 ○○구 ○○○가 235 ○○○아파트 제○동 제○호(이하 이 사건 주택이라 한다)를 취득하였고, 201○. ○. ○. ○○○아파트 제○동 ○호(이하 이 사건 대체주택이라 한다)를 취득하였으며, 201○. ○. ○. 이 사건 주택을 양도(이하 이 사건 양도라 한다)하였다.
• 나. 원고는 201○. 8. 24. 피고에게 이 사건 양도에 대하여 구 소득세법(2018. 12. 31.법률 제16104호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제89조 제1항 제3호 나목, 구 소득세법 시행령(2018. 10. 23. 대통령령 제29242호로 개정되기 전의 것, 이하같다)제155조제1항에서 정하는 일시적 2주택 비과세 특례(이하 이 사건 특례조항이라 한다)를 적용하여 201○년 귀속 양도소득세 ○원을 신고·납부하였다.
• 다. 피고는 이 사건 대체주택을 이 사건 주택을 취득한 날부터 1년 이상 지나기 전에취득하였다는 이유로 이 사건 양도에 이 사건 특례조항의 적용을 부인하고,201○.○.○.원고에 대하여 201○년 귀속 양도소득세 ○○○원(신고불성실 가산세 ○○원,납부불성실 가산세 ○○원 포함)을 결정·고지하였다.
• 라. 원고는 조세심판원에 대한 심판청구를 거쳐 이 사건 소를 제기하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1, 2호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 ⑴ 원고가 이 사건 대체주택을 취득할 당시 이 사건 특례조항을 적용함에 있어 기간 계산을 하는 경우 초일을 산입하는 관행이 형성되어 있었는데, 피고는 이 사건 처분을 함에 있어 ‘이 사건 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 날’을 계산하면서 초일을 산입하지 아니한 나머지 이 사건 특례조항의 적용을 부인하였다. 이 사건 처분은 국세기본법 제18조 제3항 에 위반하여 비과세관행에 반하는 소급과세처분으로서 위법하다. ⑵ 피고는 여러 예규를 통하여 이 사건 특례조항을 적용함에 있어 기간 계산을 하는 경우 초일을 산입한다는 공적인 견해를 밝혔고, 원고는 이를 신뢰하여 이 사건 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 날로 여기고 이 사건 대체주택을 취득하였다. 그럼에도 피고는 기존의 공적인 견해표명에 반하여 이 사건 특례조항을 적용함에 있어 기간 계산을 하면서 초일을 산입하지 아니하는 전제에서 이 사건 처분을 하였는바, 이는 신뢰보호원칙에 반하여 위법하다. ⑶ 원고가 이 사건 주택을 취득한 날부터 1년 이상 지나서 이 사건 대체주택을 취득한 것으로 오인하게 된 경위 등에 비추어 볼 때, 원고가 양도소득세를 과소신고한 데에는 정당한 사유가 있다. 따라서 적어도 이 사건 처분 중 가산세 부분은 위법하다.
• 나. 판단 ⑴ 관련 법령 및 연혁 구 소득세법 제89조 제1항 제3호 나목은 ‘1세대가 1주택을 양도하기 전에 다른 주택을 대체취득하거나 상속, 동거봉양, 혼인 등으로 인하여 2주택 이상을 보유하는 경우로서 대통령령으로 정하는 주택’과 그 부수토지의 양도로 발생하는 소득에 대하여는 과세하지 않는 것으로 정하고 있다. 구 소득세법 시행령 제155조 제1항 은 ‘국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택(종전의 주택)을 양도하기 전에 다른 주택을 취득함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하고 그 다른 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우에는 이를 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.’고 정하고 있다. 한편, 1994. 12. 31. 대통령령 제14467호로 전부 개정된 구 소득세법 시행령 제155조제1항 에서 ‘제154조 제1항의 규정에 의한 1세대1주택에 해당하는 자가 주거이전을 목적으로 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득하여 이전함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 다른 주택을 취득한 날부터 총리령이 정하는 기간 내에 종전의 주택을 양도하는 경우에는 이를 1세대1주택으로 본다.’고 규정하였다가, 1995. 12. 30. 대통령령 제14860호로 개정된 구 소득세법 시행령 제155조 제1항 에서 ‘국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득함으로써 일시적으로 2주택이된 경우 다른 주택을 취득한 날부터 1년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우에는 이를 1세대 1주택으로 보아 제154조제1항의 규정을 적용한다.’고 정하였고, 2012. 2. 2.대통령령 제23588호로 개정된 구 소득세법 시행령(2012. 6. 29. 대통령령 제23887호로 개정되기 전의 것) 제155조 제1항에서 ‘국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을양도하기 전에 다른 주택을 취득함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 다른 주택을 취득한 날부터 2년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우에는 이를 1세대1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.’고 정하여 기존주택의 양도기간이 2년으로 연장되었다. 그 후 2012. 6. 29. 대통령령 제23887호로 개정된 구 소득세법 시행령 제155조 제1항 에서 ’국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 다른 주택을 취득하고 그 다른 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우에는 이를 1세대 1주택으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.‘고 하여 종전 주택의 취득일과 대체주택의 취득일 사이에 일정 기간을 요하는 내용이 추가된 이래 구 소득세법 시행령 제155조 제1항 에 이르기까지 같은 입장을 취하고 있다. ⑵ 첫 번째 주장에 관한 판단 ㈎ 국세기본법 제18조 제3항 은 “세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다.”고 규정하고 있다. 여기서 ’일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행‘이란 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정납세자가 아닌 불특정한 일반납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 말한다(대법원 2010. 4. 15. 선고 2007두19294 판결 등 참조). ㈏ 다툼 없는 사실, 갑 제9호증의 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 아래의 사정들에 비추어 보면, 원고가 이 사건 대체주택을 취득할 당시 이 사건 특례조항의 ’종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후‘를 해석함에 있어 초일을 산입하여 기간을 계산하는 해석 내지 국세행정의 관행이 있었고, 그것이 불특정한 일반납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 원고가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니었던 것으로 봄이 상당하다.

① 피고는 대체주택의 취득으로 인한 일시적 1세대 1주택 특례조항의 해석과 관련하여 초일을 산입하여 기간을 계산하는 예규에 따라 오랫동안 그와 같은 관행을 유지하여 왔다. 즉 국세청은 2002. 12. 18. 소득세법상 양도소득세 장기보유특별공제액, 세율 등을 결정하는 요소가 되는 ‘보유기간’ 계산에 있어 민법상 초일불산입 원칙에 불구하고 초일을 산입한다는 질의회신을 한 이래, 2006. 6. 21.자 질의회신에서 소득세법 시행령 제155조 제1항 에서 ’다른 주택을 취득한 날부터 1년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우‘로 규정하고 있어 다른 주택을 취득한 날부터 1년이 되는 시점과 종전 주택의 비과세 요건인 3년 이상 보유시점이 같은 날인 경우 동조의 규정에 의하여 비과세 적용이 가능한지 여부를 묻는 질의에 대하여 국내에 1주택을 소유한 1세대가 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 취득함으로써 일시적으로 2주택이 된 경우 다른 주택을 취득한 날부터 1년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우에는 소득세법 시행령 제154조 제1항 을 적용하는 것이며, 1세대 1주택 비과세 규정을 적용함에 있어 주택의 보유기간 계산은 민법 제157조 에서 정하는 초일불산입의 규정에 불구하고 그 기간의 초일을 산입하여 보유기간을 계산한다.는 취지로 회신하였는바, 이는 ’대체주택을 취득한 날부터 1년 이내‘라는 요건을 주택의 보유기간 계산과 마찬가지로 보아서 초일을 산입하여 계산하겠다는 입장으로 볼 수 있다. 이러한 입장은 2008. 5. 9.자 질의회신, 2013. 2. 8.자 질의회신에까지 그대로 유지되고 있다.

② 비록 위 질의회신 사례들이 구 소득세법 시행령 제155조 제1항 의 ’종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후‘를 직접 대상으로 하지는 않지만, 이는 해당 조항의 주택 보유기간 계산에 있어 초일을 산입한다는 입장을 담고 있다고 봄이 상당하다. ’다른 주택을 취득한 날부터 1년 이내‘를 해석함에 있어서는 초일을 산입하고, ’종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후’를 해석함에 있어서는 초일을 산입하지 아니한다는 입장이었다고 보는 것은 오히려 합리적이지 않다. 2017. 6. 15.자 질의회신사례는 소득세법 시행령 제155조 제1항 을 적용할 때 2014. 12. 30. 종전의 주택을 취득하고 그 주택을 양도하기 전에 다른 주택을 2015. 12. 30. 취득한 경우를 ‘종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후’에 다른 주택을 취득한 것으로 본다.고 하여 이 점을 분명히 밝히고 있다.

③ 위 질의회신 형식의 예규들은 실제 국세행정에 있어 사실상 구속력을 가짐으로써 그에 따른 국세행정의 관행이 형성되었을 것으로 능히 추단되고, 위 예규들이 시행된 기간과 아래에서 보는 수정예규의 시행 전까지 피고가 이에 반하여 과세처분을 하였다는 자료가 드러나지 않고 있는 점 등에 비추어 볼 때, 그러한 국세행정의 관행이 일반납세자들에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여졌을 것으로 보인다.

④ 위 예규들이 2017. 9. 19. 종전주택을 취득한 날부터 대체주택을 취득한 날까지의 기간이 1년 이상이 지난 후인지 판단시 종전주택을 취득한 날인 초일은 산입하지 않는다는 질의회신과 함께 상충되는 예규들로서 삭제되었으나, 원고는 그 전에 이 사건 대체주택을 취득하였음은 앞서 본 바와 같다. ㈐ 피고는 이 사건 양도 전에 초일을 산입하여 계산한다는 취지의 예규들이 삭제된 상태였기 때문에 기간계산의 원칙으로 돌아가 초일을 불산입한다고 하여 새로운 관행 또는 해석에 의한 소급과세에 해당하지 아니한다는 취지로 주장한다. 그러나 원고가 초일을 산입하여 기간을 계산하는 국세행정의 관행을 신뢰하여 이 사건 대체주택을 취득한 이상 그러한 대체주택의 취득은 정당한 것으로, 즉 ‘종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후’ 취득한 것으로 보아야 한다. 이와 달리 이 사건 대체주택 취득 당시의 관행에 반하여 초일을 산입하지 아니하는 새로운 해석을 들어 이 사건 특례조항의 적용을 부인하는 것은 조세법 적용에 관한 예측가능성과 법적 안정성을 해치는 부당한 결과를 가져오고, 이는 소급과세의 금지를 규정한 국세기본법 제18조 제3항 의 정신에 합치하지 아니한다. 따라서 이 사건 특례조항을 적용함에 있어 대체주택을 기존 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 취득하였는지와 관련하여 초일을 산입하지 아니하고 기간을 계산하는 해석은 위 2017. 9. 19.자 예규의 시행 이후에 대체주택을 취득한 경우에 한하여 적용할 수 있다고 봄이 상당하다. 이와 다른 취지의 피고의 주장은 이유 없다. ㈑ 이 사건 처분은 이 사건 특례조항의 ‘종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후’를 해석함에 있어 초일을 산입하여 기간을 계산하는 국세행정의 관행 내지 해석을 신뢰하여 이 사건 대체주택을 취득한 후 이 사건 주택을 양도한 원고에게 기존의 관행 내지 해석에 반하여 위 기간을 계산함에 있어 초일을 산입하지 아니하는 새로운 해석을 한 결과 이 사건 특례조항의 적용을 부인하고 양도소득세를 산정·부과함으로써 국세기본법 제18조 제3항 을 위반하였다.

원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용한다.