조합원 입주권 양도시 장기임대주택을 보유하는 경우 1세대 1주택 비과세 불가함

사 건 서울행정법원2020구단50150 양도소득세부과처분취소 원고, 항소인 박* 피고, 피항소인 **세무서장 제1심 판 결 변 론 종 결

2020. 5. 26. 판 결 선 고

2020. 8. 25.

1. 원고의 피고에 대한 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

• 가. 원고는 2003. 5. 22. 서울 성동구 **동 제지층 제1-비02호(이하 이 사건 주택이라 한다)를 취득하였고, 2012. 5. 4. 도시 및 주거환경정비법 제48조 에 따라 주택재개발사업 관리처분계획이 인가되어 같은 날 입주자 지위(이하 이 사건 조합원입주권이라 한다)를 취득하였다. 원고는 2016. 6. 21. 이 사건 조합원입주 권을 610,000,000원에 양도(이하 이 사건 양도라 한다)하였다.
• 나. 원고는 2016. 6. 27. 피고에게 이 사건 양도에 대하여 구 소득세법(2016. 12. 20. 법률 제14389호로 개정되기 전의 것) 제89조 제1항 제3호 가목, 구 소득세법 시행령 (2017. 2. 3. 대통령령 제27829호로 개정되기 전의 것) 제155조 제17항 제1호 가목(이하 입주권 비과세 특례규정이라 한다)을 적용하여야 한다는 전제에서 2016년 귀속 양도소득세(세액 0원)를 신고하였다.
• 다. 피고는 2019. 1. 10. 원고에 대하여, 원고가 이 사건 조합원입주권 외에 4호의 장기임대주택을 소유하고 있으므로 입주권 비과세 특례규정을 적용할 수 없다는 이유 로 2016년 귀속 양도소득세 127,624,570원(가산세 포함)을 경정·고지하였다(이하 이 사 건 처분이라 한다).

• 가. 원고의 주장 거주주택과 장기임대주택을 보유하다가 거주주택을 양도하는 경우에는 구 소득세법 제89조 제1항 제3호 가목, 구 소득세법 시행령 제155조 제19항 에 의하여 1세대 1 주택 비과세 특례가 적용된다. 그런데 이 사건 조합원입주권은 이 사건 주택의 전신으 로서 주택과 달리 보아야 할 이유가 없다. 따라서 입주권 비과세 특례규정의 ‘다른 주 택’에는 구 소득세법 시행령 제155조 제19항, 제167조의3 제1항 제2호에서 규정하는 장기임대주택이 포함되지 아니한다고 보아야 한다. 이와 달리 위 다른 주택에 장기임대주택이 포함된다고 본다면 입주권 비과세 특례 규정은 합리적인 이유 없이 주택 보유자에 비하여 조합원입주권 보유자를 차별함으로 써 헌법상 평등원칙에 위배되어 무효라고 보아야 한다.
• 나. 관련 법령(별지 참조) 구 소득세법 제89조 제1항 은 “다음 각 호의 소득에 대해서는 양도소득에 대한 소 득세를 과세하지 아니한다.”고 규정하면서 제3호에서 “다음 각 목의 어느 하나에 해당 하는 주택과 이에 딸린 토지로서 건물이 정착된 면적에 지역별로 대통령령으로 정하는 배율을 곱하여 산정한 면적 이내의 토지의 양도로 발생하는 소득”이라고 규정하고 가 목에서 “대통령령으로 정하는 1세대 1주택”을 규정하고 있다. 구 소득세법 시행령 제155조 제17조는 “법 제89조 제2항 본문에 따른 조합원입주권 (이하 "조합원입주권"이라 한다)을 1개 소유한 1세대 { 도시 및 주거환경정비법 제48조에 따른 관리처분계획의 인가일(인가일 전에 기존주택이 철거되는 때에는 기존주 택의 철거일) 현재 제154조 제1항에 해당하는 기존주택을 소유하는 세대에 한한다. 당해 조합원입주권을 양도하는 경우 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 법 제94조 제1항 제2호 가목에도 불구하고 제154조 제1항에 따른 1세대1주택으로 본다.” 고 규정하면서 제1호에서 “양도일 현재 다른 주택이 없는 경우”를 규정하고 있다. 한편, 구 소득세법 시행령 제155조 제19항 (이하 임대주택 비과세 특례규정이라 한 다)은 “제167조의3 제1항 제2호에 따른 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한 다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 다음 각 호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 이 조에서 "거주주택"이라 한다)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다.”고 규정하면서 제1호에 서 “거주주택: 거주기간(직전거주주택보유주택의 경우에는 법 제168조에 따른 사업자 등록 및 민간임대주택에 관한 특별법 제5조 에 따른 임대사업자의 등록을 한 날 이 후의 거주기간을 말한다)이 2년 이상일 것”, 제2호에서 “장기임대주택: 양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 민간임대주택에 관한 특별법 제5조에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있을 것”으로 규정하고 있다.
• 다. 판단 ⑴ 입주권 비과세 특례규정의 ‘다른 주택’에 임대주택 비과세 특례규정의 요건에 해당하는 장기임대주택이 포함되지 않는다고 해석할 수는 없고, 그 결과 조합원입주권 을 양도할 당시 장기임대주택을 보유하는 경우 1세대 1주택 비과세 특례의 적용을 받 지 못한다고 하더라도 조세평등주의에 위반된다고 볼 수 없다. 그 이유는 아래와 같다. ㈎ 조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하 고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2010. 4. 29. 선고 2009두18325 판결 등 참조). 입주권 비과세 특례규 정과 임대주택 비과세 특례규정은 원칙적으로 양도소득세 부과 대상이 되는 조합원입 주권 및 주택임대사업자의 거주주택의 양도로 인한 소득에 대하여 일정 요건 하에 양 도소득세를 부과하지 아니하는 내용으로서 명백히 특혜규정이므로 엄격하게 해석하여 야 한다. ㈏ 구 소득세법 제94조 제1항 이 토지 또는 건물의 양도로 발생하는 소득(제1호) 과 부동산에 관한 권리의 양도로 발생하는 소득(제2호)을 구분하고 있고, 제95조 제2항 에서 ‘제94조 제1항 제2호 가목에 따른 자산 중 조합원입주권’이라는 표현을 사용하고 있는 점에 비추어 보면, 조합원입주권은 제2호 가목에 따라 부동산이 아닌 부동산에 관한 권리에 포함되는 것으로 해석된다. 또한 구 소득세법 제104조 제1항 제2호 에서 ‘주택 및 조합원입주권’이라는 표현을 사용하고 있는 점, 주택과 구분하여 입주권 비과 세 특례규정을 두고 있는 점 등에 비추어 볼 때, 구 소득세법 및 구 소득세법 시행령 은 ‘주택’과 ‘조합원입주권’을 엄격히 구분하는 입장에 서 있는 것으로 보인다. 기존주택이 전환된 것이라는 조합원입주권의 성질상 일정 경우 1세대 1주택에 부여 되는 바와 같은 비과세 혜택이 부여될 필요가 있다 하더라도, 그 구체적인 범위를 정 함에 있어서 위와 같은 입법자의 의사는 충분히 존중되어야 한다. ㈐ 1세대 1주택 비과세 특례는 국민이 주거생활의 기초가 되는 주택을 양도할 때 양도소득을 얻거나 투기를 할 목적이 없다고 볼 수 있는 일정한 경우에는 그 양도 소득에 대하여 소득세를 부과하지 아니함으로써 국민의 주거생활의 안정과 거주이전의 자유를 보장하여 주려는 데에 있다(대법원 1993. 1. 19. 선고 92누12988 판결 참조). 그런데 임대주택 비과세 특례규정은 임대주택사업자의 거주용 주택에 대하여 일정 요 건 하에 1세대 1주택 비과세 특례의 적용범위를 확대하여 임대주택 공급을 활성화함으 로써 간접적으로 서민·중산층의 주거안정을 지원하고자 하는 취지에서 일정 경우 장기 임대주택을 주택수에 포함하지 않는 것일 뿐인바, 임대주택사업자에게 1세대 1주택 비 과세 특례를 어디까지 확대할 것인지에 대하여는 보다 넓은 입법재량을 갖는다고 보아 야 한다. ㈑ 앞서 보았듯이 입주권 비과세 특례규정에서는 장기임대주택을 주택수 계산에 서 제외하는 명시적인 규정을 두고 있지 않고, 임대주택 비과세 특례규정은 장기임대 주택과 거주주택을 보유하다가 거주주택을 양도하는 경우만을 규정할 뿐 거주주택이 조합원입주권으로 전환된 후 조합원입주권을 양도하는 경우에 대하여는 명시적으로 규 정하고 있지 아니한바, 단순히 주택에 대해서만 규정된 임대주택 비과세 특례규정을 조합원입주권에 유추하여 적용하거나 입주권 비과세 특례규정의 주택의 범위에 ‘조합 원입주권과 장기임대주택을 보유하는 경우의 장기임대주택’을 제외하는 것은 주택과 조합원입주권에 관한 세제를 달리하고자 하였던 입법자의 의도, 구 소득세법 제155조 제20항의 입법취지 및 조세법률주의, 조세법규 엄격해석의 원칙에 반하며, 특혜규정인 임대주택 비과세 특례를 확대하는 것으로서 조세공평의 원칙에도 부합하지 아니한다. ㈒ 조세평등주의는 헌법 제11조 제1항의 평등원칙이 세법 영역에서 구현된 것으 로서, 조세의 부과와 징수는 납세자의 담세능력에 상응하여 공정하고 평등하게 이루어 져야 하고 합리적인 이유 없이 특정 납세의무자를 불리하게 차별하거나 우대하는 것은 허용되지 아니한다는 원칙이다. 국세기본법 제18조 제1항 은 “세법을 해석·적용할 때에 는 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되 지 아니하도록 하여야 한다.”라고 규정하여 조세평등주의의 정신을 반영하고 있다. 조세감면 등의 우대조치의 경우에 있어서도 특정납세자에 대하여만 우대조치를 적용 하는 것이 현저하게 비합리적이고 불공정한 조치라고 인정될 때에는 조세평등주의에 반하여 위헌이 된다(헌재 1996. 8. 29. 95헌바41 참조). 다만 조세감면의 혜택을 부여 하는 입법에서 그 범위를 결정하는 것은 입법자의 광범위한 재량에 속하고 재량의 범 위를 뚜렷하게 벗어난 것으로 볼 수 없는 한 이것을 위헌이라고 단정할 수 없는바, 오 늘날 입법자는 조세 부과를 통하여 재정수입 확보라는 목적 이외에 국민경제적, 재정 정책적, 사회정책적 목적달성을 위하여 여러 가지 관점을 고려할 수 있기 때문에 위와 같은 입법재량에 대한 요청은 더욱 크다 할 것인바(헌재 2002. 10. 31. 2002헌바43, 헌 재 2003. 11. 27. 2003헌바2 참조), 행정입법의 경우에도 역시 그러하다. 이 사건에서 입주권 비과세 특례규정과 임대주택 비과세 특례규정은 모두 조세감면 의 혜택을 부여하는 규정들이고, 구 소득세법 및 구 소득세법 시행령에서는 ‘주택’과 ‘조합원입주권’을 구분하여 달리 규율함을 원칙으로 삼고 있는 점, 조합원입주권이 기 존주택의 전신이라는 성격을 지니고 있다 하더라도 엄연히 주택과는 다른 법적 성격과 물리적 기능을 가지므로 주택에 대한 모든 혜택을 부여하여야 한다고 볼 수는 없는 점, 임대주택 비과세 특례규정의 취지상 장기임대주택사업자에게 1세대 1주택 비과세 특례를 확대적용함에 있어서는 보다 넓은 입법재량이 부여된다고 보이는 점 등에 비추 어 볼 때, 조합원입주권과 장기임대주택을 보유하다가 조합원입주권을 양도하는 경우 에 임대주택 비과세 특례규정을 유추적용하거나 입주권 비과세 특례규정을 적용하지 않는다고 하여, 조합원입주권 보유자에 비하여 주택보유자를 현저하게 비합리적이고 불공정하게 우대하는 조치로서 조세평등주의 및 국세기본법 제18조 제1항 에 위반된다 고 보기도 어렵다. ⑵ 설령 이와 달리 조합원입주권을 양도할 당시 장기임대주택을 보유하고 있는 경 우에 입주권 비과세 특례규정을 적용할 수 있다고 보더라도, 임대주택 비과세 특례규 정이 적용되기 위해서는 장기임대주택의 사업자등록 및 임대사업자 등록을 한 날 이후 해당 거주주택에 2년 이상 거주할 것을 요하는 점에 비추어 볼 때, 조합원입주권의 경 우에도 조합원입주권으로 전환되기 전의 기존주택에 장기임대주택의 사업자등록 및 임 대사업자 등록을 한 날 이후 2년 이상 거주할 것을 요한다고 보아야 한다. 이와 같이 보지 아니하면 조합원입주권 보유자를 주택 보유자에 비하여 오히려 우대하는 결과를 가져온다. 그런데 원고의 경우 이 사건 주택을 취득한 후 이 사건 조합원입주권으로 전환되기 전까지 거주한 적이 전혀 없었던 것으로 보이므로, 이 사건 양도에 입주권 비과세 특 례규정을 적용할 여지는 없다. ⑶ 원고의 주장은 어느 모로 보나 이유 없고, 이 사건 처분은 적법하다.

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각한다.