이 사건 주식의 매입대금과 양도대금의 차액인 처분손실을 손금으로 인정할 수 있는지 여부

사 건 2019구합91206 경정청구 거부처분 취소청구의 소 원 고 aa 주식회사 피 고 bb세무서장 변 론 종 결

2021. 6. 11. 판 결 선 고

2021. 8. 13.

1. 피고가 2018. 5. 20. 원고에 대하여 한 2012 사업연도 법인세 xxx원의 경정청구 거부처분 중 xxx원을 초과하는 부분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. 원고는 2005. 7. 3. 외국법인인 cc(이하 ‘cc’라 한다)와 사이에, ‘원고는 주당 액면금액이 5,000원인 보통주 xxx주(이하 ’이 사건 주식‘이라 한다)를 1주당 xx원에 발행하고 cc가 이 사건 주식을 인수하되, 원고가 2008. 12.말까지 이 사건 주식을 상장하지 못하는 경우 그로부터 60일 이내에 이 사건 주식 전량을 약정 금액(당초 매입금액에 일정 이자율을 적용하여 산정한 이자 상당을 가산한 금액)에 원고에게 되팔 수 있는 권리(이하 ’풋옵션‘이라 한다)를 부여’하는 내용의 주식인수계약(이하 ‘이 사건 주식인수계약’이라 한다)을 체결하였다.
• 나. 그 후 원고가 약정기한인 2008. 12. 31.까지 이 사건 주식을 상장하지 못하였으나 cc는 풋옵션을 행사하지 아니하고 있다가, 2010. 2. 22. 원고와 사이에 풋옵션 행사기간을 3년으로 연장하기로 하는 내용의 추가약정서를 2009. 2. 20.자로 소급하여 작성하였다(이하 ‘이 사건 추가약정’이라 한다).
• 다. cc는 이 사건 추가약정에 따라 2010년, 2011년 풋옵션을 행사하였고, 이에 따라 원고는 아래의 [표 1]과 같이 이 사건 주식을 3회에 걸쳐 매입하였다(이하 ‘이 사건 매입거래’라 한다).
• 라. 이후 원고는 2012. 8. 30. 원고의 최대주주인 dd 주식회사(이하 ‘dd’라 한다)에게 이 사건 주식을 상증세법상 보충적 평가액인 1주당 xx원에 양도하였는데(이하 ‘이 사건 양도거래’라 한다), 그 구체적인 내역은 아래 [표 2] 기재와 같다.
• 마. 원고는 이 사건 주식의 매입대금 xxx원(이하 ‘이 사건 주식의 매입대금’이라 한다)과 상증세법상 보충적 평가액 xxx원(이하 ‘주식의 보충적 평가액’이라 한다)의 차액 xxx원을 2012 사업연도 법인세 신고시 부당행위계산 부인 규정에 따라 ‘자산의 고가매입’ 규정을 적용하여 익금으로 산입하는 한편 같은 금액을 ‘기타 사외유출’로 처분하였고, 이 사건 매입대금과 dd에 대한 양도가액 xxx원(이하 ‘이 사건 주식의 양도대금’이라 한다)의 차액인 xxx 원(이하 ’이 사건 주식의 매입대금과 양도대금의 차액‘이라 한다)을 자기주식 처분손실에 해당한다고 보아 이를 손금에 산입하였다.
• 바. 원고는 2018. 3. 20. 피고에게 이 사건 매입거래는 외국법인과의 국제거래에 해당하여 구 국제조세조정에 관한 법률(2011. 12. 31.법률 제11126호로 개정되기 전의 것, 이하 ’구 국제조세조정법‘이라 한다)에 따라 법인세법상 부당행위계산 부인 규정이 적용되지 아니하므로 2012 사업연도 법인세를 신고하면서 xxx원은 과세표준에서 제외되어야 한다는 전제에서 ‘법인세 xxx원을 xxx원으로 감액경정하여 그 차액에 해당하는 xxx원(= xxx원 × 20%)을 환급하라’는 취지의 감액경정청구(이하 ‘이 사건 감액경정청구’라 한다)를 하였다.
• 사. 피고가 2018. 5. 20.경까지 이 사건 감액경정청구에 대하여 아무런 통지를 하지 아니하자(이하 ’이 사건 거부처분‘이라 한다), 원고는 2018. 8. 14. 이 사건 거부처분에 대하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2019. 9. 30. ’이 사건 매입거래는 수익이 없는 자산을 매입한 경우에 해당하여 법인세법 제52조 의 부당행위계산 부인에 관한 규정이 적용되므로, 무수익자산인 이 사건 주식을 매입하면서 발생한 매입대금과 시가와의 차액을 원고의 손금에 산입하여 달라는 원고의 주장은 받아들이기 어렵다‘는 이유로 원고의 심판청구를 기각하는 결정을 하였다.
• 아. 한편 피고는 2013. 5. 2.부터 2013. 9. 10.까지 원고에 대한 세무조사를 실시한 결과 원고가 ‘무수익자산’인 이 사건 주식을 시가보다 고가로 매입함으로써 소득을 부당하게 감소시켰다고 보아 법인세법상 부당행위계산 부인 규정을 적용하여

2014. 4. 1. 원고에 대하여 이 사건 주식의 매입대금과 상증세법상 보충적 평가액과의 차액 xxx원을 익금산입하고 이를 cc에 대한 배당으로 소득처분하여 아래와 같이 소득금액변동통지(이하 ‘이 사건 소득금액변동통지’라 한다)를 하였다.

• 자. 원고는 2015. 11. 6. 이 사건 소득금액변동통지의 취소를 구하는 소를 제기하였는데, 제1심 법원은 2016. 9. 22. ‘이 사건 매입거래는 경제적 합리성을 결한 거래로서 구 국제조세조정에 관한 법률 제3조 제2항 단서, 구 국제조세조정에 관한 법률 시행령 (2012. 2. 2. 대통령령 제23600호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국제조세조정법 시행령’이라 한다) 제3조의2 제3호의 규정에 따라 법인세법상 부당행위계산 부인 규정의 적용을 받는 무수익자산의 매입에 해당하나, 피고는 이에 관한 부당행위계산 부인 을 하고 그에 따른 소득금액변동통지를 함에 있어서는 그 처분가액이 이 사건 주식의 매입대금과 시가와의 차액이 아니라 이 사건 주식의 취득일로부터 이를 처분하여 매입대금을 회수할 때까지의 기간 동안 매입대금 상당액에 대한 인정이자 상당액이 되어야 한다‘는 이유로 이 사건 소득금액변동통지를 취소하는 판결이 선고 되었다(서울행정법원 2015구합79192). 피고가 제1심 판결에 대하여 항소를 하였으나 제2심 법원은 2017. 4. 14. 피고의 항소를 기각하였고(서울고등법원 2016누68047), 피고가 위 판결에 대하여 다시 상고를 하였으나 대법원은 2020. 8. 20. 피고의 상고를 기각하였다(대법원 2017두44084, 이하 ‘이 사건 확정판결이라 한다). [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7, 9호증(가지번호 있는 것은 이를 포함한다. 이하 같다), 을 제1 내지 3호증, 변론 전체의 취지

• 가. 쟁점의 정리 원고가 2012 사업연도 법인세 신고 당시 법인세법상 부당행위계산 부인 규정을 적용하여 이 사건 주식의 매입거래가 ’자산의 고가매입‘에 해당함을 전제로 원고가 익금산입한 이 사건 주식의 매입대금과 이 사건 주식의 보충적 평가액과의 차액 xxx원 상당이 익금불산입 되어야 한다는 데에는 당사자들 간에 다툼이 없다. 쟁점은, 위 법인세 신고 당시 원고가 처분손실로 계상한 이 사건 주식의 매입대금과 양도대금의 차액인 xxx원이 손금으로 인정될 수 있는지 여부이다.
• 나. 당사자들의 주장

1. 원고의 주장 가) 이 사건 주식의 매입대금은 세법상 대여금으로 의제된 것일 뿐이고, 원고가 이 사건 주식을 dd에 양도함으로써 처분손실을 회수할 방법이 없게 되었음에도 이 사건 주식의 매입대금과 양도대금의 차액이 여전히 원고의 자산으로 유보되어 있다고 보아 손금으로 산입하지 아니하는 것은 사실상 부당행위계산 부인을 통해 고가매입분 상당을 과세하는 것으로서, 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 ’구 법인세법‘이라 한다) 제52조의 적용을 배제하고 있는 구 국제조세조정법의 규정과 취지에 반하므로 부당하다.

• 나) 이 사건 주식의 매입대금을 특수관계인인 cc에게 대여한 것으로써 의제함에 따라 구 법인세법 제28조 제1항 제4호 나목에서 규정하는 특수관계인에게 법인의 업무와 관련 없이 지급한 자금의 대여액(이하 ’업무무관 가지급금‘이라 한다)과 유사한 것으로 보아야 한다. 그런데 ’업무무관 가지급금‘의 경우 그 채권의 처분 당시 상대방과 특수관계가 유지되고 있지 아니하다면 채권의 처분손실은 손금에 산입할 수 있는 것인바, 이에 비추어 보면 원고와 cc 사이의 특수관계가 소멸된 이후 발생한 이 사건 주식의 매입대금과 양도대금의 차액 역시 손금에 산입되어야 한다.
• 다) 결국 이 사건 주식의 매입이 ’수익이 없는 자산을 매입한 경우‘에 해당하여 구 법인세법상 부당행위계산 부인 규정의 적용을 받는 국제거래에 해당하는 이상 부당행위계산 부인에 따라 익금에 산입될 금액은 매입대금 상당액에 대한 인정이자 상당액으로 제한되어야 한다.

2. 피고의 주장

• 가) 이 사건 주식의 매입대금은 특수관계인인 cc에 대한 대여금으로 의제되고, 이 사건 주식의 매입대금과 양도대금의 차액은 원고가 회수하지 아니한 대여금으로써 원고의 사업과 직접 관계없이 무상으로 포기한 재산적 증여의 가액으로 구 법인세법상 손금으로 인정될 수 없는 비지정기부금에 해당한다.
• 나) 설령 원고가 cc에 대한 대여금을 불가피하게 일부 포기한 것이라 하더라도, 구 법인세법 제19조의2 제1항 및 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제19조의2 각 호의 대손요건을 갖춘 경우에만 손금에 산입할 수 있는 것인바, 원고가 포기한 cc에 대한 대여금 채권이 위와 같은 대손요건을 갖춘 채권에 해당한다는 점에 관한 아무런 증명이 없다.
• 다) 자기주식 처분손실에 해당하는 이 사건 주식의 매입대금과 양도대금의 차액은 사업관련성, 통상성, 수익관련성이 없으므로 구 법인세법에서 규정하는 손금의 요건도 갖추지 못하였다.
• 다. 관계 법령 [별지] ’관계 법령‘ 기재와 같다.
• 라. 판단

1. 원고가 이 사건 주식의 매입대금과 양도대금 차액 상당의 대여금 채권을 포기하였는지 여부{매입대금과 양도대금 차액 상당이 비지정기부금에 해당하는지 여부 1) 및 채권의 포기(회수불능)에 따라 발생한 대손금으로서 대손요건을 충족하였는지 여부}

• 가) 관련 규정 및 관련 법리 구 국제조세조정법 제3조 제2항 은 ’국제거래에 대해서는 법인세법 제52조 등을 적용하지 아니한다. 다만, 대통령령으로 정하는 자산의 증여 등에 대해서는 그러하지 아니하다.‘라고 규정하고, 그 위임에 따른 구 국제조세조정법 시행령 제3조의2 제3호 는 ‘수익이 없는 자산의 매입’을 법인세법 제52조 등을 적용할 수 있는 국제거래 중 하나로 규정하고 있다. 이러한 ‘수익이 없는 자산’을 매입하는 경우 법인이 그 매입대금 상당의 자금을 수익자산의 매입에 사용하였더라면 적어도 그 보유기간 동안 수익자산의 운용을 통하여 인정이자 상당의 이익이 법인에게 귀속되었을 것임에도 이를 ‘수익이 없는 자산’의 매입에 사용함으로써 그 인정이자 상당의 이익이 법인에게 귀속되지 않고 상대방에게 이전되었다고 볼 수 있으므로, 이에 관한 부당행위계산 부인을 할 때에는 법인이 그 자산의 취득일로부터 이를 처분하여 매입대금을 회수할 때까지의 기간 동안 그 매입대금 상당액을 상대방에게 대여한 것으로 재구성하여 그 기간 동안의 인정이자 상당액을 익금산입하는 것이다(대법원 2020. 8. 20. 선고 2017두44084 판결 등 참조). 한편 법인세법상 부당행위계산 부인의 경우, 당해 거래가 부당행위계산으로 부인되거나 사업상 거래가 재구성된다고 하더라도 당사자들 사이에 약정한 사법상 법률행위의 효과 그 자체를 부인하거나 새로운 법률행위를 창설하는 것은 아니고, 과세소득계산을 위한 범위 내에서 사법상 법률행위의 내용과 달리 조세법적 인식을 할 뿐이다.
• 나) 구체적 판단 앞서 인정된 사실들을 위와 같은 법리에 비추어 살펴보면, 법인이 ‘수익이 없는 자산’을 매입한 경우에 있어서 그 매입대금 상당액을 거래상대방에게 대여한 것으로 재구성하는 것은 부당행위계산 부인 규정을 적용하여 과세소득을 계산하기 위한 범위 내에서 거래를 재구성하는 것에 불과할 뿐이고, 이와 같이 거래를 재구성한다고 하여 원고가 이 사건 매입거래의 상대방인 cc에 대하여 이 사건 매입대금 상당의 채권을 보유하게 되는 것은 아니다. 따라서 원고가 위 채권을 보유하고 있었음을 전제로 이 사건 주식의 매입대금과 양도대금 차액 상당의 채권을 포기하였다고 보아 위 차액 상당의 비지정기부금을 출연하였다거나 채권이 회수불능되어 대손요건이 충족되지 아니하는 손실이 발생하였다고 볼 수는 없다.

2. 주식처분손실(매입대금과 양도대금의 차액)이 손금불산입 되어야 하는지 여부

• 가) 관련 규정 및 관련 법리

(1) 구 국제조세조정법 제3조 제2항 은 ‘국제거래에 대해서는 법인세법 제52조 등을 적용하지 아니한다. 다만, 대통령령으로 정하는 자산의 증여 등에 대해서는 그러하지 아니하다.’라고 규정하고, 그 위임에 따른 구 국제조세조정법 시행령 제3조의2 제3호 는 ‘수익이 없는 자산의 매입’을 법인세법 제52조 등을 적용할 수 있는 국제거래 중 하나로 규정하고 있다. 한편 구 국제조세조정법 제4조 이하는 과세관청이 거주자의 국외특수관계인과의 국제거래에 대하여 정상가격에 따른 과세조정을 할 수 있도록 규정하고 있다.

(2) 위와 같은 관련 규정의 내용을 종합하면, 구 국제조세조정법의 입법 취지는 국제거래에 있어 일방국의 과세조정이 국가 간 과세권 분배에 영향을 미치기 때문에 국내법의 개입을 최소화하여 거래조건을 실질적으로 결정할 수 있는 국외특수관계인 간의 거래에 한하여 이전가격세제를 적용하고, 그 밖의 국제거래에 대하여는 설사 그 거래가 조세회피 목적으로 이루어졌다고 하더라도 국외특수관계인 간에 이루어진 것이 아니라면 과세조정을 허용하지 않겠다는 것이다. 다만 ‘자산의 증여성 거래’는 정상가격의 산출이 어려워 이전가격세제를 적용할 수 없기 때문에 법인세법상 부당행위계산 부인 규정을 적용하기 위하여 구 국제조세조정법 제3조 제2항 단서에서 예외 규정을 두고 있는 것이므로, ‘자산의 증여성 거래’에 해당하지 아니하는 ‘고가양수’ 등의 거래가 국외특수관계인 간에 이루어지지 아니한 때에는 그 거래 당시의 시점에서 고가양수에 따른 과세조정이 허용될 수 없다. 나아가 구 국제조세조정법 제3조 제2항 의 규정이 위와 같은 고가양수 등에 대하여는 과세조정이 허용되지 않는다고 밝힌 이상, 위와 같은 거래로 취득한 자산을 제3자에게 ‘처분’하는 시점에도 과세조정은 허용될 수 없다고 봄이 상당하다. 왜냐하면 자산을 고가로 ‘양수’하는 당시의 시점에서 고가양수에 따른 과세조정을 하지 아니하면서 이와 같이 취득한 자산을 ‘처분’하는 시점에서 그에 따른 과세조정을 하는 것은, 결국 과세를 잠시 이연하는 것에 불과할 뿐 결국은 ‘고가양수’ 등의 거래에 대하여 과세조정을 하는 것과 다를 바가 없기 때문이다.

• 나) 구체적 판단 위와 같은 관련 규정 및 관련 법리에 비추어 살펴보면, 피고가 주장하는 바와 같이 이 사건 주식의 매입대금과 양도대금의 차액을 손금 산입의 요건을 충족하지 못한 주식처분손실로 보아 손금에 산입하지 아니하는 것은, 이 사건 주식의 매입거래에 대하여 구 법인세법상 ‘고가양수’에 관한 부당행위계산 부인 규정을 적용하는 것과 다를 바가 없고, 이는 구 국제조세조정법상 국외특수관계인이 아닌 구 법인세법상 특수관계인으로부터 자산을 고가로 매입한 경우에도 과세조정을 허용하는 결과를 초래한다. 이러한 결과는 국외특수관계인 간의 국제거래 외에는 국내법의 개입을 최소하겠다는 구 국제조세조정법 제3조 제2항 의 규정에 반하여 구 법인세법상 특수관계인으로부터 자산을 고가로 양수하는 경우에도 과세조정을 하는 것으로서 허용될 수 없다.

3. 소결론 따라서 이 사건 주식의 매입대금과 양도대금의 차액 xxx원은 손금에 산입되어야 한다. 한편 이 사건 주식의 매입대금과 이 사건 주식의 보충적 평가액의 차액 xxx원이 익금에서 제외되어야 한다는 점에 대해서는 피고가 다투지 아니하고 있다. 결국 이 사건 매입거래와 관련하여 익금산입되어야 하는 금액은 아래의 표와 기재와 같이 이 사건 주식의 매입대금 상당액에 대한 그 보유기간 동안의 인정이자 상당액 xxx원(= 이 사건 매입대금 xxx원 × 6.9% 2) × 242일/366일)이고, 위 인정이자 상당액에 대한 법인세액은 xxx원(법인세율 20%, 이하 ‘정당세액’이라 한다)이므로, 이 사건 감액경정청구 를 거부한 이 사건 거부처분은 위 정당세액을 초과하는 범위 내에서 위법하다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다. 1) 법인세법 집행기준 19의 2-19의 2-8은 “약정에 따라 채권의 전부 또는 일부를 포기하는 경우에도 이를 대손금으로 보지 아니하며, 기부금 또는 접대비로 본다. 다만, 특수관계인 외의 자와 거래에서 발생한 채권으로서 채무자의 부도발생 등으로 장래에 회수가 불확실한 어음․수표상의 채권 등을 조기에 회수하기 위하여 그 채권의 일부를 불가피하게 포기한 경우 해당 채권의 일부를 포기하거나 면제한 행위에 객관적으로 정당한 사유가 있는 때에는 그 채권포기액을 손금에 산입한다”고 정하고 있다. 2) 구 법인세법 제52조 (부당행위계산의 부인)

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정(算定) 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 구 법인세법 시행령 제89조 (시가의 범위 등)

③ 제88조 제1항 제6호 및 제7호에 따른 금전의 대여 또는 차용의 경우에는 제1항 및 제2항에도 불구하고 기획재정부령으로 정하는 가중평균차입이자율(이하 “가중평균차입이자율”이라 한다)을 시가로 한다. 다만, 다음 각 호의 경우에는 해당 각 호의 구분에 따라 기획재정부령으로 정하는 당좌대출이자율(이하 “당좌대출이자율”이라 한다)을 시가로 한다.

1. 가중평균차입이자율의 적용이 불가능한 경우로서 기획재정부령으로 정하는 사유가 있는 경우: 해당 대여금 또는 차입금에 한정하여 당좌대출이자율을 시가로 한다. 구 법인세법 시행규칙 (

2013. 2. 23. 기획재정부령 제325호로 개정되기 전의 것) 제43조(가중평균차입이자율의 계산방법 등)

② 영 제89조제3항 각 호 외의 부분 단서에서 "기획재정부령으로 정하는 당좌대출이자율"이란 연간 1,000분의 69를 말한다.