필요경비는 확정된 날이 속하는 과세기간에 귀속된다.

사 건 서울행정법원2019구합85232 종합소득세경정거부처분취소 원 고 AAA 피 고 BB세무서장 변 론 종 결 2021.07.22 판 결 선 고 2021.09.28

1. 피고가 2017. 8. 23. 원고에 대하여 한 2011년 귀속 종합소득세 x,xxx,xxx,xxx원(가산세 포함) 중 x,xxx,xxx,xxx원(가산세 포함)을 초과하는 부분에 대한 경정거부처분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 5/6는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2017. 8. 23. 원고에 대하여 한 2011년 귀속 종합소득세 x,xxx,xxx,xxx원(가산세 포함) 중 x,xxx,xxx,xxx원(가산세 포함)을 초과하는 부분에 대한 경정거부처분을 취소한다.

• 가. 원고는 CC산업개발이라는 상호로 건물신축판매업을 영위하는 사람으로서, 2004. 2. 4. 서울 OO구 OO동 1xxx-xx 대 535.3㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 매수한 후 2008년부터 2011년까지 그 지상에 건물을 신축하여 분양하였다(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다).
• 나. 원고는 2012. 5. 31. 2009년 및 2010년 귀속 종합소득세 확정신고를 하면서 다음 표와 같이 이월결손금을 신고하였고, 2012. 6. 19. 2011년 귀속 종합소득세 확정신고 시 총수입금액 53,009,899,014원, 필요경비 35,696,073,983원(이자비용 962,930,181원 포함), 총 결정세액 4,614,052,444원, 납부할 세액 3,515,025,244원(가산세 포함)을 신고하면서, 다음 표와 같이 2009년과 2010년 이월결손금만 기재하였다. 원고는 위 종합소득세 확정신고 당시 그 세액을 납부하지는 않았다. 구분 2009년 귀속 2010년 귀속 2011년 귀속 2006년 이월결손금 318,926,484원 318,926,484원 2007년 이월결손금 192,789,287원 192,789,287원 2008년 이월결손금 465,516,947원 465,516,947원 2009년 이월결손금 1,013,866,006원 335,850,143원 1,013,866,006원 2010년 이월결손금 3,067,402,342원 3,067,402,342원 합계 1,991,098,724원 4,380,485,203원 4,081,268,348원
• 다. 피고는 2012. 10. 25. 원고의 2011년 귀속 부가가치세 신고서상 과세표준과 종합소득세 신고서상 총수입금액이 일치하지 않는다는 이유로 종합소득세 신고서상 총수입금액 53,009,899,014원을 부가가치세 신고서상 과세표준인 41,462,285,559원으로 감액하고, 필요경비를 총수입금액 대비 매출원가율 65.7%로 산정하여 총 결정세액을 3,020,943,626원으로, 납부할 세액을 1,921,916,426원(가산세 포함)으로 감액한 후 1,659,542,795원을 감액경정‧고지하였다(이하 ‘1차 감액경정결정’이라 한다).
• 라. 피고는 2013. 4. 12.부터 2013. 5. 1.까지 원고에 대한 2011년 귀속 종합소득세 부분조사(이하 ‘1차 조사’라 한다)를 실시한 결과, 2013. 7. 1. 누락된 분양수입을 추가 반영하여 총수입금액을 49,644,769,877원으로 증액하고, 원고가 당초 신고 시 반영하지 않았던 지급이자 1,371,024,639원 등 합계 7,006,445,085원의 필요경비를 추가로 인정하여 총 결정세액을 4,777,871,192원으로, 납부할 세액을 3,678,843,992원(가산세 포함)으로 증액한 후 1,756,927,566원을 증액경정‧고지하였다(이하 ‘2차 증액경정결정’이라 한다).
• 마. 원고는 2017. 6. 30. 피고에게, ① 2011년 지출한 이자비용 1,613,242,340원 및 ② 추가공사비용 1,249,600,000원과 그 지연이자 275,149,726원을 추가로 비용으로 인정하고, 이에 따라 2011년 귀속 종합소득세를 재계산하여 1,080,765,888원을 환급하여 달라는 내용의 경정청구를 하였으나(이하 ‘이 사건 경정청구’라 한다), 피고는 2017. 8. 23. 이 사건 경정청구는 2차 증액경정결정에 대한 경정청구기한이 도과한 후에 제기된 것으로서 부적법하다는 이유로 이를 거부하였다(이하 ‘이 사건 경정거부처분’이라 한다).
• 바. 원고는 2017. 11. 21. 이 사건 경정거부처분에 불복하여 국세청장에게 심사청구를 제기하였고, 국세청장은 2018. 5. 11. “이 사건 경정거부처분은 1차 조사에서 ① 이자비용 1,613,242,340원 및 ② 추가공사비용 1,249,600,000원과 그 지연이자 275,149,726원을 필요경비로 추인하였는지 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하라.”는 취지의 재조사결정을 하였다(이하 ‘1차 재조사결정’이라 한다). 피고는 원고에 대하여 재조사(이하 ‘2차 조사’라 한다)를 실시한 후, ① 원고가 2011년 계좌를 통해 지급한 금융이자 3,974,352,211원 중 1차 조사 당시 필요경비로 인정한 1,371,024,639원을 제외한 2,603,327,572원이 필요경비로 반영되지 않았고, ②추가공사비용 1,249,600,000원과 그 지연이자 275,149,726원은 1차 조사 당시 이미 필요경비에 반영되었다고 판단하였다. 그러나 피고는 2018. 9. 13. 필요경비로 반영되지 않은 이자비용 2,603,327,572원 중 원고가 감액을 청구한 이자비용 1,613,242,340원만을 추가로 필요경비로 인정하여, 2011년 귀속 종합소득세 총 결정세액을 4,171,058,152원으로, 606,813,040원만큼 감액하는 내용의 경정결정을 하였다(이하 ‘3차 감액경정결정’이라 한다).
• 사. 원고는 2018. 12. 26. 3차 감액경정결정에 불복하여 재차 국세청장에게 심사청구를 제기하였고, 국세청장은 2019. 7. 24. “피고가 원고에 대한 1차 재조사결정에 따라 2018. 9. 13. 원고에 대하여 한 3차 감액경정결정은 ① 이자비용 27,155,051원 및 ②공사비용에 대한 지연이자 76,780,000원을 필요경비로 추가 인정하여 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 청구는 기각한다.”는 취지의 일부 인용결정을 하였다. 이에 따라 피고는 원고에 대하여 ① 3차 감액경정결정 시 필요경비로 인정되지 않은 이자비용 990,085,232원(= 2,603,327,572원 – 1,613,242,340원)에서 원고가 당초 신고 당시 이자비용으로 인식한 962,930,181원을 차감한 27,155,051원 및 ② 누락된 공사비용 지연이자 76,780,000원을 추가로 필요경비로 인정하여, 2019. 8. 9. 총 결정세액을 4,131,963,502원으로, 39,094,650원만큼 감액하는 내용의 경정결정을 하였다(이하 ‘4차 감액경정결정’이라 한다). [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제3 내지 9호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다) 및 을 제1 내지 3, 6 내지 9호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장

1. 이자비용 관련 주장 원고가 이 사건 사업과 관련하여 지출한 이자비용 및 금융부대비용은 합계 13,919,874,024원인데, 피고는 2차 증액경정결정 당시 10,161,841,516원을, 3차 감액경정결정 당시 1,613,242,340원을, 4차 감액경정결정 당시 27,155,051원을 각 필요경비로 인정하였을 뿐이므로, 나머지 2,117,235,117원이 추가로 필요경비로 인정되어야 한다.

2. 변호사 지급수수료 관련 주장 원고는 이 사건 토지의 소유권이전등기와 관련하여 토지 매도인인 DDD와 사이에 분쟁이 있었고, DDD를 상대로 소유권이전등기 청구 소송을 제기하면서 변호사 EEE에게 소송을 위임하였는바, 원고가 2006년부터 2010년까지 사이에 EEE에게 지급한 수임료 합계 671,150,000원은 이 사건 사업과 관련된 비용으로서 필요경비로 인정되어야 한다.

3. 이월결손금 관련 주장 피고는 2011년 귀속 종합소득세 계산 시 소득금액에서 2006년 이월결손금 318,926,484원은 공제하지 않았고 2008년 이월결손금은 465,516,947원 중 13,896,965원만을 공제하였는바, 2006년 이월결손금 318,926,484원과 2008년 미공제 이월결손금 451,619,982원(= 465,516,947원 – 13,896,965원)의 합계 770,546,466원이 추가로 공제되어야 한다.

• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 인정 사실

1. 원고는 2008년부터 2011년까지 이 사건 사업과 관련하여 다음과 같이 이자비용을 지출하였다. 원고 주장 연도별 이자비용(단위:원) 연도별 사업부지 매입 160억 관련 건축공사비용 310억 관련 종합통장대출 60억 관련 소계 2008년 1,272,630,130 1,272,630,130 2009년 729,513,816 4,149,109,577 303,163,123 5,181,786,516 2010년 2,999,999,963 203,120,094 3,203,120,057 2011년 3,947,197,151 315,140,171 4,262,337,322 합계 2,002,143,946 11,096,306,691 821,423,388 13,919,874,025

2. 원고는 2004. 2. 4. DDD로부터 이 사건 토지를 매수하고 매매대금을 모두 지급하였으나 소유권이전등기를 이전받지 못하자, 2004. 12. 7. DDD를 상대로 이 사건 토지에 관한 소유권이전등기절차 이행을 구하는 소송을 제기하면서(서울OO지방법원 2004가합xxxxx호, 이하 ‘이 사건 소송’이라 한다), EEE를 소송대리인으로 선임하였다. 원고는 2006. 4. 28. 승소판결을 받았고, 2008. 6. 12. 위 판결이 그대로 확정되었다.

3. 원고는 2006. 2. 8.부터 2010. 8. 12.까지 EEE 또는 EEE의 장모인 FFF에게 합계 671,150,000원을 지급하였다.

4. 피고는 2011년 귀속 종합소득세에 관한 1차 조사 당시 공사원가 및 판매관리비의 귀속연도 오류 등을 수정하여 2008년 내지 2010년 귀속 종합소득세액 및 이월결손금도 함께 경정하였고, 각 종합소득세 경정결의서 상의 이월결손금 명세서에는 다음 표와 같이 기재되어 있으며, 이는 4차 감액경정결정 시까지 그대로 유지되었다. 구분 2008년 귀속 2009년 귀속 2010년 귀속 2011년 귀속 2006년 이월결손금 318,926,484원 318,926,484원 318,926,484원 0 2007년 이월결손금 192,789,287원 192,789,287원 192,789,287원 192,789,287원 2008년 이월결손금 13,896,965원 13,896,965원 13,896,965원 13,896,965원 2009년 이월결손금 334,809,275원 334,809,275원 334,809,275원 2010년 이월결손금 1,379,244,102원 1,379,244,102원 합계 526,612,736원 860,422,011원 2,239,666,113원 1,920,739,629원

5. 원고는 2009년 내지 2011년 귀속 종합소득세 신고 업무 등을 세무사 GGG에게 위임하였으나, GGG가 일부 신고를 누락함으로써 가산세가 부과되었다고 주장하며 2017. 4. 14. GGG를 상대로 손해배상청구의 소(서울OO지방법원 2017가합xxxxxx호)를 제기하는 등 세무대리인과 사이에 분쟁이 발생하였다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 11 내지 20, 27 내지 30호증 및 을 제2, 6호 증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 라. 판단

1. 이자비용 관련 주장에 관한 판단

• 가) 2008년 내지 2010년 지출 이자비용 부분 원고는 건물을 신축하여 판매하는 것을 영업으로 하는 사람으로서, 원고가 이 사건 토지에 건물을 신축하는 것은 사업용 고정자산을 건설하기 위한 것이 아니라 판매목적의 상품을 제작하기 위한 것이므로, 원고가 지출한 이자비용은 구 소득세법(2014. 1. 1. 법률 제12153호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제33조 제1항 제10호, 구 소득세법 시행령(2012. 7. 24. 대통령령 제23987호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제75조 제1항에서 말하는 자본적 지출로서 원본에 가산하는 건설자금의 이자에 해당하지 않고, 총수입금액을 얻기 위하여 직접 사용된 부채에 대한 지급이자로서 구 소득세법 시행령 제55조 제1항 제13호 의 필요경비에 해당한다. 따라서 이와 관련된 이자비용은 구 소득세법 제39조 제1항 에 따라 그 필요경비가 확정된 날이 속하는 과세기간에 귀속되어야 하므로, 2008년 내지 2010년에 지출한 이자비용은 각 과세기간의 필요경비에 산입될 수 있을 뿐, 2011년 귀속 필요경비에 해당한다고 볼 수 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.
• 나) 2011년 지출 이자비용 부분 앞서 본 바와 같이 2011년 지출 이자비용 합계 4,262,337,322원 중 원고가 당초 신고 당시 기재한 962,930,181원, 1차 조사 결과 추가로 인정된 1,371,024,639원, 이 사건 경정청구와 이에 대한 불복절차를 통하여 인정된1,613,242,340원과 27,155,051원의 합계 3,974,352,211원은 이미 모두 필요경비로 인정되었다. 한편 나머지 287,985,111원(= 4,262,337,322원 – 3,974,352,211원)에 관하여 피고는 1차 조사 당시부터 이 사건 경정거부처분에 대한 심사청구에 이르기까지 원고가 이를 필요경비로 주장하지 않았던 점에 비추어 사업관련성을 인정할 수 없다고 주장한다. 그러나 원고가 2011년 당시 이 사건 사업 외에 다른 사업을 영위하였다고 볼 만한 사정이 없는 점, 원고는 세무대리인 GGG와의 분쟁으로 인하여 이 사건 사업 관련 이자비용을 산출하기 위한 자료를 준비하는 데에 어려움을 겪었을 것으로 보이는바, 원고가 이를 처음부터 주장하지 않았다는 사정만으로 사업관련성이 없다고 단정할 수 없는 점 등을 고려하면, 위 이자비용도 이 사건 사업과 관련하여 지출된 것이라고 봄이 상당하다. 따라서 2011년 지출 이자비용 중 287,985,111원은 2011년 귀속 종합소득세의 필요경비로 산입되어야 하고, 원고의 이 부분 주장은 위 인정 범위 내에서 이유 있다.

2. 변호사 지급수수료 관련 주장에 대한 판단 앞서 본 바와 같이 이 사건 소송은 2004년부터 2008년까지 진행되었고, 원고가 EEE에게 수임료 등의 명목으로 금전을 지급한 것은 2006년부터 2010년까지이므로, 가사 위 각 돈이 모두 수임료로 지급된 것으로서 필요경비 성질의 비용에 해당한다고 하더라도, 이는 구 소득세법 제39조 제1항 에 따라 그 필요경비가 확정된 날이 속하는 과세기간에 귀속되어야 하므로, 소송수행과 금전지급이 모두 종료된 후인 2011년 귀속 필요경비로 인정될 수는 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

3. 이월결손금 관련 주장에 대한 판단

• 가) 2006년 이월결손금 부분 구 소득세법 제45조 제3항 은, 이월결손금은 해당 이월결손금이 발생한 과세기간의 종료일부터 10년 이내에 끝나는 과세기간의 소득금액을 계산할 때 먼저 발생한 과세기간의 이월결손금부터 정해진 소득구분에 따라 순서대로 공제하되, 국세기본법 제26조의2 에 따른 국세부과의 제척기간이 지난 후에 그 제척기간 이전 과세기간의 이월결손금이 확인된 경우에는 이를 공제하지 아니한다고 규정하고 있다. 구 국세기본법(2011. 12. 31. 법률 제11124호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 제1항 제2호에 의하면 납세자가 법정신고기한까지 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우 국세부과의 제척기간은 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간이다. 한편 감액경정청구를 받은 과세관청으로서는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 객관적으로 정당한 과세표준 및 세액을 초과하는지 여부에 대하여 조사·확인할 의무가 있으므로, 통상의 과세처분 취소소송에서와 마찬가지로 감액경정청구에 대한 거부처분 취소소송에서도 심판의 대상은 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액의 객관적인 존부이다. 따라서 그 과세표준 및 세액의 인정이 위법이라고 내세우는 개개의 위법사유는 자기의 청구가 정당하다고 주장하는 공격방어방법에 불과한 것이므로, 감액경정청구를 함에 있어 개개의 위법 사유에 대하여 모두 주장하여야 하는 것은 아니고, 감액경정청구 당시 주장하지 아니하였던 사항도 그 거부처분 취소소송에서 새로이 주장할 수 있다(대법원 2004. 8. 16. 선고 2002두9261 판결 등 참조). 위 인정 사실에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고는 2006년 귀속 종합소득세를 신고하지 않았으나, 2012. 5. 31. 2009년 및 2010년 귀속 종합소득세 신고 시 2006년부터 2008년까지의 이월결손금을 모두 기재하였으므로, 2006년 이월결손금이 구 소득세법 제45조 제3항 단서의 국세부과의 제척기간이 지난 후에 그 제척기간 이전 과세기간의 이월결손금이 확인된 경우에 해당한다고 할 수 없는 점, ② 원고가 2012. 6. 19. 2011년 귀속 종합소득세 신고 시 2006년부터 2008년까지의 이월결손금을 기재하지 않기는 하였으나, 피고는 1차 조사에 따른 2차 증액경정결정 당시 2007, 2008년 이월결손금은 공제하면서도 2006년 이월결손금만 공제하지 않았고, 이후 3차, 4차 감액경정결정 시에도 마찬가지였는바, 이를 달리 취급할 이유가 없는 점, ③ 원고가 이 사건 경정청구 당시 이월결손금의 추가 공제를 주장하지 않았다고 하더라도 과세관청으로서는 객관적으로 정당한 세액을 산정하여야 하는 점 등을 종합하여 보면, 원고가 당초 신고했던 2006년 이월결손금 318,926,484원은 2007년 이후 과세기간의 이월결손금보다 먼저 발생한 것으로서 2011년 귀속 종합소득세 계산 시 이월결손금으로 공제되어야 한다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.
• 나) 2008년 이월결손금 부분 구 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 개정되어 2015. 1. 1. 시행된 것) 제45조의2 제1항 단서에 의하면, 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 5년 이내로 한정한다)에 경정을 청구할 수 있다. 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 본 바와 같이 피고는 1차 조사 당시 2011년 귀속 필요경비를 경정하면서 2008년부터 2010년까지의 귀속 필요경비를 함께 경정하였고, 이로 인하여 2차 증액경정결정 당시 2008년 이월결손금은 원고가 신고한 465,516,947원에서 13,896,965원으로, 2009년 이월결손금은 1,013,866,006원에서 334,809,275원으로, 2010년 이월결손금은 3,067,402,342원에서 1,379,244,102원으로 각 경정되었으며, 이는 3차, 4차 감액경정결정에서 그대로 유지되었다. 그런데 원고의 이 부분 주장은 2011년 귀속 종합소득세 계산 시 공제되어야 하는 정당한 2008년 이월결손금은 2차 증액경정결정으로 인하여 감액된 금액이 아닌 원고가 당초 신고했던 금액이라는 취지로서, 이는 결국 2차 증액경정결정의 적법성을 다투는 것이다. 그러나 이 사건 경정청구는 2차 증액경정결정이 있음을 안 날부터 90일이 경과한 후에 제기되었으므로 원고는 더 이상 이에 관하여 다툴 수 없을 뿐만 아니라, 1차 조사 결과 경정된 2008년 이월결손금이 사실과 다르다는 점을 인정할 만한 자료도 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

4. 소결론 그렇다면 원고에 대한 2011년 귀속 종합소득세 산정 시, 2011년 지출 이자비용 중 287,985,111원을 추가로 필요경비로 인정하여야 하고, 2006년 이월결손금 318,926,484원을 소득금액에서 공제하여야 하는바, 이 사건 기록에 의하면 이를 반영 하여 다시 계산한 정당한 세액은 x,xxx,xxx,xxx원이므로, 이 사건 경정거부처분 중 x,xxx,xxx,xxx원(가산세 포함)을 초과하는 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

그렇다면 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.