부가가치세등 부과처분취소

사 건 2019구합84680 부가가치세등부과처분취소 원 고 aaa 피 고 bb세무서장 외 1 변 론 종 결

2020. 10. 08. 판 결 선 고

2020. 12. 17.

1. 피고 bb세무서장이 2016. 5. 13. 원고에게 한 2013년 귀속 배당소득에 관한 원천징수분 법인세 xxx,xxx,xxx원(가산세 포함)의 징수처분을 취소한다.

2. 피고 cc세무서장이 2016. 5. 11. 원고에게 한 [별지1] 목록 기재 각 부가가치세합계 x,xxx,xxx,xxx원(가산세 포함)의 부과처분을 모두 취소한다.

3. 소송비용은 피고들이 부담한다. 청구취지 주문과 같다[다만, 원고는 소장 및 청구취지변경신청서 각 청구취지란에 배당소득에 대한 원천징수분 법인세 부분을 ‘부과처분’으로 명시하였으나, 배당소득세는 원천징수하는 소득세로서 소득금액 또는 수입금액을 지급하는 때에 납세의무가 성립함과 동시에 자동적으로 확정되는 조세이다. 따라서 배당소득세의 원천징수의무자인 원고가 납세의무를 이행하지 아니하였다고 하여 피고 bb세무서장이 원고에게 배당소득세 본세액에 가산세를 더하여 납세고지를 하더라도, 이는 자동적으로 확정된 배당소득세 본세 조세채무의 이행을 명하는 법인원천세의 징수처분과 그에 대한 가산세 부과처분 및 징수처분이 혼합된 처분에 해당한다(대법원 2013. 7. 11. 선고 2011두7311 판결 등 참조). 따라서 원고의 이 부분 취소의 대상을 ‘부과처분’이 아니라 ‘징수처분’으로 선해하여 판단하기로 한다].

• 가. 당사자 지위 등 ddd는 2009. 12. 30. 주택사업 및 해외사업 부문을 물적분할하여 주택사업, 토목 및 건축공사업, 부동산임대, 분양 및 알선업, 해외사업 등을 주요 목적으로 하는 원고를 설립하였고, 현재 ddd이 원고의 지분 100%를 보유하고 있다. ddd의 지분 93.79%를 보유하고 있는 그룹의 회장 AAA은 원고의 등기상 대표이사 7명 중 한 명으로 원고의 사업 및 경영활동에 관한 최종 의사결정권을 갖는 실질적 경영주이다.
• 나. ‘eee’의 사업자등록 원고는 2009. 12. 30. 대전 유성구 원내동 1번지에 부동산 임대업을 목적으로 하는 지점을 개설하고 사업자등록을 하였다. 이후 AAA의 배우자 BBB이 2010년경 원고와 사이에 위 대전 지점에 관한 부동산임대차계약(목적물 ‘공장 880㎡, 사무실 79㎡, 야적장 13,155.58㎡’, 기간 ‘2010. 6. 1.~2012. 5. 31.’, 차임 ‘부가가치세 포함하여 월 1,180만 원’)을 체결하고 이를 가설재 생산․보수 및 야적장 용도의 신규 사업장 소재지로 하여 2010. 6. 1. ‘eee’이라는 상호로 개인사업자등록을 마치고 2013. 11. 30. 폐업 시까지 가설재 관리․임대업을 영위하였다. BBB이 위 사업을 폐업한 이후에는 원고가 같은 장소에서 BBB으로부터 가설재 관리․임대업을 승계받아 현재까지 이를 영위하고 있다.
• 다. 주식회사 fff 주식 양도 및 흡수합병

1. 소프트웨어 개발․판매 및 데이터 베이스업 등을 목적으로 2008. 6. 23. 설립된 fff의 전체 발행주식 6만 주 중 21,000주(35%)를 AAA이, 21,000주(35%)를 그 배우자 BBB이, 18,000주(30%)를 AAA의 아들 CCC이 각 보유하고 있었다(AAA, BBB, CCC을 총칭하여 이하 ‘이 사건 주주들‘이라 한다).

2. 원고는 2013. 11. 11. 이 사건 주주들로부터 이들이 각 보유하던 fff주식(이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)을 합계 2,505,420,000원(= AAA 876,897,000원 + BBB 876,897,000원 + CCC 751,626,000원)에 양수하였다. 이 사건 주주들은 이 사건 주식의 양도를 양도소득세 과세대상에 해당한다고 보고 20%의 세율을 적용하여 2014. 2. 28. 양도소득세 합계 682,877,560원(AAA, CCC의 각 ggg 주식 양도소득분 포함)을 신고․납부하였다.

3. 원고는 그룹 지배구조 개선 및 계열사 구조조정, 일감몰아주기에 따른 증여세 절감 등을 위하여, 이 사건 주식을 양수한 후 2013. 11. 13. fff와 사이에 합병계약을 체결하고 2013. 12. 31.을 합병기일로 하여 fff를 흡수합병하였다(이하 ‘이 사건 합병’이라 한다).

• 라. 세무조사 실시

1. 서울지방국세청장은 2015. 12. 8.부터 2016. 4. 23.까지 사이에 원고에 대한 세무조사를 실시하였다. 그 결과, ‘대전 유성구 소재 지점 사업장에서 가설재 관리․임대업을 영위한 실질적 사업주체는 원고임에도, 아래 <표1> 내역과 같이 BBB이 eee이라는 상호로 가설재 관리․임대업을 영위하는 것처럼 위장하여 외부거래처와의 거래에 대해 원고 명의 대신 eee의 BBB 개인 명의로 2010년 1기~2013년 2기에 합계 18,061,009,894원 상당의 매출세금계산서를 발급하고 합계 27,798,671,422원 상당의 매입세금계산서를 수취하였다. 그리고 아래 <표2> 내역과 같이 부가가치세법상 재화 또는 용역의 공급으로 보지 아니하는 원고 사업부 간 내부거래를 eee을 상대방으로 하는 외부거래로 가장하여 2010년 1기~2013년 2기 총 35,145,416,628원(= 매입세금계산서 480,515,466원 + 매출세금계산서 34,664,901,162원)에 이르는 허위의 가공세금계산서를 발급 및 수취하였다.’고 판단하였다(eee명의로 수수한 매입 및 매출 세금계산서를 총칭하여 이하 ‘이 사건 세금계산서’라 한다).

2. 서울지방국세청장은 원고의 대전 지점 사업장에 건설 가설재 관리․임대업을직권으로 업종 추가하고 아래 <표1>, <표2> 내역과 같이 이 사건 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세를 부과하도록 하는 과세자료를 피고 bb세무서장에게 통보하였다. <표1> 외부 거래처 거래분 eee 명의로 수수한 세금계산서(단위: 원) (생략) <표2> 원고 사업부 간 내부 거래분 eee 명의로 수수한 세금계산서(단위: 원) (생략)

3. 서울지방국세청장은 ‘이 사건 주식 거래의 실질이 원고가 fff를 흡수합병하기 위한 일련의 자본거래로서 의제배당 과세대상에 해당함에도 불구하고, 이 사건 주주들이 부담하게 될 의제배당에 대한 38% 최고누진세율의 종합소득세 부과를 회피할 목적으로 이 사건 주주들이 원고에게 이 사건 주식을 양도한 것처럼 가장한 것이므로, 이 사건 주식의 양도에 따른 거래대금 2,505,420,000원의 실질이 피합병법인의 주주인 이 사건 주주들에게 지급한 합병교부금에 해당한다.’고 보아 이 사건 주주들의 배당소득세 원천징수의무자인 원고에게 아래 <표3> 내역과 같이 의제배당소득에 대한 법인원천세를 징수고지하도록 피고 bb세무서장에게 과세자료를 통보하였다(AAA, BBB의 의제배당소득에 대해서는 직접 종합소득세로 부과처분하도록 관할 세무서에 자료통보하였고, 원고에게는 원친징수의무불이행에 따른 가산세만 고지하도록 통보하였다). <표3> 이 사건 주주들에 대한 의제배당소득 법인원천세 통보내역(단위: 원) (생략)

• 마. 부가가치세 부과처분 및 배당소득세 원천징수분 법인세 징수처분

1. 피고 cc세무서장은 2016. 5. 11. 원고에게 [별지1] 목록 기재와 같이 2010년 1기 내지 2013년 1기 부가가치세 합계 x,xxx,xxx,xxx원(가산세 포함)의 부과처분을 하였다(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다).

2. 피고 bb세무서장은 2016. 5. 13. 원고에게 2013년 귀속 배당소득세 원천징수분 법인세 xxx,xxx,xxx원(가산세 포함)을 징수고지하였다(이하 ‘이 사건 징수처분‘이라 한다).

• 바. 전심절차 원고는 이 사건 부과처분 및 징수처분에 불복하여 2016. 8. 10. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 2019. 7. 31. 기각되었다. [인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제1, 2호증(각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

[별지2] ‘관계 법령’ 기재와 같다.

• 가. 원고의 주장 요지 eee은 ddd그룹의 가설재를 통합관리하기 위해 BBB의 개인 자금을 출자금으로 하여 적법하게 설립된 사업체로, 독립된 인적․물적 조직을 갖추고 가설재 관리․임대업을 영위하였으므로, eee이 원고의 위장사업체임을 전제로 한 이 사건부과처분은 위법하여 취소되어야 한다.
• 나. 구체적인 판단 납세의무자가 경제활동을 함에 있어서는 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여서도 여러 가지의 법률관계 중 하나를 선택할 수 있으므로 그것이 과중한 세금의 부담을 회피하기 위한 행위라고 하더라도 가장행위에 해당한다고 볼 특별한 사정이 없는 이상 유효하다고 보아야 한다(대법원 2011. 5. 13. 선고 2010두3916 판결 등 참조). 그리고 일반적으로 조세부과처분의 취소소송에서 과세요건사실에 관한 증명책임은 과세관청에게 있으므로, 과세관청이 구체적인 소송과정에서 과세요건사실을 직접 증명하거나 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실을 밝히지 못하면 당해 과세처분은 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이 된다(대법원 2013. 3. 28. 선고 2010두20805 판결 참조). 앞서 든 증거들과 갑 제6 내지 16, 20 내지 25, 29호증, 을 제3 내지 12호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정을 위 법리에 비추어 살펴보면, eee은 독립적인 사업주체로서의 지위가 인정되는바, 이와 달리 eee이 원고에 의하여 실질적으로 영업과 자산 및 수익을 지배받은 원고의 위장사업체에 해당한다고 볼 수 없다. 따라서 이와 전제가 다른 이 사건 부과처분은 위법하여 취소되어야 하고, 이를 지적하는 원고의 주장은 이유 있다.

1. eee은 가설재 임대업 등을 영위할 목적으로 ddd그룹의 사업상 필요에 따라 독립된 개인사업체로서 설립되었다. 즉, ① 2008. 5.경 건설업을 영위하는 ddd 계열사들이 hhh에 가설재 보수를 위탁하였는데, hhh이 위탁받은 유로폼 256,758개를 보관하다가 이를 횡령함으로써 ddd 계열사들에 약 12억 원의 손해를 입힌 사건이 발생하였다. ddd그룹 회장 AAA은 이를 계기로 가설재를 보수하기 위해 외부에 위탁함으로써 발생하는 관리 공백을 방지하고자 ddd의 기업집단 내에서 가설재를 통합적으로 보수, 보관 및 관리할 필요성을 인식하게 되었는바, 이를 실행하는 방법으로 기존 계열회사에 맡길 것인지, 아니면 신규 계열회사를 설립하여 수행하게 할 것인지는 합리적인 경영판단의 영역에 속하는 문제라고 할 수 있다. ② 그런데 AAA은 개인사업체가 설립과 청산절차에 있어 법인보다 더 간편하고 세금 부담 측면에서도 종합소득세만 부담하게 되어 법인세 이외에 주주로서 배당소득세까지 발생하는 법인보다 더 유리하다고 판단하여 새로운 가설재 임대업체를 개인사업체 형태로 설립하기로 결정한 것으로 보인다. ③ AAA과 BBB 부부는 eee의 초기 출자금 및 운영비용 9억 1,500만 원을 모두 개인 자금으로 부담하여 2010. 6. 1. BBB 명의로 eee을 설립하였다.

2. eee은 원고와 상관없이 독립적인 영업주체로서 사업을 수행하였다고 평가 할 수 있다. 즉, ① eee의 BBB은 원고와는 별개의 권리주체인바, eee과 관련된 사법상 계약과 공법상 신고는 모두 독립된 경제주체인 BBB 명의로 이루어졌고, BBB은 eee의 영업으로 발생한 부가가치세와 소득세를 자기 명의로 신고․납부하였다. ② eee은 야적장, 공장, 사무실을 갖춘 독립된 사업장을 보유하였고, 사무직 근로자와 10여 명의 현장 근로자를 직접 고용하여 급여 및 4대 보험료, 퇴직금을 직접 부담하였다. ③ eee은 ddd 계열사들로부터 가설재를 모두 인수하고 지속적으로 가설재를 신규로 구매․관리하였으며, 대전 유성구 원내동 사업장의 공장에 설비를 새로이 갖추고 ddd 계열사들의 건설현장으로부터 주문을 받아 가설재를 보수․출고하는 업무를 직접 수행하였는바, eee의 영업과 원고의 기존 영업 사이에 동일․유사성이 인정된다고 보기 어렵다. ④ 비록 eee의 최종적인 의사결정권은 AAA이 행사한 것으로 볼 여지가 있으나, AAA은 ddd그룹의 회장 지위에서 또는 eee의 대표자인 BBB의 배우자 지위에서 위와 같은 의사결정을 한 것이라고 볼 수 있을 뿐, 원고의 대표이사로서 eee의 모든 사업상 수익을 원고에게 귀속시킬 의도로 그와 같은 의사결정을 한 것이라고 볼 수 없다. ⑤ eee의 영업활동에 의한 거래대금의 지급 및 수령은 모두 eee의 사업용 계좌를 통해 이루어졌고, 자금의 관리․집행 및 회계는 원고와는 별개로 이루어졌으며, ddd 계열회사들의 자금, 회계 업무를 총괄하던 DDD도 eee의 자금집행이나 회계에는 직접 관여한 바 없다. ⑥ 설령 원고의 직원들이 eee의 주요 업무를 처리하였다고 하더라도 그에 따른 법률적 효과나 사업상 수익이 원고에게 전적으로 귀속되는 것이라고 할 수 없다(더구나 eee 관리업무를 총괄한 임원 EEE과 eee의 가설재 구매를 담당한 FFF은 원고가 아닌 iii 소속이다). 결국 ddd그룹 차원에서 회장인 AAA 또는 배우자인 BBB의 개인사업상 편의를 위하여 BBB 또는 AAA의 개인사업체인 eee의 주요 업무를 처리해주었다고 볼 수 있을 뿐, 원고가 eee의 실질적 귀속주체로서 eee의 주요 업무를 처리한 것이라고 평가하기 어렵다.

3. eee 명의로 수행된 모든 거래와 업무로 인한 사업상 수익과 손실의 최종 귀속주체는 eee이라 할 수 있고 eee을 원고의 위장사업체로 볼 수 없다. 즉,① ddd 계열사들을 통해 eee에 대한 일감 몰아주기, 자금지원 행위 등 독점규제및 공정거래에 관한 법률상 부당지원행위가 있었다 하더라도, 이를 이유로 독립된 경제주체로서 eee의 사업자등록명의자인 BBB 또는 실질적 사업주인 AAA의 존재를 부인하고, 원고가 eee의 영업과 자산 등을 실질적으로 지배하는 귀속주체였다고 평가할 수 없다. ② 피고는, ‘AAA은 원고의 업무를 eee이 대신 수행하도록 함으로써 원래 원고에게 귀속될 소득을 BBB에게 귀속시켰고, 그로 인해 법인세 등 상당한 조세를 회피할 수 있게 되었다.’는 취지로 주장하나, 이는 AAA이 과세상의 경제적 이점 등을 고려하여 독립된 개인사업체를 설립함에 따라 나타난 반사적 결과일 뿐, 이를 이유로 국세기본법 제14조 가 정한 실질과세원칙을 적용하여 eee의 사업상 소득이 원고에게 귀속되는 소득이라고 볼 수 없다. ③ eee의 귀속명의자인 BBB은 eee의 소득이나 수익, 재산, 거래 등을 지배․관리할 능력이 없는 반면, 원고가 이를 실질적으로 지배․관리한 귀속주체라고 단정할 만한 객관적인 자료는 없다.

4. 관련 형사판결에서 인정한 사실은 행정재판에 있어서도 유력한 증거가 되는 바,AAA 등에 대한 서울중앙지방법원 2018고합185-1(분리), 361-1(분리, 병합) 특정경제범죄가중처벌등에관한법률위반(횡령) 등 사건에서, 위 법원은 eee을 이용한 원고의 자금 횡령, 법인세 포탈 등 eee 관련 특정경제범죄가중처벌등에관한법률위반(횡령), 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(조세) 및 조세범처벌법위반의 공소사실에 대하여 ‘eee은 그 존속기간 동안 독립적인 인적․물적 조직을 갖추고 가설재의 임대, 보수 및 관리 등의 영업활동을 수행한 독립적인 사업체의 실질을 갖고 있고, 원고의 위장사업체로 볼 수 없다.’는 이유로, 2018. 11. 13. 이 부분 공소사실을 전부 무죄로 선고하였다. 이러한 판단은 항소심(서울고등법원 2020. 1. 22. 선고 2018노3341 판결)과 상고심(대법원 2020. 8. 27. 선고 2020도2094 판결)에서 동일하게 유지되어 확정되었다. 이 법원이 위와 같은 판단과 달리 eee을 원고의 위장사업체라고 평가할만한 다른 합리적인 이유는 없다. 따라서 이 사건 부과처분의 과세요건사실에 관한 피고의 증명이 부족한 이상, eee이 원고의 위장사업체임을 전제로 한 이 사건 부과처분은 위법하다.

4. 이 사건 징수처분의 적법 여부

• 가. 원고의 주장 요지 이 사건 주주들은 이 사건 합병 전에 이 사건 주식을 원고에게 전부 양도함으로써위 합병 당시 fff의 주주가 아니었고, 합병대가를 지급받은 사실이 없다. 또한 원고가 주식양수 후 합병을 한 것은 경영상 목표를 달성하기 위하여 선택할 수 있는 가장 합리적인 방법이었고 다른 부당한 목적은 없었으므로, 이 사건 주식의 양도대가를 합병에 따른 의제배당소득으로 보아 과세한 이 사건 징수처분은 위법하여 취소되어야 한다.
• 나. 구체적인 판단 앞서 든 증거들과 갑 제17호증, 을 제13 내지 16호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정에 비추어 살펴보면, 이 사건 주식의 양도거래가 부당하게 조세부담을 회피할 목적으로 과세요건사실에 관하여 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관을 취한 경우에 해당한다고 볼 수 없다. 따라서 실질과세원칙을 적용하여 이 사건 주식의 양도거래를 부인하고 위 주식 양도와 이 사건 합병에 이르기까지의 전과정을 하나의 거래로 재구성한 채 위 주식 양도에 따른 거래대금이 원고의 fff 흡수합병에 관한 합병대가로서 의제배당에 해당함을 전제로 하는 이 사건 징수처분은 위법하여 취소되어야 하고, 이를 지적하는 원고의 주장은 이유 있다. 1) 소득세법 제17조 제2항 제4호 는 의제배당소득을 ‘합병으로 소멸한 법인의 주주가 합병 후 존속하는 법인으로부터 그 합병으로 취득하는 주식 가액과 금전의 합계액이 그 합병으로 소멸한 법인의 주식을 취득하기 위하여 사용한 금액을 초과하는 금액’이라는 취지로 정하고 있다. 그런데 이 사건 주주들은 이 사건 합병일 이전에 이 사건 주식을 양도하여 합병 당시에는 이미 fff의 형식적․실질적 주주가 아니었고 별도로 합병대가를 수취한 사실도 없다. 따라서 주식양도소득을 얻었을 뿐인 이 사건 주주들에게 추가로 귀속될 의제배당소득이 발생하였다고 볼 수 없는 이상, 이 사건 징수처분의 과세요건에 관한 위 근거규정이 적용된다고 볼 수 없다.

2. 이 사건 주식의 양도거래는 원고가 기업지배구조 개선 및 계열사 구조조정, 일감몰아주기에 따른 증여세 절감 등을 위해 종전부터 정상적으로 영업해 오던 fff를 흡수합병하고자 하는 합리적인 경영상 목적에서 비롯된 것으로 보인다. 즉, 기업지배구조를 개편하기 위해 원고는 이 사건 합병 이전에 이 사건 주식의 양도거래를 선행하는 사전 절차를 거쳤는바, 이는 과세관청이 상정한 합병거래보다 더 합리적인 것으로 볼 수 있다(법인세법 제44조 제3항 에 의하면, 내국법인이 발행주식 총수 전부를 보유하고 있는 다른 법인을 합병하거나 합병되는 경우에는 적격합병의 요건을 갖추지 못한 경우에도 적격합병에 따른 과세특례를 적용받을 수 있는바, 피합병법인의 기존 지배관계를 해소하면서 법인세법상 적격합병의 요건을 충족하기 위해서는 주식양수 후 완전모자회사의 관계에서 합병거래를 택하는 것이 가장 합리적이라 할 수 있다). 이 처럼 합리적인 경제인의 관점에서 정상적인 거래라고 볼 수 있는 이 사건 주식의 양도거래를 통해 이 사건 주주들이 단지 조세 절감의 반사적 효과를 누리게 되었다거나(주식양도소득에 대한 세율 20% 적용과 의제배당소득에 대한 초과누진세율 38% 적용에 의한 차이), 이 사건 주식의 양도거래와 합병거래가 단기간에 이루어졌다는 사정만으로 국세기본법 제14조 제3항 을 무리하게 적용하여 원고가 선택한 위와 같은 일련의 법률관계를 부당한 조세회피 목적에서 비롯된 다단계 행위로서 비합리적인 형식이나 외관을 창출한 가장행위에 해당한다고 평가하기 어렵다.

3. 원고와 이 사건 주주들의 진정한 의사, 주식양도계약의 체결 경위, 대금의 결정방법, 거래의 경과 등 거래의 전체과정을 고려해 보면, 이 사건 주식의 양도거래는 합병에 따른 조세부담을 최소화하기 위한 합리적인 방안에서 이루어진 자산거래로서 위 양도거래에 따라 이 사건 주식의 소유권이 원고에게 이전된 이후에 이 사건 합병의 효력이 발생하였는바, 이 사건 주주들에게 합병교부금이 지급된 것이라고 볼 수 없는 이상, 이 사건 주주들에게 의제배당소득이 발생하였음을 전제로 하는 이 사건 징수처분은 위법하다.

그렇다면 원고의 피고들에 대한 청구는 이유 있어 모두 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.