이 사건 처분은 당연무효에 해당하지 아니함

사 건 2019구합82264 종합소득세부과처분무효확인 원 고 AAA 피 고 BB세무서장 변 론 종 결

2020. 5. 22. 판 결 선 고

2020. 9. 18.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청 구 취 지 피고가 2017. 5. 1. 원고에 대하여 한 2011년 종합소득세 000원의 부과처분은 무효임을 확인한다.

• 가. 피고는 2016. 8. 29.부터 2016. 10. 30.까지 YY건설 주식회사(이하 ‘YY건설’이라 한다)에 대한 2011년 2기 부가가치세 조사를 실시하고, YY건설이 주식회사 JJ산업으로부터 실물거래 없이 공급가액 410,000,000원(이하 ‘쟁점금액’이라 한다) 상당의 매입세금계산서(이하 ‘이 사건 세금계산서’라 한다)를 수취하고, 쟁점금액을 매출원가로 계상하였다고 판단하였다.
• 나. 피고는 YY건설에 대하여, 2016. 11. 1. 쟁점금액을 부가가치세 매입세액 불공제 및 법인세 손금불산입하여 2011년 2기 부가가치세 000원(가산세 포함, 이하 같다), 2011 사업연도 법인세 000원의 각 부과처분(이하 위 법인세 부과처분을 ‘관련 법인세 부과처분’이라 한다)을 하였고, 2017. 2. 1. 쟁점금액을 YY건설의 당시 대표이사였던 원고에 대한 인정상여로 소득처분하여 소득금액 변동통지(이하 ‘관련 소득금액 변동통지’라 한다)를 하였다. 피고는 2017. 5. 1. 원고에 대하여 2011년 종합소득세 000원의 부과처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.
• 다. YY건설은 2018. 8. 13. 관련 법인세 부과처분의 취소를 구하는 항고소송(서울행정법원 2018구합000)(이하 ‘관련 소송’이라 한다)을 제기하였고, 피고는 위 소송이 진행 중이던 2019. 8. 1. 관련 법인세 부과처분을 직권취소하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1 내지 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 관련 법인세 부과처분이 위법하여 직권취소된 이상, 관련 소득금액 변동통지 및 그에 기초한 이 사건 처분 또한 그 원인이 없어 당연무효이다.
• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단 다음과 같은 이유로 원고의 주장은 받아들이지 아니한다.

1. 앞서 든 증거들에 의하면 YY건설이 관련 소송의 소장에서 이 사건 세금계산서가 실물거래 없이 수수된 세금계산서임을 인정하면서도, 2011 사업연도 결산시 손금에서 제외된 원재료비 000원이 손금산입되면 결과적으로 결손이 발생하므로 2011 사업연도 법인세 납세의무는 발생하지 않는다고 주장한 사실, 서울지방국세청 소속 직원은 이에 대하여 검토한 결과, 원고의 2011 사업연도 실제 당기순손실이 000원, 2009~2010 사업연도 실제 결손금액이 000원으로, 쟁점금액을 손금불산입하더라도 법인세는 발생하지 않는다는 내용의 ‘직권취소 검토보고서’를 작성하였고, 서울지방국세청장은 2019. 7. 26. 피고에게 관련 법인세 부과처분의 직권취소를 지시하면서, ‘원고의 실제 세무상 결손금이 쟁점금액 상당의 손금 불산입액을 초과한다는 취지에서 관련 법인세 부과처분만을 취소하는 것임’을 분명히 한 사실이 각 인정되는바, 피고가 관련 법인세 부과처분을 직권취소하였다는 사정만으로 쟁점금액의 소득처분에 어떠한 하자가 있다고 할 수 없다.

2. 법인이 매출사실이 있음에도 불구하고 매출액을 장부에 기재하지 아니하거나 가공의 비용을 장부에 계상한 경우 특별한 사정이 없는 한 그 매출누락액 또는 가공비용 상당의 법인의 수익은 사외로 유출된 것으로 보아야 하고, 이 경우 그 매출누락액 등의 전액이 사외로 유출된 것이 아니라고 볼 특별한 사정은 이를 주장하는 법인측에서 증명할 필요가 있다(대법원 1999. 12. 24. 선고 98두16347 판결). 그리고 구 법인세법 시행령(2012. 1. 25. 대통령령 제23527호로 개정되기 전의 것) 제106조 제1항 제1호에 의하면 사외에 유출된 것이 분명하나 그 귀속이 불분명한 경우, 대표자에 대한 상여로 본다. 쟁점금액이 사외로 유출되지 아니하였다거나 사외로 유출되었으나 그 귀속자가 다르다는 점을 인정할 만한 아무런 증거가 제출되지 아니한 이상, 이 사건 처분에 어떠한 하자가 있다고 보기 어렵다.

3. 달리 이 사건 처분에 중대·명백한 하자가 있다고 인정할 만한 증거가 없다.

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.