검사의 불기소처분은 검찰의 판단에 불과한바 사실과 다른 세금계산서로 보아 이루어진 부과처분을 무효로 볼 수 없음

사 건 서울행정법원 2019-구합-82158(2021.02.05) 원고 박AA 피고 BB세무서장 원 심 판 결 판 결 선 고 2021.02.05.

1. 이 사건 소 중 2012년 귀속 종합소득세 부과처분 중 2,796,499원을 초과하는 부분에 대한 무효확인 청구부분을 각하한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구 취지 피고가 원고에 대하여, 2017. 11. 5. 한 2010년 귀속 종합소득세 4,043,560원(가산세포함), 2012년 귀속 종합소득세 61,915,920원(가산세 포함), 2013년 귀속 종합소득세 56,846,010원(가산세 포함)의 각 부과처분, 2017. 12. 1. 한 2011년 귀속 종합소득세 69,469,992원1)(가산세 포함)의 부과처분은 각 무효임을 확인한다.

• 가. 원고는 2007. 11. 27. ‘어CC’이라는 상호로 사업자등록을 하고 반찬(젓갈류도소매업을 영위한 개인사업자로서, 2010년부터 2013년까지 주식회사 DD푸드(대표이사: 우EE, 이하 ‘DD푸드’라 한다), 주식회사 반찬DD(대표이사: 우SS), 주식회사BB푸드시스템(대표이사: 김CH), 이하 ‘BB푸드’라 하고, 김CH, 우EE, 우SS을 함께 ‘김CH 등’이라 한다), M누리(운영자: 우EE)(이하 위 4개 업체를 합쳐 ‘이 사건 각 거래처’라 한다)로부터 수취한 각 매입계산서(이하 ‘이 사건 각 계산서’라 한다)의 아래 표 기재와 같은 공급가액 합계 395,811,268원을 필요경비(매입원가)로 산입하여 종합소득세를 신고하였다.
• 나. 중부지방국세청장은 2014. 6. 26.부터 2014. 11. 1.까지 이 사건 각 거래처,김CH의 사위인 장WH이 대표이사로 있던 주식회사 CH푸드(이하 ‘CH푸드’라 한다), 장WH의 개인사업체인 ‘SJ식품’, 우SS의 개인사업체인 ‘BB단지’(이하 위 7개 업체를 합쳐 ‘DD푸드 등’이라 한다)에 대한 세무조사를 실시하였고, 그 결과를 기초로 ‘DD푸드 등이 2009년부터 2013년까지 각 사업용 계좌와 별개로 차명계좌를 이용하여 매출대금을 지급받고 계산서를 발급하지 않거나 과소발급하는 방법으로 매출액 약 283억 원을 누락하였다.’고 보아 서인천세무서장에게 DD푸드 등의 법인세 또는 종합소득세 관련 과세자료를 통보하였다.
• 다. 서인천세무서장은 2015. 1. 9. DD푸드 등이 누락한 매출과 관련하여 DD푸드에 법인세 합계 742,442,380원, 주식회사 반찬단지에 법인세 합계 2,094,126,810원, BB푸드에 법인세 합계 1,613,970,120원, 우EE에게 종합소득세 합계 1,280,257,590원을 비롯하여, DD푸드 등에 대하여 법인세 또는 종합소득세 합계 약 88억 원을 경정·고지하였다(이하 ‘관련 부과처분’이라 한다).
• 라. DD푸드 등은 관련 부과처분에 불복하여 2015. 3.~4.경 조세심판원에 각 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2015. 11. 10. ‘DD푸드 등이 제출한 금융거래자료 등을 토대로 매출누락 여부를 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액 등을 경정한다.’는 재조사 결정을 하였다.
• 마. 중부지방국세청장은 2015. 12. 1.부터 2016. 2. 7.까지 재조사를 실시하였고, 그 결과를 기초로 아래 표 기재와 같은 조사 과정을 밟아 DD푸드 등의 (순)매출누락액을 당초보다 약 123억 원 줄어든 약 160억 원으로 보고, 당초 부과하였던 세액 약 88억 원 중 약 27억 원을 감액 경정하였다.
• 바. 또한 중부지방국세청장은 위 재조사 결과에 따라 2016. 3. 15. DD푸드 등이 그 매출처인 원고, ‘CR푸드’, ‘HA식품’, ‘MM사랑’, ‘SA촌’ 등에 발급한 각 계산서 사건 각 계산서 포함)가 실물거래 없이 발급된 가공 계산서(입금액 상당의 계산서가 발행되었으나 계산서상 사업자가 입금하였음이 확인되지 않는 경우)라는 이유로, 관련 과세자료를 피고를 비롯한 해당 매출처 주소지 관할 세무서장들에게 통보하는 한편, 위 가공 계산서 발급과 관련하여 김채환 등을 조세범처벌법위반 및 특정범죄가중처벌 등에관한법률위반(허위세금계산서교부등) 혐의로 인천지방검찰청에 고발하였다.
• 사. 인천지방검찰청은 2017. 3. 7. 아래와 같은 이유를 들어 김CH 등에 대하여 혐의없음(증거불충분)의 불기소처분(이하 ‘이 사건 불기소처분’이라 한다)을 하였고, 이에 중부지방국세청장은 서울고등검찰청에 항고하였으나 2017. 6. 30. 기각되었다.
• 아. 한편, DD푸드 등은 위 심판청구를 거쳐 2016. 5. 20. 인천지방법원에 위 마.항기재와 같이 감액되고 남은 관련 부과처분(약 61억 원)의 취소를 구하는 등의 소를 제기하였는데(2016구합52136, 이하 ‘관련 행정소송’이라 한다), 담당 재판부는 DD푸드 등의 매출누락액이 150억 9,300만 원임을 기준으로 산정한 세액 합계 약 17억 원을 초과하는 부분(약 43억 원)을 취소하는 내용의 조정권고를 하였고, 당사자 쌍방이 이를 수용하여 위 소송이 2018. 11. 28. 소취하로 종결되었다.
• 자. 피고는 이 사건 각 계산서 기재 금액을 종합소득세 산정 시 필요경비로 산입하지 않기로 하여 원고에 대하여, 2017. 11. 5. 2010년 귀속 종합소득세 4,043,560원, 2011년 귀속 종합소득세 32,108,560원, 2012년 귀속 종합소득세 61,915,920원, 2013년 귀속 종합소득세 56,846,010원을 경정·고지하였고, 2017. 12. 1. 2011년 귀속 종합소득세 37,361,420원을 추가로 경정·고지하였다[각주 1)에서 살핀 바와 같이 2011년 귀속 종합소득세에 관한 2017. 11. 5.자 부과처분은 2017. 12. 1.자 증액경정처분에 흡수되어 소멸되었다].
• 차. 영등포세무서장은 2018. 2.경 송YS(상호: PP식품)에 대한 세무조사를 실시한 후, 송YS이 2012년에 원고를 상대로 얻은 125,159,944원의 면세 매출액의 신고를 누락한 사실을 확인하고 관련 과세자료를 피고에게 통보하였다. 피고는 2018. 9. 28. 위 매입액 125,159,944원을 원고의 종합소득세 산정 시 필요경비로 산입하기로 하여 원고의 2012년 귀속 종합소득세를 59,119,420원 감액경정하였다.
• 카. 위 자., 차.항 각 경정처분과 그로 인한 원고의 잔존세액은 아래 표 기재와 같다(이하 아래 잔존세액의 각 부과처분을 ‘이 사건 각 부과처분’이라 한다).

2. 이 사건 소 중 2012년 귀속 종합소득세 부과처분의 잔존세액을 초과하는 부분에 대한 무효확인 청구부분의 적법 여부 직권으로 보건대, 이 사건 소 중 2018. 9. 28.자 감액경정된 부분(59,119,420원)에 대한 무효확인 청구는 존재하지 않는 처분을 대상으로 한 것이어서 소의 이익이 없으므로 부적법하다.

3. 이 사건 각 부과처분의 적법 여부

• 가. 원고의 주장 이 사건 불기소처분의 취지와 관련 행정소송의 경과 등 제반 사정에 비추어 보면,이 사건 각 부과처분은 과세근거가 되는 사실관계 또는 법률관계가 전혀 없는 상황에서 이루어진 것으로서, 그 하자의 정도가 중대·명백하므로 무효이다.
• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 관련 법리 행정처분의 당연무효를 구하는 소송에서는 그 무효를 구하는 사람에게 그 행정처분에 존재하는 하자가 중대하고 명백하다는 것을 주장·증명할 책임이 있다. 또한 과세대상이 되지 아니하는 어떤 법률관계나 사실관계에 대하여 이를 과세대상이 되는 것으로 오인할 만한 객관적인 사정이 있는 경우에, 그것이 과세대상이 되는지의 여부가 그 사실관계를 정확히 조사하여야 비로소 밝혀질 수 있는 경우라면, 그 하자가 중대하더라도 외관상 명백하다고 할 수 없어 그와 같이 과세 요건사실을 오인한 위법의 과세처분을 당연무효라고 볼 수 없다(대법원 2012. 2. 23. 선고 2011두22723 판결 등 참조).

2. 구체적 판단 앞서 인정한 사실과 변론 전체의 취지를 통해 알 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어, 피고가 이 사건 각 부과처분을 함에 있어 이 사건 각 계산서를 가공 계산서로 보아 그 각 기재 금액을 필요경비에 산입하지 않을 만한 객관적인 사정이 있었다고 할 것이므로, 그 하자가 외관상 명백하다고 할 수 없다. 원고의 주장은 받아들이지 아니한다.

• 가) 이 사건 각 거래처의 계좌에는 원고 또는 ‘어CC’ 명의로 입금된 내역이 전혀없었다. 원고 앞으로 계산서가 발급되었음에도 계산서상의 사업자인 원고로부터 입금된 내역이 없다면 이는 일단 가공매출의 전형적인 경우에 해당한다고 볼 수밖에 없다.
• 나) 이 사건 각 부과처분 전에 이미 이 사건 불기소처분이 있었던 것은 사실이나, 이 사건 불기소처분은 김CH 등의 조세범처벌법위반 및 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(허위세금계산서교부등) 혐의에 관하여 합리적 의심의 여지가 없을 정도의 충분한 증명이 없다는 검찰의 판단에 불과한바, 검찰과 소속을 달리하고 별개의 권한을 가지고 있는 과세관청인 피고가 이 사건 각 부과처분을 함에 있어 위 불기소처분에 구속될 것이 아니다.
• 다) 서인천세무서장이 관련 행정소송에서 담당 재판부가 한 조정권고를 받아들여 DD푸드 등에 대한 관련 부과처분 중 일부를 취소한 것은 이 사건 각 부과처분 후 약 1년 뒤에 있었던 일인데다가, 그러한 조정권고는 판결과 달리 해당 처분의 위법성에 관한 명확한 판단이라고 할 수도 없다. 더욱이 조정권고의 기준이 된 매출누락액이 150억 9,300만 원에 이르고, 위 금액이 어떻게 산출된 것인지, 나아가 그 산출 결과에 이 사건 각 계산서의 가공 여부에 관한 판단이 영향을 미친 것인지조차 명확하게 알 수 없다.

이 사건 소 중 2018. 9. 28.자 감액경정된 부분에 대한 무효확인 청구 부분을 각하하고, 위 각하 부분을 제외한 원고의 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.