업무무관가지급금의 성부

사 건 서울행정법원-2019구합-79572 원 고 AAA 피 고 zz세무서장 변 론 종 결 판 결 선 고 2021.06.15.

1. 피고가 2018. 6. 11. 원고에 대하여 한 별지1 목록 기재 각 법인세(가산세 포함) 및 부가가치세(가산세 포함) 부과처분 중 해당 ‘불복제외세액’을 초과하는 부분을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다. 청 구 취 지 주문과 같다.

• 가. 원고의 지위 원고(변경 전 상호: SSS공사)는 ｢지방공기업법｣ 및 ｢A시 도시개발공사 설치 조례｣에 따라 토지 및 주택의 개발 및 공급, 임대 및 관리, 국가 또는 지방자치단체로부터 위탁받은 업무의 수행 등을 목적으로 A시가 전액 출자한 지방공사로서, 1988. 12. 21. 내무부장관의 인가를 받아 그 무렵 설립되었다.
• 나. 집단에너지 공급사업의 위탁·수행 및 선행 부과처분에 따른 납부세액

1. 원고는 ｢A시 집단에너지공급사업의 시행 및 업무의 위탁에 관한 조례｣(2015. 10. 8. A시 조례 제6016호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘위탁조례’라 한다)에 따라 A시와 ｢집단에너지 공급사업 업무 위·수탁 협약｣(이하 ‘위탁협약’이라한다)을 체결하고, FFF에 집단에너지사업단(이하 ‘이 사건 사업단’이라 한다)을 설치하여 2002. 1. 1.부터 집단에너지 공급사업의 위탁관리업무를 수행(이하 ‘이 사건 위탁관리용역’이라 한다)하면서 2006년부터 2012년까지 A시로부터 아래 표 기재 사업비를 수취하였는데, 이 사건 사업단은 위 사업을 면세사업으로 보아 부가가치세를 신고하지 않았고, 원고의 본점에서 인건비 및 경비의 3% 상당액인 위탁수수료 부분을 과세표준으로 하여 부가가치세를 신고하여 왔다.

2. A지방국세청장은 2013년 원고에 대한 법인세 정기 통합조사를 실시한 다음, 원고가 2006년 제1기부터 2012년 제2기까지의 부가가치세 과세기간 중 부가가치세 과세거래인 이 사건 위탁관리용역의 공급가액 원 상당(위탁수수료를 제외한 사업비)을 부가가치세 과세표준에서 누락하고, 면세사업자로 등록되어 있던 이 사건 사업단의 매입세액은 등록 전 매입세액으로서 손금불산입하여야 한다고 보아 관련 과세자료를 통보하였고, 위 통보를 받은 YY세무서장은 원고에 대하여 2006년 제1기 내지 2012년 제2기 부가가치세(가산세 포함, 이하 같다) 합계 원을, 피고는 원고에 대하여 2008 내지 2012 사업연도 법인세(가산세 포함, 이하 같다) 합계 원을 경정·고지하였다. 이에 따라 원고는 2013. 7. 1.부터 2014. 2. 3.까지 사이에 위 부가가치세 및 법인세 합계 원(이하 ‘최초 납부세액’이라 한다)을 납부하였다.

3. 원고는 2013. 12. 6. 위 부가가치세 부과처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 제기하였고, 이에 대해 조세심판원은 2017. 12. 7. 재조사 결정을 하였으며(조심2014서307호), A지방국세청장은 2018. 1. 10. 원고에게 ‘조세심판원 2014서307 결정에 따른 재조사 결과 당초 과세가 정당하다.’는 세무조사 결과통지를 하였다.

4. 원고는 2018. 2. 9. 재차 조세심판원에 심판청구를 제기하여 위 부가가치세 부과처분의 취소를 구하였고, 조세심판원은 2018. 12. 21. ‘무신고·납부불성실·미등록 및 세금계산서미교부 가산세를 부과하지 아니하는 것으로 하여 그 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 이를 기각한다.’는 일부 인용결정을 하였으며(조심 2018서1040·1041호), 이에 따라 위 부가가치세 부과처분 중 가산세 원에 대한 부분이 취소되었다[이하 위와 같이 취소되고 남은 부가가치세(본세) 원 및 법인세 ***원에 대한 부과처분을 ‘선행 부과처분’이라 하고, 최초 납부세액 중 위와 같이 취소되고 남은 부분을 ‘이 사건 납부세액’이라 한다].

5. 원고는 2019. 3. 20. 서울행정법원 2019구합59684호로 부가가치세 부과처분 등 취소의 소를 제기하였고, 위 법원은 2020. 8. 11. 위 부가가치세에 대한 선행 부과처분을 취소하는 판결을 선고하였으며, 이 사건 변론종결일 현재 서울고등법원 2020누55383호로 항소심 계속 중이다. 또한 원고는 2018. 2. 19. 서울행정법원 2018구합55005호로 선행 부과처분 중 법인세 부분의 취소를 구하는 소를 제기하였고, 이 사건 변론종결일 현재 위 소송이 계속 중이다.

• 다. BBB 조성사업 대상지 무상임대

1. 원고는 GGG(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)에 물류시설을 조성하는 BBB 프로젝트파이낸싱(PF)사업(이하 ‘BBB 조성사업’이라 한다)을 시행하기 위해 2009. 9. 9. 민간사업자 공모 공고를 하고, 우선협상 대상자로 선정된 CCC 컨소시엄과 2011. 4. 20. 이 사건 물류단지 PF사업 협약(이하 ‘이 사건 협약’이라 한다)을 체결하였으며, 원고와 CCC 컨소시엄 구성회사들은 아래 표 기재 출자지분율에 의해 출자하여 2011. 8. 1. CCC프로젝트금융투자 주식회사(이하 ‘CCCPFV’라 한다)를 설립하였다.

2. 원고는 2012. 10. 30. CCCPFV와 사이에 원고 소유의 이 사건 토지에 대한 임대차계약을 체결하면서 2012. 10. 30.부터 2013. 10. 19.까지를 설계 및 공사기간인 무상 사용기간으로 약정하였다가, 물류단지 개발계획 변경 등에 따른 공사 지연으로 무상 사용기간에 대한 분쟁이 발생하자 대한상사중재원의 2014. 11. 7.자 중재판정에 따라 이 사건 토지의 무상 사용기간을 2015. 4. 22.까지 연장하였다.

• 라. A시에 대한 대행용역의 공급 원고는 A시와 사이에 ① 2015년 4월 DDD환승주차장 내 박스파크(Box-Park) 조성사업 사업대행 계약, ② 2012년 2월 장기안심주택 공급 위·수탁 계약, ③ 2011년 12월 EEE 도시개발사업 구역 내 재생수 공급관로 공사 대행계약을 체결한 후, A시에 위 각 계약에 따른 대행용역(이하 ‘이 사건 대행용역’이라 하고, 개별적으로 지칭할 때에는 ‘DDD주차장 대행용역’, ‘장기안심주택 대행용역’, ‘EEE재생수 대행용역’이라 한다)을 공급하였다.
• 마. 소송비용의 비용계상 및 법인세 신고 원고는 2012 내지 2016 사업연도에 소송당사자로서 지출한 변호사 보수, 인지액, 송달료, 감정평가수수료 등 각종 소송비용(이하 ‘이 사건 소송비용’이라 한다)을 실제 지출하는 시점에 비용으로 계상하고 그 후 소송비용액 확정절차에 따라 소송상대방으로부터 상환받는 소송비용을 수익(잡이익)으로 계상하였으며, 법인세를 신고함에 있어 이와 관련한 세무조정을 하지 않았다.
• 바. 이 사건 법인세 및 부가가치세에 대한 당초 부과처분

1. A지방국세청장은 2018년 원고에 대해 2012 내지 2016 사업연도 법인사업자 통합조사를 실시한 후, ① 최초 납부세액은 집단에너지 공급사업과 관련하여 A시가 부담하여야 할 사업비에 해당함에도 원고가 이를 회수하지 아니한 업무무관 가지급금에 해당한다고 보아 2013 내지 2016 사업연도 법인세 과세표준 원(인정이자 원 익금산입, 지급이자 원 손금불산입)을 증액하고, ②2012. 10. 30.부터 2015. 4. 22.까지 CCCPFV에게 이 사건 토지를 무상으로 임대한 행위(이하 ‘이 사건 무상임대’라 한다)를 부당행위계산 부인 대상으로 보아 감정평가에 따른 임대료 원/㎡을 시가로 적용하여 2012년 제2기 내지 2016년 제2기 부가가치세 및 2012 내지 2015 사업연도 법인세의 각 과세표준 원을 증액하며, ③ 이 사건 대행용역의 공급시기를 각 과세기간의 종료일로 보고 그 수수료 수익의 익금 귀속시기를 사업비 집행일이 속하는 사업연도로 보아 2012년 제2기 내지 2017년 제1기 부가가치세 및 2012 내지 2016 사업연도 법인세의 각 과세표준 원을 증액하고, ④ 이 사건 소송비용의 손금 귀속시기를 지출일이 아닌 해당 사건이 종결되는 날이 속하는 사업연도로 보아 2012 내지 2016 사업연도 법인세 과세표준 *** 원을 증액하는 내용의 과세자료를 통보하였다.

2. 피고는 위와 같이 통보받은 과세자료에 따라 2018. 6. 11.1) 원고에 대하여 2014 내지 2016 사업연도 법인세 합계 원 및 2013년 제1기 ∼ 2016년 제2기 부가가치세 합계 원을 각 경정·고지하였다(이하 ‘당초 부과처분’이라 한다).

• 사. 조세심판원 결정에 따른 당초 부과처분의 일부 취소 원고는 이에 불복하여 2018. 5. 29. 및 2018. 8. 13. 조세심판원에 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 2019. 6. 5. ‘당초 부과처분은 최초 납부세액에서 조심 2018서1040·1041호 결정으로 취소된 부가가치세 관련 가산세 상당액을 차감한 금액이 원고의 업무무관 가지급금에 해당하는 것으로 하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.’는 일부 인용결정을 하였으며, 이에 따라 당초 부과처분에 따른 법인세 일부가 감액된 후 남은 세액은 별지1 목록 ‘부과세액’란 기재와 같다(이하 원고가 취소를 구하는 별지1 목록 ‘취소세액’란 기재 법인세를 ‘이 사건 법인세’, 부가가치세를 ‘이 사건 부가가치세’라 하고, 당초 부과처분 중 이 사건 법인세 및 부가가치세에 대한 부분을 ‘이 사건 부과처분’이라 한다).
• 아. 관련 규정 별지2 기재와 같다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8, 12, 13, 16, 17호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1, 2, 6 내지 8, 11 내지 14호증의 각 기 재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 요지 이 사건 부과처분은 아래와 같은 이유로 위법하므로 취소되어야 한다

1. 이 사건 납부세액 관련 A시는 이 사건 납부세액과 관련하여 행정소송 등 결과에 따라 A시의 책임 부분에 관하여 추후 논의하겠다는 입장을 밝혀 원고가 이 사건 납부세액 상당을 바로 청구하거나 회수할 수 없었고, 원고로서는 A시와의 관계를 고려할 때 이를 회수하기 위한 소송절차 등을 바로 개시하는 것이 현실적으로 불가능하여 A시가 부담하거나 자금을 지원해주어야 한다는 점을 주장하며 지속적으로 협의를 계속하면서 이 사건 납부세액을 장기대여금과 장기미수금으로 계상하는 등 이를 회수하기 위한 노력을 하였다. 또한 행정소송이 계속 중이어서 만일 선행 부과처분 중 부가가치세 부분을 취소한 판결이 확정되면 처분의 효력이 소급적으로 소멸하게 되고, 이 사건 납부세액 중 법인세 부분은 원고가 A시에 청구할 법적 권한이 있는지 여부도 불확실하여, 원고의 A시에 대한 채권의 존부나 범위, 지급시기 등이 확정되었다고 볼 수 없다. 따라서 원고가 A시에 대해 이 사건 납부세액 상당의 채권을 확정적으로 보유하고 있다고 볼 수 없고, 그 채권의 회수를 정당한 사유 없이 지연하였다고 할 수도 없으며, 만일 이 사건 납부세액이 집단에너지 공급사업과 관련하여 발생한 것이라면 업무관련성을 부인할 수 없을 것이므로, 이 사건 납부세액은 업무무관 가지급금에 해당하지 않는다.

2. 이 사건 무상임대 관련

① CCCPFV는 구 법인세법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28640호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제87조 제1항 각 호에서 정한 원고의 특수관계인이 아니므로 이 사건 무상임대는 부당행위계산 부인 대상에 해당하지 않는다.

② BBB 조성사업은 A시가 주도적으로 계획하고 진행한 사업으로서 구 사회기반시설에 대한 민간투자법(2020. 3. 31. 법률 제17148호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 민간투자법’이라 한다)에서 규정한 민간투자사업과 유사한 성격이 있고, 사업시행자인 CCCPFV로서는 설계 및 공사기간 중에 아무런 수익을 얻을 수 없으므로 구 민간투자법을 준용하여 준공시점까지 무상으로 토지를 사용하도록 한 것이며, BOT(Build-Own-Transfer) 방식의 사업으로서 30년의 관리운영기간이 만료되면 소유권을 이전받게 되는 원고도 이 사건 토지의 가치가 큰 폭으로 상승하는 이익을 얻게 된다. 또한 중재판정의 효력은 법원의 확정판결과 동일한 효력을 가지므로, 중재판정에 의하여 무상 사용기간이 연장된 경우를 두고 조세의 부담을 부당하게 감소시키는 행위로 볼 수 없다. 따라서 이 사건 무상임대는 경제적 합리성을 가지고 있으므로 부당행위계산 부인 대상에 해당하지 않는다.

3. 이 사건 대행용역 관련 이 사건 대행용역의 공급은 ‘공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우’로서 대가의 각 부분을 받기로 한 때 또는 용역의 공급이 완료되어 공급가액이 확정된 때를 공급시기로 보아야 하고, 그 수수료 수익의 익금 귀속시기도 권리의무확정주의에 따라 사업연도가 종료된 후 정산이 이루어져 지급받을 수수료가 확정된 때로 보아야 한다.

4. 이 사건 소송비용 관련 소송절차에서 지출하는 변호사보수나 송달료, 인지액, 송달료, 감정평가수수료 등은 그 지출 시점에 지급의무가 확정되고, 향후 소송결과에 따라 소송비용을 회수할 수 있다는 점을 들어 지급의무가 확정되지 않았다고 평가할 수 없다.

• 나. 이 사건 납부세액 관련 주장에 대한 판단

1. 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제28조 제1항 제4호 (나)목, 구 법인세법 시행령 제53조 제1항 은 법인이 보유하고 있는 특수관계인에 대한 가지급금 등으로서 명칭 여하에 불구하고 당해 법인의 업무와 관련이 없는 자금의 대여액에 상당하는 차입금의 지급이자는 손금에 산입하지 아니한다고 규정하고 있고, 구 법인세법 제52조 제1항, 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제6호, 제89조 제3항은 법인이 특수관계인에게 무상으로 금전을 대여함으로써 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 과세관청이 이를 부당행위계산으로 보아 그에 관한 인정이자를 계산하여 익금에 산입할 수 있다고 규정하고 있다. ｢법인세법｣에 따른 지급이자 손금불산입의 대상이 되는 업무무관 가지급금에는 순수한 의미의 대여금은 물론 구상금채권 등과 같이 채권의 성질상 대여금에 준하는 것도 포함되고, 업무와 관련성 여부는 당해 법인의 목적사업이나 영업내용 등을 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다(대법원 2006. 10. 26. 선고 2005두1558 판결 등 참조). 법인이 특수관계인으로부터 지급받아야 할 채권의 회수를 정당한 사유 없이 지연시키는 것은 실질적으로 그 채권 상당액이 의무이행기한 내에 전부 회수되었다가 다시 가지급된 것과 같은 효과를 가져온다는 점에서 그 미회수 채권 상당액은 구 법인세법 제28조 제1항 제4호 (나)목이 규정하는 ‘업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등’에 해당하여 그에 상당하는 차입금의 지급이자가 손금에 산입되지 않는다. 또한 그와 같은 채권의 회수지연이 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성이 결여되어 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 구 법인세법 제52조, 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제6호 에 준하는 행위로서 같은 항 제9호의 규정에 의한 부당행위계산부인에 의하여 그에 대한 인정이자가 익금에 산입된다(대법원 2010. 10. 28.선고 2008두15541 판결 등 참조).

2. 앞서 든 증거들에 갑 제9, 10호증의 을 제3, 5호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 다음과 같은 사실이 인정된다.

• 가) 원고는 2002. 1. 1.경 이 사건 사업단에 관하여 면세사업자로 사업자등록을 하였다가 2002. 4. 18. 과세사업자로 등록하였는데, A시의 지도·점검 결과 이 사건 위탁관리용역은 공익을 목적으로 하는 단체가 실비로 공급하는 용역으로서 부가가치세가 면제된다는 지적에 따라 2003. 6. 12. 면세사업자로 변경하여 달라는 내용의 사업자등록 정정신고서를 제출하여 YY세무서장으로부터 면세사업자용 사업자등록증을 교부받았고, 그 무렵부터 집단에너지 공급사업을 면세사업으로 보아 이 사건 위탁관리용역에 대한 부가가치세를 신고·납부하지 않았다.
• 나) 위탁조례, 위탁협약 및 이에 따라 마련된 집단에너지공급사업 업무처리지침(이하 ‘업무처리지침’이라 한다)의 주요 내용은 다음과 같다.

(1) 집단에너지 공급사업의 시행자인 A시장은 지방공사 등 수탁기관에게 그 업무를 위탁할 수 있고, 사업의 수행에 소요되는 비용은 A시에서 부담하며, A시장은 사업의 수행에 필요한 재원을 확보하기 위하여 특별회계를 설치·운영할 수 있다. 수탁기관은 수탁업무의 수행에 따른 현금 및 물품 등을 수탁기관의 다른 현금 및 물품 등과 구분하여 계리, 보관하여야 하고, 수탁업무에 관한 수입 및 지출을 명확히 하기 위하여 별도의 계정을 설치하여야 하며, 예산안의 편성·변경에 관하여 A시장의 승인을 얻어 예산안에 따라 수탁업무에 관한 경비를 지출하여야 하고, 매 회계연도 경과 후 3월 이내에 수탁업무에 대한 결산서를 작성하여 A시장에게 제출하여야 한다. 공급시설의 설치 및 관리·운영에 필요한 비용은 공급규정에서 정하는 열·전기 요금과 공급시설의 건설비용 부담금, 특별회계, A시 일반회계, 국가의 지원금으로 충당한다(위탁조례 제2조, 제3조, 제5조 내지 제7조 참조).

(2) A시가 원고에게 위탁하여 관리·운영하게 하는 재산은 A시 집단에너지 공급시설 및 그 부대시설로 하고, 위탁기간 중 원고가 집단에너지 공급사업의 운영과 관련하여 취득하거나 생산하는 일체의 재산 등은 A시에 귀속되며, 열요금 및 시설분담금의 결정권은 A시에 있다. 원고는 위탁받은 업무와 관련하여 시설관리·운영계획서, 건설계획서 및 예산서(이하 ‘예산서 등’이라 한다)를 작성하여 매 회계연도 개시 4월 전까지 A시에 제출하여 승인을 받고, 예산서 등을 변경하고자 하는 경우에는 A시에 변경계획서를 제출하여 사전승인을 받아야 하며, 승인된 예산의 범위 내에서 A시에 분기별로 예산배정을 요구하여야 한다. 원고는 필요한 경우 A시의 승인을 받아 자금을 차입할 수 있고, 이 경우 A시와 원고는 상호 협의하여 이의 운용 및 상환계획을 수립하여야 한다. A시는 원고에게 공급업무와 관련된 인건비와 일반경비 합계액의 3%를 위탁수수료(부가가치세 별도)로 지급하고, 그 위탁수수료는 원고가 지정하는 계좌에 다른 위탁사업비와 구분하여 지급한다(위탁협약 제2조, 제7조 내지 제10조, 제12조 참조).

(3) 사업비는 예산배정금액 범위 내에서 매월 지급하며, 회계연도가 종료된 때에는 집행한 사업비를 정산하고 잔액은 반납한다(업무처리지침 제10조).

• 다) 원고는 선행 부과처분 이후 2013. 6. 28. A시에 금융기관으로부터 차입하여 2006년 제1기 부가가치세 19,584,237,920원을 납부할 예정이니 위탁협약 제9조에 따라 승인하여 줄 것을 요청하였고, A시는 같은 날 원고에게 ‘2013. 5. 28. 채무감축 실무TF 회의에서 논의된 바와 같이 우선 원고의 자체 자금 활용 등을 통해 선납조치하고, 향후 추징세액 부담에 있어서는 행정소송 등 결과에 따라 확정된 추징 또는 확정세액에 대하여 A시와 원고의 책임범위에 따라 부담액을 산정 지원할 계획이다.’라고 회신하였다.
• 라) 원고는 2013. 11. 4. A시에 YY세무서장과 피고로부터 고지된 부가가치세 및 법인세를 차입하여 납부할 예정이니(납부금액 ***원) 지방공기업법 제71조, 지방공기업법 시행령 제63조, 위탁조례 제5조 및 위탁협약 제9조에 따라 승인하여 줄 것을 요청하였고, A시는 2013. 11. 13. 원고에게 ‘집단에너지 공급사업 관련 부가가치세 및 법인세는 원고가 우선 차입하여 납부하고, 향후 조세심판 및 행정소송 등 확정된 내용에 따라 부담할 것이며 그 시기와 방법에 있어서는 추후 협의할 예정이다.’라고 회신하였다.
• 마) 이에 따라 원고는 2013. 7. 1.부터 2014. 2. 3.까지 아래 표 기재와 같이 최초 납부세액 ***원을 납부한 후, 부가가치세 부과세액은 장기대여금으로, 법인세 부과세액은 장미기수금으로 계상하였다.
• 바) 원고에 대한 2013 내지 2016 사업연도의 각 감사보고서에는 특수관계(출자자)에 있는 A시에 대한 채권·채무내역과 관련하여 ‘세무조사와 관련하여 납부할 법인세 등 추징세액으로 A시에 청구 가능한 원(미수금)과 A시를 대신하여 납부한 원(장기대여금)이 포함되어 있다.’라고 기재되어 있다.
• 사) 원고가 지방공기업 경영정보 공개시스템에 공시한 ‘지방공기업 경영개선명령이행실적 관리카드’에는 부가가치세( 원) 및 법인세( 원) 납부를 위한 재원대책을 마련하여 시행하도록 한 경영개선명령과 관련하여, 추진실적으로 ‘위탁협약 제9조에 따라 A시 차입 승인을 통해 재원을 마련하였고, A시 공문 및 위탁조례 제5조에 따라 부가가치세 및 법인세 고지분에 대하여 이 사건 사업단에 대한 대여금 및 미수금으로 처리하였다.’라고 기재되어 있고, 향후 계획으로 ‘세무조사 후속조치로 국세청을 상대로 조세불복(심판청구 등) 절차를 진행 중이므로 조세불복에서 승소토록 노력하되, 패소 시에는 A시에 관련 비용 보전을 요청’이라고 기재되어있다.

3. 위 인정사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 이 사건 납부세액은 A시가 집단에너지 공급사업과 관련하여 부담하여야 할 사업비에 해당하고, 원고는 특수관계인인 A시로부터 지급받아야 할 이 사건 납부세액 상당의 채권 회수를 정당한 사유 없이 지연하였다 할 것이므로, 이 사건 납부세액 상당의 금원은 ‘업무와 관련 없이 지급한 가지급금 등’에 해당한다고 봄이 상당하다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 없다. 가) 지방공기업법 제71조, 지방공기업법 시행령 제63조 에 의하면, 지방공사가 위탁계약에 의하여 지방자치단체의 사업을 대행함에 있어 사업의 집행에 필수적으로 소요되는 경비는 지방자치단체가 부담하여야 한다. 또한 위탁조례, 위탁협약, 업무처리지침 등 관련 규정은, 집단에너지 공급사업에 소요되는 비용은 A시에서 부담하도록 하면서 원고로 하여금 A시장으로부터 승인받은 예산안에 따라 사업비를 지급받아 집행하고 정산 후 남은 사업비를 반납하도록 정하고 있다. 선행 부과처분에 따른 부가가치세는 이 사건 사업단의 매출에 대한 것이고, 법인세는 이 사건 위탁관리용역의 공급을 부가가치세 과세대상으로 보아 그 매입세액을 손금불산입하여 부과된 것으로서, 원고가 납부한 이 사건 납부세액은 이 사건 사업단의 집단에너지 공급사업 위탁수행에 따라 발생한 것이므로 관련 규정에 따라 A시가 부담하여야 할 경비에 해당한다.

• 나) 원고는 위탁조례 제5조 및 위탁협약 제9조에 따라 A시에 차입 승인을 요청하였고, A시는 이 사건 납부세액 마련을 위한 차입을 승인하면서 행정소송 결과 확정된 내용에 따라 부담하겠다고 회신하였으며, 원고도 위 승인에 따라 이 사건 납부세액을 납부한 후 A시로부터 회수하여야 할 미수금이나 장기대여금으로 회계처리하고 공시하여 왔으므로, 원고와 A시 사이에서 이 사건 납부세액의 최종부담자가 A시라는 점에 대한 협의가 이루어졌다고 봄이 상당하다.
• 다) 한편 원고가 선행 부과처분의 취소를 구하는 행정소송이 계속 중인 사실은 앞서 본 바와 같다. 그러나 행정행위는 공정력이 있어 행정행위에 하자가 있는 경우에도 그 하자가 중대하고 명백하여 당연 무효로 보아야 할 사유가 있는 경우 이외에는 그 행정행위가 행정소송이나 다른 행정행위에 의하여 적법히 취소될 때까지는 단순히 취소할 수 있는 사유가 있는 것만으로는 누구나 그 효력을 부인할 수는 없으므로(대법원1991. 4. 23. 선고 90누8756 판결 등 참조), 선행 부과처분에 대한 심판청구나 행정소송이 계속 중이라 하더라도 원고가 법률상 원인 없이 이 사건 납부세액을 납부하였다고 할 수 없고, 조세불복절차에서 선행 부과처분이 취소될 수 있다고 하더라도 그에 이르기까지 원고가 A시에 대한 관계에서 이 사건 납부세액을 부담하여야 할 지위에 있다고 볼 수 없으므로, 원고가 선행 부과처분에 따라 이 사건 납부세액을 납부함으로써 A시에 대해 세액 상당의 구상금채권을 보유하게 되었다 할 것이며, 행정소송 등의 불복절차가 완료되지 않았다는 사정만으로는 채권의 회수시기를 늦출만한 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없다.
• 라) 원고가 A시로부터 이 사건 납부세액 상당의 채권을 회수하지 아니한 것이 원고의 매출이나 수익의 증대에 기여하는 등 목적사업이나 영업내용에 부합한다고 보기 어렵고, 오히려 A시가 원고의 특수관계인이 아니었다면 원고가 차입금 등으로 이 사건 납부세액 상당의 자금을 부담하면서 행정소송 등 불복절차가 완료될 때까지 채권회수를 늦추어 줄 이유는 없었을 것으로 보인다.
• 다. 이 사건 무상임대 관련 주장에 대한 판단

1. 구 법인세법 제52조 에서 정한 부당행위계산 부인이란, 법인이 특수관계에 있는 자와 거래할 때 정상적인 경제인의 합리적인 방법에 의하지 아니하고 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 각 호에 열거된 여러 거래형태를 빙자하여 남용함으로써 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시켰다고 하는 경우에 과세권자가 이를 부인하고 법령에 정하는 방법에 의하여 객관적이고 타당하다고 보이는 소득이 있는 것으로 의제하는 제도이다. 이는 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로써 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되고, 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 여러 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하되, 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등도 고려하여야 한다(대법원 2019. 5. 30. 선고 2016두54213 판결 등 참조).

2. 앞서 든 증거들에 갑 18, 20, 21호증, 을 제9, 10호증의 각 기재에 변론 전체의 취지에 의하면, 다음과 같은 사실이 인정된다.

• 가) BBB 조성사업은 물류체계 효율화에 따른 물류비 절감, 유통체계 개선과 유통산업 발전 등을 목표로 A시가 주도적으로 계획하고 진행한 개발사업이다.
• 나) 원고는 2005. 5. 10. BBB 조성사업의 용지공급 방식(임대), 개발주체(민관합동개발 형태), 개발단위(통합개발) 등에 대한 A시장 지시사항을 통보받았고, 2005. 12. 14. ‘동남권유통단지 내 물류단지 민간사업자 공모 기본계획’을 수립하면서 아래 그림과 같이 민간사업자와 함께 특수목적법인을 설립하는 ‘공공-민간 합동형 프로젝트파이낸싱’ 방식으로 사업을 추진하기로 하면서, 구 민간투자법 제19조 를 참고하여 초기 사업비 경감과 민간사업자의 적극적인 사업 참여 도모를 위해 민간사업자가 제안한 시설의 준공시기까지 토지를 무상으로 사용하게 하고, 특수목적법인이 토지 임대기간 동안 시설을 소유하여 운영하도록 한 후 기간이 만료되면 시설 소유권을 원고에게 무상으로 귀속시키는 BOT방식으로 사업을 추진하기로 하였다.
• 다) 원고는 A시장으로부터 적정 의견을 통보받은 연 원/㎡으로 이 사건 토지의 임대료를 제시하여 2007. 10. 23. 민간사업자 공모를 실시하려 하였다가 공모를 연기하였고, 2009. 9. 9. 최저임대료를 연 원/㎡으로 변경하여 민간사업자 공모를 실시하였다. BBB 조성사업 민간사업자 공모지침서의 내용 중 이 사건과 관련된 부분은 아래와 같다.(생략)
• 라) CCCPFV는 설립 후 이 사건 협약에 동의하였다. 이 사건 협약서 중 이 사건과 관련된 조항은 다음과 같다.(생략)
• 마) 원고와 CCCPFV 사이의 2012. 10. 30.자 토지임대차계약서 중 이 사건과 관련된 조항은 다음과 같다.(생략)
• 바) CCCPFV는 2014. 4. 7. 대한상사중재원에 설계/공사기간(토지무상사용기간) 연장사유가 발생하였다고 주장하며 중재신청을 하였고, 대한상사중재원은 2014.11. 7. ‘법인설립 절차의 지연 및 물류단지개발계획 변경, 건축심의 일정 지연, 건축허가 일정 지연, 구조변경 및 토지임대차계약 체결 지연, 폐기물처리시설 부지의 이전 지연, 굴토공사 증가, 지반보강공사 추가 시행, 비행안전고도 상이 및 구조형식 변경, 동절기 공사기간 회수 증가, 지중폐기물 처리’의 연장사유를 인정하여, 이 사건 협약 및 2012. 10. 30.자 토지임대차계약에서 예정하였던 무상 사용기간의 말일인 2013. 10.19.부터 연장기간 18개월 3일을 더한 2015. 4. 22.까지 CCCPFV의 토지임차료 지급채무가 존재하지 않는다는 중재판정을 하였다.

3. 구 법인세법 시행령 제87조 제1항 은 ‘법 제52조 제1항에서 “대통령령으로 정하는 특수관계인”이란 법인과 다음 각 호의 어느 하나의 관계에 있는 자(이하 “특수관계인”이라 한다)를 말한다. 이 경우 본인도 국세기본법 제2조 제20호 각 목 외의 부분 후단에 따라 특수관계인의 특수관계인으로 본다.’라고 하면서 제2호에서 ‘주주 등(소액주주 등을 제외한다)과 그 친족’을 규정하였고, 국세기본법 제2조 제20호 각 목 외의 부분 후단은 ‘이 법 및 세법을 적용할 때 본인도 그 특수관계인의 특수관계인으로 본다.’라고 규정하고 있다. 따라서 어느 일방이 구 법인세법 시행령 제87조 제1항 각 호에 따른 특수관계인에 해당하는 경우 본인도 그 특수관계인의 특수관계인으로 간주되어 쌍방 모두 특수관계인에 해당한다. 그런데 원고는 지분 19.9%를 보유한 CCCPFV의 주주로서 CCCPFV의 특수관계인에 해당하므로 위 관련 규정에 의하여 CCCPFV 또한 구 법인세법 제52조 제1항 및 부가가치세법 제12조 제2항 단서, 구 부가가치세법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제28641호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조 제1항에 따른 원고의 특수관계인으로 간주된다. 따라서 CCCPFV는 원고의 특수관계인에 해당한다.

4. 그러나 위 인정사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 원고가 BBB 조성사업을 추진하면서 CCCPFV에게 물류단지의 설계 및 공사기간 동안 이 사건 토지를 무상으로 임대한 것은 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 갖춘 것으로 볼 수 있으므로, 이 사건 무상임대를 부당행위계산 부인의 대상으로 볼 수 없다. 따라서 피고가 이 사건 무상임대를 부당행위계산 부인의 대상으로 보아 이 사건 법인세 및 부가가치세의 각 과세기간별 과세표준을 증액한 것은 위법하고, 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

• 가) 구 민간투자법 제19조 제3항 은 ‘민간투자사업의 예정지역에 있는 국유·공유재산은 민간투자사업의 시행을 위해 필요한 경우에는 ｢국유재산법｣ 및 ｢공유재산 및 물품 관리법｣에도 불구하고 실시계획이 고시된 날부터 준공확인이 있을 때까지 무상으로 사용·수익하게 할 수 있다.’라고 규정하고, 제4항은 ‘주무관청은 민간투자사업의 시행을 위하여 필요한 경우에는 민간투자사업의 예정지역에 있는 토지를 매입하여 사업시행자로 하여금 실시계획이 고시된 날부터 준공확인이 있을 때까지 ｢국유재산법｣ 및 ｢공유재산 및 물품 관리법｣에도 불구하고 실시계획이 고시된 날부터 준공확인이 있을 때까지 무상으로 사용·수익하게 할 수 있다.’라고 규정하고 있다. 이는 사회기반시설이 국가 경제에서 갖는 중요성을 고려하여 기반시설의 준공 이전까지 토지 등 국·공유재산을 무상으로 사용·수익할 수 있도록 함으로써 수익성을 제고하여 사회기반시설에 대한 민간의 투자를 촉진하기 위한 취지이다. BBB 조성사업은 구 민간투자법에 따른 민간투자사업이 아니고 이 사건 무상임대의 목적물인 이 사건 토지도 국유재산이나 공유재산이 아닌 원고의 소유이지만, BBB는 ｢물류시설의 개발 및 운영에 관한 법률｣에 따른 물류단지로서 구 민간투자법 제2조 제1호 (더)목의 사회기반시설에 해당하고, BBB 조성사업은 구 민간투자법 제4조 제3호 에서 규정한 민간투자사업의 추진 방식과 유사한 BOT방식으로 추진되었으므로, A시가 추진한 BBB 조성사업과 관련하여 지방공사인 원고가 구 민간투자법 제19조 제3항, 제4항을 참조하여 사업시행자로 하여금 물류시설의 준공시점까지 이 사건 토지를 무상으로 사용하도록 한 것을 두고 경제적 합리성을 결여한 비정상적인 행위라고 단정할 수 없다.
• 나) 원고는 민간사업자 공모 당시부터 물류단지의 설계 및 공사에 소요되는 기간을 토지무상사용기간으로, 물류단지가 준공된 이후의 관리운영기간을 토지유상사용기간으로 정하였고, 이러한 조건 등을 제시하고 진행한 공모절차에서 CCC 컨소시엄을 민간사업자로 선정한 다음 이 사건 협약을 체결하였으며, 개발계획에 따라 구 법인세법 제51조의2 제1항 제9호 에 따른 소득공제 특례 적용을 위해 CCC 컨소시엄 구성회사들과 함께 특수목적법인인 CCCPFV를 설립하고 그 지분을 취득한 것이므로, 원고가 설계 및 공사기간 동안 이 사건 토지를 무상으로 임대하는 것은 BBB 조성사업의 수행을 위해 수립한 개발계획이나 민간사업자 공모지침서, CCC 컨소시엄과 사이에 체결한 이 사건 협약 등에 의해 당초부터 예정되어 있던 것이고, 위 사업의 추진 과정에서 원고 등이 출자하여 설립하는 CCCPFV가 이 사건 토지의 임대차계약 상대방이라는 점을 들어 이 사건 무상임대가 조세부담을 부당하게 회피하거나 경감시키기 위해 이루어진 행위라고 볼 수 없다.
• 다) 이 사건 협약서와 2012. 10. 30.자 토지임대차계약서의 관련 조항들에 의하면 이 사건 토지의 무상 사용기간은 당초 예정되었던 물류단지의 설계 및 공사기간에 따라 정하여진 것이 분명하므로, 원고의 귀책사유 또는 불가피한 사정으로 인해 물류단지의 조성이 지연되었을 때에는 그에 따라 무상 사용기간도 연장되는 것이 타당하다할 것인데, 대한상사중재원의 중재판정과 그에 이르게 된 경위 등에 비추어 볼 때, 피고의 주장과 같이 위 중재절차가 특수관계인 사이에 무상 사용기간을 연장하기 위한 요식행위로서 이루어졌다 보기 어렵고, 오히려 원고와 CCCPFV 사이에 불가피한 연장사유의 존부 및 범위와 관련한 분쟁이 발생하고 그러한 분쟁이 중재절차에 의해 해소되어 이 사건 토지의 무상 사용기간이 2015. 4. 22.까지 연장된 것이라고 보는 것이 합리적이다.
• 라. 이 사건 대행용역 관련 주장에 대한 판단 1) 부가가치세법 제16조 는 제1항에서 용역이 공급되는 시기는 역무의 제공이 완료되거나 시설물, 권리 등 재화가 사용되는 때로 하되, 제2항에서 ‘제1항에도 불구하고 할부 또는 조건부로 용역을 공급하는 경우 등의 용역의 공급시기는 대통령령으로 정한다.’라고 규정하고 있다. 그 위임을 받은 구 부가가치세법 시행령 제29조 제1항 제4호 는 ‘공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우’에는 대가의 각 부분을 받기로 한 때를, 제2항 제1호는 ‘역무의 제공이 완료되는 때 또는 대가를 받기로 한 때를 공급시기로 볼 수 없는 경우’에는 역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때를 각 용역의 공급시기로 규정하고 있다. 한편, 구 법인세법 제40조 제1항 은 ‘내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속 사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.’고 규정하고 있는바, 익금이 확정되었다고 하기 위해서는 소득의 원인이 되는 권리가 그 실현의 가능성에 있어 상당히 높은 정도로 성숙되어야 하고, 그 권리가 이런 정도에 이르지 아니하고 단지 성립한 것에 불과한 단계에서는 익금이 확정되었다고 할 수 없으며, 여기서 소득의 원인이 되는 권리가 그 실현의 가능성에 있어 상당히 높은 정도로 성숙되었는지 여부는 일률적으로 말할 수 없고 개개의 구체적인 권리의 성질과 내용 및 법률상,사실상의 여러 사정을 종합적으로 고려하여 결정하여야 한다(대법원 2011. 9. 29. 선고2009두11157 판결 등 참조).

2. 앞서 든 증거들에 갑 제14, 15호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 다음과 같은 사실이 인정된다.

• 가) 원고는 지방공기업법 제71조, 지방공기업법 시행령 제63조 등에 근거하여 A시와 사이에 ① DDD환승주차장 내 박스파크(Box-Park) 조성사업 사업대행 계약, ② 장기안심주택 공급 위·수탁 계약, ③ EEE 도시개발사업 구역 내 재생수 공급관로 공사 대행계약을 체결하고 이 사건 대행용역을 공급하였다.
• 나) DDD주차장 대행용역은 DDD환승주차장 내 컨테이너 박스 51개 규모의 박스파크를 조성하여 시설 유지·관리 및 보수, 운영 등을 대행하는 것으로, 2015년 4월경 체결된 대행계약에 따르면 원고는 ‘박스파크 조성에 대한 설계·시공’, ‘박스파크 조성사업과 관련된 계약체결 및 계약관련 부속 행위’, ‘박스파크 시설의 유지·관리 및 보수 등’,‘기타 사업 추진과 관련된 협의사항 등’의 사무를 수행하고(제4조 제1항), 박스파크 시설물의 철거 완료일까지 사업을 수행하며(제5조), A시는 선도사업구간(환승주차장 구역)에 대해 원고를 수탁기관으로 하는 위탁개발방식의 사업을 추진하여 위수탁사업에서 발생하는 수입으로 사업비를 확보하고 박스파크 조성사업의 원활한 추진을 위해 필요한 경우 우선적으로 원고의 자체 예산으로 지출하며(제6조 제1항, 제3항), 소요비용과 그 4%에 해당하는 대행 수수료 및 자체 감독수당을 지급하되 원고의 청구에 의하여 사업비를 개산급(일시불 또는 분할지급)으로 지급할 수 있고(제7조 제1항 내지 제4항), 원고는 선도사업구간 내 위수탁계획을 수립한 후 A시와 위수탁계약을 체결하고 위수탁사업 추진과 연계하여 사업비를 정산한다(제8조 제1항).
• 다) 장기안심주택 대행용역은 A시가 무주택 서민의 전세난 해소를 위해 주택 임대보증금의 30%를 지원하는 장기안심주택 공급사업을 대행하는 것으로, 2012년 2월경 체결된 대행계약에 따르면 원고는 ‘보증금 지원형 공급’, ‘리모델링 지원형 공급’,‘리모델링·보증금 지원형 공급’, ‘장기안심주택 입주자·운영자 모집 및 대상자 선정’, ‘장기안심주택 계약(재계약 포함) 체결 및 관리’ 등의 사무를 수행하고(제3조 제1항), A시로부터 소요 비용과 그 1%에 해당하는 대행 수수료를 지급받되 사업비를 개산급(일시불 또는 분할 지급)으로 선지급받아(1차 년도: 원, 2차 년도: 원,3차 년도: A시의 예산범위 내) A시의 회계연도별로 구분 정산하여 잔액을 반납하거나 추가 지급받도록 되어 있다(제5조 제1항, 제2항, 제4항, 제6조 제1항,제2항).
• 라) EEE재생수 대행용역은 EEE지구 도시개발사업 구역 내의 재생수 공급관로 공사 시공(설계 제외) 및 감독·관리를 대행하는 것으로, 2011년 12월경 체결된 대행계약에 따르면 원고는 ‘사업 시행(공사) 및 감독(감리 포함)과 사업비 정산’, ‘준공 통보 및 시설물 인계’, ‘시설물 유지관리에 필요한 인계 서류의 작성’, ‘기타 A시가 사업과 관련하여 필요하다고 인정되는 사항 등’의 사무를 수행하고(제3조 제1항), 소요 비용과 그 9%에 해당하는 대행 수수료를 지급받으며(제4조 제1항 내지 제3항), A시는 원고의 청구에 따라 개산급으로 사업비를 지급하되 분기별 소요액을 분할하여 지급할 수 있고(제4조 제4항), 사업종료 후 90일 이내에 사업비를 정산하며 부득이한 경우 협의하여 정산기한을 연장할 수 있다(제7조 제1항 내지 제3항).
• 마) 원고는 ① DDD주차장 대행용역과 관련하여 2017. 2. 15. A시에 2015,2016 사업연도 대행사업비 집행보고를 하고 2017년 제1기 부가가치세 과세기간에 세금계산서를 발급하였고, 이 사건 세무조사 종결일까지 사업비를 지급받지 않았으며, ② 장기안심주택 대행용역과 관련하여 매년 상반기에 전년도 사업비를 정산하면서 세금계산서를 발행하고 그 정산시점을 용역의 공급시기 및 수수료의 익금 귀속시기로 보아 부가가치세 및 법인세 신고를 하였으며, ③ EEE재생수 대행용역과 관련하여 원고의 자금으로 사업을 수행하고 이 사건 부과처분 이후인 2018. 12. 31. 2공구에 대한 준공을 마친 후 2019년 사업비를 정산하여 대금을 지급받았다.

4. 위 인정사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 이 사건 대행용역은 모두 ‘공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우’로서 사업비의 정산이 이루어져야 지급받아야 할 대가가 확정되어 공급시기가 도래하고 수수료 수익을 객관적으로 인식할 수 있는 상태에 이르러 익금이 확정된다 할 것이므로, 이와 달리 피고가 이 사건 대행용역의 공급시기 및 익금의 귀속시기를 사업비 집행이 이루어진 과세기간으로 보아 이 사건 법인세 및 부가가치세의 각 과세기간별 과세표준을 증액한 것은 위법하다. 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

• 가) 이 사건 대행용역의 공급은 원고가 A시의 DDD주차장 박스파크 조성사업, 장기안심주택 공급사업, EEE지구 재생수 공급관로 설치사업을 각 사업별로 일괄 위탁받아 포괄적이고 복합적인 용역을 사업이 종료될 때까지 계속적으로 공급하는 것이고, 일정한 기간이나 종류·수량 등의 공급단위에 따라 나뉘는 것이 아니므로, 구 부가가치세법 시행령 제29조 제1항 제4호 의 ‘공급단위를 구획할 수 없는 용역을 계속적으로 공급하는 경우’에 해당한다. 이에 대해 피고는 DDD주차장 대행용역의 경우 월별사업비 집행금액이 확인되고, 장기안심주택 대행용역의 경우 회계연도별로 구분 정산하며, EEE재생수 대행용역의 경우 분기별 소요액에 대한 개산급을 분할하여 지급받을 수 있다는 점을 들어 이 사건 대행용역이 월별, 연도별, 분기별로 공급단위를 구획할 수 있는 용역이라고 주장하나, 장부상 집행금액의 집계기간, 사업비 정산기간, 개산급분할지급기간을 용역의 공급단위라고 할 수 없으므로 위 주장은 받아들일 수 없다.
• 나) 따라서 이 사건 대행용역의 공급시기는 원칙적으로 구 부가가치세법 시행령 제29조 제1항 에 따라 ‘대가의 각 부분을 받기로 한 때’로 보아야 할 것이다. 그런데 DDD주차장 대행용역의 경우 대가의 지급시기나 사업비의 정산시기에 대한 약정이 없으므로 구 부가가치세법 시행령 제29조 제2항 제1호 에 따라 ‘역무의 제공이 완료되고 그 공급가액이 확정되는 때’를 공급시기로 보아야 할 것이나, 2017년 제1기 부가가치세 과세기간에 정산을 마친 2015, 2016 사업연도 대행사업비에 대한 세금계산서를 발급하였으므로 이에 대하여는 부가가치세법 제17조 제4항, 구 부가가치세법 시행령 제30조제3호 에 따라 그 세금계산서를 발급한 때가 용역의 공급시기가 된다. 장기안심주택 대행용역의 경우 A시의 회계연도별로 구분 정산하도록 되어 있어 회계연도가 종료된 후 사업비 정산이 이루어져야 대가가 확정되어 지급을 구할 수 있는 상태에 이르게 되므로, 과세기간의 말일이 아니라 그 정산시점에 대가의 지급시기가 도래한다고 할 것이다. EEE재생수 대행용역의 경우 사업종료 후 90일 이내에 사업비를 정산하도록 되어 있는데, 이 사건 부가가치세의 과세기간 내에 사업이 종료되지 않아 정산이 이루어진 바 없으므로 이 사건 부가가치세 과세기간 내에 대가 지급시기가 도래하지 않았다.
• 다) 이 사건 대행용역은 각 대행계약 체결 당시 원고가 지급받을 전체 수수료 금액이 확정되어 있지 않았고, 원고의 자체 자금(DDD주차장 대행용역, EEE재생수 대행용역)이나 A시로부터 지급받은 개산급(장기안심주택 대행용역)으로 사업을 우선 수행한 후 정산된 소요 비용의 일정 비율에 따라 수수료를 지급받기로 약정하였으므로, 사업의 수행 과정에서 비용을 집행함으로써 수수료에 관한 권리가 성립하였다 하여도 사업비 정산이 이루어지지 않은 이상 원고의 수수료 수익을 인식하게 되었다거나 수수료에 관한 권리가 실현되어 확정되었다고 볼 수 없고, 사업비의 정산이 이루어져야 비로소 권리가액을 확정할 수 있는 객관적인 상태에 이르러 그 실현가능성이 성숙·확정된다 할 것이다.
• 마. 이 사건 소송비용 관련 주장에 대한 판단

1. 구 법인세법 제40조 제1항 은 ‘내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.’고 규정하여 손금의 귀속시기에 대해 권리의무확정주의를 따르고 있다.

2. 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하면, 피고는 이 사건 소송비용 중 민사소송법 제110조 등에 따른 소송비용액 확정결정의 대상이 되는 부분의 손금 귀속시기를 해당 사건이 종결되는 날이 속하는 사업연도로 보아 아래 표 기재와 같이 원고의 사업연도별 과세표준을 조정한 사실을 인정할 수 있다

3. 살피건대, 위 인정사실 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 이 사건 소송비용은 원고가 실제 지출한 날이 속하는 사업연도의 손금으로 귀속된다고 보아야 하므로, 이와 다른 전제에서 피고가 이 사건 법인세의 각 과세기간별 과세표준을 증액한 것은 위법하고, 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

• 가) 소송당사자가 변호사보수를 지급하거나 인지액, 송달료, 감정평가수수료 등을 납부하는 것은 변호사와의 위임계약이나 민사소송법, 민사소송비용법, 민사소송 등 인지법 등 관련 법령에 의하여 확정되어 있는 지급의무나 납부의무에 따라 지출하는 것이 통상적이고, 소송비용액 확정절차를 거쳐 전부나 일부를 회수할 가능성이 있다고 하더라도 이는 지출의 상대방인 변호사 또는 대한민국으로부터 반환받는 것이 아니라 해당 소송비용을 확정적으로 지출하였음을 전제로 소송상대방으로부터 상환받는 것에 불과하므로, 소송비용의 부담이 정하여지는 사건의 종결일까지 지출이나 납부의무가 확정되지 않았다고 볼 수 없고, 이는 ｢변호사보수의 소송비용 산입에 관한 규칙｣ 별표 에 따라 소송비용에 산입되는 변호사보수의 경우에도 달리 볼 수 없다.
• 나) 소송비용의 손금귀속시기와 관련하여 법인세법 기본통칙 40-71…17은 ‘변호사에게 지급한 사건착수금과 보수(｢민사소송법｣ 제109조 에 따른 보수는 제외) 또는 사례금 등은 ｢민사소송법｣ 제98조 및 ｢민사소송비용법｣에 따른 소송비용에 해당하지 아니하는 것이므로 사건의 종결여부에 관계없이 지급한 사업연도의 손금으로 하는 것이며, ｢민사소송법｣ 제98조 에 따른 소송비용의 손금 귀속시기는 사건이 종결되는 날이 속하는 사업연도로 한다.’라고 정하고 있으나, 국세청의 기본통칙은 과세관청 내부에서 세법의 해석기준 및 집행기준을 시달한 행정규칙에 불과하고 법원이나 국민을 기속하는 법규가 아니므로, 기본통칙 그 자체가 과세처분의 적법한 근거가 될 수는 없다(대법원 2009. 4. 23. 선고 2007두10884 판결 등 참조).
• 바. 취소의 범위

1. 과세처분 취소소송에서 처분의 적법 여부는 정당한 세액을 초과하느냐의 여부에 따라 판단하는 것으로서, 당사자는 사실심 변론종결 시까지 객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료를 제출할 수 있고, 이러한 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당한 세액을 초과하는 부분만 취소하여야 할 것이지만, 그렇지 아니한 경우에는 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없으며, 그 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 부과할 정당한 세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니다(대법원 1995. 4. 28. 선고 94누13527 판결, 대법원 2015. 9. 10. 선고 2015두622 판결 등 참조).

2. 위에서 살핀 바와 같이 이 사건 부과처분 중 이 사건 무상임대가 부당행위계산부인 대상이고 이 사건 대행용역의 공급시기 및 익금의 귀속시기가 사업비 집행이 이루어진 과세기간이며 이 사건 소송비용의 손금 귀속시기가 해당 사건이 종결일이 속하는 사업연도라는 전제에서 이 사건 법인세 및 부가가치세의 각 과세기간별 과세표준을 증액한 것은 위법하다 할 것인데, 이 사건에서 제출된 자료만으로는 각 과세기간별 정당한 세액을 산출할 수 없으므로 이 사건 부과처분은 그 전부를 취소할 수밖에 없다.

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.