사업 관련성이 없는 지출에 대한 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 없다.

사 건 서울행정법원2019구합70902 부가가치세부과처분취소 원 고 주식회사 AAA, 주식회사 BBB 피 고 CC세무서장 변 론 종 결 2020.10.29 판 결 선 고 2021.01.19

1. 원고들의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다. 청 구 취 지 피고가 원고들에 대하여 한 별지1 목록 기재 각 부과처분을 취소한다.

• 가. 원고 주식회사 AAA(이하 ‘원고 AAA’이라 한다)은 서울 ○○구 ○○로 x길 x, 5층을 본점 및 사업장(위 건물 502호)으로 하는 법인으로 부동산임대업 등을 영위하고 있고, 원고 주식회사 BBB(이하 ‘원고 BBB’이라 한다)은 같은 주소를 본점 및 사업장(위 건물 501호)으로 하는 법인으로 창고임대업 등을 영위하고 있다.
• 나. 원고들은 2017.12.22. DD공사와 사이에 공유제로 분양하는 EE 휴양콘도미니엄 회원권(이하 ‘이 사건 회원권’이라 한다)의 각 1/2구좌에 관한 분양계약을 체결한 다음 2018.4.13. 위 휴양콘도미니엄 D동 xxx호(이하 ‘이 사건 콘도’라 한다)의 각 지분 2분의 1에 관한 이전등기를 마쳤으며, 2017년 제2기, 2018년 제1기 부가가치세 신고 당시 그 분양대금에 관하여 수취한 2017.12.22.자 세금계산서(계약금), 2018.1.5.자 세금계산서(잔금)의 각 매입세액을 매출세액에서 공제하였다.
• 다. 피고는 2018.2.9.부터 2018.2.14.까지 원고들에 대한 현지 확인을 실시한 다음 이 사건 회원권의 매입비용을 사업과 직접 관련이 없는 지출로 보아, 2018.3.16. 원고들의 2017년 제2기 부가가치세에 대해 각 환급신고세액에서 2017.12.22.자 세금계산서 매입세액 xxx,xxx원 및 초과환급신고 가산세 xxx원 등을 차감한 금액을 환급세액으로 경정 결정하였다(이하 ‘2018.3.16.자 환급거부처분’이라 한다).
• 라. 또한 피고는 위와 같은 이유로 2018.7.1. 원고들이 수취한 각 2018.1.5.자 세금계산서 매입세액 xxx,xxx원 등을 공제하지 않기로 하여 2018년 제1기 부가가치세 환급세액을 0원으로 경정 결정하고(이하 ‘2018.7.1.자 환급거부처분’이라 한다), 원고 AAA에 대해 2018년 제1기 부가가치세 본세 xxx,xxx원 및 가산세 xxx원(= 과소신고·초과환급신고 xxx원 + 납부불성실xxx원)의 합계 xxx,xxx원을, 원고 BBB에 대해 2018년 제1기 부가가치세 본세 xxx,xxx원 및 가산세 xxx원(= 과소신고·초과환급신고 xxx원 + 납부불성실 xxx원)의 합계 xxx,xxx 각 부과·고지하였다(이하 ‘2018.7.1.자 부과처분’이라 하고, 2018.3.16.자 환급거부처분, 2018.7.1.자 환급거부처분과 통틀어 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).
• 마. 원고들의 2017년 제2기, 2018년 제1기 부가가치세에 대한 각 신고세액 및 이 사건 각 처분에 따른 산출세액과 해당 가산세를 가감한 고지(환급)세액은 아래 표 기재와 같다.
• 바. 원고들은 이 사건 각 처분에 불복하여 2018.6.12. 이의신청을 거쳐 2018.10.2. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 2019.4.2. 기각되었다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 16, 18, 25호증, 을 제6, 7호증(각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고들의 주장 요지 원고들이 분양받은 이 사건 회원권은 아래와 같은 이유로 업무관련 자산에 해당한다고 보아야 하므로, 이와 관련하여 원고들이 수취한 각 2017.12.22.자 및 2018.1.5.자 세금계산서의 매입세액(이하 ‘이 사건 매입세액’이라 한다)은 자기의 사업을 위하여 사용할 목적으로 공급받은 재화 등에 대한 부가가치세액으로서 부가가치세법 제38조 제1항 제1호 에 따라 매출세액에서 공제되어야 하고, 이 사건 각 처분 중 별지1 목록 기재 ‘불복세액(원)’ 부분은 이와 다른 전제에서 이루어진 것으로 위법하다.

1. 원고들은 관계법인인 주식회사 FFF(이하 ‘FFF’라 한다)와 함께 EE 리조트의 매수 및 개발사업을 준비하는 임시 숙소로 이용하거나 임직원들의 복리후생 목적에 사용하기 위해 이 사건 회원권을 구입하였고, 현재까지 DD공사에서 EE 리조트 공매를 진행하지 않고 있어 임직원의 복리후생 목적으로 이 사 건 콘도를 이용하고 있으므로, 이 사건 회원권은 원고들의 업무관련 자산에 해당한다. 설령 원고들이 투자목적으로 이 사건 회원권을 매입하였더라도 등기부상 사업목적에 부동산업이 포함되어 있으므로 원고들의 사업과 관련이 있다고 보아야 한다.

2. 이 사건 회원권을 원고들의 업무에 직접 사용하지 아니하는 자산으로 볼 경우에도 법인세법 시행규칙 제26조 제1항 제2호, 제3호에 따라 그 취득일인 2018.4.13.로부터 2년 또는 5년의 유예기간이 경과하기 전까지는 업무와 관련 없는 자산으로 볼 수 없다.

• 나. 관계 법령 별지2 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 이 사건 회원권이 업무관련 자산에 해당하는지 여부

• 가) 현행 부가가치세 과세방법은 원칙적으로 사업자의 자기생산 부가가치에 대해서만 과세가 이루어지도록 하기 위하여 납부세액 산출방식에 있어 자기생산 부가가치와 매입 부가가치를 합한 금액을 공급가액으로 하고, 이에 대하여 징수할 매출세액에서 매입 부가가치에 대하여 지출된 매입세액을 공제하도록 하는 기본적 구조를 채택하고 있다. 이에 따라 구 부가가치세법(2018.12.31. 법률 제16101호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제38조 제1항은 매출세액에서 공제하는 매입세액에 관하여 ‘자기의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로’ 공급받은 재화 또는 용역이나 수입하는 재화의 수입에 대한 부가가치세액으로 규정함으로써 그 기준을 사업 관련성에 두고 있으며, 제39조 제1항 제4호에서 공제하지 아니하는 매입세액의 하나로 들고 있는 ‘사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액’은 부가가치세의 원리상 당연히 매출세액에서 공제될 수 없는 경우를 규정하고 있는 것으로 이해된다. 따라서 사업 관련성이 없는 지출에 대한 매입세액은 구 부가가치세법 제38조, 제39조 제1항 제4호에 의하여 매출세액에서 공제될 수 없다고 할 것이고, 여기에서 사업 관련성의 유무는 지출의 목적과 경위, 사업의 내용 등에 비추어 그 지출이 사업의 수행에 필요한 것이었는지를 살펴 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 2012.7.26. 선고 2010두12552 판결 등 참조).
• 나) 앞서 든 증거들에 갑 제17, 20, 22, 24호증, 을 제1 내지 4호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 다음과 같은 사실이 인정된다.

(1) 원고 AAA의 법인등기부상 사업목적에는 ‘관광숙박업 및 관광객 이용시설업’, ‘휴양콘도미니엄업 및 가족호텔업’, ‘부동산매매, 임대, 컨설팅, 분양, 개발업’ 등이 기재되어 있고, 부동산임대업, 서비스업(필라테스)에 관한 사업자등록을 하였다. 원고 BBB의 법인등기부상 사업목적에는 ‘부동산 매매 및 임대업’ 등이 기재되어 있고, 부동산의 임대 및 창고시설용 건물 임대업에 관한 사업자등록을 하였다.

(2) 원고 AAA은 2017.12.21. 이사회에서 ‘GG리조트의 투자수익이 달성되어 GG리조트를 매각하고 동계올림픽을 즈음하여 높은 임대수익 및 매각수익을 기대할 수 있는 EE리조트를 취득하고자’ 이 사건 회원권을 취득하기로 결의하였다. 한편 원고 AAA은 2018.2.27. 피고에게 DD공사에서 공매할 예정인 EE 콘도의 매수 준비 작업을 위해 이 사건 회원권을 매입하였다는 내용의 2018.2.27.자 의견서를 제출하였다.

(3) FFF의 ‘EE 콘도미니엄 매매·개발사업’과 관련한 주요 추진내역은 아래 표 기재와 같다.

(4) 원고들은 2018 사업연도 법인세 신고 당시 이 사건 회원권을 표준대차대조표 상 ‘투자자산’으로 분류하였다. 한편 원고들이 2017, 2018 사업연도 법인세 신고 당시 제출한 매출액은 아래 표 기재와 같다.

(5) 이 사건 콘도는 분양면적 389.297㎡, 전용면적 387.65㎡(1층 89.42㎡, 2층 298.23㎡)인 복층 건물이고, 분양계약서에 기재된 이 사건 회원권 분양대금은 합계 xx억 xx만 원이다. 원고들은 분양계약에 따라 매년 각 180일의 기간 동안 이 사건 콘도를 이용할 수 있으나, 대가를 받고 타인에게 회원카드를 대여·이용하게 하거나 콘도 및 콘도 관련 시설을 이용하게 하는 행위는 금지된다.

(6) 2018년 1월 현재 원고들의 임직원 현황은 아래와 같다. 원고들은 2018.2.1.부터 2018.12.31.까지 사이에 88일 동안, 2019.1.1.부터 2019.6.10.까지 사이에 37일 동안 이 사건 콘도를 이용하였다.

• 다) 위 인정사실에 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 이 사건 회원권은 원고들의 사업을 위하여 사용하였거나 사용할 목적으로 공급받은 재화 등에 해당한다고 볼 수 없으므로 그 매입비용을 원고들의 사업 수행에 필요한 지출이라 할 수 없고, 이 사건 매입세액은 사업 관련성이 없는 지출에 대한 매입세액으로서 공제될 수 없다고 봄이 타당하다. 따라서 원고들의 이 부분 주장은 이유 없다.

(1) EE 콘도미니엄 매매·개발사업은 업무제휴협약서, 양해각서, 사업계획 및 투자유치 대행업무 수행 협약서 등에 당사자로 되어 있는 FFF가 추진한 사업으로 보이고, 원고들이 FFF의 관계회사라 하더라도 FFF와 함께 위 사업을 수행하여 왔다고 볼 만한 사정이 없다.

(2) 이 사건 콘도는 전용면적 387.65㎡ 규모의 복층 건물이고, 이 사건 회원권의 분양대금은 xx억 원을 상회한다. 원고들은 임원들 대부분이 hh와 그의 친족으로 구성되어 있고, 원고 AAA의 직원은 2명, 원고 BBB의 직원은 1명에 불과한데, 위와 같은 임직원의 수나 원고들의 매출액 규모, 이 사건 콘도의 이용기간 등에 비추어 보아도 원고들이 임직원의 사기진작과 근로의욕의 향상을 위한 복리후생의 목적에서 이 사건 회원권을 취득하거나 사용하였다고 보기 어렵다.

(3) 원고 AAA의 2017.12.21.자 이사회 회의록에는 임대수익 및 매각수익을 위해 이 사건 회원권을 취득하기로 결의하였다는 내용이 명시되어 있는 점, 대가를 받고 타인에게 이 사건 회원권을 대여하여 이용하게 하거나 이 사건 콘도를 이용하게 할수 없는 점, 원고들 스스로도 이 사건 회원권을 사업용 자산이 아닌 투자자산으로 분류하고 있는 점 등에 비추어 볼 때, 원고들은 투자목적에서 이 사건 콘도회원권을 취득하였다 할 것이다. 한편 원고들의 법인등기부상 목적사업에 부동산매매업이 포함되어 있음은 앞서 본 바와 같으나, 원고들은 부동산매매업에 대해 사업자등록을 하지 않았고, 원고 AAA의 매출액에는 부동산 임대에 관한 임대료수입과 관리비수입만 나타나며 원고 BBB의 경우 2017, 2018 사업연도 매출액이 존재하지 아니하므로,이 사건 회원권 취득 당시 실제 원고들이 부동산매매업을 목적사업으로 하고 있었다고 볼 수 없다. 2) 법인세법 시행규칙 제26조 제1항 제2호, 제3호에 따른 유예기간 동안 이 사건 회원권을 업무관련 자산으로 보아야 하는지 여부

• 가) 구 부가가치세법 제39조 제2항 의 위임에 따라 부가가치세법 시행령 제77조 는 ‘사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액’의 범위에 관하여 법인세법 시행령 제48조, 제49조 제3항 및 제50조에서 정하는 바에 따르도록 규정하고 있고, 구 법인세법시행령(2019.2.12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제49조 제3항은 ‘법 제27조 제1호에서 “대통령령으로 정하는 금액”이란 제1항 각 호의 자산을 취득ㆍ관리함으로써 생기는 비용, 유지비, 수선비 및 이와 관련되는 비용을 말한다.’라고 규정하고 있다. 한편 법인의 업무와 관련이 없는 부동산의 범위에 관한 구 법인세법 시행령 제49조 제1항 제1호 는 각 목에서 ‘법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산. 다만, 기획재정부령이 정하는 기간(이하 “유예기간”이라 한다)이 경과하기 전까지의 기간 중에 있는 부동산을 제외한다.’(가목), ‘유예기간 중에 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하고 양도하는 부동산. 다만, 기획재정부령이 정하는 부동산매매업을 주업으로 영위하는 법인의 경우를 제외한다.’(나목)라고 규정하고 있고, 법인세법 시행규칙 제26조 제1항 은 위 유예기간에 대하여 ‘부동산매매업[한국표준산업분류에 따른 부동산 개발 및 공급업(묘지분양업을 포함한다) 및 건물 건설업(자영건설업에 한한다)을 말한다]을 주업으로 하는 법인이 취득한 매매용부동산은 취득일부터 5년’(제2호), ‘제1호 및 제2호 외의 부동산은 취득일부터 2년’(제3호)으로 규정하고 있다.
• 나) 살피건대, 구 법인세법 시행령 제49조 제1항 제1호 각 목 단서의 유예기간 규정은 구 부가가치세법 제39조 제1항 제4호 에 따라 공제하지 아니하는 ‘사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액’의 경우에 대해 준용되지 않는다고 봄이 상당하다. 구체적인 이유는 다음과 같다.

(1) 위에서 살핀 바와 같이 구 부가가치세법 제39조 제1항 제4호 에서 공제하지 아니하는 매입세액으로 규정하는 ‘사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액’은 부가가치세의 원리상 당연히 매출세액에서 공제될 수 없는 경우로 보아야 한다. 부가가치세법 시행령 제77조 는 부가가치세 과세대상이 되는 거래 중 사업과 직접 관련이 없는 ‘지출의 범위’에 대해 구 법인세법 시행령 제49조 제3항 을 준용하도록 하고 있고, 구 법인세법 시행령 제49조 는 제1항에서 업무무관 자산의 범위를, 제3항에서 업무무관자산의 취득·관리비용 등 업무와 관련이 없는 비용의 범위를 규정하고 있으며, 구 법인세법 시행령 제49조 제1항 제1호 각 목 단서의 유예기간 규정은 업무무관 자산의 범위에 관한 규정이므로 부가가치세에 대해 당연히 준용된다고 할 수는 없다.

(2) 부가가치세의 납세의무는 과세기간이 종료한 때에 성립하고 매출세액과 매입세액의 범위는 과세기간이 종료한 때를 기준으로 특정되는 것이므로 과세사업과 관련하여 지출한 매입세액의 범위 역시 과세기간이 종료할 때를 기준으로 지출의 목적과 경위, 사업의 내용 등을 고려하여 정하여지는 것이며, 과세기간 종료 이후 사정변경이 있더라도 원칙적으로 소급하여 영향을 미치는 것은 아니다. 법인세법 시행규칙 제27조 는 구 법인세법 시행령 제49조 제1항 제1호 각목의 1에 해당하는 부동산, 즉 비업무용부동산이 있는 법인은 종전 사업연도의 업무와 관련 없는 비용 및 지급이자를 손금에 산입하지 아니하는 경우 그 양도일이 속하는 사업연도의 법인세에 가산하여 납부하도록 하는 세액의 납부 특례를 규정하고 있으나, 구 부가가치세법은 그와 같은 규정을 두거나 준용하지 않고 있다.

(3) 한편 부가가치세법 시행령 제77조 는 개인사업자의 사업과 직접 관련이 없는 지출의 범위에 대해서는 소득세법 시행령 제78조 를 준용하도록 규정하고 있는데, 소득세법 시행령에서는 구 법인세법 시행령 제49조 제1항 제1호 각 목 단서와 같은 유예기간 규정을 두고 있지 않으므로, 만일 부가가치세에 있어 유예기간 규정이 준용된다고 보게 되면 비업무용 부동산의 취득에 있어 법인사업자에 대하여만 유예기간을 적용하여 매입세액을 공제하게 되므로 개인사업자와의 과세 형평에도 맞지 않는다.

• 다) 따라서 구 법인세법 시행령 제49조 제1항 제1호 각 목 단서의 유예기간 규정이 부가가치세에 대해 준용됨을 전제로 하는 원고들의 이 부분 주장은 이유 없다.

그렇다면 원고들의 이 사건 각 청구는 모두 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여,주문과 같이 판결한다.