각 세금계산서는 원고가 매입처로부터 실물을 공급받고 수취한 정상적인 세금계산서로서 ‘사실과 다른 세금계산서’라고 볼 수 없음

사 건 2019구합69988 부가가치세부과처분취소 원 고 주식회사 ○○○○○ 피 고 AA세무서장 판 결 선 고

2021. 4. 9.

1. 피고가 2018. 2. 1. 원고에 대하여 한 2016년 제1기 부가가치세 1,890,419,580원 (가산세 포함)의 부과처분 중 41,173,448원을 초과하는 부분을 취소한다.

• 가. 원고는 1969년 설립된 SI(시스템 통합 및 구축)사업 전문업체로서 2016. 2. 26. B B(이하 ’BB‘이라 한다)와 계약금액(부가가치세 포함)을 15,348,960,000원, 납품기한을 2016. 4. 3.로 각 정하여 ‘RRRR사업’ (이하 ‘이 사건 사업’이라 한다) 관련 장비 납품계약(이하 ‘이 사건 계약’이라 한다)을 체결하였다.
• 나. 원고는 이 사건 계약과 관련하여 주식회사 SS, CC 주식회사, DD 주식회사, EE 주식회사, FF 주식회사, HH 주식회사, GG 주식회사, 주식회사 JJ(이하 위 8개 업체를 ‘이 사건 매입처’라 하고, 이하 회사명에서 ‘주식회사’는 생략한다)로부터 공급가액 합계 10,466,641,000원의 각 매입세금계산서(이하 ‘이 사건 각 세금계산서’라 한다)를, NN (이하 이 사건 매입처와 함께 ‘이 사건 매입처 등’이라 한다)로부터 공급가액 213,100,000원의 매입세금계산서(이하 이 사건 각 세금계산서와 함께 ‘이 사건 각 세금 계산서 등’이라 한다)를 각 수취한 후 그 각 매입세액을 공제하여 2016년 제1기 부가가치세를 신고하였다.
• 다. 서울지방국세청장은 2017. 9. 1.부터 2017. 11. 27.까지 원고에 대한 세무조사(이 하 ‘이 사건 세무조사’라 한다)를 실시하였고, 그 결과 ‘이 사건 매입처 등은 이른바 끼 워넣기 업체로서 실제로는 원고가 그들로부터 해당 세금계산서 기재 재화 또는 용역 (이하 ’재화 등‘이라 한다)를 공급받은 바 없으므로, 이 사건 각 세금계산서 등은 구 부 가가치세법(2017. 12. 19. 법률 제15223호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제39조 제1항 제2호의 사실과 다른 세금계산서에 해당한다.’는 이유 등으로 관련 매입세액을 부인 하고 그에 관한 과세자료를 피고에게 통보하였다.
• 라. 이에 피고는 2018. 2. 1. 원고에 대하여 2016년 제1기 부가가치세 1,890,419,580 원(가산세 포함)을 경정·고지하였는바, 위 부가가치세액 중 이 사건 각 세금계산서와 관련하여 부과된 세액 1) 은 1,849,246,132원(가산세 포함)이다(이하 위 세액의 부과처분을 ‘이 사건 부과처분’이라 한다).
• 마. 원고는 이 사건 부과처분에 대하여 이의신청을 거쳐 2018. 9. 12. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2019. 4. 10. 기각 결정을 받았다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 4호증(가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1, 2호증 의 각 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 이 사건 각 세금계산서는 원고가 이 사건 매입처로부터 실물을 공급받고 수취한 정상적인 세금계산서로서 ‘사실과 다른 세금계산서’라고 볼 수 없고, 설령 그렇지 않다고 하더라도 원고가 이 사건 매입처와 실제 계약을 체결하였고, 그 계약 내용에 따라 전산장비 등이 납품되고 그에 관한 대금이 지급된 점, 업계의 관행상 제조사나 총판사가전산장비 등을 판매할 때 회사에 등록된 협력업체 또는 파트너사를 통해 이를 공급하는 정책을 채택하고 있는 점 등에 비추어 보면, 원고로서는 이 사건 각 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서임을 알지 못하였고 알지 못한 데에 과실이 없다. 이 사건 각 세금계산서와 관련된 매입세액은 공제되어야 하는바, 이와 다른 전제에 선 이 사건 부과처분은 위법하다.
• 나. 관계 법령 별지 기재와 같다.
• 다. 판단

1. 관련 법리 구 부가가치세법 제4조 제1호 는 부가가치세 과세대상으로서 ‘재화의 공급’을 규정하고 있고, 제9조 제1항은 ‘재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것으로 한다.’고 규정하고 있는바, 부가가치세가 다단계 거래 세로서의 특성이 있는 점 등에 비추어 볼 때, 구 부가가치세법 제9조 제1항 에 정한 ‘인도 또는 양도’는 실질적으로 얻은 이익의 유무에 불구하고 재화를 사용·소비할 수 있는 권한을 이전하는 일체의 원인행위를 모두 포함한다고 할 것이고, 이 경우 어느 일련의 거래과정 가운데 특정 거래가 부가가치세법에 정한 재화의 공급에 해당하는지 여부는 각 거래별로 거래당사자의 거래의 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀속주체, 대가의 지급관계 등 여러 사정을 종합하여 개별적·구체적으로 판단하여야 하며, 그 특정 거래가 실 질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래과 정에서 수 취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 구 부가가치세법 제39조 제1항 제2호 가 규정하고 있는 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이다(대법원 2009. 6. 23. 선고 2008두13446 판결 등 참조).

2. 인정사실

• 가) 이 사건 계약의 이행과 관련된 업체 간 세금계산서 발급 내역을 도식화하면 다음 그림과 같다.
• 나) 원고는 2016. 2. 23. BB으로부터 이 사건 사업의 주사업자로 선정되었고, 2016. 2. 26. BB과 아래와 같은 내용의 이 사건 계약을 체결하였다.

1. 품명: RRRR 사업

2. 계약금액: 공급가액 13,953,600,000원, 부가가치세 1,395,360,000원 합계15,348,960,000원

4. 납품기한: 2016. 4. 3.

5. 납품장소: 현장설치도

6. 기타: 1) 납기 11일전 검수 요청할 것

5. 하자담보책임기간: 1년

• 다) JJ 대표이사 jjj은 2016. 2. 26.경 원고의 상무이사 aaa에게 IBM 소프트웨어와 하드웨어를 함께 납품하겠다고 제안하였고, aaa은 이를 승낙하였다.
• 라) KK은 2016. 3. 2. BB PP ICT센터에 히타치 통합스토리지 3식, SAN 및 데이터 전송장치 5식을, 2016. 3. 3. NAS엔진 6식을, 2016. 3. 4. 히타치 통합 스토리지 1식을 각 설치하였다. LL는 2016. 3. 4. IBM Lenovo 서버 28식 및 인클러저 2식을 설치하였고, MM은 같은 날 오라클장비(Solaris 통 합서버) 2식을 설치하였다. 이 사건 사업과 관련된 장비 및 소프트웨어는 2016. 3. 7. 설 치 완료되었다.
• 마) 원고의 대표이사 bbb은 2016. 3. 11. aaa에게 ‘현재 진행하고 있는 이 사건 사업과 관련 파트너사의 납품구도 및 파트너십 관계를 알려주시기 바랍니다. 예 를 들어, <KK→A사→당사, A사는 KK의 골드파트너, 매입추정금액: 15억>, <IBM→A 사→B사→당사, A사는 총판, B사는 실버파트너, B사 매입추정금액: 5억> 식으로 정리해서 보내주시고, 매입원가는 확정이 안 되었겠지만 추정해서 금액을 표기해 주시기 바랍니다.’라는 내용의 이메일을 보냈다. 이에 aaa은 같은 날 bbb에게 ‘현재 품목 별 제안에 관련된 업체이며 스토리지 관련 KK을 제외한 업체들은 관련품목에 대한 파트너사입니다(현재까지 확인가능한 내역만 작성하여 첨부자료로 보내드립니다)-산출내역서 기준으로 작성한 금액이며 매입업체 구도 및 매입금액은 아직 미확정입니다-관련업체 모두 고객사 기존 제품에 대한 납품 및 현재 유지보수 업체임’이라는 내용과 함께 품목별 관련 업체 명과 수량, 단가 등이 정리된 표를 첨부하여 이메일로 보냈다.
• 바) BB은 PPICT센터에서 2016. 3. 24. 서버 장비에 대한, 2016. 3. 25. 저장장 치, 백업장치, 소프트웨어에 대한 각 검수를 마쳤다.
• 사) KK 영업부장 kkk는 2016. 3. 30. aaa에게 ‘히타치 스토리지 제품의 제조사인 KK이 원고에 제품을 직접 공급할 수 없으니 KK이 지정하는 업체로부터 공급을 받아라.’고 말하였다. kkk는 SS, CC, 제이에스데이타시스템, EE, FF, HH, GG(이 사건 매입처 중 LL의 협력업체인 JJ를 제외한 7업체로서 이를 합쳐 ‘KK 협력업체들’이라 한다)을 매입업체로 지정하였다. aaa은 같은 날 kkk와 KK 협력업체들로부터 공급받을 장비의 총 매입금액을 약 85억 원으로 합의하였다.
• 아) 이 사건 사업은 2016. 4. 1. 최종 완료되었다. BB은 원고에, 같은 날 공급가 액 13,953,600,000원의 세금계산서를 발급하고 2016. 4. 8. 15,348,960,000원(부가가치세 포함)을 지급하였다.
• 자) LL의 남KK 팀장은 2016. 4.초경 aaa에게 LL가 공급한 IBM 서버 등 전산장비에 대한 세금계산서를 IBM 소프트웨어를 공급한 JJ로부터 받으라고 말하였다.
• 차) 이 사건 매입처는 2016. 4. 11.경과 그 무렵 aaa에게 작성일자를 2016. 2. 경으로 소급하여 작성된 견적서, 물품계약서 등을 보냈고, aaa도 그 무렵 KK 협력 업체들에게 발주서를 보냈다(위 각 견적서 또는 발주서에는 각 물품별 품명, 규격, 수량, 단가, 금액이 상세하게 기재되어 있다). 원고는 2016. 4. 19.경 이 사건 매입처에 부가가치세를 포함한 공급대금을 지급하였다.
• 카) 이 사건 각 세금계산서의 발급일자, 공급하는 자, 공급가액 등의 구체적인 내역은 아래 표 기재와 같다(이하 ‘순번’이라 함은 이 표에 기재된 순번을 가리킨다). 순번 세금계산서 발급일자 공급하는 자 (이 사건 매입처) 공급가액(원) 공급대상 재화 등 1

2016. 4. 1. CC 930,600,000 VSPG1000 외 2

2016. 4. 1. DD 527,000,000 스토리지 외 3

2016. 4. 1. EE 325,000,000 DISK 외 4

2016. 4. 1. 199,800,000 SAN Switch 5

2016. 4. 1. 137,600,000 Brocade7800 6

2016. 4. 1. 304,600,000 NAS 7

2016. 4. 1. FF 336,000,000 DISK 외 8

2016. 4. 1. GG 355,000,000 정보시스템 이관작업 및 컨설팅 작업비용 9

2016. 4. 1. HH 330,000,000 전산장비 구축컨설팅 및 데이터 마이그레이션 작업비용 10

2016. 4. 1. SS 5,514,000,000 HP서버 외 히타치디스크 증설 11

2016. 4. 1. JJ 1,507,041,000 IBM H/W(플렉스시스템 X240)외 12종 합계 10,466,641,000원

• 타) 서울지방국세청장은 이 사건 각 세금계산서 등과 관련하여 원고와 aaa, bbb(이하 원고와 aaa, bbb을 합쳐 ‘원고 등’이라 한다)을 서울중앙지방검찰청에 고발하였고, 위 검찰청은 ‘① CC, DD, EE, FF, GG, HH 등 6개 업체로부터 재화 등을 공급받지 않고 순번 1 내지 9 기재 각 세금계산서를 발급받았다는 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(허위세금계산서교부등)의 점, ② SS, JJ로부터 실제로는 KK시스템, LL로부터 공급받은 장비의 대금까지 합쳐 공급가액이 부풀려진 순번 10, 11 기재 각 세금계산서를 발급받고, KK시스템, LL로부터는 각 세금계산서를 발급받지 않았다는 조세범처벌법위반의 점, ③ MM로부터 재화 등을 공급받았음에 세금계산서를 발급받지 않고, 대신 그 재화 등을 공급한 자가 아닌 NN로부터 세금계산서를 발급받았다는 조세범처벌법위반의 점’(이하 ‘공소사실 ①, ②, ③‘이라 한다)으로 원고 등을 2018. 8. 7. 서울중앙지방법원에 공소제기하였다. 위 법원은 2019. 5. 31. 공소사실 ③에 대하여는 bbb, aaa에게 각 징역 6월에 집행유예 2년을, 원고에게 벌금 2,000만 원을, 공소사실 ①,②에 대하여는 ’이 사건 각 세금계산서와 관련된 거래(이하 ‘이 사건 각 거래’라 한다)가 실물거래가 아니라는 점 등이 합리적 의심을 배제할 정도로 증명되지 못하였다.‘는 이유로 무죄를 각 선고하였고(2018고합787, 이하 ’관련 형사사건‘이라 한다), 이에 원고 등과 검사가 각 항소를 제기하였으나 항소심 법원(서울고등법원 2019노1409)은 2019. 12. 5. 쌍방의 항소를 모두 기각하는 판결을 선고하였으며, 2019. 12. 13. 위 판결이 그대로 확정되었다. [인정근거] 갑 제2, 3, 5, 11호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

3. 구체적 판단

• 가) 위 인정사실에 따르면, 이 사건 각 거래와 관련하여 이 사건 매입처 또는 원고가 작성한 각 견적서 또는 발주서 등이 이 사건 사업이 완료된 후인 2016. 4. 11.경 그 작성일자를 소급하여 작성된 점, 이 사건 매입처가 이 사건 계약에 따라 제공된 장비의 인도, 설치, 검수의 과정에서 별다른 역할을 담당하지 않았고, KK, LL가 BB에 해당 장비를 인도, 설치, 검수하는 것을 주도한 점은 인정된다.
• 나) 그러나 위 인정사실과 증거들 및 갑 제12호증의 기재를 통해 알 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 앞서 본 사정만으로 이 사건 각 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 보기는 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다. 이와 다른 전제에 선 이 사건 부과처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

(1) 원고와 이 사건 매입처는 견적서, 발주서 또는 계약서 등을 작성하여 공급대상이 되는 재화 등에 대한 공급가액, 공급품목, 단가, 수량 등에 관하여 합의하였고, 원고와 이 사건 매입처 간 이 사건 각 거래에 따른 권리·의무를 그 상대방에게 실제 귀속시키고자 하는 의사의 합치가 있었다고 보인다.

(2) 이 사건 각 세금계산서 기재 물품의 실물이 존재하고, 원고는 이 사건 매입처에 해당 공급가액 및 그에 대한 부가가치세를 포함한 대금을 모두 지급하였으며, 이 사건 매입처는 이 사건 각 거래에 참여함으로써 수익을 취하였다.

(3) 비록 소급 작성된 것이기는 하나 원고와 이 사건 매입처 간 작성된 물품계약서에는, 이 사건 매입처가 공급된 장비 등을 수리하고 그것들의 품질을 보증하겠다는 등으로 원고에 대하여 매도인으로서의 하자담보책임을 부담하는 것으로 되어 있고, 관련 형사사건에 증인으로 출석한 DD의 ddd, CC의 ccc, SS의 sss, JJ의 jjj 역시 ’BB에 공급·설치된 장비에 하자가 발생하면 원고가 먼저 책임을 부담하고, 그 다음 이 사건 매입처가 책임을 부담한다.‘라고 같은 취지로 증언하였다.

(4) KK과 같이 매출액의 규모가 큰 IT회사들은 통상적으로 회사에 등록된 협력업체 내지 파트너사를 통해 전산장비 등을 판매하는 정책을 가지고 있다. IT회사들은 이러한 판매 정책을 통해 판매촉진, 물품대금 상환 위험 분산 등의 효과를 거둘 수 있다. 한편 제조사 또는 총판사가 실제 협력업체를 통해 최종 고객사에 전산장비 등을 판매하더라도, 고가의 전산장비가 이동 과정에서 파손되는 위험을 줄이고자 굳이 해당 협력업체를 거치지 않고 곧바로 최종 고객사로 장비 등을 운반·설치하는 것이 일반적이다. 이러한 점에 비추어 보면, 이 사건 매입처가 이 사건 계약에 따라 제공된 전산장비의 인도, 설치, 검수의 과정에 적극적으로 관여하지 않은 것이 전산장비의 일반적인 판매 관행에 어긋나는 것이라고 보기 어렵고, 그러한 사정을 들어 이 사건 매입처가 이 사건 각 거래에 관여하지 않은 단지 ’끼워넣기‘ 업체라고 단정하기는 어렵다.

(5) 동산 소유권의 양도 요건인 ’인도‘는 점유개정이나 목적물반환청구권의 양도 등 현실의 인도 외의 방법으로도 이루어질 수 있는 것인바, 이 사건 매입처가 공급 대상 장비를 실제로 점유한 적이 없다고 하여 그들이 해당 장비의 공급자가 아니라고 단정할 수도 없다.

(6) 관련 형사사건에서 법원은 위와 같은 여러 사정을 근거로 이 사건 각 거래가 실물거래가 아님이 합리적 의심의 여지가 없을 정도로 증명되지 못하였다는 전제에서 이 사건 각 세금계산서와 관련한 공소사실 ①, ②에 대하여 무죄를 선고하였고, 그 판결이 그대로 확정되었다.

(7) 피고는 IBM의 소프트웨어 및 하드웨어 판매 조건 중 하나인 ’라이센스(권리자격증명)‘ 발급 여부를 통해 이 사건 매입처가 실제 거래당사자인지 여부를 확인할 수 있다는 전제에서, JJ가 IBM으로부터 그 라이센스를 발급받았다고 볼 만한 근거가 없는 이상, 원고에 IBM 제품을 공급한 자로 볼 수 없다고 주장한다. 그러나 피고가 지적하는 내용만으로는 IBM 제품의 유통에 관여하기 위해서 해당 유통업체가 반드시 IBM 측으로부터 그 제품에 관한 라이센스를 받아야 한다는 점을 인정하기 어렵고 달리 이를 인정할 증거가 없으므로(최종소비자가 확정되어 있는 경우 제조사가 라이센스를 최종소비자에게 바로 발급하는 것도 충분히 가능하다), 피고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

(8) CC의 ccc, DD의 ddd은 이 사건 세무조사시 ’실제 재화 등의 공급 없이 원고에 세금계산서를 발급하였다.‘는 취지로 진술한 바 있으나, 어떠한 세금계산서 기재 재화 등의 공급 거래가 실제로 있었는지 여부는, 경우에 따라 거래당사자의 거래의 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀속주체, 대가의 지급관계 등 여러 사정을 종합하여 개별적·구체적으로 판단되어야 하는 법률평가적인 문제이기도 하므로, 법률문외한인 ccc, ddd이 조사 공무원의 질문에 대하여 한 위 각 단편적인 진술만으로 곧 그들이 원고에 해당 재화 등을 공급하지 않은 것으로 단정할 수도 없다(위 ccc, ddd은 관련 형사사건에서 증인으로 출석하여서는 ’장비를 BB에 직접 운반·설치한 것은 아니지만 해당 공급거래로 인한 권리·의무의 상대방으로 참여한 것은 사실이다.‘는 취지로 위 각 진술과 상반된 취지의 증언을 하기도 하였다).

원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 1) 원고는 NN로부터 수취한 매입세금계산서와 관련하여 부과된 세액은 다투지 아니한다.