토지 등 양도소득에 대한 법인세 비과세 대상인지

사 건 2019구합67753 경정청구거부처분 취소청구의 소 원 고 AA학원 피 고 BB세무서장 변 론 종 결

2020. 1. 31. 판 결 선 고

2020. 4. 3.

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 2018. 8. 23. 원고에 대하여 한 2013 사업연도 법인세 00,000,000원 및 2016 사업연도 법인세 00,000,000원의 경정청구에 대한 거부처부을 각 취소한다.

• 가. 원고는 1964. 1. 24. 설립되어 교육기관 운영사업을 영위하는 비영리법인이다.
• 나. 원고는 수용으로 인하여 2013년경 인O 등 7필지(이하 ‘이 사건 1 토지’라 한다)를, 2016년경 인O 등 4필지(이하 ‘이 사건 2 토지’라 한다)를, 2017. 6. 26. 인O 등 (이하 ‘이 사건 3토’라 하고, 위 각 토지를 통틀어 ‘이 사건 각 토지’라 한다)를 OO광역시 등에게 양도하였는데, 그 구체적인 내역은 다음과 같다.
• 다. 원고는 구 법인세법(2014. 1. 1. 법률 제12166호로 개정되기 전의 것) 제55조의2 제1항 제3호 및 법인세법 제55조의2 제1항 제3호 1) 에 따라 이 사건 각 토지에 관하여 토지등 양도차익에 대한 법인세 및 지방소득세를 추가 납부하였는데, 그 구체적인 내역은 다음과 같다.
• 라. 원고는 피고에게, 이 사건 1, 2 토지가 법인세법 시행령 제92조의11 제3항 제4호 가 정한 ‘사립학교법에 따라 학교법인이 기부받은 토지’에 해당하여 법인세법 제55조의2 제1항 제3호 가 규정한 토지등 양도소득에 대한 과세특례 규정의 적용을 받지 아니한다고 보아 이 사건 1 토지에 관하여 2015. 9. 2., 이 사건 2 토지에 관하여 2017. 6. 19. 다.항과 같이 신고․납부한 법인세의 환급을 구하는 경정청구(이하 ‘1차 경정청구’라 한다)를 하였으나, 피고는 2015. 10. 19. 및 2017. 8. 16. 이를 각 거부하였다(이하 ‘1차 거부처분’이라 한다).
• 마. 원고는 2018년 7월경 다시 이 사건 각 토지의 양도소득에 대하여 다.항과 같이 신고․납부한 법인세의 환급을 구하는 경정청구(이하 ‘이 사건 경정청구’라 한다)를 하였으나, 피고는 2018. 8. 23. 이를 각 거부하였다.
• 바. 원고는 이에 불복하여 2018. 9. 11. 서울지방국세청장에 이의신청을 하였는데, 서울지방국세청장은 2018. 10. 26. 이 사건 3 토지가 법인세법 제55조의2 제1항 제3호 가 정한 비사업용 토지에 해당하지 아니하는 것으로 보아 토지 등 양도소득에서 제외하여 과세표준과 세액을 경정하고, 나머지 신청에 관하여는 1차 거부처분만이 불복대상인 처분에 해당하고 마.항 기재 거부처분은 단순한 사실의 통지에 불과하다고 보아 이를 각하하였다(이하 마.항 기재 거부처분 중 위와 같이 경정되고 남은 거부처분을 ‘이 사건 거부처분’이라 한다).
• 사. 원고는 다시 이에 불복하여 2018. 11. 19. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2019. 3. 6. 바.항과 같은 이유로 이를 각하하는 결정을 하였다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1 내지 5호증, 을 1호증의 기재, 변론 전체의 취지

• 가. 피고 주장의 요지 피고는 원고의 1차 경정청구에 관하여 거부처분을 하였고, 원고가 이에 대하여 불복하지 아니하였다. 그런데 원고는 1차 거부처분에 관한 제소기간 도과 후 1차 경정청구와 동일한 사유로 이 사건 경정청구를 다시 제기하였고, 이에 대하여 피고가 이 사건 거부처분을 하였다. 이와 같이 동일한 내용의 경정청구를 반복하여 할 수 있다면 경정청구 거부처분에 대한 불복기간이 연장되는 결과가 되어 국세기본법에서 불복기간을 단기로 규정하는 취지에 반하고, 이 사건 경정청구에 대한 과세관청의 회신은 단순한 사실의 통지에 불과하여 취소소송의 불복대상인 처분에 해당하지도 아니하므로, 이 사건 소는 부적법하다.
• 나. 판단 거부처분은 관할 행정청이 국민의 처분신청에 대하여 거절의 의사표시를 함으로써 성립되고, 그 이후 동일한 내용의 새로운 신청에 대하여 다시 거절의 의사표시를 한 경우에는 새로운 거부처분이 있는 것으로 보아야 할 것이다(대법원 2002. 3. 29. 선고 2000두6084 판결 등 참조). 이 사건에 관하여 보건데, 비록 원고가 피고에게 1차 경정청구와 동일한 내용의 이 사건 경정청구를 하였다고 하더라도 피고가 이에 대하여 다시 거절의 의사표시를 하였다면 이는 단순한 사실행위가 아닌 행정소송의 대상이 되는 독립된 처분으로 봄이 상당하다. 또한 납세자는 구 국세기본법(2019. 12. 31. 법률 제16841호로 개정되기 전의 것) 제45조의2 제1항에 따라 과세표준신고서의 법정신고기한 후 5년 이내에 경정을 청구할 권리가 있는데, 경정청구제도는 납세자가 과다신고된 과세표준 및 세액의 감액을 주장할 수 있는 유일한 권리구제수단이고 경정청구를 토대로 행정소송에 의한 구제의 길이 있게 되므로, 원고의 제2차 경정청구인 이 사건 경정청구가 경정청구의 기간 내인 이상 반복하여 겅정청구를 할 수 있다고 보는 것이 타당하다. 이와 다른 전제에 선 피고의 본안전 항변은 이유 없다.

3. 이 사건 거부처분의 적법 여부

• 가. 원고 주장의 요지 이 사건 1, 2 토지는 원고가 설립된 당시인 1906년 OO가 기부한 학교 기본재산이라는 점이 신문기사, 연구문헌 등의 증거를 통해 확인된다. 따라서 이 사건 1, 2 토지는 법인세법 시행령 제92조의11 제3항 제4호 에 따라 법인세법 제55조의2 제1항 제3호 의 비사업용 토지에 해당되지 아니하고, 피고는 원고가 위 비사업용 토지에 해당됨을 전제로 납부한 2013 사업연도 법인세 00,000,000 및 2016 사업연도 법인세 00,000,000원을 환급하여 주어야 하므로, 이 사건 거부처분은 위법하다.
• 나. 판단 1) 법인세법 제55조의2 제1항 은 내국법인이 토지를 양도하는 경우 양도소득에 대한 법인세로 각 호의 규정에 따른 금액을 납부할 것을 정하고 있고, 같은 항 제3호는 비사업용 토지에 관하여 토지의 양도소득의 100분의 10(구 법인세법은 100분의 30)을 곱하여 세액을 산출하도록 정하고 있다. 그리고 같은 조 제3항은 제1항 제3호를 적용할 때 토지를 취득한 후 법령에 따라 사용이 금지되거나 그 밖에 대통령령으로 정하는 바에 따라 비사업용 토지로 보지 아니할 수 있다고 규정하고 있다. 이에 따라 법인세법 시행령 제92조의11 은 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 아니하는 토지의 판정기준에 관하여, 사립학교법에 따라 학교법인이 기부(출연을 포함한다)받은 토지는 비사업용 토지로 보지 아니한다고 규정하고 있다. 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석해야할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조).

2. 위와 같은 법령 및 법리에 비추어 이 사건에 관하여 본다. 원고는 설립 당시 OOO으로부터 이 사건 1, 2 토지를 기부받았다는 주장을 입증하기 위해 이 사건 1, 2 토지의 등기부등본, 폐쇄등기부등본, 토지대장, 구 등기부등본, 토지조사부를 증거로 제출하였으나(갑 7 내지 9호증, 12 내지 23호증), 이는 원고가 이 사건 1, 2 토지를 오랜 기간 소유하고 있었다는 것만을 뒷받침하는 자료일 뿐 원고가 이 사건 1, 2 토지를 기부받았다는 것까지 뒷받침하지는 못하다. 또한 원고는 신문기사, 문화재보호법 개정법률(1963. 12. 5. 법률 제1462호로 개정된 것) 부칙 및 그 개정이유, 학술지 발췌본(갑 10, 11호증) 등을 증거로 제출하였고, 위 관련 언론기사, 법령 및 개정이유에 ‘구 황실의 기부행위로 설립된 재단법인 ***, 재단법인 @@@이라는 내용이 기재되어 있는 부분이 있기는 하다. 그러나 위와 같은 기재만으로 원고가 OOO으로부터 기부받은 토지가 이 사건 1, 2 토지라는 점이 특정된다고 보기도 어렵다. 따라서 이 사건 1, 2 토지가 비사업용 토지에 해당되지 않는다는 원고의 주장은 이유 없다.

• 다. 소결론 이 사건 거부처분은 적법하다.

원고의 청구는 이유 없으므로 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다. 1) 내국법인이 비사업용 토지를 양도한 경우 2014. 1. 1. 법률 제12166호로 개정되기 전의 법인세법 제55조의2 제1항 제3호 는 토지 양도소득의 100분의 30을 곱하여 세액을 산출하도록 정하고, 개정 후 법인세법은 100분의 10을 곱하여 세액을 산출하는 것으로 정하였다. 따라서 이 사건 1 토지 양도에 따른 2013년 사업연도 법인세에는 위 개정 전 법이, 이 사건 2 토지 양도에 따른 2016 사업연도 법인세에는 개정 후 법이 적용된다. 이하 법인세법을 언급할 때에는 현행 법인세법만을 기재하되, 위 개정 전 법을 언급할 필요성이 있는 경우에는 ‘구 법인세법’이라 한다.