부가가치세 부과처분에 중대하고 명백한 하자가 있어 당연무효가 인지 여부

사 건 2019구합65528 부가가치세처분 무효확인 원 고 AAA 피 고 FFF세무서장 변 론 종 결

2019. 11. 27. 판 결 선 고

2020. 01. 31.

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다. 청구취지 피고가 원고에 대하여 한 부가가치세 2011. 1. 31.자 2010년 제1기 198,472,713원(가산세 포함), 2013. 3. 8.자 2009년 제1기 194,152,067원(가산세 포함), 2009년 제2기 193,190,314원(가산세 포함)의 각 부과처분은 모두 무효임을 확인한다.

• 가. 원고를 포함한 23명(이후 17명으로 감소하였다, 이하 ‘조합원들’이라 한다)은 자신들이 소유하고 있던 서울 중구 신당동 000 외 12필지 합계 000㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다) 위에 상가를 신축하여 분양 또는 임대하는 사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)을 영위하고 그 수익을 분배할 목적으로, 1996. 9. 20. bbb(이하 ‘이 사건 조합’이라 한다)을 설립한 다음, 조합원들을 공동사업자로 하여 ‘ccc’라는 상호로 사업자등록을 하였다.
• 나. 이 사건 조합은 2000. 12. 30. 이 사건 토지 위에 1,878개 점포로 구성된 ddd(이하 ‘이 사건 상가’라 한다)을 신축한 다음 2001. 1. 11. 이 사건 조합의 명의로 소유권보존등기를 마치고 그 중 1,600여개의 점포를 일반분양하면서, 수분양자들과 사이에 이 사건 토지 중 위 분양대상 점포의 대지권에 해당하는 부분을 30년간 사용할 수 있는 권리를 수분양자들에게 부여하고 그 대가로 수분양자들로부터 토지사용료 합계 1,141억 원을 선납받는 내용의 점포분양 및 토지사용계약을 체결하고, 수분양자들로부터 위 1,141억 원을 선납받았다.
• 다. 이 사건 조합은 조합원들 전원을 연대납세의무자로 하여 위 토지사용료를 선수임대료로 처리하고, 이를 임대기간(30년)과 각 분양면적으로 안분하여 계산한 금액을 공급가액으로 하여 2001년부터 2008년까지의 부가가치세를 신고․납부하였고, 일부 조합원들은 위 선수임대료 수입에 대하여 국세청에 등록된 조합원 지분에 따라 공동사업자별 분배명세서를 작성하여 각 종합소득세를 신고․납부하였다.
• 라. 그런데 위 일반분양 이후 이 사건 토지 중 상당수 조합원들 소유 토지의 소유권이 임의경매 등의 원인으로 제3자(이하 ‘비조합원들’이라 한다)에게 이전되었고, 이후 비조합원들 중 일부가 이 사건 조합 또는 수분양자들을 상대로 제기한 부당이득금 반환청구 소송에서 ‘이 사건 조합 및 수분양자들은 이 사건 토지의 일부를 취득한 비조합원들에게 점포 부속 토지의 점유․사용으로 인한 임료 상당 부당이득금을 반환할 의무가 있다’는 취지의 판결이 선고되어 확정되었다.
• 마. 이 사건 조합은 2009년 제1기부터 2010년 제1기까지의 부가가치세를 신고함에 있어 위 판결을 근거로, 이 사건 조합이 이 사건 토지의 임대권한이 없어 임대용역의 제공주체가 아니므로 부가가치세 납부의무도 없다고 보아 이 사건 선수임대료 중 전부 또는 일부를 매출액에서 제외하였다.
• 바. 피고는 이 사건 조합이 위와 같이 제외한 선수임대료를 신고누락한 것으로 보고, 2011. 1. 31. 연대납세의무자로 신고된 원고를 포함한 조합원들에 대하여 부가가치세 2009년 제1기 149,850,987원(가산세 포함, 이하 같다), 2009년 제2기 150,332,130원, 2010년 제1기 198,472,713원을 경정·고지하였다(이하 ‘1차 처분’이라 한다).
• 사. 이에 대하여 BBB 등의 조합원들 5명이 1차 처분의 취소를 구하는 소(서울행정법원 2012구합9130)를 제기하였는데, 항소심(서울고등법원 2012누36981)에서 2014. 6. 12. ‘이 사건 조합이 법인격 없는 사단으로서 독립된 납세의무자가 되고 조합원들은 연대납세의무자가 아니다’라는 취지의 위 조합원들 승소 판결이 선고되었고, 2014. 10. 15. 상고기각(대법원 2014두9783)되어 확정되었다(이하 ‘관련판결’이라 한다).
• 아. 한편, 조합원들 중 김○화는 2012. 3. 9.자 2006년 제1기 부가가치세 부과처분의 취소를 구하는 소(서울행정법원 2013구합2129)를 제기하여 2013. 9. 13. 관련판결과 같은 취지의 승소판결을 선고받았고, 이에 대한 항소(서울고등법원 2013누28789)와 상고(대법원 2014두6067)가 기각되어 2014. 7. 24. 위 판결이 확정되었다.
• 자. 피고는 이 사건 조합이 임차인 eee에 대한 2009년 제1기, 제2기 부동산 임대수익을 누락하였다고 보아 2013. 3. 8. 연대납세의무자로 신고된 원고를 포함한 조합원들에 대하여 부가가치세 2009년 제1기 44,301,080원, 2009년 제2기 42,858,184원을 추가로 경정․고지하였다(위 증액경정으로 1차 처분 중 2009년 제1, 2기의 각 경정․고지처분이 흡수된 부가가치세 2013. 3. 8.자 2009년 제1기 194,152,067원, 2009년 제2기 193,190,314원의 경정․고지처분 및 1차 처분 중 2010년 제1기 198,472,713원의 경정․고지처분을 통칭하여 ‘이 사건 처분’이라 한다).
• 차. BBB 등의 조합원들 9명은 2014. 11. 27. 관련판결을 근거로 1차 처분에 따른 부가가치세 등 1999년 제1기부터 2010년 제1기까지 신고․납부하였거나 부과처분을 받은 부가가치세(이하 ‘관련 부가가치세’라 한다)를 환급해 달라는 취지의 경정청구를 하였으나, 2015. 2. 2. 거부처분을 받았고, 이에 대하여 행정소송(서울행정법원 2016구합74552)을 제기한 결과 2019. 1. 10. 관련판결의 당사자였던 조합원들 3명(BBB, CCC, DDD)에 대하여 관련판결의 과세기간(BBB은 2009년 제2기, CCC, DDD는 각 2010년 제1기)에 대한 취소청구만 일부 인용되었고, 나머지 청구는 기각되었으며, 현재 항소심(서울고등법원 2019누35536)이 계속 중이다.
• 카. 조미란 등의 조합원들 6명은 관련 부가가치세의 부과처분 및 신고납부행위가 무효임을 주장하며 납부된 세액 중 일부에 관한 부당이득 반환청구의 소(서울중앙지방법원 2016가합567380)를 제기하였으나, 2019. 4. 18. 관련 부가가치세의 부과처분 및 신고납부행위의 하자가 중대․명백하여 당연무효라고 볼 수 없다는 취지의 기각판결을 선고받았고, 현재 항소심(서울고등법원 2019나2022881)이 계속 중이다. [인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증(가지번호 포함), 을 제1 내지 16호증의 각 기 재, 변론 전체의 취지

• 가. 원고의 주장 이 사건 사업의 부가가치세 납세의무자인 이 사건 조합은 법인격 없는 사단으로서 독립적인 납세의무를 부담하고, 조합원인 원고는 연대납세의무를 부담하지 않는다. 이 사건 처분은 과세대상이 되는 법률관계나 과세요건의 사실관계가 전혀 없는 원고에 대하여 이루어진 것으로서 당연무효이다.
• 나. 판단

1. 관련 법리 과세대상이 되지 아니하는 어떤 법률관계나 사실관계에 대하여 이를 과세대상이 되는 것으로 오인할 만한 객관적인 사정이 있어 그것이 과세대상이 되는지의 여부가 그 사실관계를 정확히 조사하여야 비로소 밝혀질 수 있는 경우라면, 그 하자가 중대한 경우라도 외관상 명백하다고는 할 수 없으므로 그와 같이 과세요건사실을 오인한 과세 처분을 당연무효라고 볼 수 없다(대법원 1998. 6. 26. 선고 96누12634 판결, 대법원 2002. 9. 4. 선고 2001두7268 판결 등 참조). 한편 행정처분의 당연무효를 구하는 소송에서는 그 무효를 구하는 사람에게 그 행정처분에 존재하는 하자가 중대하고 명백하다는 것을 주장․증명할 책임이 있다(대법원 1984. 2. 28. 선고 82누154 판결 등 참조).

2. 구체적 판단 이 사건 조합이 조합원들을 공동사업자로 하여 사업자등록을 하였고, 2001년 제1기부터 2008년 제2기까지 조합원들 전원을 연대납세의무자로 하여 부가가치세를 신고․납부하였으며, 일부 조합원들은 그 지분에 따라 공동사업자별 분배명세서를 작성하여 종합소득세를 신고․납부한 사실, 이 사건 사업의 부가가치세 납세의무자가 법인격 없는 사단으로서의 이 사건 조합이고 조합원은 연대납세의무자에 해당하지 않는다는 취지의 관련판결이 이 사건 처분이 이루어진 이후에야 대법원 판결로써 확정된 사실은 앞서 본 바와 같은바, 이러한 점들은 피고로서 원고가 위 선수임대료에 대한 부가가치세의 연대납세의무자라고 오인할 만한 객관적인 사정에 해당한다고 할 것이고, 원고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 처분 당시 원고가 연대납세의무자가 아니라는 점이 외관상 명백하였음을 인정하기에 부족하며, 달리 이를 인정할 만한 충분한 증거가 없다. 원고의 주장은 받아들이지 아니한다.

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한